BIREME / OPS / OMS. Centro Latino-Americano e do Caribe de Informação em Ciências da Saúde. Metodología SciELO

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Texto completo

(1)

BIREME / OPS / OMS

Centro Latino-Americano e do Caribe de Informação em Ciências da Saúde

Metodología SciELO

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Versión 1.0

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Conversor de archivos para XML - XML2PubMed

Se concede permiso para copiar, distribuir y/o modificar este documento bajo los términos de la Licencia de Documentación Libre de GNU, Versión 1.2 o cualquier otra versión posterior publicada por la Free Software Foundation; sin Secciones Invariantes ni Textos de Cubierta Delantera ni Textos de Cubierta Trasera. Una copia de la licencia está incluida en la sección titulada GNU Free Documentation License.

Ficha Catalográfica

Advertencia - La mención a las compañías y/o instituciones específicas o a ciertos productos no

implica que estos sean apoyados o recomendados por BIREME / OPS / OMS, y no significa que haya preferencia en relación a otros de naturaleza similar, citados o no.

BIREME / OPS / OMS

Centro Latino-Americano e do Caribe de Informação em Ciências da Saúde Rua Botucatu 862 Vila Clementino

Este documento fue producido con la Metodología para la Normalización de Documentos (NorDoc) desarrollada por BIREME.

BIREME / OPS / OMS (Brasil)

Conversor de archivos para XML - XML2PubMed. / BIREME (org.). São Paulo : BIREME / OPS / OMS, 2006.

40 p.

1. Manual del usuario. 2. Acceso a la información. 3. Sistemas de información. 4. Gerenciamento de

información. 5. Salud Pública. 6. Servicios de salud . I. BIREME II. Título

(3)

Conjunto de

documentos de la

metodología

La serie completa es compuesta de 10 documentos: 1. Guía del Modelo SciELO

2. Creación y Actualización de las Páginas Secundarias 3. Procedimientos para Preparación de Archivos 4. Instalación de los Programas de PC

5. Code Manager y Title Manager 6. Markup y Parser

7. Converter 8. Sitio Local

9. Procedimientos para el Procesamiento de SciELO

(4)

Tabla de contenido

Conjunto de documentos de la metodología... I Abreviaturas utilizadas ... III Como usar este manual...VI

1 Prefacio...1

1.1 Sobre BIREME ...1

1.2 La Biblioteca Virtual en Salud (BVS) ...2

1.3 Sobre la Metodología SciELO ...4

2 Introducción ...7

3 Utilización del conversor...8

3.1 Revistas cuyos datos ya se envían al PubMed...8

3.1.1 Generación de los metadatos ...8

3.1.2 Generación de los archivos de reglas (rule) ... 10

3.1.3 Envio de los archivos via FTP... 14

3.1.4 Verificación en el sitio Pubmed ... 15

3.2 Revistas que pasaron a ser PubMed tras su entrada en la SciELO... 18

4 Citas bibliográficas... 22

(5)

Abreviaturas

utilizadas

AACR2.

Anglo-American Cataloguing Rules - 2nd Edition.

ABNT.

Associação Brasileira de Normas Técnicas [Asociación

Brasileña de Normas Técnicas

ASCII.

American Standard Code for Information Interchange [Código

Americano Normalizado para el Intercambio de Información].

BIREME.

Centro Latinoamericano y del Caribe de Información en

Ciencias de la Salud.

BVS.

Biblioteca Virtual en Salud

CGI.

Common Gateway Interface [Interfaz Común de Pasarela].

CNPq.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e

Tecnológico [Consejo Nacional de Desarrollo Científico y

Tecnológico].

(6)

CNS.

Conselho Nacional de Saúde [Consejo Nacional de Salud

(Brasil)].

CSS.

Cascading Style Sheet [Hoja de Estilo en Cascada].

DeCS.

Descriptores en Ciencias de la Salud.

DTD.

Document Type Definition [Definición de Tipo de Documento].

FAPESP.

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo

[Fundación de Apoyo a la Investigación del Estado de São Paulo].

FAQ.

Frequently Asked Questions [Preguntas Más Frecuentes]

.

HTML.

HyperText Markup Language [Lenguaje de Marcación de

Hipertexto].

HTTP.

HyperText Transfer Protocol [Protocolo de Transferencia de

Hipertexto].

ISBN.

International Standard Book Number [Número Internacional

Normalizado para Libros].

ISI.

Institute for Scientific Information [Instituto para la

Información Científica].

ISO.

International Organization for Standardization [Organización

Internacional para la Normalización].

ISSN.

International Standard Serial Number [Número Internacional

Normalizado para Publicaciones Seriadas].

LILACS.

Literatura Latinoamericana y del Caribe en Ciencias de la

Salud.

(7)

Conversor de archivos para XML - XML2PubMed Abreviaturas utilizadas

NLM.

National Library of Medicine [Bliblioteca Nacional de Medicina

(EE.UU.)].

OMS.

Organización Mundial de la Salud.

OPS.

Organización Panamericana de la Salud.

PDF.

Portable Document Format.

SciELO.

Scientific Electronic Library Online [Biblioteca Científica

Electrónica en Línea].

SGML.

Standard Generalized Markup Language [Lenguaje de

Marcación Estándar Generalizada]

SeCS.

Seriados en Ciencias de la Salud.

URL.

Universal Resource Locator [Localizador Universal de Recurso]

XML.

eXtensible Markup Language [Lenguaje de Marcación

Extensible].

(8)

Como usar

este manual

Este guía tiene como objetivo auxiliar el usuário en la implantación y utilización del utilitário XML2PubMed.

El manual resumese a un capítulo de contenido paso a paso para la utilización del conversor.

(9)

1

Prefacio

1.1

Sobre BIREME

Año tras año, BIREME cumple su misión como centro especializado en información científica y técnica en salud para la región de América Latina y el Caribe. Establecida en Brasil en 1967, con el nombre de Biblioteca Regional de Medicina (que originó la sigla BIREME), atendió desde el inicio a la creciente demanda de literatura científica actualizada por parte de los sistemas nacionales de salud y las comunidades de investigadores, profesionales y estudiantes.

Posteriormente, en 1982, pasó a llamarse Centro Latinoamericano y del Caribe de Información en Ciencias de la Salud, para mejor expresar sus funciones,

orientadas al fortalecimiento y ampliación del flujo de información científica y técnica en salud en toda la región, pero conservó su sigla.

El trabajo en red, en base a la descentralización, orientado a desarrollar

capacidades locales, compartir recursos de información, desarrollar productos y servicios cooperativos, elaborar metodologías comunes, siempre fue el

fundamento del trabajo de cooperación técnica de BIREME. De esa forma el centro se consolida como un modelo internacional que promueve la capacitación de los profesionales de información a nivel gerencial y técnico, para que adopten los paradigmas de información y comunicación que mejor atiendan a las

(10)

Los principales fundamentos que dan origen y soporte a la existencia de BIREME son los siguientes:

• el acceso a la información científico-técnica en salud es esencial al desarrollo de la salud;

• la necesidad de desarrollar la capacidad de los países de América Latina y el Caribe de operar las fuentes de información científico-técnica en salud de forma cooperativa y eficiente;

• la necesidad de promover el uso y de responder a las demandas de información científico-técnica en salud de los gobiernos, los sistemas de salud, las

instituciones de enseñanza e investigación.

BIREME, como centro especializado de la Organización Panamericana de la Salud (OPAS)/Organización Mundial de la Salud (OMS), coordina y realiza actividades de cooperación técnica en gestión de información y conocimiento científico, con el propósito de fortalecer y ampliar el flujo de información científica en salud en Brasil y en los demás países de América Latina y el Caribe, como condición esencial para el desarrollo de la salud, incluyendo planificación, gestión, promoción, investigación, educación y atención.

El convenio que fundamenta BIREME es renovado a cada cinco años por los miembros del Comité Asesor Nacional de la institución (OPAS, Ministerio de la Salud de Brasil, Ministerio de Educación y Cultura de Brasil, Secretaría de Salud del Estado de São Paulo y Universidad Federal de São Paulo – Unifesp). Esta última ofrece la infraestructura física necesaria al establecimiento de la institución.

En 2004 la institución asumió la responsabilidad de convertirse en una entidad que se basa en el conocimiento.

1.2

La Biblioteca Virtual en Salud (BVS)

Con el surgimiento y consolidación de la Internet como medio predominante de información y comunicación, el modelo de cooperación técnica de BIREME evolucionó desde 1998 hacia la construcción y desarrollo de la Biblioteca Virtual en Salud (BVS) como espacio común de convergencia del trabajo cooperativo de productores, intermediarios y usuarios de información. La BVS promueve el desarrollo de una red de fuentes de información científica y técnica con acceso

(11)

Conversor de archivos para XML - XML2PubMed Prefacio

universal en la Internet. Por primera vez se abre la posibilidad real de acceso equitativo a la información en salud.

BIREME tiene a la Biblioteca Virtual como modelo para la gestión de información y conocimiento, lo que implica la cooperación y convergencia de instituciones, sistemas, redes e iniciativas de productores, intermediarios y usuarios en la operación de redes de fuentes de información locales, nacionales, regionales e internacionales, privilegiando así el acceso abierto y universal.

Actualmente, todos los países de América Latina y el Caribe (Región) participan directa o indirectamente en los productos y servicios cooperativos promovidos por la BVS, lo que involucra a más de mil instituciones en más de 30 países.

La BVS es simulada en un espacio virtual de la Internet formada por la colección o red de fuentes de información en salud de la Región. Usuarios de distintos niveles y localización pueden interactuar y navegar en el espacio de una o varias fuentes de información, independientemente de su localización física. Las fuentes de

información son generadas, actualizadas, almacenadas y operadas en la Internet por productores, integradores e intermediarios, de modo descentralizado, obedeciendo a metodologías comunes para su integración a la BVS.

La BVS organiza la información en una estructura que integra e interconecta bases de datos referenciales, directorios de especialistas, eventos e instituciones,

catálogo de recursos de información disponibles en la Internet, colecciones de textos completos con destaque para la colección SciELO (Scientific Electronic Online) de revistas científicas, servicios de diseminación selectiva de información, fuentes de información de apoyo a la educación y la toma de decisión, noticias, listas de discusión y apoyo a comunidades virtuales. Por lo tanto, el espacio de la BVS constituye una red dinámica de fuentes de información descentralizada a partir de la cual se puede recuperar y extraer información y conocimiento para subsidiar los procesos de decisión en el área de la salud.

La Biblioteca Virtual en Salud es visualizada como la base distribuida del

conocimiento científico y técnico en salud registrado, organizado y almacenado en formato electrónico en los países de la Región, accesible de forma universal en la Internet de modo compatible con las bases internacionales.

(12)

1.3

Sobre la Metodología SciELO

SciELO – un modelo para publicación electrónica en países en desarrollo

El acceso adecuado y actualizado a la información científico técnica es esencial para el desarrollo económico y social, en especial para apoyar los procesos de toma de decisión en la planificación, formulación y aplicación de políticas públicas o para apoyar el desarrollo y la práctica profesional. El resultado de la investigación científica es comunicado y validado principalmente a través de la publicación en revistas científicas. Ese proceso es válido para los países desarrollados o en desarrollo. Sin embargo, las revistas científicas de los países en desarrollo

enfrentan graves barreras de distribución y diseminación, lo que limita el acceso y el uso de la información científica generada localmente.

SciELO - Scientific Electronic Library Online (Biblioteca Científica Electrónica en Línea) es un modelo para la publicación electrónica cooperativa de revistas científicas en Internet. Especialmente desarrollado para responder a las necesidades de la comunicación científica en los países en desarrollo y particularmente de América Latina y el Caribe, el modelo proporciona una solución eficiente para asegurar la visibilidad y el acceso universal a su literatura científica, contribuyendo para la superación del fenómeno conocido como "ciencia perdida". Además, el Modelo SciELO contiene procedimientos integrados para la medida del uso y del impacto de las revistas científicas.

El Modelo SciELO es el producto de la cooperación entre FAPESP

<http://www.fapesp.br

>

- la Fundación de Apoyo a la Investigación del Estado de São Paulo, BIREME <http://www.bireme.br> - Centro Latinoamericano y del Caribe de Información en Ciencias de la Salud, así como instituciones nacionales e internacionales relacionadas con la comunicación científica y editores científicos. Un proyecto piloto, envolviendo 10 revistas brasileñas de diferentes áreas del conocimiento, fue llevado a cabo con éxito entre Marzo de 1997 y Mayo de 1998, con el desarrollo y la evaluación de una metodología adecuada para la publicación electrónica en Internet. Desde Junio de 1998 el proyecto opera regularmente, incorporando nuevos títulos de revistas y expandiendo su operación para otros países. A partir de 2002, el Proyecto conta con el apoyo del CNPq

(13)

Conversor de archivos para XML - XML2PubMed Prefacio

<http://www.cnpq.br> - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.

El Modelo SciELO contiene tres componentes.

El primer componente es la Metodología SciELO, que permite la publicación electrónica de ediciones completas de las revistas científicas, la organización de bases de datos bibliográficas y de textos completos, recuperación de textos por su contenido, la preservación de archivos electrónicos y la producción de indicadores estadísticos de uso y impacto de la literatura científica. La metodología también incluye criterios de evaluación de revistas, basado en los estándares

internacionales de comunicación científica. Los textos completos son enriquecidos dinámicamente con enlaces de hipertexto con bases de datos nacionales y

internacionales, como por ejemplo, LILACS y MEDLINE.

El segundo componente del Modelo SciELO es la aplicación de la Metodología SciELO en la operación de sitios web de colecciones de revistas electrónicas. El Modelo SciELO favorece la operación de sitios nacionales y también de sitios temáticos. La aplicación pionera es el sitio SciELO Brasil <http://www.scielo.br>. También están en operación aplicaciones en Chile <http://www.scielo.cl> y en Cuba <http://www.scielo.sld.cu>. Otros países están evaluando o están recibiendo entrenamiento en la Metodología SciELO. SciELO Salud Pública

<http://www.scielosp.org>, una biblioteca temática regional que cubre el área de Salud Pública con revistas científicas de la América Latina y España – fue lanzada en Diciembre de 1999. Un portal para integrar y proveer acceso a la red de sitios SciELO es operado en <http://www.scielo.org

>

.

El tercer componente del Modelo es el desarrollo de alianzas entre los actores nacionales e internacionales de la comunicación científica - autores, editores, instituciones científicas y tecnológicas, agencias de apoyo, universidades,

bibliotecas, centros de información científica y tecnológica etc, con el objetivo de diseminar, perfeccionar y mantener el Modelo SciELO. La operación de la red SciELO se basa fuertemente en infraestructuras nacionales, lo que contribuye para garantizar su futura sostenibilidad.

(14)

El éxito en el desarrollo de la red SciELO de revistas científicas de América Latina y el Caribe en los próximos años contribuirá para que la información científica generada localmente quede rápidamente disponible, lo que contribuirá para el aumento del uso de la información científica y técnica en el proceso de toma de decisión en los diferentes niveles.

(15)

2

Introducción

El conversor de archivos XML es una herramienta utilizada para generar archivos XML desde el contenido del directorio bases.

El guía del conversor describe cómo se deben generar los archivos XML y enviarles al PubMed.

(16)

3

Utilización del

conversor

3.1 Revistas cuyos datos ya se envían al PubMed

3.1.1

Generación de los metadatos

Tras publicar las revistas en el sitio SciELO, se envían los metadatos vía FTP al PubMed. A seguir se listan los pasos a seguir para este proceso.

1. Averiguar si las revistas que se generaron están disponibles en

C:\SciELO\serial. El programa utilizará el directorio “base” de cada revista indizada en PubMed

2. Verificar si el archivo scilista (scilista.lst) está disponible en C:\SciELO\web\proc

En esa lista se pueden listar todas las revistas que se van a procesar y no apenas las que son PubMed.

No debe haber espacios después de la indicación del volumen y número de las revistas, excepto en la última revista listada, que debe contener una línea en blanco al final.

(17)

Conversor de archivos para XML - XML2PubMed Utilización del conversor

3. Abrir una sesión DOS, para poder utilizar el comando “gera_geral.bat” que generará los archivos XML. Para realizar ese procedimiento, se debe estar en el directorio correcto:

c:\scielo\xml_scielo\proc>

4. El proceso puede tardar algunos minutos y estará concluido cuando regresar al directorio inicial en la línea de comando.

Caso haya algún problema y no sea posible generar los archivos, regresar al scilista.lst, averiguar si no existen espacios en exceso o si existe la carpeta base del periódico para el cual se desea generar los archivos XML.

5. Los archivos generados se salvarán automáticamente en la carpeta PubMed en C:\scielo\web\xml_scielo\proc\

(18)

Con ese procedimiento se generarán solamente los archivos con los datos del fascículo (acronimovxxnxx.xml).

Ej.: abcv81n6.xml

3.1.2

Generación de los archivos de reglas (rule)

1. Para generar los archivos con las reglas (journals_acrônimovxxnxx.xml) es necesario editar el archivo “scilista.lst” añadiendo al lado del acrónimo de la revista, el volumen y número y un espacio seguido por YES.

Ej.: bjb v63n3

!

El archivo journals_acrônimovxnx.xml contiene las reglas que se utilizarán en el procesamiento por el PubMed, por eso se le debe enviar una

ÚNICA VEZ, a menos que haya alguna

alteración en la regla, como: cambio de idioma, ISSN, etc. O cambios solicitados por PubMed.

(19)

Conversor de archivos para XML - XML2PubMed Utilización del conversor

Si este archivo es enviado con informaciones que no estan correctas, el enlace para el texto completo no funcionará.

Con el envío da regla correcta y la retirada da regla equivocada del servidor PubMed los enlaces para los textos completos estarán disponibles después del próximo procesamiento de datos de la base.

2. Tras generar los archivos XML, utilizar el parser del Pubmed en el archivo generado.

El parser está disponible en:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/linkout/validate.html

Seleccionar la 2ª opción “Upload your citation file” y seguir los pasos indicados, según las imágenes a seguir:

(20)

Cuando no hay problemas en los archivos generados, se presentará el mensaje de “No problems detected in your XML”, indicando que el archivo XML sigue la estructura de la DTD.

En el caso de que exista algún problema con el archivo XML generado, el parser indicará con el mensaje en rojo, según la figura la seguir:

Indicar donde está el archivo XML

Forma de visualización del informe

Confirmación da solicitación de la verificación

(21)

Conversor de archivos para XML - XML2PubMed Utilización del conversor

Para corregir el problema es necesario regresar al archivo XML y hacer los cambios.

Se puede abrir el archivo XML con el Notepad o un editor XML y quitar los identificadores innecesarios.

Los errores más comunes son:

• existencia del identificador <AuthorList/> sin que haya de hecho un grupo de autores

• duplicidad del identificador <Article> porque los títulos en idiomas distintos (pt y en) se marcaron como un único idioma.

Es necesario tener los identificadores <Article> </Article> y <VernacularTitle> </VernacularTitle>, títulos en inglés e idioma original, respectivamente.

3. Cuando todos los errores ya hayan sido corregidos y los archivos validados por el “parser” del PubMed, se pueden enviar los archivos vía FTP.

(22)

Reglas disponibles en el servidor PubMed

3.1.3

Envio de los archivos via FTP

1. Para enviar los archivos por FTP utilizar el comando “ListBasesFtp.bat” en la línea de comando DOS, desde el directorio. Hay que estar en el directorio correcto.

C:\scielo\xml_scielo\proc>call batch\

Si se han eliminado los archivos journals, aparecerá el mensaje de “archivo no encontrado” - no hay problema, pues el envío seguirá normalmente.

2. No olvidarse de copiar los archivos XML generados para las carpetas de la respectiva revista para que se hagan los backups.

3. Después de algunas horas, se recibe en la cuenta scielo@bireme.br un informe

de los registros enviados.

Imprimir el informe que será utilizado para averiguar los archivos en el sitio PubMed en cunato disponibles.

Date: Fri, 11 Jul 2003 09:31:53 -0400 (EDT) From: pubmeddev@ncbi.nlm.nih.gov

To: scielo@bireme.br, publisher@ncbi.nlm.nih.gov Subject: PubMed loader report (scielo)

New records added to PubMed database, Fri Jul 11 09:31:43 EDT 2003 Account name: scielo

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Conversor de archivos para XML - XML2PubMed Utilización del conversor

Please send any comments or questions to pubmeddev@ncbi.nlm.nih.gov.

---

Journal|Year|Volume|Issue|First Page|First Author|Article ID|PubMed ID

File bwhov81n5.xml (21 articles, data format - ncbi) :

Bull World Health Organ|2003|81|5|313|Meyer GS|S0042-96862003000500002|12856046 Bull World Health Organ|2003|81|5|314|Van Der Maas

PJ|S0042-96862003000500003|12856047

Bull World Health Organ|2003|81|5|315|Schlundt J|S0042-96862003000500004|12856048

Bull World Health Organ|2003|81|5|316|Parise ME|S0042-96862003000500005|12856049

Bull World Health Organ|2003|81|5|324|Hougard JM|S0042-96862003000500006|12856050

Bull World Health Organ|2003|81|5|334|Ding D|S0042-96862003000500007|12856051 Bull World Health Organ|2003|81|5|343|Albonico

M|S0042-96862003000500008|12856052

Bull World Health Organ|2003|81|5|353|Asilian A|S0042-96862003000500009|12856053

Bull World Health Organ|2003|81|5|367|Russell FM|S0042-96862003000500011|12856055

Bull World Health Organ|2003|81|5|382|Wise J|S0042-96862003000500014|12856057 Bull World Health Organ|2003|81|5|382|Crabb C|S0042-96862003000500015|12856058 Bull World Health Organ|2003|81|5|383|Avery D|S0042-96862003000500016|12856059

Ejemplo de informe enviado por e-mail

3.1.4

Verificación en el sitio Pubmed

1. Averigüe en el sitio Pubmed

Después de unos días, el fascículo estará disponible en

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/jrbrowser.cgi

Digite el número del ISSN de la revista. Se presentará el título de la revista. Haga clic en el enlace para la revista.

Averigüe en los registros (artículos) disponibles y pruebe si está funcionando el enlace para el texto completo en SciELO.

(24)

2. Tras enviar los datos al PubMed, es posible reenviar los datos XML.

Para eso los archivos re-sometidos DEBEN contener el identificador <Replaces> </Replaces> con el número de identificación PubMed (PMID, averiguar en el informe enviado por e-mail) y también el mismo <ArticleId IdType="pii"> del artículo original. Vea el ejemplo que se sigue:

DOCTYPE ArticleSet PUBLIC "-//NLM//DTD PubMed 2.0//EN" "http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query/static/PubMed.dtd" > <ArticleSet>

<Article> <Journal>

<PublisherName>AMERICAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY</PublisherName>

<JournalTitle>J Biol Chem</JournalTitle> <Issn>0021-9258</Issn>

<Volume>32</Volume> <Issue>1 Pt 2</Issue>

<PubDate PubStatus = "ppublish">

(25)

Conversor de archivos para XML - XML2PubMed Utilización del conversor <Year>2000</Year> <Month>January</Month> <Day>7</Day> </PubDate> </Journal> <Replaces>10660634</Replaces>

<ArticleTitle>Inhibition of Hepatitis C Virus NS2/3 Processing by NS4A Peptides</ArticleTitle> <FirstPage>234</FirstPage> <LastPage>234</LastPage> <Language>EN</Language> <AuthorList> <Author> <FirstName>John</FirstName> <LastName>Smith</LastName> </Author> </AuthorList> <PublicationType>NEWS</PublicationType> <ArticleIdList> <ArticleId IdType="pii">s002449910026</ArticleId> <ArticleId IdType="doi">10.1967/s002449910026</ArticleId> </ArticleIdList> <History> <PubDate PubStatus="received"> <Year>1999</Year> <Month>November</Month> <Day>20</Day> </PubDate> <PubDate PubStatus="accepted"> <Year>1999</Year> <Month>November</Month> <Day>29</Day> </PubDate>

(26)

<Year>1999</Year> <Month>December</Month> <Day>3</Day> </PubDate> </History> </Article> </ArticleSet>

Para mayores explicaciones, consultar al Publisher Journal Submision FAQs

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/spec.html#AheadofPrintExample 3. Para saber cuales revistas son enviadas por SciELO y qué años están

disponibles, consultar la lista de revistas con acceso al texto completo (LinkOut Journals by Provider) en el sitio:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/journals/prov/loftext_prov_S.html

3.2 Revistas que pasaron a ser PubMed tras su entrada en

la SciELO

1. Al generar los datos XML por primera vez, es necesario poner especial atención en los archivos journals.seq y config.seq que se deben configurar de la siguiente manera:

journals.seq - Archivo disponible en

C:\SciELO\xml_scielo\config\PubMed\journals

En ese archivo, se indican las siglas de las revistas indizadas en el PubMed.

Se incluyen las siglas en ese archivo una por línea, según muestra la figura que sigue:

(27)

Conversor de archivos para XML - XML2PubMed Utilización del conversor

En el archivo journals.seq también se puede configurar el año de inicio del envío de los datos al Pubmed y la URL del sitio SciELO al cual la revista pertenece.

Esas informaciones quedarán registradas en el archivo

journals_acrônimovxnx.xml de cada revista. Config.seq - Archivo disponible en

(28)

Este archivo contiene las secciones de las revistas que NO se deben enviar al PubMed.

Se compone por el acrónimo de la revista, en minúscula, y por la indicación de la sección que no será enviada.

Ej.: aabc AABC130

Donde aabc - acrónimo de la revista y AABC130 - sección que no se debe enviar

Segundo instrucciones recebidas de PubMed, NO se deben enviar los siguientes tipos de

DOCUMENTOS:

" book reviews, meeting abstracts, advertisements, announcements, erratum notices, software and equipment reviews, and papers to appear in forthcoming isues. In addition, del not submit individual citations for conference proceedings or papers unles the full-text of the article is published."

http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query/static/spec.html #XMLTagDescriptions

(29)

Conversor de archivos para XML - XML2PubMed Utilización del conversor

Con base en los tipos de documentos indicados por el Pubmed, se define cuales secciones no se deben enviar, se puede incluso indicar cuando el artigo no pertenece a ninguna sección y también no se le debe enviar al Pubmed (sección

nd). Ej.: bwho nd en la figura anterior.

Para mayores explicaciones, consultar al Publisher Journal Submision FAQs http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/pubfaq.html 2. Seguir los pasos 3 a 11 indicados en el ítem “Utilización del conversor: revistas

cuyos datos ya se envían al PubMed”.

Atención: SE DEBE ENVIAR el archivo journals_acrônimovxxnxx.xml cuando se

(30)

4

Citas bibliográficas

1. ANTONIO, Irati; PACKER, Abel. Seminário sobre Avaliação da Produção Científica: Relatório Final. Ciência da Informação [online]. 1998, vol. 27, no. 2. Available from internet:

<http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-19651998000200023&lng=pt&nrm=iso>. ISSN 0100-1965.

2. ANTONIO, Irati; PACKER, Abel. Seminario sobre Evaluación de la Producción Científica: Informe final. ACIMED [online]. Ene. 2001, vol. 9, no. 0. Available from internet:

<http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1024-94352001000400024&lng=es&nrm=iso>. ISSN 1024-9435.

3. BIOJONE, Mariana Rocha. El Modelo SciELO. In Reunión de Coordinación

Regional de la Biblioteca Virtual en Salud, 1 [online]. Washington, 1999.

Available from internet:

<http://www.bireme.br/bvs/reuniao/E/public.htm>.

4. BRITO, Marcilio de. Présentation de la bibliothèque électronique SciELO et de ses DTD. Guide pour les revues numériques [online]. 2001. Available from internet: <http://revues.enssib.fr/titre/8etudca/2scielo/scielo.htm>.

(31)

Conversor de archivos para XML - XML2PubMed Citas bibliográficas

5. GREENE, Lewis Joel. Mais visibilidade para a ciência brasileira. Pesquisa

FAPESP [online]. 2000, no. 57. Available from internet:

<http://revistapesquisa.fapesp.br/transform.php?

xml=9/2/20010829/20000957/pt/SEC5_1.xml&xsl=xsl/pt/opinion.xsl&tra nsf=normal& id=SEC5_1&lang=pt&issue=20000957>.

6. MARCONDES, Carlos Henrique; SAYÃO, Luís Fernando. The SciELO brazilian scientific journal gateway and Open Archives: a report on the development of the SciELO-Open Archives Data Provider Server. D-Lib

Magazine [online]. 2003, vol. 6, no. 3. Available from internet:

<http://www.dlib.org/dlib/march03/marcondes/03marcondes.html>. ISSN 1082-9873.

7. MENEGHINI, Rogério. Avaliação da produção científica e o Projeto SciELO.

Ciência da Informação [online]. 1998, vol. 27, no. 2. Available from internet:

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Coordinación Regional de la Biblioteca Virtual en Salud, 1 [online].

Washington, 1999. Available from internet:

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22. PRAT, Anna Maria; PACKER, Abel Laerte. Scielo.org - un programa en evolución: alguns problemas, muchos desafíos. In Reunión de Coordinación

Regional de la Biblioteca Virtual en Salud, 2 [online]. Havana, 2001.

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<http://www.revistapesquisa.fapesp.br/transform.php?

xml=agencia/1/3/20020131/89/body.xml&xsl=xsl/pt/news.xsl&transf=nor mal&lang=pt& issue=20020373 &newsid=89&newsdate=20020131#>.

25. SCIELO: um modelo reconhecido. Revista Pesquisa FAPESP [online]. São Paulo, Mar. 2002, no. 74. Available from internet:

<http://www.revistapesquisa.fapesp.br/transform.php?

xml=1/0/20020301/20020373/pt/SEC38.xml&xsl=xsl/pt/article.xsl&transf =normal& id=SEC38&lang=pt&issue=20020373>.

26. VEIGA DE CABO, Jorge; et al. El modelo SciELO y su contribución a la difusión de las revistas de ciencia de la salud españolas. RCOE [online]. 2003, vol. 8, no.1. Available from internet:

<http://scielo.isciii.es:90/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1138-123X2003000100005&lng=pt&nrm=iso&tlng=es>. ISSN 1138-123X.

(35)

5

Glosario

Afiliación.

Institución a la que pertenece un autor o a la cual se

encuentra subordinado.

Analítica.

Parte de un documento, como artículo de periódico o

capítulo de libro.

Aplicación.

Programa utilizado para ejecutar tareas destinadas a

una aplicación, como creación o edición de textos, dibujos,

diagramación etc. Ej.: procesador de textos, gerenciador de banco

de datos, navegador de internet etc.

Área temática.

Agrupación específica de información sobre el

asunto de una BVS cuya función es la de permitir al usuario la

navegación por tópicos.

Archivo.

En computación, un conjunto de datos que se puede

grabar en algún dispositivo de almacenamiento. Los archivos de

datos son creados por aplicaciones, como por ejemplo un

(36)

Backup.

Procedimiento em el que uno o más archivos y/o

directorios son duplicados para otro dispositivo de almacenamiento

(cinta o disco), para producir uma copia de seguridad, que puede

restaurarse en el caso de que algún dato sea borrado

accidentalmemnte o si ocurrió daño físico de los datos originales.

Base de datos.

Colección de datos estructurados para que sea

posible acceder a ellos y manipularlos fácilmente. Es formada por

unidades denominadas registros, cuyos diversos atributos son

representados por campos. Por ejemplo, en un archivo "catastro de

clientes", cada cliente representa un registro, que posee varios

campos, como "NOMBRE", "CÓDIGO DEL CLIENTE", "TELÉFONO" etc.

Bases de datos bibliográfica.

Versión electrónica de un catálogo o

índice bibliográfico.

Browser.

Navegador de páginas de la internet, como el Internet

Explorer y el Netscape Navigator.

Campo.

Ver Base de datos.

Centro Cooperante.

Institución participante de la BVS y/o

contribuyente de registros bibliográficos con Bireme.

Centro especializado.

Institución especializada en determinado

asunto del área de la salud.

CGI.

Es un padrón para conectar aplicaciones externas con los

servidores de información, como el HTTP o servidores del Web.

Cita.

Trozo de autoría de tercero mencionado entre comillas en una

obra, con indicación del autor.

Comité Editorial.

Grupo de profesionales y especialistas del área de

publicación de un periódico, cuyo objetivo es establecer normas y

(37)

Conversor de archivos para XML - XML2PubMed Glosario

convenciones editoriales y evaluar las contribuciones recibidas por

la publicación con la finalidad de garantizar un patrón de calidad.

Cooperación técnica.

Intercambio entre países en desarrollo, o

entre ellos y los países desarrollados, para colaborar entre ellos en

determinados sectores, como el intercambio de expertos y

docentes, creación o trasferencia de tecnología, intercambio de

información y experiencias para mejorar las condiciones sanitarias.

DeCS Server.

Aplicación desarrollada por Bireme en lenguaje

IsisScript para gestionar la base de datos de descriptores en salud

(DeCS).

Descripción Bibliográfica.

Descripción de un item bibliográfico por

medio de atributos como autoría, título, edición, dimensiones etc.

Descriptor.

Representa un concepto que se acepta en un

vocabulario controlado (como un tesauro).

DTD SciELO.

Describe la estructura del artículo y otros textos del

periódico científico, identificando y definiendo de forma necesaria

su estructura y el componente bibliográfico de los elementos, el

contexto en donde aparecen, su obligatoriedade y sus atributos . El

DTD se utiliza para la descripción y el tratamiento automatizado de

textos.

Estilo.

Elemento que define la forma de un carácter, un conjunto

de caracteres o párrafo para fines de visualización o impresión. Ver

también modelo.

Hoja de estilos.

Archivo que contiene toda la definición de estilos

de una publicación. Ver también modelo.

(38)

Formato electrónico.

Cualquier forma de almacenamiento,

recuperación y presentación de información pasible de transmisión

online o grabación en medios magnéticos u ópticos.

Formato ISO (de archivo).

Patrón establecido por la ISO para

intercambio de datos entre instituciones, redes y usuarios.

Formato LILACS.

Formato de descripción bibliográfica establecido

por BIREME, basado en la UNISIST Reference Manual for

Machine-readable Bibliographic Descriptions.

Glosario.

Vocabulario de uso específico o controlado, utilizado en

publicaciones para dilucidar el significado de términos poco

usados, técnicos o restrictos.

Guía.

Define los procesos necesarios a la producción de una fuente

de información o fases de una metodología.

Grupo Vancouver.

Fue creado en 1978 para la elaboración de

artículos, incluyendo las normas para las referencias bibliográficas.

Y tenía el apoyo de la Biblioteca Nacional.

Indexación.

Procedimiento de identificar y describir el contenido de

un documento con términos que representan los temas

correspondientes a ese documento, con el objetivo de recuperarlo

posteriormente.

Manual.

Conjunto de pasos y operaciones, automáticos o manuales,

necesarios para instruirlo al usuario en determinado proceso de uso

de una aplicación, programa o metodología.

Metodología.

Conjunto de normas y convenciones utilizadas con la

finalidade de estandarizar un proceso o la producción de una

fuente de información.

(39)

Conversor de archivos para XML - XML2PubMed Glosario

Modelo o template.

Archivo que contiene a definición básica del

tipo de documento que se pretende utilizar, conteniendo estilos,

textos predefinidos etc.

PDF.

Formato de archivo desarrollado por la empresa Adobe cuya

función es mantener, en medio digital y de la forma más fiel

posible, el formato de presentación de un documento concibido

para impresión.

Producción científica.

Comparación (reunión y análisis) de toda

literatura acerca de un tema o un autor específico para fines de

análisis usualmente cuantitativa.

Pubmed.

Servicio de la biblioteca nacional de la medicina que

incluye 15 millones de citaciones de MEDLINE y otras revistas de la

ciencia de la vida para los artículos biomédicos desde o ano de

1950 PubMed incluye acoplamientos a los artículos completos del

texto y a otros recursos relacionados.

Registro.

Ver Base de datos.

SGML.

Utilizado para la definición de lenguaje de marcación de

textos electrónicos, permitiendo el intercambio y la distribución de

documentos en los más variados formatos, a partir de una misma

fuente de datos.

Stylesheet.

Ver hoja de estilos.

Template.

Ver modelo.

URL.

Patrón definido para direccionamiento de contenidos de datos

vía protocolo TCP/IP. Los navegadores de internet utilizan la URL

para acceder a páginas en la web.

(40)

Vocabulario controlado o estructurado.

Colección de términos

relacionados, organizados según una metodologia, con el proposito

de facilitar el acceso a información con ellos indizada.

XML.

Lenguaje creado para permitir acomodación de datos de

forma estructurada y jerárquica, facilitando la comunicación de

datos entre sistemas y plataformas diferentes.

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