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Comparación de las secuencias de ZP1 y ZP4 del wallaby con las secuencias de ZP1 y ZP4 de otros mamíferos

RATONA A LA DIGESTIÓN CON TRIPSINA

4.10 ESQUEMA DEL MATERIAL Y MÉTODOS

5.1.1 CARACTERIZACIÓN MOLECULAR DE LA ZONA PELÚCIDA DEL WALLABY DE BENNETT

5.1.1.1 Análisis de las secuencias de ZP1, ZP2, ZP3 y ZP4 en el wallaby de Bennett

5.1.1.1.3 Comparación de las secuencias de ZP1 y ZP4 del wallaby con las secuencias de ZP1 y ZP4 de otros mamíferos

El porcentaje de similitud de ZP1 y ZP4 del wallaby de Bennett y las secuencias presentes en el Ensembl del wallaby de Tammar, es de 99% para ZP1 y de 97.5% para ZP4. Además, las secuencias aminoacídicas de ZP1 y ZP4 del wallaby de Bennett presentan alta similitud con las secuencias de ZP1 y ZP4 de otros mamíferos. Así, la secuencia de aminoácidos de ZP1 de wallaby se asemeja en un 53% a la mujer, 49% a la ratona, 48% a la coneja y 48% a la rata (Fig. 22); mientras que, la secuencia de ZP4 se asemeja en un 55% a la mujer, 53% al conejo, 50% a la rata y 87% a la zarigüeya australiana (Fig. 23).

La similitud con ZP1 y ZP4 de otros mamíferos, la presencia de los mismos dominios y la conservación de los residuos cisteína (Figs. 22 y 23), sugiere que los marcos abiertos de lectura amplificados se corresponden con ZP1 y ZP4 del wallaby de Bennett.

En la secuencia de ZP1 del wallaby de Bennett, cabe destacar la presencia de un largo indel localizado en la posición donde otras especies presentan el dominio trefoil (Fig. 22).

Mujer MAGGSATTWGYPVALLLLVAT-LGLGRWLQPDPGLPGLRHSYDCGIKGMQLLVFPRPGQT 59 Coneja MTG---GRLVALLLLVAASLGLGQQPHPEPGLPGLQYSYDCGMRGMQLVVLPRPGRT 54 Ratona MAW---GCFVVLLLLAAAPLRLGQRLHLEP---GFEYSYDCGVRGMQLLVFPRPNQT 51 Rata MAW---GCFVVLLLLVAAPLRLGQHLHLKP---GFQYSYDCGVQGMQLLVFPRPNQT 51 Wallaby MSW---GTYLELGLLLVLGLCLSQR----PGTWGLQLRHECGSYGMQLLVFPKPEQV 50 *: * : * ** . * *.: * *:. ::** ****:*:*:* :. Mujer LRFKVVDEFGNRFDVNNCSICYHWVTSRPQEPAVFSADYRGCHVLEK-DGRFHLRVFMEA 118 Coneja IRFKVVDEFGNRFEVNNCSICFHWVSAEPQAPAVFSADYKGCHVLEK-EGHSHLTVFIEA 113 Ratona VQFKVLDEFGNRFEVNNCSICYHWVTSEAQEHTVFSADYKGCHVLEK-DGRFHLRVFIQA 110 Rata IQFKVLDEFGNRFEVNNCSICYHWVISEAQKPAVFSADYKGCHVLEKQDGRFHLRVFIQA 111 Wallaby IRFKVVDEFGTHFEVTNCSICLHWITSEPQGPTIFSAGYNGCHVMKK-DGQYHLRVFVEE 109 ::***:****.:*:*.***** **: :..* ::***.*.****::* :*: ** **:: Mujer VLPNGRVDVAQDATLICPKPDPSRTLDSQLAPPAMFSVSTPQTLSFLPTSGHTSQGSGHA 178 Coneja MLPDGHVEVAQEAVLICPKPGHTWAVGSHQVPPTTPSPTTPHALPFHLSSAHT--- 166 Ratona VLPNGRVDIAQDVTLICPKPDHTVTPDPYLAPPTTPEPFTPHAFALHPIPDHTLAGSGHT 170 Rata VLPNGRVDTAQDVTLICPKPDHILTPESYLAPPTTPQPFIPHTFALHPISGHTLAGSGHT 171 Wallaby ILG-TRLDGAQDITLICPRPEHPKSPGTPLSHPVFHP--SPSSAGLHPYLPPHLR--- 161 :* ::: **: .****:* : . *. * : :

- 98 - Mujer FPSPLDPGHSSVHPTPALPSPGPGPTLATLAQPHWGTLEHWDVNKRDYIGTHLSQEQCQV 238 Coneja FPIPLYLEHSLMLPTPAGPSLGPGPTPAVLAQ---VERWEVDKPDAVGSHLPQEWCQV 221 Ratona GLTTLYPEQSFIHPTPAPPSLGPGPAGSTVPHSQWGTLEPWELTELDSVGTHLPQERCQV 230 Rata GLTTLYPET---HPTPAPPSSEPGPVGPTVPQSQWGTLGSWELTELDSIGTHLLQERCQV 228 Wallaby -PFHSDSKHSSLSPVAN-RNHRPAHIHPTWSSPSSGPVTLVHQISPYHTGDPLSRKQCQV 219 *.. . *. .. . : . . * * :: *** Mujer ASGHLPCIVRRTSKEACQQAGCCYDNTREVPCYYGNTATVQCFRDGYFVLVVSQEMALTH 298 Coneja ASGHIPCIVQSSSKEACEQAGCCYDSAREVPCYYGNTATVQCFRNGYFILVVAQEMALAH 281 Ratona ASGHIPCMVNGSSKETCQQAGCCYDSTKEEPCYYGNTVTLQCFKSGYFTLVMSQETALTH 290 Rata ASGHIPCMVKGSSEEACQQAGCCYDNTKEMPCYYGNTVTLQCFRSGYFTLVMSQETALTH 288 Wallaby TSSRVPCVE---ATVQCFEDGQFVLVVSQNITSEK 251 :*.::**: .*:***..* * **::*: : : Mujer RITLANIHLAYAPTSCSPTQHTEAFVVFYFPLTHCGTTMQVAGDQLIYENWLVSGIHIQK 358 Coneja RITLANVHLAYAPTRCPPAQKTSAFVIFHVPLTHCGTTVQVLGSQLFYENQLVSDIDVRE 341 Ratona GVLLDNVHLAYAPNGCPPTQKTSAFVVFHVPLTLCGTAIQVVGEQLIYENQLVSDIDVQK 350 Rata GVMLDNVHLAYAPNGCPPTQKTSAFVVFHVPLTLCGTAIQVVGKQLVYENQLVSNIEVQT 348 Wallaby QVSLKSLRLGYASGGCTPTQRTENIVVFHFPVTQCGTTIQLVNNQLIYENQLVSDIDIQT 311 : * .::*.**. *.*:*:*. :*:*:.*:* ***::*: ..**.*** ***.*.:: Mujer GPQGSITRDSTFQLHVRCVFNASDFLPIQASIFPPPSPAPMTQPGPLRLELRIAKDETFS 418 Coneja GPQGSITRDSSFRLLVRCIFNASDFLPIQASIFSPPLPAPVTQAGPLRLELRIARDETFS 401 Ratona GPQGSITRDSAFRLHVRCIFNASDFLPIQASIFSPQPPAPVTQSGPLRLELRIATDKTFS 410 Rata GPQGSITRDGVFRLHVRCIFNASDFLPIRASIFSPQPPAPVTRSGPLRLELRIATDKTFS 408 Wallaby GPEGAITRESTFLLHARCIYNASSFLPLHLEVFLPPPPAPVLRSGPLHLELRIAKDQKYS 371 **:*:***:. * * .**::***.***:: .:* * ***: :.***:****** *:.:* Mujer SYYGEDDYPIVRLLREPVHVEVRLLQRTDPNLVLLLHQCWGAPSANPFQQPQWPILSDGC 478 Coneja SFYEEEDYPLVRLLREPVHVEVRLLQRTDPSLVLELHQCWATPSANPVQQPQWPLLSDGC 461 Ratona SYYQGSDYPLVRLLREPVYVEVRLLQRTDPSLVLVLHQCWATPTTSPFEQPQWPILSDGC 470 Rata SYYQGSDYPLVRLLQEPVYIEVRLLQRTDPGLALMLHQCWATPSASPFEQPQWPILSDGC 468 Wallaby SYYHVEDFPIFKMLRQPVYVEVRLLRRTDPSLVLSLHHCWATPSTNPFKEPQWPLLFDGC 431 *:* .*:*:.::*::**::*****:****.*.* **:**.:*::.*.::****:* *** Mujer PFKGDSYRTQMVA-LDGAT-PFQSHYQRFTVATFALLDSGSQRALRGLVYLFCSTSACHT 536 Coneja PFKGDSYRTRVLA-LDRAELPFRSHYQRFTVATFTFLDSGAQRALRGLVYFFCSASACHP 520 Ratona PFKGDNYRTQVVA-ADREALPFWSHYQRFTITTFMLLDSSSQNALRGQVYFFCSASACHP 529 Rata PFKGDNYRTQMVA-ADRATLPFWSHYQRFTIATFTLLDSSSQNALRGQVYFFCSASACHP 527 Wallaby PFSGDGYKTQLASKKGMSELLFPTHYQRFIVSTFTFVDSVSQRALSGPVYFFCSVSACYA 491 **.**.*:*:: : . * :***** ::** ::** :*.** * **:***.***:. Mujer SGLETCSTACSTGTTRQRRSSGHRNDTARPQDIVSSPGPVGFEDSYGQEPTLGPTD---- 592 Coneja SGPETCSSTCSSRTAKRRRSSGYHDGTPRALDIVSSPGPVGFQDSHRQEPTLESTG---- 576 Ratona LGSDTCSTTCDSGIARRRRSSGHHNITLRALDIVSSPGAVGFEDA----AKLEPSG---- 581 Rata VGSETCSTTCDSEIARHRRSSGHHNSTIRALDIVSSPGAVGFEDA----PKLEPSG---- 579 Wallaby SETETCRTVCHHGATKRRRFVDHHNYMEGVQDIVGSPGPVGFGDSREQKVNLQNKEPDFK 551

:** :.* :::** .::: ***.*** *** *: .* . Mujer ---SNGNSSLRPLLWAVLLLPAVALVLGFGVFVGLSQTWAQKLWE 634

Coneja ---SGRNSNPKPLLWVVLLLLAIALVLGIGVFVGLSQAWAHKLRE 618 Ratona ---SSRNSSSRMLLL----LLAITLALAAGIFVGLIWAWAQKLWE 619 Rata ---STRNSGSRPLLWVLQ-LLALTLVLGDGVLVGLSWAWAWA--- 617 Wallaby ERSVVLWPNVSEPRLLERSSWSTTLKPLLWLTLSLVVITVLLVVAALLERS----QKLQE 607 * .: : ** * .::: * . :: Mujer SNRQ--- 638 Coneja GHRLTDQAQ 627 Ratona GIRY--- 623 Rata --- Wallaby QSRECGQSQ 616

Figura 22. Comparación de las secuencias de aminoácidos de ZP1 de mujer, coneja, ratona, rata y wallaby. Los números de acceso de las secuencias usadas son: mujer (NP_997224), coneja (NP_001257409), ratona (NP_033606) y rata (NP_445961). Los aminoácidos idénticos se indican con asterisco (*). Dos

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puntos (:) indican residuos conservados y punto (.) residuos semiconservados. El dominio trefoil se muestra en azul. El dominio ZP en rojo y el dominio transmembrana en naranja. El sitio consenso para corte de furina está subrayado. Los aminoácidos cisteína se señalan en verde y los sitios potenciales de N- glicosilación en morado.

Mujer ---MWLLRCVLLCVSLSLAVSGQHKPEAPDYSSVLHCGPWSFQFAVNL-NQEAT 50 Coneja ----MAPGSTMWLLGYIFLCFPVSFALIKQPKPETPTDPGVLHCRPWNFKFTINFQNQETG 57 Rata -MARQALRSTLWLLPSILLCFPFCLPLSGQHVTELP---GVLHCGLQSFQFAVNL-SLEAE 56 Zarigüeya ---MQWILLFTLFSFIWGSLGETEDLDHPGTLSCGLRSFRFMLPLLSQYGK 48 Wallaby ---MLWIFFLTILSFFCSSLGETEDLNHPGTLSCGLRSFQFTLPLLSRYGK 48 : ::: ..: .* ..* * .*:* : : . Mujer SPPVLIAWDNQGLLHELQNDSDCGTWIRKGPGSSVVLEATYSSCYVTEWDSHYIMPVGVE 110 Coneja SSPVLVTWDNQGRLHRLQNDTDCGTRVGEGPGPSVVLEANYSSCYVTESEPYYVMLVGVE 117 Rata S-PVLTTWDSQGLPHRLKNDSDCGTWVMDSPDGFLVLEASYSGCYVTLEGSHYIMTVGVQ 115 Zarigüeya N-PGLIAWDNKGMLHSLHNDSICGTWITYSSLESIQLEASYSGCYVTEWDTYYIMPIGVS 107 Wallaby N-PGMIAWDNKGVLHSLQNDSVCGTWITYSSLESIHLEASYSGCYVTEWDTYYMMPIGVS 107 . * : :**.:* * *:**: *** : .. : ***.**.**** .:*:* **. Mujer GAGAAEHKVVTERKLLKCPMDLLARD--APDTDWCDSIPARDRLPCAPSPISRGDCEGLG 168 Coneja EVDAAGQNLVTKQQLLKCPMHLPA---PDAGLCDSVPVQDRLPCATAPISQEDCEELG 172 Rata EADVAGHVAGTRQRLLTCPLALQGKAPDTPSAKVCSPVPVKERLPCASSTISRGDCEELG 175 Zarigüeya GLDADGSKTVHKVTVLNCSFTLPAQD--APGLNLCD-VTTEDRLSCAVPSITKGDCENLG 164 Wallaby GLDADESKTVHKVKVLKCSFALPALD--AAGLDLCD-VKTEDRLSCAVSSITKGDCEDLG 164 .. . :*.*.: * . .. *. : ..:**.** ..*:: *** ** Mujer CCYSSEE--VNSCYYGNTVTLHCTREGHFSIAVSRNVTSPPLLLDSVRLALRNDSA-CNP 225 Coneja CCHSSEE--VNACYYGNTVTSHCTQEGHFSIAVSRNVSSPPLHLDSVHLVFGNDSE-CQP 229 Rata CCYSSEEEGADSCYYGNTVTSHCTKEGHFSIAVSRDVTSPPLRLDSLRLGFRNITTGCDP 235 Zarigüeya CCYHPEDE-VNPCYYGNTVTAQCTPDGQLSIAVSQNMTQPSLLLDSIHLVSGLDVK-CDP 222 Wallaby CCYHSEDE-VNPCYYGNTVTAQCTPDGQLSIAVSHNVTRPSLLLDSIRLVSGLDDK-CDP 222 **: .*: .:.******** :** :*::*****:::: *.* ***::* *:* Mujer VMATQAFVLFQFPFTSCGTTRQITGDRAVYENELVATRDVKNGSRGSVTRDSIFRLHVSC 285 Coneja VVATRAFVLFLFPFTACGTTRQITGDRAIYENELLATREVRTWSRGSITRDSIFRLRVSC 289 Rata VMKTSTFVLFQFPLTSCGTTQRITGDQAMYENELVAIRDVQAWGRSSITRDSNFRLRVSC 295 Zarigüeya VEKTNAFVLFQFPLSSCGTIVQMIDNQAIYKNELLASRDVRNWTHGSITRDSIFRLHISC 282 Wallaby VEKSNAFVLFQFPLSSCGTIVQMIGNQAIYKNELLASRDVRNWTRGLITRDSIFRLHISC 282 * : :**** **:::*** :: .::*:*:***:* *:*: :. :**** ***::** Mujer SYSVSSNSLPINVQVFTLPPPFPETQPGPLTLELQIAKDKNYGSYYGVGDYPVVKLLRDP 345 Coneja SYSISSSALPVDMHVLTLPPPLPETQPGPLTVVLQIAKDKDYHSYYTMDDYPVVKLLRDP 349 Rata TYSIHSIMSPVNMQVWTLPPPLPKTQPGPLSLELQIAQDKNYSSYYGTDAYPLVKFLQDP 355 Zarigüeya SYSLKGDILPASIQVFTLPPPLPVTKPGPLALELQIAKEEHYRSYYVATDYPVTKLLREP 342 Wallaby SYSVRDEIFPASIQVFTLPPPLPVTKPGPLALALQIAKEENYSSYFVDTDYPVTKLLREP 342 :**: . * .::* *****:* *:****:: ****:::.* **: **:.*:*::* Mujer IYVEVSILHRTDPYLGLLLQQCWATPSTDPLSQPQWPILVKGCPYIGDNYQTQLIPVQKA 405 Coneja IYVDVSILYRTDPYLGLRLHQCWATPRTNPLYQPQWPILVKGCPYTGDNYQTQLIPVQEA 409 Rata IYVEVSILHRTDPSLSLLLEQCWATPGSNPFHQPQWPILVKGCPYAGDNYQTKRIPVQKA 415 Zarigüeya IHVEVRILQRTDPNLVLLLHHCWATPNTNPLHPIRWPILVKGCPYEGDNYLTKMVPMPRN 402 Wallaby IHVEVRILRRTDANLVLLLHHCWATPNTNPLHPIQWPILVKGCPYEGDNYRTKMVSISRN 402 *:*:* ** ***. * * *.:***** ::*: :********** **** *: :.: . Mujer LDLPFPSHHQRFSIFTFSFVNPTVEKQALRGPVHLHCSVSVCQPAETPSCVVTCPDLSR- 464 Coneja FDLPFPSHHQRFSISTFSFLDSSVAKEALKGPIYLHCSVSVCQPTGTQSCTVTCPIDSR- 468 Rata SDV-FPSHHQRFSISTFSFMSAGREKQVLGGQVYLHCSASVCQPAGMPSCTVICPASRR- 473 Zarigüeya STLQFPSHYKRFIIHTFAFVDS-AFKKALMGPVYLHCSASVCQPSESDSCTVTCPVGTRK 461 Wallaby STLRFPSHYKRFIIHTFAFVDS-AFKKSLMGPVYLHCSASVCQPSRSDSCTVTCPVGTRK 461 : ****::** * **:*:.. *: * * ::****.*****: **.* ** * Mujer RRNFDNSSQNTTASVSSKGPMILLQATKDPPEKLR----VPVDSKVLWVAGLSG-TLILG 519 Coneja RRNSDINFQNSTANISSKGPMILLQATEDPSEKLHKHSGVPVHPGALWVAGLSG-IFIIG 527 Rata RRKSELYFDNSTS-ISSKGPVILLQATKDPAVMLHKHSGTHADSPTLWVMGLSASMVITG 532 Zarigüeya RRSSETHPWNKSSNVSSQGPIFFLQVAESYPQSGP---VLDVRTLWLT-LSG-ILIVA 514 Wallaby RRSSETHSWNKTSNVSSKGPIFFLQVAESSPQSGS---GLDIRTLWHI-LSG-ILIMA 514 **. : *.:: :**:**:::**.::. . . .** **. .* .

- 100 - Mujer ALLVSYLAVKKQKSCPDQMCQ 540 Coneja ALLVSYVAIRTRR--- 540 Rata VLVVSYLATRKQR--- 545 Zarigüeya VLLVSFLALRRVK--- 527 Wallaby ALLVSFLALRN--- 525 .*:**::* :

Figura 23. Comparación de las secuencias de aminoácidos de ZP4 de mujer, coneja, rata, zarigüeya australiana y wallaby. Los números de acceso de las secuencias usadas son: mujer (NP_067009), coneja (NP_001075764), rata (NP_758833) y zarigüeya australiana (AAF73042). Aminoácidos idénticos se indican con asterisco (*). Dos puntos (:) indican residuos conservados y punto (.) residuos semiconservados. El dominio trefoil se muestra en azul. El dominio ZP en rojo y el dominio transmembrana en naranja. El sitio consenso para corte de furina está subrayado. Los residuos cisteína se señalan en verde y los sitios potenciales de N-glicosilación en morado.

5.1.1.1.4 Amplificación total de ZP2 y parcial de ZP3 del wallaby de