Gracias por cuidarnos, por luchar por nosotros y por contagiarnos de las inagotables ganas de seguir adelante y crecer. El cáncer de pulmón es la principal causa de mortalidad relacionada con el cáncer y se diagnostica en estadios avanzados en el 80% de los casos. Estos resultados, junto con los resultados del caso clínico descrito en el cuarto artículo, demostraron la validez de la NGS de muestras de biopsia líquida para la detección de mutaciones de resistencia en el locus ALK y la utilidad de este abordaje para la toma de decisiones terapéuticas. en pacientes ALK positivos.
Cáncer de pulmón
Cáncer de pulmón CPCNP
Clasificación histológica del CPCNP
Sin embargo, a medida que se utilizan métodos más precisos para diagnosticar el cáncer de pulmón, muchos tumores previamente etiquetados como carcinoma indiferenciado de células grandes ahora pueden clasificarse más apropiadamente como adenocarcinoma poco diferenciado o carcinoma de células escamosas (17). Por lo general, comienza en las células epiteliales en los bordes exteriores de los pulmones y tiende a crecer y propagarse rápidamente (18), lo que puede dificultar su tratamiento. Además, y como en los otros tipos, se concluye que el tabaquismo es la causa predominante del cáncer de pulmón de células grandes (19).
Clasificación TNM del CPCNP
Tumor > 5 𝑐𝑚 pero ≤ 7 𝑐𝑚 o asociado con nódulos tumorales separados en el mismo lóbulo que el tumor primario o que invade directamente cualquiera de las siguientes estructuras: pared torácica (incluidos tumores de la pleura parietal y el surco superior), pericardio parietal del nervio frénico. Uno de los factores pronósticos más importantes es el estadio al momento del diagnóstico. Sin embargo, la mayoría de los pacientes permanecen asintomáticos hasta que desarrollan un estadio avanzado, lo que dificulta el diagnóstico precoz (22).
Clasificación molecular del CPCNP
- CPCNP con mutación en EGFR
- CPCNP con translocación en ROS1
Entre los cambios más comunes están las mutaciones en el gen EGFR y los reordenamientos de los genes ALK y ROS1. Los cambios de activación o sensibilización más comunes en el gen EGFR son la deleción del exón 19 y la mutación p.L858R. Los pacientes con NSCLC con mutaciones del gen EGFR tienen respuestas excepcionales al tratamiento con inhibidores de la tirosina quinasa del EGFR de primera, segunda y tercera generación (EGFR-TKI) (gefitinib y erlotinib; afatinib y dacomitib, y osimertinib, respectivamente) en comparación con la quimioterapia (30 ).
CPCNP con translocación en ALK
Inhibidores Tirosina Kinasa frente ALK: ALK-TKIs
En el ensayo de fase III PROFIL 1014, se comparó la eficacia de crizotinib con la quimioterapia de primera línea en pacientes con NSCLC ALK-positivo, mostrando una SLP más prolongada (10,9 frente a 7,0 meses) y una tasa de respuesta general (ORR) más alta (74 % vs. 45%) en pacientes tratados con crizotinib (55). En base a estos datos, se aprobó crizotinib tanto para primera línea como para líneas consecutivas en pacientes con NSCLC ALK positivo. En el ensayo de fase III ASCEND-4, ceritinib demostró una SSP más prolongada en comparación con la quimioterapia de primera línea en pacientes con NSCLC ALK positivo (16,6 frente a 8,1 meses).
Mecanismos de resistencia frente ALK-TKIs
Por lo tanto, la identificación de pacientes cuyos tumores muestran reordenamiento de ALK es esencial. A pesar de la gran eficacia inicial de los inhibidores de ALK, aproximadamente el 70 % de los pacientes finalmente progresan después del tratamiento debido al desarrollo de mutaciones de resistencia (76). Independiente de ALK: se han descrito cambios en al menos un gen además de ALK en más de la mitad de los pacientes que progresan a un ALK-TKI de segunda generación, incluidas mutaciones activadoras de PIK3CA, los genes EGFR (88), HER2/ 3, IGF-1R, MAPK, BRAF, KRAS o SRC; la amplificación de KIT (89), MYC o MET y la pérdida de función de NF2 (68).
Estudio de los pacientes ALK-positivos CPCNP en la práctica clínica
El tejido tumoral es la muestra utilizada en el estudio de los reordenamientos de ALK, siendo las técnicas de referencia la hibridación in situ con fluorescencia (FISH), la inmunohistoquímica (IHC) o la secuenciación masiva (NGS). Secuenciación de próxima generación en inglés), siempre que la plataforma esté diseñada adecuadamente. y validado para detectar estas fusiones. El método FISH e IHC tiene la desventaja de no proporcionar información sobre el compañero de fusión o las variantes basadas en puntos de corte, lo que puede afectar tanto la elección de ALK-TKI como el pronóstico de los pacientes (90). Por otro lado, RT-PCR solo permite la detección de socios de fusión conocidos que involucren al gen ALK, mientras que NGS es capaz de resolver este problema, permitiendo la detección simultánea de reordenamientos de ALK conocidos, así como nuevas variantes o socios de fusión.
Estudio de los pacientes con CPCNP ALK-positivos mediante biopsia líquida
ADN circulante tumoral (ctDNA, circulating tumor DNA)
Específicamente, para pacientes con cáncer de pulmón, las pruebas de ctDNA se introdujeron por primera vez en la práctica clínica para la detección de mutaciones del gen EGFR (95). Por todo ello, una alternativa prometedora para identificar mecanismos de resistencia a terapias dirigidas como ALK-TKI o EGFR-TKI es el estudio del ctDNA. Además, gracias a los avances en la tecnología de secuenciación, estudios recientes han demostrado una alta concordancia entre la detección de mutaciones de resistencia a las terapias dirigidas mediante el estudio de cfDNA y la biopsia tumoral (100,101).
ARN circulante tumoral (ctRNA, circulating tumor RNA)
El estudio del perfil mutacional de la progresión de un TKI a través de NGS es especialmente importante en pacientes con CPNM portadores de reordenamientos en el gen ALK, ya que, a diferencia de los pacientes con mutaciones en el gen EGFR que presentan una mutación de resistencia a un tratamiento de primera línea con un EGFR-TKI es p.T790M en el 60 % de los casos, los tumores ALK positivos tienen múltiples mutaciones de resistencia a los ALK-TKI, que a su vez parecen tener diferentes sensibilidades a la amplia variedad de ALK-TKI actualmente disponibles. Por lo tanto, el análisis NGS de cfDNA es un enfoque adecuado para el estudio de la dinámica de las mutaciones tumorales a lo largo de la enfermedad, proporcionando información útil y clínicamente relevante que permite un mejor manejo de los pacientes con NSCLC con reordenamiento ALK.
Vesículas extracelulares (EVs, extracellular vesicles)
El objetivo principal de esta tesis es evaluar la utilidad clínica de la biopsia líquida para el tratamiento de pacientes con NSCLC con enfermedad avanzada (estadio IV) y translocación ALK. Evaluar la utilidad de los fluidos biológicos para el estudio de ctDNA como alternativa al plasma. Desarrollar un algoritmo informático diseñado específicamente para la identificación de mutaciones somáticas en el dominio tirosina quinasa ALK a partir de datos de ctDNA NGS.
NEXT-GENERATION SEQUENCING FOR TUMOR MUTATION QUANTIFICATION
Methods: A total of 54 circulating free DNA (cfDNA) samples from 52 NSCLC patients and two healthy donors were analyzed by NGS using the Oncomine™ Lung cfDNA Assay and dPCR kit. Interestingly, all sensitizing EGFR mutations detected by NGS profiling of blood-derived samples (n = 20) were also identified in the matched FFPE sample (Figure 3). In this study, we tested the feasibility of non-invasive biomarker testing and plasma genotype quantification by NGS in routine clinical samples using Oncomine™.
All mutations identified in plasma were also positive in the paired body fluid samples. In the current study, we thoroughly assessed the clinical utility of body fluids for biomarker testing in one of the largest cohorts with the pair 1224 P´erez-Barrios et al.: EGFR biomarker testing using ctDNA from body fluids. In summary, ctDNA obtained from body fluids is a suitable source for EGFR biomarker testing in advanced lung adenocarcinoma patients and is more sensitive than plasma samples.
NGS-BASED LIQUID BIOPSY PROFILING IDENTIFIES MECHANISMS OF
List of mutations detected at disease progression and status at baseline or previous sample. Flow diagram of the optimized bioinformatics pipeline for processing and evaluation of variants at the ALK gene locus. List of mutations detected at disease progression and status at baseline or previous sample.
NEXT-GENERATION SEQUENCING TO DYNAMICALLY DETECT MECHANISMS OF
Next, using dPCR, we analyzed the p.Gly1269Ala (c.3806G>C) mutation in a plasma sample previously collected as the former. The p.Gly1269Ala (c.3806G>C) mutation appeared with crizotinib progression (December 2015) and was eliminated with ceritinib treatment. Conversely, the p.Gly1202Arg (c.3604G>A) mutation appeared during ceritinib treatment, which significantly increased with ceritinib progression (October–December 2016).
In the dPCR scatter plot, the p.Gly1202Arg (c.3604G>A) mutation is labeled with FAM (blue data points), whereas the wild type is labeled with VIC (red data points). The p.Gly1269Ala (c.3806G>C) mutation has been described as a frequent event in crizotinib resistance in ALK-positive NSCLC patients, being detected in approx. 4% of cases (8). Next-generation ALK-TKIs such as ceritinib have shown activity against the p.Gly1269Ala (c.3806G>C) mutation (14).
Lorlatinib, the next generation ALK-TKI, has demonstrated its efficacy against cells harboring the p.Gly1202Arg (c.3604G>A) mutation (15,16). Of note, the p.Gly1202Arg (c.3604G>A) resistance mutation was detected before disease progression, as determined by CT scan. Moreover, both lesions showed partial remission with ceritinib treatment, in association with a decrease in the plasma levels of the p.Gly1269Ala (c.3806G>C) mutation (Figures 1,2).
The ischium metastasis could be imputed to the clone harboring the p.Gly1202Arg (c.3604G>A) mutation (Figure 4).
ALK FUSION TRANSCRIPTS CAN BE DETECTED IN EXTRACELLULAR VESICLES
Routine molecular profiling of patients with advanced non-small cell lung cancer: results of a 1-year nationwide program of the French cooperative thoracic intergroup (IFCT). Activating mutations in the epidermal growth factor receptor underlying response of non-small cell lung cancer to gefitinib. Clinical features and outcomes of patients with non-small cell lung cancer harboring EML4-ALK.
Differential duration of response to crizotinib between ALK fusion variants in ALK-positive non-small cell lung cancer. Mechanisms of crizotinib resistance in patients with ALK gene rearranged non-small cell lung cancer. Quantification of dynamic circulating tumor DNA for treatment individualization in patients with non-small cell lung cancer.
Use of liquid biopsy in the care of patients with non-small cell lung cancer. Concurrent resistance mechanisms to multiple tyrosine kinase inhibitors in ALK-positive non-small cell lung cancer. Evaluation and prognostic significance of circulating tumor cells in patients with non-small cell lung cancer.
Neoadjuvant nivolumab plus chemotherapy in operable stage IIIA non-small cell lung cancer (NADIM phase II trial). Liquid biopsy-based biomarkers in non-small cell lung cancer for diagnosis and treatment monitoring. Background: KRAS is mutated in 30% of non-small cell lung cancer (NSCLC), but it has also been identified as one of the mechanisms underlying resistance to tyrosine kinase inhibitors (TKIs) in EGFR-positive NSCLC patients.