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DISEÑO DE ESTRATEGIAS Y MATERIALES PARA LA ENSEÑANZA Y APRENDIZAJE DE LOS PRINCIPIOS BÁSICOS DE LA BIOLOGÍA

MOLECULAR EN LA EDUCACIÓN SECUNDARIA

DESIGN STRATEGIES AND MATERIALS FOR TEACHING AND LEARNING OF THE BASIC

PRINCIPLES OF MOLECULAR BIOLOGY IN SECONDARY EDUCATION

Florelia Trujillo de Vallejo1 y Gustavo Adolfo Vallejo2

1Docente de la Institución Educativa Alberto Santofimio Caicedo, Ibagué, Tolima.

2Director del Laboratorio de Investigaciones en Parasitología Tropical, Departamento de Biología,

Facultad de Ciencias, Universidad del Tolima.

RESUMEN

Existe una enorme brecha entre los conceptos de biología que se enseñan en el bachillerato y los conceptos que se manejan en las universidades europeas, americanas y centros de investigación. Esta brecha es aún profunda entre las universidades y el bachillerato en Latinoamérica. También se reconoce el papel de la educación para la formación de las comunidades científicas de los países desarrollados y en vías de desarrollo. Colombia necesita urgentemente revisar sus currículos de ciencias del bachillerato para la enseñanza de los conceptos básicos de la biología moderna, es decir de la Biología Molecular y preparar desde estos niveles preuniversitarios a una juventud que ingresará a la comunidad científica a través de los diferentes programas de formación de recursos humanos en investigación tanto en pregrado como en postgrado. De acuerdo a lo anterior, el presente trabajo presenta seis módulos prácticos para la enseñanza de una manera ágil y entretenida de los principios básicos de Biología Molecular: 1) Métodos simples para extracción de ADN, 2) Modelos tridimensionales de ADN, 3) Construcción de un modelo de gen nuclear o mitocondrial, 4) Ensamblaje de secuencias de ADN, 5) Identificación de aminoácidos en secuencias de ADN, 6) Introducción a la Bioinformática. Los módulos fueron desarrollados y aplicados con los estudiantes de los grados 10º y 11º de las jornadas mañana y tarde de la Institución Educativa Alberto Santofimio Caicedo de la ciudad de Ibagué. Se discuten las ventajas de estas estrategias para el aprendizaje de la biología molecular en el bachillerato.

PALABRAS CLAVES: Biología Molecular, Bioinformática, ADN, Gen, Genómica, Proteómica.

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INTRODUCCIÓN la naturaleza molecular del material genético en 1944 y 65 años después el El modelo de doble hélice de ADN fue genoma humano está completamente publicado por James Watson y Francis deletreado con las secuencias de la Crick en el año de 1953 (1). Existe mayoría de los 30.000 genes consenso en la comunidad científica depositadas en los bancos de DNA, que la Biología Molecular Moderna se accesibles a nuestras computadoras inició con el modelo de Watson y Crick (3.4.5). Otra muestra asombrosa de y en estos años se ha generado un esta velocidad es que en 1977, hace enorme volumen de información que sólo 32 años, Friedrick Sanger (6) ha cambiado dramáticamente los d e s c r i b e s u t é c n i c a d e l o s conceptos básicos de la Biología. De dideoxynucleótidos para secuenciar el acuerdo a lo anterior, la biología DNA, hoy esa técnica ha sido tan molecular es una ciencia que tiene sólo perfeccionada y automatizada que alrededor de 56 años. La velocidad varios centros de secuenciamiento en vertiginosa de su desarrollo se puede el mundo ya están en capacidad de evidenciar desde cuando Oswald secuenciar genomas bacterianos Avery y colaboradores (2), definieron completos en un día y ofrecen servicios

ABSTRACT

There is a big gap between the concepts of molecular biology that are being taught at the secondary schools and the biology concept that are being learned at the european and american universities and reaearch centres. This gap is yet deep between the universities and the secondary schools in Latinoamerican countries. On the other hand, the education role is recognizable on the formation of the scientific communities in the developed and non developed countries. Colombia needs urgently to revise their science programs at the secondary schools for teaching the basic concepts of the modern biology, in other words, of the molecular biology and to prepare young people that will become members of the scientific community through the programs of human resource formation in research at undergraduate and graduate levels. In accordance to the concepts mencioned above, this work show six practical modules for teaching the basic concepts of molecular biology with agile and funny ways: 1) Simple methods for extraction of DNA, 2) Tridimensional models of DNA, 3) Building of a nuclear or mitochondrial gene, 4) Assembling of DNA sequences, 5) Identification of aminoacids into a sequence of DNA, 6) Introduction to the bioinformatics. The modules were developed and used with the students of 10º y 11º levels of the morning and afternoon journeys of the Alberto Santofimio Caicedo Educational Institution in the city of Ibagué. The advantages of these strategies for learning the concepts of molecular biology in the secondary schools are discussed.

KEY WORDS: Molecular biology, Bioinformatics, DNA, Gene, Genomics, Proteomics.

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a nivel internacional, de manera que Molecular Europeo” (EMBL de la desde cualquier parte del planeta se sigla en inglés)(8) propuso el pueden enviar por correo los “Laboratorio Europeo para el fragmentos de ADN a ser secuenciados aprendizaje de las ciencias de la vida” y en 48 horas se pueden recibir vía (ELLS de la sigla en inglés)(9) dentro internet, las secuencias del material de un proyecto en red financiado por la enviado (7). Con estas secuencias, se Unión Europea y denominado puede por ejemplo, identificar “Educación continuada para los enfermedades genéticas, identificar profesores europeos de biología” individuos desaparecidos (Genética (CeeBT de la sigla en inglés) y Forense), identificar especies animales coordinado por la “Organización de o vegetales de manera muy precisa Biología Molecular Europea” (EMBO (Taxonomía Molecular), identificar de la sigla en inglés)(10). Estas b l a n c o s t e r a p é u t i c o s p a r a organizaciones ofrecen cursos y e n f e r m e d a d e s i n f e c c i o s a s o programas a los profesores europeos de parasitarias o para el tratamiento del secundaria con el objetivo de cáncer, entre otras aplicaciones. En desarrollar estrategias para llevar los resumen la Biología Molecular conceptos de la biología molecular al representa un caso particularmente salón de clase. En los países de interesante en la historia de la ciencia América Latina y particularmente en debido a su enorme impacto en el Colombia, hasta el momento, no han conocimiento actual sobre el surgido iniciativas en esta misma funcionamiento de los seres vivos, así dirección. De acuerdo a lo planteado como en sus aplicaciones actuales y anteriormente, el presente trabajo f u t u r a s . C o m p a r a d o s c o n l o s presenta varias estrategias y materiales profesionales que trabajan en la desarrollados para la enseñanza y el i n d u s t r i a o e n l a a c a d e m i a aprendizaje de una manera ágil y universitaria, los profesores de las entretenida de los principios básicos de escuelas primarias y secundarias, Biología Molecular. Estas estrategias y permanecen y se sienten aislados de la materiales fueron desarrollados y comunidad científica. Aunque muchos aplicados con los estudiantes de los profesores de secundaria son grados 10º y 11º de las jornadas conscientes de que la investigación en mañana y tarde de la Institución las ciencias de la vida, se mueve a Educativa Alberto Santofimio Caicedo pasos agigantados, ellos no tienen una de la ciudad de Ibagué con la finalidad idea precisa del verdadero significado de contribuir a un mejor entendimiento y potencial de estos avances y de sus de la Biología Molecular desde los dramáticos efectos sobre el desarrollo niveles preuniversitarios para que estos científico y sobre la sociedad en estudiantes se sientan motivados por la general. aplicación de la Biología moderna y A nivel internacional, recientemente se por los programas de formación de han emprendido programas tendientes recursos humanos en investigación a mejorar la enseñanza de las Ciencias previstos en cada una de las a nivel de bachillerato. Desde el año universidades colombianas.

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Cuando se habla de Biología Universidad de Utah (12), el cual Molecular, nos referimos al estudio de básicamente describe el siguiente la estructura y el funcionamiento del protocolo:

ADN, la molécula más importante de · En un recipiente de 100-200 los sistemas vivientes, que contiene ml, haga una solución con una toda la información para la síntesis de cucharadita de shampoo y media nuevas moléculas (ADN, ARN, cucharadita de sal de cocina. Agregue proteínas) que son responsables por el agua destilada hasta un volumen final funcionamiento de los seres vivos. De de 30 mililitros. Disuelva la sal y el acuerdo a los estándares básicos de shampoo mezclando ligeramente el competencias en ciencias naturales y recipiente sin formar espuma.

ciencias sociales del Ministerio de · Con un cuchillo plástico, pele y Educación nacional de Colombia (11), corte medio kiwi o una fresa, una es precisamente en los grados 8º a 9º y rebanada de pitahaya en pequeños 10º a 11º, en los que los estándares de pedazos y agréguelos en la solución de ciencias buscan el desarrollo de la etapa # 1. Amase la fruta cortada habilidades para que los estudiantes contra las paredes del recipiente con el identifiquen la utilidad del ADN como dorso de una cuchara plástica por 10 herramienta de análisis genético y su minutos. Otro grupo realizará el mismo relación con el ambiente y la procedimiento con 10 gramos de diversidad de los seres vivos. La huevos de pescado. Mientras un Institución Educativa Alberto miembro de su grupo amasa la fruta, Santofimio Caicedo desarrolla en la otro miembro colocará un cono # 2 de actualidad la modalidad de “Auxiliar filtro de café dentro de un segundo de laboratorio” en los grados 10º y 11º recipiente de 100-250 mililitros. Doble con un total de 115 estudiantes, con el papel de filtro alrededor del quienes se desarrollaron seis módulos recipiente, de forma que no toque el de trabajo como se describen a fondo.

continuación: · Filtre la mezcla colocándola Módulo 1. Métodos simples para dentro del filtro y dejando que la extracción de ADN a partir de solución drene por varios minutos diferentes materiales biológicos. El hasta que obtenga aproximadamente 5 Objetivo de este módulo fue mililitros (que cubra el fondo del familiarizar a los estudiantes con la recipiente) para probar la presencia de existencia del ADN mediante un ADN.

método simple de extracción de ADN · Obtenga un tubo de ensayo con de diferentes materiales biológicos 10 ml de alcohol frío. Para mejores tales, como frutos de kiwi (Actinidia resultados el alcohol debería estar lo chinensis), frutos de fresa (Fragaria más frío posible

v e s c a ) , f r u t o s d e p i t a h a y a · Llene una pipeta plástica con (Scanthocereus pitajaya) y huevos de solución filtrada del macerado de fruta pescado bocachico (Prochilodus o del macerado de huevos de pescado y reticulatus). Se utilizó un método adicione al alcohol. (El ADN no es sencillo descrito por el Centro de soluble en el alcohol. Cuando el Aprendizaje de Ciencia Genética de la alcohol se agrega a la mezcla, los

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componentes de la mezcla, con y comparar mediante electroforesis en excepción del ADN, permanecen en gel de agarosa la eficiencia de solución mientras que el ADN se producción de ADN de alto peso precipita) molecular a partir de cada uno de los · Deje la solución en reposo por materiales utilizados.

3 a 5 minutos sin agitarla. Es muy

importante no agitar el tubo de ensayo. Módulo 2. Elaboración de modelos Usted puede ver el precipitado de ADN tridimensionales de ADN. El objetivo de color blanco. Cuando los resultados de la elaboración del modelo se obtenidos son buenos, habrá suficiente relacionó con la comprensión de la ADN para enrollarlo con una varilla de estructura de la molécula de ADN, vidrio, o con una pipeta Pasteur a la que identificando el anti-paralelismo de las se ha calentado para formar un gancho dos cadenas simples de ADN, el en el extremo, y usted así podrá apareamiento A-T y C-G mediante recobrar parte de este ADN. El ADN puentes de hidrógeno y el carácter tiene la apariencia de un moco blanco helicoidal de la doble cadena. Para la filamentoso. construcción de los modelos se utilizaron plantillas como las descritas Una vez obtenido el ADN precipitado en la figura 1. Las plantillas fueron en cada experimento, se guardó en impresas, recubiertas con papel tubos eppendorf, para su posterior contact, recortadas, pegadas en cartón purificación en el Laboratorio de paja y organizadas alrededor de un eje Investigaciones en Parasitología metálico.

Tropical de la Universidad del Tolima

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Módulo 4.Ejercicios sencillos para la citocromo b. La secuencia de comprensión del ensamblaje de n u c l e ó t i d o s f u e i m p r e s a secuencias largas de ADN a partir de posteriormente divida en fragmentos secuencias cortas de ADN (Proyectos lineares de manera que los fragmentos genómicos). El objetivo de este pequeños presentasen superposición módulo fue la comprensión de la en sus extremos. Las secuencias cortas metodología que utilizan los centros fueron mezcladas y entregadas a cada de secuenciamiento para obtener grupo de estudiantes para que a partir largas secuencias a partir de la de ellas y mediante la superposición de superposición de secuencias cortas los extremos, obtuviesen finalmente la o b t e n i d a s e n e q u i p o s d e secuencia completa del gen, tal como secuenciamiento. Desde el GenBank, se muestra en los módulos diseñados se obtuvo la secuencia del gen del por Johan Leveau (14) (Figura 3)

Figura 3: Uso de rompecabezas para deducir una secuencia concenso a partir de secuencias cortas. Tomado de Johan Leveau (14)

Módulo 5. Identificación de las secuencia de la cadena sentido de un secuencias de aminoácidos a partir de gen y con el uso de la ruleta las secuencias de ADN. El objetivo de codificadora dedujo la secuencia de este módulo fue la comprensión de la aminoácidos. Como un ejercicio traducción del ADN en proteínas, básico de bioinformática, la secuencia mediante el uso de los tripletos que de aminoácidos obtenida por los codifican para los 20 aminoácidos de estudiantes, fue utilizada para efectuar las proteínas o mediante el uso de una un BLAST (17) contra una base de ruleta codificadora de aminoácidos proteínas y así identificar la proteína. como la que aparece en la figura 4.

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Módulo 6. Utilización del programa de proteínas, utilizando el programa DECODE y BLAST como actividad DECODE (16) o la búsqueda de lúdica para comprender los principios similaridad entre palabras como ANA, básicos de la Bioinformática. El ADRIANA, MARIANA y otros objetivo de este módulo fue introducir nombres de personas que puedan a los estudiantes en los conceptos construirse con la ruleta codificadora básicos de la bioinformática mediante de aminoácidos (figura 4) y una base ejercicios sencillos como la búsqueda de proteínas, utilizando el programa de de similaridad entre los nombres y b ú s q u e d a d e s i m i l a r i d a d d e apellidos de los estudiantes y una base secuencias, BLAST del NCBI (17).

Figura 4. Ruleta codificadora de aminoácidos a partir de secuencias de ADN. Tomado de http://www.ebi.ac.uk/training/pdf/scifest_factsheets.pdf (15)

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Res

ultadosyDiscusión

cloroformo-alcohol isoamílico, se precipitó con etanol frío y se corrió en

Métodos simples para extracción de

gel de agarosa al 1%. El resultado se

ADN

muestra en la figura 6, en donde se

La figura 5 muestra las diferentes observa que las muestras vegetales etapas utilizadas por los estudiantes presentan ADN de alto peso para extraer ADN utilizando reactivos molecular, en particular los frutos de caseros. Uno de los objetivos de este kiwi presentaron alto rendimiento de método sencillo de extracción, fue ADN, convirtiéndolo en el material mostrar al estudiante que el ADN es ideal para este tipo de extracciones con una macomolécula filamentosa que reactivos caseros. Por el contrario los precipita en presencia de alcohol, de huevos de pescado presentaron alto manera que él pueda concluir que el rendimiento de ARN, pero no de ADN ADN es la molécula de gran tamaño de alto peso molecular, indicando que que se encuentra en el interior de la no es el material indicado para estas célula. Para afianzar este concepto, extracciones. Uno de los métodos más paralelamente se explicó el tamaño y utilizados para purificación de ADN el contenido de ADN en pares de bases en diferentes laboratorios del mundo, de los diferentes organismos, desde las es el uso de una mezcla de fenol-bacterias hasta los animales y cloroformo-alcohol isoamílico con vegetales. En todos los casos se posterior precipitación del ADN con observaron largos filamentos de acetato de amonio y etanol frío. Este material precipitado, los cuales método tiene limitaciones para ser presentaron la misma apariencia del utilizado por estudiantes de secundaria material que precipita cuando se usan debido al elevado precio de los los métodos convencionales para reactivos y a que el fenol es altamente purificación de ADN. Dada la cáustico. Otros métodos como los kits sencillez del método, se espera que que utilizan columnas de purificación este material precipitado contenga (Quiagen, Wizard, etc.), presentan cantidades importantes de pectinas en baja toxicidad, pero su elevado costo el caso de utilizar material vegetal o de impide su uso con estudiantes de glicoproteínas en el caso de utilizar secundaria. El uso de reactivos caseros material de origen animal. Para como los utilizados en este módulo, evidenciar que en este material elimina el riesgo de toxicidad y debido precipitado hay presencia de ADN de a su bajo costo permite su uso en la alto peso molecular, el material se secundaria.

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fenol-Figura 5.Algunas etapas de extracción de ADN utilizando reactivos caseros

Figura 6. Electroforesis en agarosa al 1%, mostrando ADN de alto peso molecular y ARN procedente del material precipitado con reactivos caseros.

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E l a b o r a c i ó n d e m o d e l o s publicación en la revista Nature. Los tridimensionales de ADN estudiantes se ven particularmente La figura 7 muestra diferentes etapas interesados por el modelo al percibir de la construcción del modelo. Este que un modelo similar como el que modelo es semejante al modelo de ellos están construyendo, fue el que doble hélice de Watson y Crick, de permitió la obtención del premio nobel manera que el módulo constituye la por parte de James Watson, Francis oportunidad de relatar la historia de la Crick y Maurice Wilkins en el año de construcción del modelo en los años 1962.

previos a 1953 cuando apareció su

Figura 6:Diferentes etapas en la construcción de modelos tridimensionales de ADN.

C o n s t r u c c i ó n d e u n m o d e l o Inglaterra (13). Estos modelos se han tridimensional del gen de la Beta- utilizado para representar la secuencia Actina humana de diferentes genes. En el presente t r a b a j o s e h a p r o y e c t a d o l a Los modelos de ADN obtenidos

construcción de la beta-actina mediante el uso de técnicas de

humana, la cual posee 3060 pares de papiroflexia, fueron desarrollados

(12)

115 estudiantes de los grados 10º y 11º material acrílico para ensamblar, pero de la Institución Educativa Alberto que representan los grupos fosfato, las Sanofimio Caicedo, cuyo ensamblaje desoxirribosas y las cuatro bases final está previsto para la última nitrogenadas, por sus elevados costos semana del mes de octubre del 2009, no es posible aplicarlo en nuestros cuando se celebrará la feria de la colegios. El modelo de papiroflexia ciencia de la Institución Educativa. El construido por nosotros en papel modelo no se ha ensamblado desde pergamino, es un modelo de bajo costo ahora pues debido a la fragilidad del y de solidez aceptable. Por otro lado, la material, es posible que se estropee participación de los 115 estudiantes en antes de ser presentado a la comunidad la construcción del modelo genera educativa. Recientemente 124 sentido de pertenencia al proyecto y estudiantes de la Universidad de educa a los estudiantes sobre la Huddersfield y de los colegios vecinos importancia del trabajo colaborativo. en Queensgate, Huddersfield, Reino Quienes quieran elaborar modelos Unido, obtuvieron el record Guinness semejantes, tienen la posibilidad de en 2008, por construír el modelo de escoger cualquiera de los 30.000 genes ADN más largo, con una longitud de nucleares o de los 37 genes 21,5 metros que contenía la secuencia mitocondriales humanos. La figura 8 del gen de la insulina humana muestra diferentes etapas de la consistente en 1.118 pares de bases. Es construcción del gen de la beta-actina de anotar que este modelo está humana.

formado de multiples piezas de

Figura 8: diferentes etapas para la construcción del modelo tridimensional del gen de la Miosina humana, utilizando técnicas de papiroflexia

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Ejercicios sencillos par a la

genoma y al entendimiento de los

comprensión del ensamblaje de

proyectos genómicos.

secuenciaslargasdeADNa partir de

secuenciascortasdeADN

Identificación de las secuencias de

aminoácidos a partir de las

Estos ejercicios sencillos permitieron

secuenciasdeADN

la comprensión de los proyectos

genómicos que se vienen adelantando El uso de la ruleta codificadora de en muchos laboratorios del mundo. aminoácidos y de diversas secuencias Los ejercicios se pueden efectuar con de ADN, permitió la deducción de una los nucleótidos impresos en tiras de secuencia de aminoácidos a partir de papel, que contienen las secuencias una secuencia de nucleótidos. El parciales de un gen y posteriormente módulo tiene la posibilidad de buscando la superposición de las introducir al estudiante al concepto de secuencias en sus extremos, se logra proteoma de un organismo en deducir la secuencia completa del gen. particular. La figura 9 muestra varias Es así como se utilizan los “contigs” etapas del uso de la ruleta codificadora en los proyectos de secuenciamiento. de aminoácidos para deducir la Este módulo permite introducir al secuencia de una proteína a partir de estudiante al concepto de gen y una secuencia de ADN.

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Utilización del programa DECODE BIBLIOGRAFÍA

y BLAST como actividad lúdica

1. Watson J.D. and Crick F.H.C. (1953).

para comprender los principios

A Structure for Deoxyribose

básicosdela Bioinformática

Nucleic Acid. Nature 171, 737-738 (1953).

El programa DECODE (16) puede ser

2. Oswald T. Avery, Colin M. usado on-line, es particularmente

MacLeod, and Maclyn McCarty. interesante para los estudiantes, por

(1944). Studies on the chemical cuanto ellos pueden verificar la

nature of the substance inducing existencia de una proteína que contiene

transformation of pneumococcal las letras de su nombres y apellidos

types: induction of transformation codificando para aminoácidos. Esto en

by a desoxyribonucleic acid fraction esencia es un ejercicio de similaridad

isolated from pneumococcus type que introduce al estudiante al

III. J. Exp. Med. 79: 137-158. fundamento de la bioinformática. Lo

3. NATIONAL CENTER FOR más interesante para los estudiantes es

B I O T E C H N O L O G Y utilizar el programa BLAST (17) para

INFORMATION. Base de datos de averiguar si un nombre como

secuencias de DNA anotadas y ADRIANA, escrito en formato

d i s p o n i b l e s p ú b l i c a m e n t e : FASTA, se encuentra en la secuencia

GenBank® [en línea]. Disponible de alguna proteína. Cuando el

e n i n t e r n e t : estudiante descubre que su nombre

<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gen puede estar escrito en la secuencia de

bank/>. una proteína manifiesta particular

4. EUROPEAN MOLECULAR interés por los fundamentos de la

BIOLOGY LABORATORY. Base bioinformática. Para efectuar estos

de secuencias de nucleótidos del ejercicios, basta con tener en el colegio

EMBL (conocida también como un computador conectado a Internet. E M B L - B a n k ) . [ e n l í n e a ] . D i s p o n i b l e e n i n t e r n e t : <http://www.ebi.ac.uk/embl/index.

Agradecimientos

html>.

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Referencias

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