Taula resum de les diferents quimioteques combinatòries utilitzades detallant la mida, composició i el número de molècules que contenen.

Tipus Mida Composició Molècules

Peptoides 500 Da N-alquilglicines 5.120

Peptoides 850 Da N-alquilglicines 625

Pèptids 6 residus D-aminoàcids 2.5x106 Estructures hèlix D 17 residus L-aminoàcids 16x104 Estructures full E 10 residus L-aminoàcids 16x104 Composts sols 450 Da Sals de tetraalquilamoni 11 Composts sols De 100-900 Da Diversa 237

Totes les quimioteques van ser proporcionades pel grup del Dr. Enrique Pérez Payá (Laboratorio de Péptidos y Proteínas, CIPF, Valencia) i pel grup del Dr. Àngel Messeguer (Unitat de Química Bioorgànica, IIQAB, CSIC, Barcelona) amb qui s’ha col·laborat en la realització del projecte “Caracterización funcional de la interacción calcipressina 1-

calcineurina y aplicación al desarrollo de nuevas vías terapéuticas para el tratamiento de la

enfermedad de Crohn”, finançat per la Fundació La Marató de TV3, referència 030830.

™El producte IDI3A va ser identificat a partir del cribratge inicial de la quimioteca de composts definits formada per 237 molècules. Aquesta quimioteca estava constituïda per molècules diverses disponibles tant al Laboratorio de Péptidos y Proteínas del CIPF (València) com a la Unitat de Química Bioorgànica, IIQAB del CSIC (Barcelona). Per la realització dels assaigs funcionals, el producte IDI3A va haver de ser sintetitzat al laboratori. Aquest treball va ser realitzat per la Dra. Carina Delpiccolo de la Unitat de Química Bioorgànica, IIQAB del CSIC (Barcelona).

ƒ

22. ANÀLISI DELS PÈPTIDS PER DICROÏSME CIRCULAR

El dicroïsme circular és una tècnica que permet determinar l’estructura conformacional que adopten els pèptids o proteïnes en solució.

™El protocol general seguit per determinar el plegament dels pèptids va ser:

yResuspendre els pèptids liofilitzats en 20 mM tampó fosfat pH 7.0 i analitzar-los a una concentració final de 50 PM emprant cubetes de quars de 0.1 cm de pas de llum en un espectropolarímetre Jasco-810 (JASCO corporation, Tokio, Japó).

yEls espectres obtinguts corresponen a la mitja de 20 captures realitzades en intervals de 1 mm des de la longitud d’ona 195 a 250 nm. En tots els casos, a l’espectre obtingut dels pèptids se’l va restar l’espectre del tampó sol, que va ser considerat com el soroll de fons de l’assaig.

yLes mesures de la conformació dels pèptids a diferents temperatures, 5ºC o 20ºC, es van poder realitzar donat que el dicrògraf emprat està equipat amb un controlador de temperatura Peltier.

yLes induccions de plegament es van fer en presència del 50% de Metanol o de trifluoroetanol (TFE), respectivament.

yEls resultats estan expresats com la mitjana molar de les el·lipticitats dels residus ([T]MR (degcm2/dmol)).

23. ASSAIGS D’ANISOTROPIA DE FLUORESCÈNCIA

La caracterització de les interaccions pèptids-CnAD així com els cribratge de molècules disruptores de les interaccions C18-RCAN1-Cn i VIVIT-Cn han estat analitzats

mitjançant anisotropia de fluorescència (Veure la descripció del principi de la tècnica a la Introducció).

23.1. Posada a punt de les interaccions pèptids-CnAD i determinació per

anisotropia de fluorescència

™El protocol general dels assaigs realitzats va ser el següent:

yResuspendre els pèptids liofilitzats de tal manera que les solucions mare estiguin tant concentrades com sigui possible, en especial, les corresponents als pèptids no marcats. Preservar de la llum els pèptids marcats.

yAliquotar els pèptids en els volums que s’utilitzaran de treball i congelar a –80ºC. Així s’evita que les successives congelacions i descongelacions els malmetin.

ySonicar els pèptids i les quimioteques durant 15 min abans de ser emprats per evitar que s’agreguin.

yQuantificar per espectrofotometria la CnAD, aliquotar-la en els volums adients i congelar a –80ºC per tal de preservar al màxim la seva integritat.

yPer establir les corbes de saturació in vitro es va concentrar la CnAD utilitzant els concentradors Microcon® _{YM-10 1(Limit de Pes Molecular Nominal 10.000. Millipore, Billerica,} MA, USA), seguint les instruccions del fabricant, i es van realitzar els assaigs al moment. yTots els assaigs van ser realitzats en plaques negres OptiPlate-96F(PB) (Perkin Elmer) i sempre que va ser possible per triplicat.

yHabitualment, es van preparar barreges que incloïen els components comuns a tots els pous per tal d’assegurar les mateixes condicions en les diferents mostres i controls de l’assaig.

yCada assaig va incloure quatre controls analitzats per triplicat o quatriplicat en tots els casos. Aquests controls van ser:

- Control blanc: Aquests pous contenien tots els components de la barreja emprada a l’assaig excepte els pèptids i la CnAD.

- Control lliure: Aquest pous contenien tot els components de la barreja i el pèptid marcat, però no la CnAD ni el pèptid no marcat.

- Control unit: Aquests pous incloïen tots els components de la barreja, la CnAD i el pèptid marcat, però no el pèptid no marcat.

- Control inhibit: Aquests pous incloïen tots els components de la barreja, la CnAD i els pèptids, tant el marcat com el no marcat.

yLes reaccions es van dur a terme sempre en 200 Pl de volum final i els components de la barreja de reacció es van anar afegint seguint un ordre establert:

- Primer: afegir l’aigua, el PBS1X i el volum necessari dels diferents diluents en els que estan resuspesos alguns dels components de la barreja, per tal d’igualar les

condicions de l’assaig en tots els pous. Cal recordar que la majoria de pèptids van ser resuspesos en el 10% de DMSO en aigua i que el FK506 estava dissolt en etanol.

- Segon: suplementar amb el DTT necessari el tampó de la proteasa PreScission en el qual està dissolta la CnAD (Veure condicions de preparació, Capítol IV), just abans del seu ús i afegir-lo immediatament a la barreja de reacció. Seguidament, afegir un 1% d’albúmina sèrica bovina fracció V (BSA) a la barreja.

- Tercer: afegir la CnAD acabada de descongelar en tots els pous excepte en els del control blanc i el control lliure.

- Quart: afegir el pèptid marcat en tots els pous, excepte en els del control blanc. yIncubar durant 15 min exactes a temperatura ambient i realitzar la lectura de la placa immediatament.

yEn els assaigs de competició de les diferents interaccions, tant els pèptids no marcats com les molècules de les quimioteques combinatòries, van ser afegits en els pous corresponents després de la CnAD i es van incubar durant 15 min exactes a temperatura ambient. A continuació, es va afegir el pèptid marcat a tots els pous, excepte els del control blanc, i es va incubar 15 min més exactes a temperatura ambient. Finalment, es va realitzar la lectura de la placa.

yEn general, la preparació, processament i lectura d’una placa de 96 pous completa va durar dues hores.

yEn tots els casos, la detecció de la fluorescència polaritzada es va fer emprant el lector de plaques WallacVictor2_{1420 Multilabel HTS Counter (Perkin Elmer, Foster City, CA, USA) i}

les dades es van processar amb el software Wallac 1420 Manager (Perkin Elmer).

™L’establiment de les corbes de saturació es va realitzar fixant la concentració del pèptid marcat en 30 nM i incubant-lo en presència de concentracions creixents de CnAD fins arribar a saturar la interacció.

™Els assaigs de competició es van realitzar establint les interaccions entre el pèptid marcat a 30 nM i la CnAD a una concentració una mica més alta que la definida per la corresponent Kd (Veure la definició del paràmetre, Capítol III, Apartat 23.2) del pèptid marcat. Aquesta interacció es va posar en presència de concentracions creixents de pèptid no marcat fins arribar a desplaçar la interacció completament. En el cas dels assaigs de competició, primer es van posar en contacte la CnAD amb les concentracions creixents del pèptid no marcat i posteriorment es va afegir la concentració fixada del pèptid marcat.

™Les condicions de detecció del lector de plaques emprat estan resumides a la Taula 13.

Taula 13. Condicions del lector de plaques Wallac Victor2 1420 Multilabel HTS Counter

utilitzat.

Filtre excitació Filtre emissió Temps de comptatge Factor G Energia làmpara-CW

FP480 nm FP535 nm 0,1 s 1,2 65535

Es detallen els filtres emprats, la durada de la mesura, el factor G propi de l’aparell i l’energia de la làmpara utilitzada.

™Les condicions optimizades per les diferents interaccions analitzades es resumeixen a la Taula 14.

Taula 14. Paràmetres optimitzats per l’establiment de les corbes de saturació realitzades i