Diagnòstic microbiològic. Quan i com?

(1)

Hos p ital de la Santa Cr eu i Sant Pau Gastroenteritis víriques. Diagnòstic 1

Gastroenteritis víriques:

Diagnòstic microbiològic.

Quan i com?

Núria Rabella 27 maig 2010

(2)

Hos p ital de la Santa Cr eu i Sant Pau Gastroenteritis víriques. Diagnòstic 2 1972 1979 1977 1973 1984

Virus causants de gastroenteritis

1972

1975

(3)

* Els virus han de ser empassats

* Resistir l’àcid clorhídric de l'estómac

* Resistir els àcids biliars del duodè

* Trobar les cèl.lules susceptibles de l'intestí

Virus causants de gastroenteritis

Persistència a pesar de les mesures de desinfecció que usualment eradiquen la contaminació bacteriana

(4)

Gastroenteritis vírica

Etiologia

Rotavirus

Norovirus

Sapovirus

Astrovirus

Adenovirus 40, 41

Coronavirus

Torovirus

Parechovirus

Aichi virus

Birnavirus

Bocavirus

(5)

Etiologia de la gastroenteritis

nosocomial

Lopman BA et al. Clinical manifestation of norovirus gasroenteritis in health care settings. CID 2004.

Anys: 2002-2003

Seguiment prospectiu de brots de gastroenteritis Avon County, Regne Unit

Hospitals: 4 grans, 11 de petits / 238B / 122E / 61N (50%) Residències: 135 / 33B / 19E / 14N (74%)

(6)

Etiologia de la gastroenteritis

(7)

Etiologia de la gastroenteritis

de la comunitat

Bacteris enteropatògens

17 (2,4%)

Virus

232 (21%)

Norovirus 114 Rotavirus 52 Sapovirus 43 Adenovirus 27 Astrovirus 14

Paràsits

48 (6,8%)

Toxines bacterianes

24 (7,8%)

Total de diagnòstics 46%

De Wit MAS et al. Sensor, a population-based cohort study on gastroenteritis in the Netherlands: Incidence and etiology. Am J Epidemiol 2001

(8)

Reoviridae

Rotavirus

Sis grups antigènics. A-F

A, B, C detectats en humans

7 P serotipus segons la VP4 de càpside

Capacitat de recombinació del material genètic (11 fragments)

(9)

Adenoviridae

Mastadenovirus

Adenovirus 40, 41

Sis subgrups: A-F

Subgrup F associat a gastroenteritis

Altres serotipus en pacients immunodeprimits No es detecta en cultius cel·lulars

(10)

Astroviridae

Genogrup A: serotipus 1-5 i 8

Genogrup B: serotipus 6 i 7 12 genotipus

No hi ha una completa correlació entre genotipus i serotipus. El més prevalent HAstV-1

No immunitat creuada

Múltiples tipus circulant al mateix temps en una zona geogràfica

(11)

Astroviridae

Astrovirus

Diferències en virulència segons el genotipus.

HAstV-3, particularment el genotipus IV implicat en casos de diarrea persistent de durada fins a 3 mesos

Correlació entre la càrrega vírica i la durada de la diarrea Descobriment de que la càpside vírica te propietats similars a les enterotoxines que són dosi-depenents

(12)

Caliciviridae

Norovirus

Sapovirus

(13)

Hos p ital de la Santa Cr eu i Sant Pau Gastroenteritis víriques. Diagnòstic 13 Genogrups I-II-IV,

com a mínim 40 genotipus nombrosos subgrups

Acumulació de mutacions puntuals i recombinació

Expressió dels gens de la càpside en baculovirus per produir VLP

Receptors: antígens de grup sanguini ABO, relacionats amb susceptibilitat

Emergència de noves variants que substitueixen las anteriors: nova soca pandèmica cada 2-4 anys

(14)

Únic hoste l’home

Dosi infectiva baixa (10 -100)

Transmissió: gotes, fomites, contacte persona-persona, contaminació ambiental. Casos secundaris:30%

Excreció vírica abans símptomes i després (109₎

Virus manté la seva infectivitat en un ampli rang de temperatures des de la congelació fins 60ºC

Degut a la gran diversitat de soques i a la falta d’immunitat creuada les infeccions es repeteixen al llarg de la vida

(15)

Hos p ital de la Santa Cr eu i Sant Pau Gastroenteritis víriques. Diagnòstic 15 És la causa més comuna de gastroenteritis en els adults i la segona en nens:

5%-31% de pacients hospitalitzats per gastroenteritis

5%-36% de pacients que consulten al metge

Norovirus

Patel MM et al. Systematic literature review of role of noroviruses in sporadic gastroenteritis. Emerg Infect dis 2008

(16)

Hos p ital de la Santa Cr eu i Sant Pau Gastroenteritis víriques. Diagnòstic 16 Infecció nosocomial:

30%-50% brots epidèmics en hospitals i residències altament transmissible

múltiples maneres de transmissió (seqüencial 7) resistent als desinfectants

Complicacions

Eliminació prolongada

Infecció crònica: noves variants?

Norovirus

(17)

Hos p ital de la Santa Cr eu i Sant Pau Gastroenteritis víriques. Diagnòstic 17 Diagnòstic:

RT-PCR detecten la majoria de soques però no totes

RT-PCR a temps real més sensible

EIA molt específic per alguns genotipus, la sensibilitat és genotipus depenent. Útil en brots. Confirmació negatius amb RT-PCR

Norovirus

(18)

Altres virus

Parechovirus

(picornavirus)

Virus Aichi

(picornavirus)

Birnavirus

Coronaviridae

Coronavirus

Torovirus

(19)

• Una mostra tenia

7 virus diferents

• Les mesures que serveixen per eliminar els

“coliformes” no serveixen pels virus

(20)

Gastroenteritis vírica

9 Transmissió a través de l’aigua o dels aliments

9 Transmissió persona a persona

9 Transmissió nosocomial

9 Alguns amb distribució estacional característica

9 Afectació de nens i adults

9 Incubació: 1 a 4 dies

9 Durada: 2 a 7 dies

(21)

Gastroenteritis vírica

Diagnòstic etiològic

QUAN?

9 Gastroenteritis que requereixen hospitalització

9 Brots epidèmics

(22)

Gastroenteritis vírica

Diagnòstic etiològic

COM?

9 Microscopia electrònica:

poc sensible i laboriosa per moltes mostres

(23)

Gastroenteritis vírica

Diagnòstic etiològic

COM?

9 Detecció d’antigen:

EIA, làtex, ICG poc sensible

comercialitzats:

(24)

Gastroenteritis vírica

Diagnòstic etiològic

COM?

9 Detecció d’àcids nucleics:

molt sensible PCR multiplex

atenció a les diverses variants correlació amb infectivitat

(25)

Gastroenteritis vírica

Conclusions

1)

Alta freqüència, gran impacte social i sanitari

2)

Recomanable fer un diagnòstic etiològic

3)

Diversitat de reactius disponibles i només

per alguns dels virus, amb sensibilitats i

especificitats variables

(26)

Diagnòstic microbiològic. Quan i com?

Texto completo

Gastroenteritis víriques: