Estándares de datos de Biodiversidad:
Taxonomía
Diana Ugalde
BDMY UNAM
[email protected]
Adaptado de Leen Vadepitte WoRMS data management team
With the support of the Government of Flanders, Belgium
Except where otherwise noted, content in this work is licensed under a Creative Commons Attribution ShareAlike 3.0 (IGO)
Taxonomía: el común denominador
Es una disciplina que define grupos de organismos en base a caracteres
compartidos y a los cuales se les asigna un nombre
• El término se deriva del griego “taxis“ arreglo y “nomia” método. • Ayuda a poner orden en el "caos" de las especies,
• Nos permite identificar que estamos hablando de la mismo organismos. • Nos permite clasificar las especies en grupos más grandes
• Estándares internacionales
International Code on Zoological Nomenclature (ICZN)
International Code of Nomenclature for algae, fungi
Taxonomía: errores humanos y variaciones
• Taxonomía: propensa a variaciones y errores de ortografía
• Algunos nombres son mas difíciles de deletrear que otros…
Actinobacillus actimomycetemcomitans Actinobacillus actimycetemcomitans Actinobacillus actinmycetemcomitans Actinobacillus actinomicetemcomitans Actinobacillus actinomy Actinobacillus actinomyce Actinobacillus actinomycemcomitans Actinobacillus actinomyceremcomitans Actinobacillus actinomycetam Actinobacillus actinomycetamcomitans Actinobacillus actinomycetecomitans Actinobacillus actinomycetemcmitans Actinobacillus actinomycetemcomintans Actinobacillus actinomycetemcomitance Actinobacillus actinomycetemcomitans Actinobacillus actinomycetemcomitants Actinobacillus actinomycetemcommitans Actinobacillus actinomycetemocimitans Actinobacillus actinomycetencomitans Actinobacillus actinomycetum Actinobacillus actinomyctemcomitans Actinobacillus actinomyectomcomitans Actinobacillus actinomyetemcomitans Actinobacillus actinonmycetemcomitans Actinobacillus actionomycetemcomitans Actinobacillus actynomicetemcomitans Actinobacillus antinomycetemcomitans
¿Cuál es el correcto?
Es necesario un estricto control del vocabulario taxonómico!!!
World Register of Marine Species (WoRMS)
Dificultades con los nombres latinizados
Errores de transcripción
La herramienta de “el llenado automático de celdas” no es lo mas
recomendable...
Agalinus paupercula borealis Agalinus pauperculum borealis Agalinis paupercula var. Borealis Agalinus pauperculum var. borealis Agalinus paupercula var. borealis
Agalinus paupercula var. borealis Pennell
Agalinus paupercula Britton var. borealis Pennell Agalinus paupercula (Gray) Britt. var. borealis Pennell Agalinis paupercula (A.Gray) Britton var. borealis Pennell
Agalinus paupercula (Gray) Britton var. borealis (Pennell) Zenkert 1934 Gerardia paupercula borealis
Gerardia paupercula var. borealis
Gerardia paupercula var. borealis (Pennell) Deam
Gerardia paupercula (Gray) Britt. var. borealis (Pennell) Deam Gerardia paupercula (Gray) Britt. var. borealis (Pennell) Deam Gerardia paupercula (A. Gray) Britton var. borealis (Pennell) Deam Gerardia paupercula (A. Gray) Britton subsp. borealis (Pennell) Pennell Gerardia paupercula (Gray) Britt. ssp. borealis (Pennell) Pennell Gerardia paupercula Britton ssp. borealis Pennell
Taxonomía: existen muchas maneras de escribir
correctamente un nombre científico
1. Ceratium hirudinella
2. Ceratium hirudinella (Muller 1773)
3. Ceratium hirundienella
4. Ceratium hirundinella
5. Ceratium hirundinella (Mull ) 6. Ceratium hirundinella (Mull) 7. Ceratium hirundinella (Muller ) 8. Ceratium hirundinella (Muller 1773) 9. Ceratium hirundinella (Muller)
10. Ceratium hirundinella (O. F. Müller) Bergh 11. Ceratium hirundinella (O.F. Müler) Bergh 12. Ceratium hirundinella (O.F. Müller) Bergh
13. Ceratium hirundinella (O.F. Müller, 1773) Dujardin, 1841
14. Ceratium hirundinella (O.F. Müller) Bergh 15. Ceratium hirundinella Dujardin
16. Ceratium hirundinella O. F. M. 17. Ceratium hirundinella O. F. Muller
(Example from the Global Names Index - GNI)
• Milne Edwards
• Milne-Edwards
• A. Milne Edwards
• A. Milne-Edwards
• H. Milne Edwards
• H. Milne-Edwards
Conclusión:
•
Milne Edwards para Henri (padre)
• Milne-Edwards para Alphonse (hijo tocayo del tío y abuelo)
Taxonomía – Sinonimias
Halichondria (Halichondria) panicea (Pallas, 1766)
• Taxonomía:
Homonimias
Scientific name: Alebion
Es un nombre de un taxon que se escribe igual que otra especies pero que
pertenecen a diferentes taxones.
Sólo uno de los nombres puede ser “valido” y el otro pasa a ser “invalido”
Alebion Krøyer, 1863
=> Animalia, Crustacea, parasitic copepods
Alebion Gray, 1867
=> Animalia, Porifera
=> Accepted as Iophon Gray, 1867
Taxonomía: ¿Comó hacer frente a todas estas variaciones?
www.marinespecies.org
Vincular los nombres de los taxa con World Register of Marine Species (WoRMS)
WoRMS:
Lista estandarizada de nombres científicos
Lista autorizada de los nombres de todos los taxones de agua marina y salobre en
todo el mundo
Manejado y dirigido por taxónomos expertos
Libre acceso
Se maneja bajo estandares internacionales y contiene identificadores unicos
Global Unique IDs (LSIDs)
http://www.tdwg.org/standards/150/download/
Actualizado permanentemente
Si no hay vinculos con WoRMS:
Dataset antes tax. check Despues tax. check
1 Amphiura sunderali
2 Amphiura sundevali Amphiura sundevalli
3 Amphiura sundvali
4 Amphiura sundevalli
Taxonomía: un reto (y un ¿dolor de cabeza?) para los
administradores de datos
Source: Vandepitte et al. (2010). Data integration for European marine biodiversity research: creating a database on benthos and
plankton to study large-scale patterns and long-term changes. Hydrobiologia.
“… En total, se envió un dataset de 6.172 nombres de taxones únicos ... , sin embargo,
después de un cuidadoso control de calidad, este número se redujo a 4.525, debido
principalmente a las variaciones ortográficas y a las sinonimias. Este control de calidad
[taxonómico]
es muy necesario, ya que un nombre mal escrito u obsoleto podría
compararse con la introducción de una especie rara, con efectos adversos en otros
cálculos (de biodiversidad
) ... "
• Otro problema en los set de datos son las identificaciones inciertas, ej.
• Sp. 1, Sp. a, Sp. X …
• Cfr., aff. …
• Aphelochaeta spp./ Chaetozone spp.
Lo mejor es relacionarlo al primer nivel taxonomico más alto
Dataset A (España) Dataset B (Grecia)
Acantholaimus sp. 1 Acantholaimus sp. 1
Acantholaimus sp. 2 Acantholaimus sp. 2
?
¿Cuál es igual a cuál?
¿Comparación de muestras?
Reducción de información hasta nivel de género (Acantholaimus) = Pérdida de
biodiversidad, pero se prefiere la subestimación a la sobreestimación
• Caso: cf. & aff
.
El termino “cf” (o “cfr”) representa “confer” (conferir) y vagamente
interpretado, significa "parecido a"
Acanthonchus duplicatus <> Acanthonchus cf. duplicatus
Acanthonchus
Bolbolaimus abebei <> Bolbolaimus aff. abebei
Calanus finmarchicus A. affinis
C. affinis A. affinis
C. pacificus A. danae
Caligulus sp. Abarenicola devia
C. affinis Acartia tonsa
Acartia tonsa Achnanthes subaffinis
A. danae B. crenatus
Balanus balanus Balanetta baylii
B. crenatus Balanus balanus
Balanetta baylii C. affinis
Abarenicola devia C. pacificus
A. affinis C. affinis
Achnanthes subaffinis Calanus finmarchicus
A. affinis Caligulus sp.
¿Que hacer con los nombres comunes?
• "Traducir" el nombre común a un nombre científico
• Cuando tenga duda mejr consulte a su proveedor de datos
Nombre Común proporcionado Scientific name
Knobby brain coral Diploria clivosa
Lobster a) Homarus americanus
b) Homarus gammarus
Seaweeds ?
Shark ?
World Register of Marine Species
– Contiene muchos nombres comunes => Buscar una opción
DarwinCore / IPT
•
Mover el nombre común al campo "Nombre vernacular"
Dataset name = Ameira ambigua Scott, 1903
De acuerdo con WoRMS:
Ameira ambigua = unaccepted, synonym of Ameira minuta Boeck,
1865
Protocolo como administrador de datos:
1.
Mantener el nombre originalmente provisto como nombre científico (Ameira
ambigua)
2.
Enlace con LSID (life science ID) de este nombre: urn: lsid: marinespecies.org:
taxname: 348659
3.
Informar al proveedor de datos sobre el hecho de que este nombre no está
actualmente aceptado
=> El proveedor decide si desea mantener o cambiar el nombre
=> El administrador sigue la decisión del proveedor
Taxonomy & DarwinCore fields
33 campos relacionados con "taxon" en DwC
...
Los más importantes:
ScientificNameID (= LSID) Nombre científico
Nombre científicoAuthorship
(VernacularName) => consulte al proveedor para enlazar con un nombre científico
