Las comunidades pobres siguieron atrapadas entre las actividades de las bandas delictivas que dominaban las zonas en las que estaban afincadas y los métodos violentos y discriminatorios empleados por la policía. A consecuencia de ello, muchas personas de estas comunidades padecían privaciones económicas y sociales profundamente arraigadas.
La respuesta del gobierno federal y de los gobiernos estatales a la violencia criminal fue heterogénea. El gobierno federal puso en marcha el Programa Nacional de Seguridad Pública y Ciudadanía, centrado en la prevención de la delincuencia, la inclusión social, la rehabilitación de las personas encarceladas y la mejora de los salarios de los agentes de policía.
Sin embargo, a pesar de las numerosas denuncias de violaciones de derechos humanos a manos de la policía, el presidente Lula y altos cargos de su gobierno respaldaron públicamente algunas operaciones policiales de marcado carácter militar, sobre todo en Río de Janeiro.
En lo que se refiere a los estados, aunque algunos gobiernos prometieron reformas, la mayoría de sus fuerzas de policía siguieron empleando métodos violentos, discriminatorios y corruptos para combatir y atajar la delincuencia en las comunidades pobres, sin apenas vigilancia ni control. En ningún lugar se evidenció este hecho con tanta fuerza como en Río de Janeiro, donde se incumplieron las promesas de reforma formuladas anteriormente y el gobernador del estado adoptó una postura pública cada vez más draconiana y belicosa respecto a las cuestiones relacionadas con la seguridad. La intensificación de la política consistente en realizar operaciones policiales de tipo militar a gran escala costó centenares de vidas. Según estadísticas oficiales, la policía mató en el estado a al menos 1.260 personas en 2007, la cifra más alta hasta la fecha. Todos estos homicidios fueron catalogados oficialmente como «actos de resistencia», y apenas se investigaron en profundidad, si es que llegaron a investigarse.
Decenas de personas murieron y muchas más resultaron heridas durante las operaciones policiales efectuadas en el Complexo do Alemão –un asentamiento de 21 comunidades excluidas socialmente, situado en la zona norte de Río de Janeiro, que alberga a más de 100.000 personas– y en la vecina Vila da Penha. Miles de personas más sufrieron los efectos del cierre de escuelas y centros de salud y cortes en el suministro de agua y electricidad. Durante las operaciones se recibieron denuncias de ejecuciones extrajudiciales, palizas, actos de vandalismo y robos perpetrados por la policía. Algunos residentes afirmaron que ésta había utilizado uno de sus vehículos blindados (caveirão) como calabozo ambulante y que en él había propinado palizas y aplicado descargas eléctricas.
La oleada de represión culminó con una «megaoperación» efectuada a finales de junio en la que participaron 1.350 personas, entre civiles, militares y miembros del cuerpo de élite de la policía nacional del gobierno federal. La policía mató a al menos 19 presuntos delincuentes, entre ellos un muchacho de 13 años, y una decena de transeúntes
resultaron heridos. Se confiscaron 13 armas y una gran cantidad de drogas, pero no se detuvo a nadie. La Comisión de Derechos Humanos del Colegio de Abogados de Río de Janeiro y la Secretaría Especial de Derechos Humanos del gobierno federal anunciaron que las investigaciones independientes sobre los informes forenses y periciales oficiales habían revelado sólidos indicios de ejecuciones sumarias. El relator especial de la ONU sobre ejecuciones extrajudiciales, sumarias o arbitrarias, que visitó Río de Janeiro en noviembre, criticó la falta de investigaciones oficiales sobre los homicidios y llegó a la conclusión de que la operación había tenido una motivación política.
En octubre, una operación policial realizada en Coréia, barrio marginal de Senador Camará, en la zona oeste de Río de Janeiro, se saldó con la muerte de 12 personas: un niño de cuatro años alcanzado presuntamente en el tiroteo, un agente de policía y 10 «sospechosos», entre ellos un muchacho de 14 años. En un reportaje emitido por la televisión nacional brasileña se veía cómo dos hombres morían por los disparos efectuados desde un helicóptero cuando intentaban huir del lugar de los hechos.
Milicias de carácter paramilitar, compuestas por bomberos y policías fuera de servicio, siguieron dominando amplias zonas de los barrios marginales de Río de Janeiro.
En abril, Jorge da Silva Siqueira Neto, presidente de la asociación de vecinos de Kelson, un barrio de Penha dominado por las milicias, se vio obligado a abandonar el barrio tras recibir amenazas de muerte. Acusó a cinco miembros de la policía militar de haber asumido «poderes dictatoriales» en el barrio y presentó sendas denuncias en la unidad de investigaciones internas de la policía, en la Secretaría de Seguridad Pública y en la Fiscalía General del Estado. Tres de los policías estuvieron detenidos brevemente, pero quedaron en libertad a principios de septiembre. Cuatro días después, Jorge da Silva Siqueira Neto murió como consecuencia de unos disparos. Se abrió una investigación, pero al concluir el año no había progresado.
Las autoridades estatales de São Paulo anunciaron, una vez más, una reducción del número oficial de homicidios perpetrados por la policía, pero las cifras se pusieron en duda. Continuaron, sin embargo, las violaciones de derechos humanos a manos de la policía.
En la localidad de Bauru, según los informes, miembros de la policía militar torturaron y mataron a un muchacho de 15 años, Carlos Rodrigues Júnior, en su propio domicilio. Según los informes forenses, le aplicaron 30 descargas eléctricas mientras lo interrogaban sobre el robo de una motocicleta. Al finalizar el año permanecían detenidos de forma preventiva seis policías en relación con este caso.