Es una disciplina que se dedica a recoger, clasificar, resumire

Texto completo

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B i o e s t a d í s t i c a I

Dr. Carlos I. Molina A.

Facultad de Ciencias Puras y Naturales Carrera de Biología UMSA

Periodo de vigencia: I/2018

Dr. Carlos I. Molina A. Periodo de vigencia: II/2017

¿Qué es la estadística?

Es una disciplina que se dedica a

recoger

,

clasificar

,

resumir

e

interpretación de datos

Por lo tanto la

bioestadística

será la disciplina aplicada a las

ciencias de la vida (salud, genética, veterinaria, agricultura, genética,

ecología entre otras ciencias)

Estadística descriptiva

Análisis exploratorio

Estadística inferencial

Análisis confirmatorio,

prueba de hipótesis

Materia prima de

la estadística

Datos

- Procesos rutinarios

- Encuestas

- Experimentación

- Literatura de experimentación

Es una herramienta indispensable para la toma de decisiones

Por qué es necesaria la bioestadística?

Contribuye en el proceso de la alfabetización biológica

1) Evaluación crítica de

artículos científicos

2) Manejo apropiado de la

información

Limitaciones de la estadística

La estadística como tal es una herramienta que

posibilita el

diseñar, describir y testear

observaciones

de cierto evento

Indica la probabilidad de que vuelva a ocurrir cierto

evento

(2)

Limitaciones de la estadística

La estadística como tal es una herramienta que

posibilita el diseñar, describir y testear observaciones

de cierto evento

Indica la probabilidad de que vuelva a ocurrir cierto

evento

Nunca llega a demostrar

nada!!

Bueno al menos que seas Grigori Perelman

Historia de la bioestadística:

La Revolución Industrial: 1780-1840 en Inglaterra

Cambio de un modelo

de producción manual

Modelo de producción

mecanizada

Contabilización de procesos productivos y

rendimientos de las máquinas

ESTADISTICA

Pioneros sobre el tratamientos de datos

John Graunt

(1620-1674)

William Petty

(1623-1687)

Francis Galton

(1822-1911)

Creó el concepto

estadístico de

correlación y

regresión hacia la

media

Ronald Fisher

(1890-1962)

Fue el padre de la

estadística moderna y

(3)

Muestra

.

Subconjunto representativo de una

población (parte de una población).

Población

.

Conjunto de individuos o

e l e m e n t o s q u e c u m p l e n c i e r t a s

propiedades comunes.

Dr. Carlos I. Molina A. Periodo de vigencia: I/2017

Variable

Características y valores que pueden

tomar las personas, lugares y cosas

Cuantitativa

Aquello que se puede medir o

cuantificar

Discreta

Posee separaciones o

interrupciones en la toma de datos Ej. Admisión de paciente en un determinado hospital.

Continua

No posee separaciones o interrupciones en la

toma de datos Ej. Estatura de hombre

(se requiere instrumentos de

medición)

Cualitativa

NO se mide, pero se clasifican

por sus atributos (variable

nominal)

Nominal

Nombrar las observaciones en categorías mutuamente excluyente. (P.je. Masculino,

femenino; enfermo, sano, etc.)

Ordinal

Nombrar las observaciones en grados de categorías. (P.je. Grado sanguíneo)

Dr. Carlos I. Molina A. Periodo de vigencia: I/2017

Producto del proceso rutinario de algunos hospitales

Base de datos

Muestra de 29 pacientes a quienes de les extirpó células

cancerígenas de la laringe

Dr. Carlos I. Molina A. Periodo de vigencia: I/2017

Producto del proceso rutinario de algunos hospitales

Base de datos

Unidad de objeto

de investigación

Variables

Muestra de 29 pacientes a quienes de les extirpó células

cancerígenas de la laringe

(4)

Producto del proceso rutinario de algunos hospitales

Base de datos

Variable Cuantitativa

(Numérica) Variable Cualitativa(Categórica)

Dr. Carlos I. Molina A. Periodo de vigencia: I/2017

Producto del proceso rutinario de algunos hospitales

Base de datos

Variable Cuantitativa

(numérica) Variable Cualitativa(Categótica)

Continua Discreta

Dr. Carlos I. Molina A. Periodo de vigencia: I/2017

Producto del proceso rutinario de algunos hospitales

Base de datos

Variable Cualitativa (Categótica)

Nominal Ordinal

Dr. Carlos I. Molina A. Periodo de vigencia: I/2017

es un sistema para análisis estadísticos y gráficos

Tiene doble naturaleza: programa y lenguaje de

programación desarrollado por:

Software libre de licencia

General Public License (GNU o GPL)

Basado en el lenguaje S de programación (S-PLUS)

R consta de un sistema base y

de paquetes adicionales que

extienden su funcionalidad y

entendimiento

http://www.r-project.org/

Creado por

Ross Ihaka

y

Robert Gentleman

(1996)

(5)

Porqué los investigadores últimamente usan más R ?

• Los métodos estadísticos desarrollados recientemente son

programados primero en R.

• Existen muchas librerías disponibles para aplicar diversos

métodos estadísticos

• Crea excelente gráficas con relativa facilidad

• Es gratis

Dr. Carlos I. Molina A. Periodo de vigencia: I/2017

funciones y operadores

? “datos” objetos ?6 ⇣ ⇣ ⇣ ⇣

) XXXXXXXz

“resultados” objetos .../library/base/ /ctest/ ... librer´ıa de funciones datos archivos -internet

PS JPEG. . .

teclado

rat´on

-comandos

pantalla

Memoria activa Disco duro

Figura 1: Una visi´on esquem´atica del funcionamiento de R.

comparar los coeficientes de regresi´on, R le puede mostrar ´unicamente los coeficientes estimados: de esta manera los resultados se pueden resumir en una sola l´ınea, mientras que un programa cl´asi-co le puede abrir 20 ventanas de resultados. M´as adelante, veremos otros ejemplos que ilustran y comparan la flexibilidad de R con programas de estad´ıstica m´as tradicionales.

2. Algunos conceptos antes de comenzar

Una vez instale R en su computador, el programa se puede iniciar corriendo el archivo ejecu-table correspondiente. El cursor, que por defecto es el s´ımbolo ‘>’, indica que R est´a listo para recibir un comando. En Windows, algunos comandos pueden ser ejecutados a trav´es de los menus interactivos (por ej. buscar ayuda en l´ınea, abrir archivos, . . . ). En este punto, un nuevo usuario de R probablemente estar´a pensando “Y ahora que hago?”. De hecho, cuando se utiliza R por primera vez, es muy ´util tener una idea general de como funciona y eso es precisamente lo que vamos a hacer ahora. Como primera medida, veremos brevemente como funciona R. Posteriormente, des-cribir´e el operador “asignar” el cual permite crear objetos en R, miraremos como manejar estos objetos en memoria, y finalmente veremos c´omo usar la ayuda en l´ınea, la cual a diferencia de las ayudas en otros programas estad´ısticos, es bastante ´util e intuituva.

2.1. C ´omo funciona R

R es un lenguajeOrientado a Objetos: bajo este complejo t´ermino se esconde la simplicidad y flexibilidad de R. El hecho que R es un lenguaje de programaci´on puede desaminar a muchos usuarios que piensan que no tienen “alma de programadores”. Esto no es necesariamente cierto por dos razones. Primero R es un lenguaje interpretado (como Java) y no compilado (como C, C++, Fortran, Pascal, . . . ), lo cual significa que los comandos escritos en el teclado son ejecutados directamente sin necesidad de construir ejecutables.

Como segunda medida, la sint´axis de R es muy simple e intuitiva. Por ejemplo, una regresi´on lineal se puede ejecutar con el comandolm(y ˜x). Para que una funci´on sea ejecutada en R debe estarsiempreacompa˜nada de par´entesis, inclusive en el caso que no haya nada dentro de los mismos (por ej.,ls()). Si se escribe el nombre de la funci´on sin los par´entesis, R mostrar´a el contenido (c´odigo) mismo de la funci´on.

En este documento, se escribir´an los nombres de las funciones con par´entesis para distinguirlas de otros objetos, a menos que se indique lo contrario en el texto.

4

Cómo funciona ?

Entorno del R:

Objeto

.

Cualquier acción orientada a la entrada o salida de datos

Vector

.

Es una colección de uno o más objetos

Función

.

Instrucciones para realizar tareas específicas

Operador

.

Símbolo predefinido

a <- 30

a

[1] 30

X<-c(1,3,6,2...

mean(X)

+ - *

Dr. Carlos I. Molina A. Periodo de vigencia: I/2017

> 5+1

[1] 6

Resultado, objeto devuelto (en este caso es único)

Orden del comando

> x <- c(5+1)

> x [1] 6

Asignación de un nombre

Resultado almacenado en la memoría virtual

> a <- 30 > a + x [1] 36

Asignación de un nombre a otra variable

Operación

Resultado

> ls () [1] "a" "x"

Lista de objetos almacenados

> rm(x) Borrado de un objeto

> rm(list=ls()) Borrado de todo

Dr. Carlos I. Molina A. Periodo de vigencia: I/2017

> setwd("~/desktop/R")

Seleccionar folder de trabajo

Algunos comandos importantes

> getwd()

[1] "/Users/admin/Desktop/R"

Verificar folder de trabajo

> list.files(getwd())

[1] "addressbook.vcf" [2] "Introduction.rnw" [3] "Rplots.ps"

Verificar documentos del folder de trabajo

> help(mean)

> ?mean

Obtener ayuda

> help.start()

Obtener ayuda y

documentación

en linea

> q()

Salir de R

> ls.str()

Revisar información de memoria virtual

Figure

Figura 1: Una visi´on esquem´atica del funcionamiento de R.

Figura 1:

Una visi´on esquem´atica del funcionamiento de R. p.5

Referencias

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