Informe Final
Técnico y Financiero
Donaciones para la Digitalización de
Datos
Red Temática de Especies y Especimenes
Preparado por:
RED NACIONAL DE JARDINES BOTÁNICOS DE
COLOMBIA
1. Resumen Ejecutivo
El proyecto “Digitalización de fichas de especies útiles en jardines botánicos” se inició el día 15 de julio de 2008 con la firma del acuerdo de sub-proyecto entre la Secretaría General de la Organización de los Estados Americanos y La Red Nacional de Jardines Botánicos de Colombia (RNJB). El día 22 de agosto se realizó, en el Jardín Botánico de Bogotá, el Taller de socialización del proyecto, en el que participaron representantes de 7 jardines botánicos. Las bases de datos entregadas por los jardines durante el taller se consolidaron en una única base de datos de especies representadas en las colecciones de plantas vivas de los jardines botánicos. Sobre esta BD se inició el proceso de depuración y validación de nombres científicos usando herramientas como SALVIAS Taxon Scrubber y bases de datos nomenclaturales de referencia como Catalogue of Life, UBIO y W3 Tropicos. El día 1 de octubre se formalizó la contratación de tres profesionales en ciencias naturales para que por medio de consultas en fuentes secundarias complementaran la información reportada por los jardines botánicos e ingresaran esta información en la herramienta de captura en línea del Catalogo de la biodiversidad de Colombia, administrado por el Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia (SiB Colombia), siguiendo el estándar Plinian Core.
Una vez finalizada la digitalización de las fichas estas fueron revisadas por expertos de los jardines botánicos, quienes complementaron los contenidos e hicieron sugerencias que fueron incluidas. Una vez revisadas, las 1450 fichas elaboradas fueron publicadas en Internet quedando a disposición del público para su consulta a través del portal interinstitucional del SiB (www.siac.net.co/sib/catalogoespecies).
El día 20 de febrero se realizó, en las instalaciones de la Universidad Javeriana, el taller de evaluación final del proceso en el que participaron representantes de seis jardines botánicos. Una de las principales conclusiones del taller fue la necesidad de realizar una validación y depuración exhaustiva a las bases de datos y el trabajo inminente con especies amenazadas.
En cuanto al tesauro de nombres comunes, se contó con la colaboración de Oscar Orrego, quien realizó la revisión de los nombres reportados en las bases de datos de los jardines, complementando el tesauro que ya había sido elaborado por la RNJB en el marco de un convenio con el SiB Colombia en el año 2006. Con lo anterior se incorporaron 900 nuevos términos al tesauro de la biodiversidad. En cuanto a las fichas de especies de plantas útiles en los jardines botánicos se asociaron a estas fichas 3609 nombres (nuevos y actualizados) correspondientes a 1206 especies agrupadas en 187 familias de plantas.
Finalmente, el metadato del conjunto de fichas fue documentado mediante la herramienta CASSIA y se encuentra a disposición del público.
Abstract of progress until date
The project "Digitizing of data of useful plant species in Colombian botanical gardens" began on July 15th with the signature of the sub agreement between the General
Secretary of the Organization of the American States and The Colombian Botanical Garden Network (RNJB). The workshop to socialize the project was carried out on August 22nd at the Bogotá Botanical Garden. The workshop had the participation of 7
representatives of botanical gardens. The databases surrendered during the workshop were consolidated into a single database of useful plant species in botanical gardens. With this DB an exhaustive process of depuration and validation of scientific names was carried out using tools such as SALVIAS Taxon Scrubber, and taxonomic databases as Catalogue of Life, UBIO and W3 Tropicos.
On October 1st three professionals on natural sciences were recruited. Their main tasks
were making a research using secondary sources in order to complete the information reported by the botanical gardens and entering this information, using the Plinian Core standard, into the on-line species factsheets capture tool - The Colombian Biodiversity Catalogue, managed by the Biodiversity Information System of Colombia (SiB Colombia).
Once the digitization process ended the factsheets were reviewed by experts from the botanical gardens, which complement the content and made suggestions that were included. After review, the 1450 species factsheets were published and now they are available for consultation in the SiB web portal (www.siac.net.co/sib/catalogoespecies).
On February 20 the evaluation workshop was held at the Javeriana University in which representatives of six gardens participated. One of the main conclusions of the workshop was the need for a thorough validation of databases and the paramount need to work with endangered species.
As for the common names thesaurus, Oscar Orrego conducted the review of the names reported in the databases of the gardens, complementing the thesaurus that was developed by Colombian Botanical Gardens Network within an agreement with SiB Colombia in 2006. With the process 900 new terms of biodiversity were included in the thesaurus. As for the factsheets of useful plants species in the botanical gardens 3609 names (new and updated) related to 1206 species in 187 plant families were associated
Finally, the metadata of factsheets's set was documented using CASSIA tool and is available to the public.
2. Resultados de los productos programados y alcances del proyecto
Los productos planteados para el proyecto son tres, los cuales se describen a continuación.
2.1. Metadato
El metadato del conjunto de fichas de las especies de plantas útiles presentes en los 11 jardines botánicos participantes fue documentado usando la herramienta CASSIA disponible a través del Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia (SiB Colombia). El metadato que fue revisado y ajustado, puede ser visualizado en la siguiente URL:
http://www.siac.net.co/metadatos//showMetadato.jsp?conjunto=4841
2.2. Fichas de especies de plantas útiles en jardines botánicos
El objetivo de este producto es la digitalización de 1450 fichas de especies de plantas útiles en 11 jardines botánicos del país. Los jardines botánicos participantes fueron: José Celestino Mutis (Bogotá), Universidad Tecnológica de Pereira, Universidad de Caldas, San Andrés, Uniamazonía, Quindío, Eloy Valenzuela (Bucaramanga), Joaquín Antonio Uribe (Medellín), Universidad del Tolima, San Jorge de Ibagué, Quinta de San Pedro Alejandrino (Santa Marta).
El proceso inicio con un taller de socialización en el que se hizo la presentación del proyecto y las metas previstas. Durante el taller los jardines botánicos hicieron entrega a la Red de sus bases de datos exportadas en la tabla de intercambio generada por la herramienta BG Recorder, con las cuales se generó una base de datos consolidada en la que se reportaron 2972 especies. Los contenidos de esta base de datos fueron validados y depurados taxonómicamente usando herramientas como SALVIAS Taxon Scrubber y bases de datos nomenclaturales de referencia como Catalogue of Life, UBIO y W3 Tropicos, presentándose varios casos de sinónimas y errores de escritura.
Para la digitalización de fichas de especies se priorizaron aquellos registros que tuvieran asociada información de usos y nombres comunes (976 especies), los registros que tuvieran información de usos pero sin nombres comunes asociados (56 especies) y finalmente los registros que reportaran nombres comunes pero sin información sobre usos (576 especies). Sobre está base de datos se inició el proceso de identificación de fuentes de información secundarias para la elaboración de fichas y la inclusión de la información recopilada y editada en la herramienta de captura en línea del Catálogo de la biodiversidad de Colombia, administrado por el SiB Colombia (Figura 1).
Al final se obtuvieron 1448 fichas de especies ingresadas a la herramienta pertenecientes a 196 familias con 780 géneros. La figura 2 muestra las familias más representadas
dentro del conjunto de fichas de especies útiles en los jardines botánicos. Adicionalmente se digitalizaron 132 especies que se encuentran bajo alguna categoría de amenaza, 3 especies que incluidas en el apéndice I y 7 especies en el apéndice II de CITES.
Figura 1. Herramienta para la captura en línea de la información de fichas
Figura 2. Familias más representadas en el conjunto de fichas de especies de plantas útiles en jardines botánicos.
Es importante mencionar que hay dos fichas faltantes dado que al final del proceso se encontraron varios casos de fichas repetidas que se eliminaron. En el anexo 1 se
muestran las fichas incluidas en la herramienta asociadas con las URL en las que se encuentran.
Adicionalmente, se generó una consulta preliminar con el contenido de las fichas en el estándar Plinian Core, para así proveer la información de las fichas a través del portal de la Red de Especies y Especímenes de IABIN. La provisión automática de las fichas será realizada por el SiB Colombia mediante el protocolo TAPIR dispuesto para tal fin.
2.3. Tesauro de nombres científicos y nombres comunes de plantas útiles en jardines botánicos.
El proceso de incorporación de nombres comunes a las fichas de especies de plantas útiles presentes en los jardines botánicos de Colombia, se llevó a cabo con base en la articulación conceptual de nombres comunes y científicos, componentes esenciales de la información sobre especies.
Se procesó un total de 4389 nombres comunes pertenecientes a 1473 especies de plantas. Los componentes identificados para cada nombre no científico, de acuerdo con la estructura del Tesauro sobre biodiversidad de Colombia, fueron el idioma, país o región donde se usa y fuente de información (jardín o jardines botánicos que lo suministran). Cada nombre se asoció al término correspondiente en el tesauro y éste a su vez se insertó en árbol jerárquico de términos, el cual provee el contexto respectivo a cada uno de los términos. Todos los nombres comunes fueron integrados al tesauro a través del subconjunto denominado Microtesauro de unidades biológicas, el cual contiene nombres no científicos de organismos animales y vegetales en su mayoría. El Tesauro sobre biodiversidad de Colombia está disponible para consulta en internet a través del portal web del SiB Colombia:
(http://www.siac.net.co/sib/tesauros2/WebModuleTesauros/index.jsp).
El procesamiento de los nombres comunes provistos por los jardines botánicos del país permitió incorporar 900 nuevos términos al tesauro sobre biodiversidad y actualizar la información de idioma, región y fuente de información para 3609 términos incorporados previamente a este conjunto de datos de referencia en un proceso llevado a cabo con la Red de Jardines Botánicos de Colombia en el 2006 con el objeto de “hacer disponible e ínter operable la información sobre las colecciones de plantas vivas de los jardines botánicos de los Andes, buscando de esta manera aumentar, mejorar y difundir el conocimiento sobre los recursos biológicos del país”.
Este proceso permitió actualizar 431 nombres comunes asociados a 51 fichas de especies de plantas ingresadas previamente al Catálogo de la biodiversidad de Colombia, las cuales se encuentran disponibles para consulta a través del SiB Colombia y de la Red de Especies y Especímenes de IABIN; adicionalmente, 349 nombres asociados a 216 especies fueron actualizados en el Tesauro sobre biodiversidad de Colombia.
La siguiente imagen muestra la ubicación de los nombres comunes en la ficha de especie accesible a través del Catálogo de la biodiversidad de Colombia.
En cuanto a los nombres asociados a las fichas de especies de plantas presentes en los jardines botánicos, se asociaron a estas fichas 3609 nombres (nuevos y actualizados) correspondientes a 1206 especies agrupadas en 187 familias de plantas. Las familias con mayor número de nombres asociados fueron las leguminosas, las palmas y la familia de las compuestas. La figura 3 muestra la cantidad de nombres asociados a las diez familias más numerosas.
Figura 3. Nombres comunes asociados a las diez familias de plantas mejor representadas en las fichas de especies de plantas presentes en los jardines botánicos de Colombia
Un aspecto para resaltar está relacionado con el idioma en el que se encuentran los nombres comunes, si bien la más de tres cuartas partes del total de nombres se encuentran en español, cerca de un 20% están en idiomas como inglés, portugués y catalán, entre otros (ver figura 4).
Figura 4. Distribución porcentual de nombres comunes de acuerdo al idioma en las fichas de especes de plantas presentes en los jardines botánicos de Colombia
En cuanto a la procedencia de los nombres comunes, según la información de los jardines botanicos del país, la mayoría de ellos se ubica en Colombia y en los países suramericanos. La figura 5 muestra la participacion porcentual de Colombia en relación
con los países de la región. La tabla 1 presenta un detalle de la región o departamento de Colombia donde se usan los nombres comunes que fueron procesados para la elaboración de las fichas de especies, en ella se observa que los nombres comunes son de carácter andino en su mayoría, tal vez debido a que fueron los jardines botánicos localizados en la región andina de Colombia quienes suministraron la mayor parte del conjunto de nombres comunes.
Figura 5. Distribución porcentual de los nombres comunes de acuerdo país de procedencia en las fichas de especes de plantas presentes en los jardines botánicos de Colombia
Tabla 1. Distribución porcentual de nombres comunes de aucerdo con la región o departamento de Colombia donde se usan
Región o Departamento de Colombia %
Antioquia 23%
Santander 21%
Tolima 12%
Región Andina 8%
3. Metodología empleada y actividades llevadas a cabo para alcanzar los productos programados
El día 22 de agosto en las instalaciones del Jardín Botánico de Bogotá José Celestino Mutis se realizó el taller de socialización del proyecto con el apoyo de Oscar Orrego, quien en ese momento era el investigador de contenidos, productos y servicios de información del SiB Colombia. Al taller asistieron representantes de los jardines botánicos del Quindío, Universidad de Caldas, Joaquín Antonio Uribe de Medellín, Universidad Tecnológica de Pereira, Eloy Valenzuela de Floridablanca, San Jorge de Ibagué, Universidad del Tolima (se anexa agenda y lista de asistentes). Una vez finalizado el taller los representantes entregaron a la coordinación de la RNJB las tablas de intercambio de BGRecorder 2 de sus colecciones de plantas vivas con la información primaria para la elaboración de las fichas de especies. Los jardines botánicos de Uniamazonia, San Andrés, Quinta de San Pedro Alejandrino en Santa Marta y Cali no pudieron asistir al taller por lo que se les solicitó enviaran sus bases de datos vía correo electrónico.
Vale la pena resaltar que una vez socializado el presupuesto del proyecto y de común acuerdo con los representantes de los jardines se tomó la decisión de modificarlo ligeramente de tal manera que se otorgaran no cuatro (4) becas para la digitalización de fichas sino tres (3) y que una de esas personas fuera la encargada de la elaboración del metadato, ya que los participantes expresaron que el monto de las becas era muy bajo para la cantidad de trabajo necesario para elaborar los productos. Si bien con esta modificación se aumenta a $444 USD el reconocimiento mensual por la digitalización de las fichas, es importante aclarar que el total del proyecto no sufrió ningún cambio.
Una vez finalizado el taller, con las siete (7) bases de datos que se tenían a la fecha, se inició el proceso de consolidación, validación y depuración de los datos de especies de plantas, de estas bases de datos se seleccionaron aquellas especies que estuvieran determinadas hasta el nivel de especie desechando aquellas que estuvieran determinadas hasta género. En la figura 5 se muestra el proceso para la elaboración de las fichas.
La consolidación de las tablas de intercambio arrojó para los siete jardines un total de 1384 especies preseleccionadas para la elaboración de fichas. Posteriormente se pasó a la validación de los nombres científicos usando el programa SALVIAS Taxonscrubber con base en la lista mundial de especies de plantas del International Plant Names Index (IPNI). Los nombres que no fueron reconocidos por SALVIAS se validaron usando ITIS, Catalogue of Life 2007 y 2008, UBIO y W3 TROPICOS. Igualmente se hizo un proceso de depuración en el que se eliminaron sinónimos, se ajustaron formatos y se revisaron errores de digitación. Lo propio se hizo con las bases de datos recibidas de los jardines de Uniamazonia, San Andrés, Quinta de San Pedro Alejandrino y Bogotá quien decidió involucrarse en el proyecto. Infortunadamente el jardín botánico de Cali no pudo participar en el proceso ya que tuvo problemas con la base de datos de sus colecciones. El proceso de depuración resultó dispendioso ya que las bases de datos originales presentaban errores de digitación y formato, con lo cual se presentaban duplicados.
Igualmente, se presentaron diversos casos de sinonimias con lo que el proceso se volvió más dispendioso de lo dispuesto inicialmente.
Figura 5. Proceso para la digitalización de fichas de especies de plantas útiles en jardines botánicos. Fuente: SiB Colombia.
Como resultado de este primer proceso se obtuvo una base de datos consolidada y depurada con 2972 especies de plantas pertenecientes a las colecciones vivas de los 11 jardines botánicos participantes. De esta base de datos se priorizó el trabajo con aquellas especies que tenían registro de uso y nombre común reportado por los jardines, lo que arrojo un total de 976 especies. Posteriormente se seleccionaron solo aquellas con información de uso pero sin nombre común, que sumaron 56 especies y finalmente se seleccionaron las especies sin uso reportado pero con nombres comunes asociados, que sumaron 576 especies más.
El día 15 de septiembre se abrió una convocatoria para seleccionar a las tres personas que participarían en la digitalización de las fichas y elaboración del metadato. Veinticinco personas enviaron sus hojas de vida, de las cuales nueve fueron seleccionadas para entrevista. El día 22 de septiembre se escogieron a las tres profesionales con quienes se acordaron los términos y condiciones del contrato, firmándolo a partir del 1 de octubre hasta el 31 de diciembre de 2008. Con el apoyo de Oscar Orrego del SiB Colombia se realizó una jornada de inducción con las personas contratadas en la que se les explicaron en detalle sus actividades así como el manejo de la herramienta de captura de información de especies.
La tabla de intercambio que genera el BGRecorder 2, herramienta utilizada por los jardines botánicos para capturar los datos de las especies presentes en sus colecciones de plantas vivas, presenta los siguientes atributos: número de accesión, familia, genero, especie, rango infraespecifico, epíteto infraespecifico, nombre común, forma de vida,
usos, país de origen y datos de colecta. Dado lo anterior muchos de los atributos definidos para las fichas de especies no se encuentran reportados por los jardines por lo que las personas contratadas tuvieron que realizar un proceso arduo de revisión de fuentes bibliográficas, lo que significó en un principio atrasos en el cronograma de trabajo establecido inicialmente. Finalmente se ingresaron a la herramienta de captura en línea del Catalogo de la biodiversidad de Colombia 1449 fichas especies de plantas útiles.
Como proceso paralelo se hizo la recopilación y adaptación de los registros fotográficos proporcionados por los jardines botánicos, sin embargo también se usaron fotos descargadas de Commons de Wikiespecies, página de libre acceso y uso. En total se obtuvieron registros fotográficos para 573 especies. Adicional a lo anterior se hizo la revisión e inclusión en la herramienta de las categorías CITES y de amenaza según UICN para las especies que así lo reportaran.
En cuanto al atributo de distribución geográfica se tomó la decisión de no replicar esfuerzos y por el contrario incentivar a los usuarios a que realicen sus consultas a través de los portales de GBIF y del SiB Colombia en los que se pueden encontrar mapas de distribución (http://data.gbif.org ó http://www.siac.net.co/sistemadistribuido)
Una vez se tenían las fichas en la herramienta de captura las URL asociadas fueron enviadas a los expertos para su revisión. Las fichas fueron complementadas por los expertos y puestas a disposición del público para que sean consultadas.
En cuanto al proceso de nombres comunes extractados de las bases de datos de los jardines, luego fueron estructurados en sus componentes y posteriormente fueron asociados a nombres científicos debidamente verificados en bases de datos nomenclaturales de cobertura global. El diagrama que se encuentra a continuación
ilustra los componentes generales asociados a los nombres comunes.
El tesauro se organiza como una lista de términos dispuesta jerárquicamente, que representa conceptos generales agrupando aquéllos más específicos. Los términos del tesauro que son nombres comunes de plantas se localizan bajo las categorías generales de plantas vasculares y no vasculares, las cuales a su vez contienen los nombres en castellano de las familias de plantas. Las siguientes imágenes presentan una vista general de cómo se organizan los nombres comunes de las plantas en el tesauro sobre biodiversidad de Colombia, disponible en línea a través del portal interinstitucional del SiB Colombia:
http://www.siac.net.co/sib/tesauros2/WebModuleTesauros/index.jsp
Adicionalmente para la elaboración del metadato del conjunto de datos fue ingresado al SIB Colombia usando la herramienta CASSIA realizando una revisión previa y posteriormente publicada.
Finalmente se realizó el taller de evaluación del proceso en el que participaron representantes de seis jardines botánicos (se anexa agenda y lista de asistentes).
4. Lecciones aprendidas, problemas y soluciones viables
En 1998 la RNJB en asocio con el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y la BGCI iniciaron el “Proyecto de sistematización de la información de las colecciones de plantas vivas en jardines botánicos” financiado por la Iniciativa Darwin del Reino Unido. Con el proyecto se logró traducir al español la herramienta BGRecorder para la captura de la información asociada a las colecciones de plantas vivas de los jardines, convirtiendo a Colombia en el primer país del mundo en el que todos sus jardines se encontraran hablando el mismo lenguaje. A pesar de tan loable iniciativa, con la realización de este proyecto nos hemos dado cuenta que el uso de la herramienta ha sido en muchas ocasiones abandonada ya que, como nos lo expresaron en el Taller de socialización los representantes de los jardines, la herramienta no presenta ningún tipo de soporte técnico y además debido a las actualizaciones de
Microsoft Access en muchas ocasiones la información ingresada se pierde. Lo anterior ha llevado a que los jardines opten por registrar su información en hojas de cálculo y que en muchas ocasiones no estén registrando los atributos mínimos definidos para el intercambio de información o que los formatos usados no sean los adecuados, como es el caso de los jardines botánicos de Santa Marta, San Andrés y Uniamazonia. La solución a este problema es encontrar una herramienta que se ajuste a las necesidades de los jardines y que tenga un buen soporte técnico por lo que a través del SiB Colombia se han realizado acercamientos con el nodo de GBIF España para encontrar la solución a este problema, sin embargo todavía no se tiene clara ninguna solución.
Otro de los problemas encontrados es la deficiencia en la curaduría taxonómica de las especies presentes en las colecciones de plantas vivas en los jardines, lo que ha hecho dispendioso el trabajo de depuración taxonómica. La solución se orienta a contactar a expertos en diversos grupos taxonómicos para la validación de la información, esto es prioritario teniendo en cuenta que los jardines son centros de investigación científica cuya información debe ser confiable.
5. Descripción breve de cómo lograrán que la base de datos continúe creciendo después de terminar el proyecto
Como se mencionó en el punto anterior las bases de datos de los jardines botánicos requieren de un proceso de validación y depuración exhaustiva, por lo que este proceso es una prioridad para los jardines botánicos antes de pensar en ingresar nuevos datos a las bases.
Sin embargo es importante tener en cuenta que la plataforma fundamental de los jardines botánicos es la información asociada a sus colecciones, factor que garantiza la inclusión de nuevos datos a sus bases.
6. Fondos de Contrapartida
El reporte de la contrapartida de la Red fue registrado en el enlace
http://cofinance.iabin.net/. En la imagen se visualiza el reporte.
7. Reporte Financiero
PO# 187276 FECHA: 16/03/2009 APPLICATION # 1 PAGE NUMBER 1 Item No. Nombre del proveedor/descripción Monto del contrato % Financiado por
SG/OEA
Pagos acumulados ya reportados Monto 1
Ana Carolina Moreno/ Beca para la
digitalización de fichas de especies 1333 90 1333 1333 2
Andrea León/Beca para la digitalización de fichas de especies y
elaboración de metadato 1333 90 1333 1333 3
Ananay Arango/ Beca para la
digitalización de fichas de especies 1333 90 1333 1333 4
Carolina Sofrony/coordinación del
proyecto 7500 37,3 7500 7500 5 Oscar Orrego / Elaborador de Tesauro 800 100 800 800 6
Viaticos para los participantes a los talleres de socialización y de
evaluación. NA 100 2000 2000 7
Renta de salón y equipos para los
talleres NA 0 400 400 8
Reuniones para la revisión de fichas
por expertos NA 100 200 200 9
Uso de equipos de computo y acceso
a internet NA 0 6160 6160 TOTAL 21059 ORGANIZACIÓN DE LOS ESTADOS AMERICANOS
REPORTE DE GASTOS
RED NACIONAL DE JARDINES BOTÁNICOS DE COLOMBIA
Dado que se decidió aumentar la remuneración de las tres becas para la digitalización de las fichas, se realizó una sola reunión de revisión de fichas y el monto destinado por la red para dichas reuniones se destinaron a cubrir los pagos el saldo de los pagos.
Anexos
Se anexan los siguientes documentos:
• Agenda y listado de asistencia del taller de socialización. • Agenda y listado de asistencia del taller de evaluación. • Tabla en Excel con el listado de fichas y sus URL asociadas.
