Carrera: Especialización en Bacteriología Clínica- Área Microbiología Facultad de Química, Bioquímica y Farmacia Universidad Nacional de San Luis

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Carrera: Especialización en Bacteriología Clínica- Área Microbiología

Facultad de Química, Bioquímica y Farmacia

Universidad Nacional de San Luis

Acreditada por CONEAU: Resolución 288/09

Directora: Dra Analía Liliana Laciar (Resolución 250/12) Coordinadora: Dra. Lucía Esther Alcaráz (Resolución 251/12)

PROGRAMA MÓDULO 1:

PRINCIPIOS BASICOS EN EL DIAGNOSTICO DEL PACIENTE INFECTADO

Microbiología normal humana. Conceptos básicos de Microbiología general. Clasificación taxonómica. Bacterias Gram positivas, Gram negativas, características estructurales. Aspectos clínicos generales de las enfermedades infecciosas. Conceptos y tipos de infección. Infectividad, patogenicidad, virulencia. Mecanismos de transmisión de la infección. Pautas para el diagnóstico bacteriológico enfermedades infecciosas. Papel del microbiólogo. Obtención y transporte de las muestras. Identificación microbiana. Métodos microscópicos. Métodos de examen directo y tinciones. Métodos basados en pruebas bioquímicas. Sistemas comerciales, manuales y automatizados. Diagnóstico serológico. Aplicaciones en bacteriología. Genética microbiana: Organización genómica. DNA cromosomal, replicación, transcripción, y transducción en procariotes. Plásmidos. Elementos genéticos transponibles: secuencias de inserción y transposones. PCR de tiempo real. Miniaturización de PCR. Aplicaciones de la Biología Molecular en el diagnóstico y epidemiología de enfermedades infecciosas: Diagnóstico molecular. Fundamentos de las técnicas de Biología Molecular utilizadas en bacteriología clínica. Transmisión de la información genética. Definición y principios de aplicación de las técnicas moleculares. Clasificación. Aplicaciones de técnicas de Biología Molecular en el diagnóstico bacteriológico. PCR. Técnicas derivadas de la PCR. Identificación y tipificación de microorganismos de importancia clínica.

MÓDULO 2

FISIOPATOGENIA DE LAS ENFERMEDADES INFECCIOSAS

Factores microbianos relacionados con la patogenia. Factores de virulencia. Mecanismos de patogenicidad. Invasividad. Hipersensibilidad. Quorum sensing (QS). Sistemas microbianos regulados por QS. Quorum quenching (QQ). Estrategias del QQ. Biopelículas bacterianas (biofims). Etapas de formación del biofilm. Importancia del biofilm en la clínica. Dispositivos biomédicos asociados a biofilm. Infecciones protésicas. Infecciones bacterianas: Salmonella spp. Islas de patogenicidad. Eventos de la patogénesis de la infección por Salmonella y genes de virulencia asociados. Staphylococcus aureus.

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Patogenia. Streptococcus pyogenes Enfermedades estreptocócicas. Principales síndromes infecciosos causados por bacterias toxigénicas: botulismo. Escherichia coli enterohemorragica (STEC). Marcadores de virulencia. Patogenia. Manifestaciones clínicas. Síndrome Urémico hemolítico (SUH).

MÓDULO 3

INMUNOLOGÍA PARA MICROBIOLOGOS

Breve historia de la inmunología y su estrecha relación con la Microbiología. Bases de los mecanismos de la vacunación. Respuesta inmune. Anatomía del sistema inmune. Inmunidad innata y adaptativa. PAMPs. Fagocitos. Células presentadoras de antígenos. Teoría de la selección clonal. Respuesta inmune adaptativa. Linfocitos. Anticuerpos: estructuras, clases, distribución y función. Colaboración de linfocitos T a linfocitos B. Ontogenia. Cinética de la respuesta inmune. Linfocitos efectores y de memoria. Inmunidad e infección. Respuesta inmune frente a bacterias. Citoquinas en la infección. Defensinas. Mecanismos de evasión de la respuesta inmune por bacterias. Inmunopatogenia frente a infecciones bacterianas. Apoptosis ó muerte celular programada. Necrosis. Mecanismos de la apoptosis. Shock séptico. Factor de necrosis tumoral. Lipopolisacárido. Patofisiología del shock séptico. Factores genéticos del huésped. Tratamientos. Inmunodiagnóstico de las infecciones bacterianas: Principales metodologías inmunológicas: ELISA, Inmunofluorescencia, Hemaglutinación, Inmunocromatografía, Western Blott, Citometría de flujo.

MÓDULO 4

PRINCIPALES BACTERIAS AISLADAS EN MATERIALES CLÍNICOS. PRIMERA PARTE.

INFECCIONES LA SANGRE Y DEL SISTEMA CARDIOVASCULAR: Sepsis. Fisiopatogenia de la sepsis. Síndrome de respuesta inflamatoria sistémica. Sepsis severa. Shock séptico. Síndrome de disfunción en múltiples órganos. El valor del hemocultivo en el diagnóstico de las septicemias. Endocarditis infecciosas. Clasificación. Aguda. Subaguda. Endocarditis en válvula nativa. Endocarditis en válvula protésica. Endocarditis nosocomial. Diagnóstico. Bacteriemias. Clasificación. Monomicrobianas y polimicrobianas. Infecciones intravasculares. Infecciones relacionadas a catéteres. Diagnóstico. Técnicas de cultivo. Técnicas de cultivo de sangre para diagnóstico de infecciones relacionadas con catéteres. INFECCIONES DEL SISTEMA NERVIOSO CENTRAL. LÍQUIDO CEFALORRAQUÍDEO: Encefalitis. Meningitis. Meningoencefalitis y abscesos cerebrales. Fisiopatogenia de las enfermedades bacterianas que afectan al SNC. Factores predisponentes Meningitis bacterianas. Agentes etiológicos más frecuentes. Diagnóstico de laboratorio. Líquido cefalorraquídeo Toma de muestra, transporte, conservación y procesamiento. Cultivo. Pruebas rápidas para antígenos específicos. Tratamiento. Prevención. Diagnóstico diferencial de meningitis.

INFECCIONES DELTRACTO RESPIRATORIO SUPERIOR E INFERIOR:

Fisiopatogenia de las infecciones de vías respiratorias superiores. Agentes etiológicos. Características clínicas. Faringitis. Relación entre etiología y edad. Métodos diagnósticos: Cultivo e identificación. Laringitis. Etiología y Diagnóstico. Otitis externa y media:

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Factores predisponentes. Etiología de la OMA. Otitis media aguda supurada. Etiología de OMC. Sinusitis. Etiopatogenia. Diagnóstico microbiológico. Bronquitis. Etiopatogenia y diagnóstico. Tratamiento.

Infecciones de las vías respiratorias bajas. Neumonías. Factores de riesgo. Neumonía adquirida en la comunidad (NAD), intrahospitalaria (NIH) ó nosocomial (NN), en huésped inmunocomprometido. Etiopatogenia. Diagnóstico. Procesamiento de las muestras. Identificación de microorganismos y susceptibilidad antimicrobiana. Neumonía atípica. Etiología. Diagnóstico. Tos convulsa. Diagnóstico clínico. Definición en Argentina. Secuelas. Tratamiento. Vacunas. Epidemiología. Tuberculosis. Diagnóstico. Susceptibilidad antimicrobiana. Tratamiento y prevención.

MÓDULO 5

PRINCIPALES BACTERIAS AISLADAS DE MATERIALES CLÍNICOS. SEGUNDA PARTE.

TRACTO GASTROINTESTINAL: Infecciones gastrointestinales. Diarreas virales, bacterianas y parasitarias. Bacterias residentes. Familia Enterobacteriaceae. Patógenos entéricos pertenecientes a los géneros: Shigella, Salmonella, Yersinia, Edwarsiella, Escherichia (E. coli enterovirulentas), otros. Familia Vibrionaceae. Plesiomonas. Nuevos agentes etiológicos causantes de diarrea. Vías de transmisión, patogénesis, diagnóstico, coprocultivo, sensibilidad antibiótica, mecanismo de resistencia antibiótica, Complicaciones. Tratamiento. Epidemiología.

TRACTO URINARIO: El laboratorio en el diagnóstico de las infecciones renales y vías urinarias. Fisiopatogenia de las enfermedades bacterianas que afectan las vías urinarias bajas y altas. Bacteriuria asintomática. Cistitis. Pielonefritis. Vías de infección ascendente, hematógena. Mecanismos naturales de defensa. Causas que predisponen a las infecciones. Infecciones urinarias complicadas. Reinfección. Infección urinaria en pacientes con prostatitis. Infección urinaria en la mujer embarazada. Infección urinaria en el neonato. Factores predisponentes. Urocultivo: Algoritmo de trabajo. Interpretación del cultivo. Puntos de corte. Identificación de microorganismos, susceptibilidad antimicrobiana. Agentes etiológicos más frecuentes y poco frecuentes.

BACTERIAS ASOCIADAS A ENFERMEDADES DE LOS ÓRGANOS REPRODUCTORES Y ENFERMEDADES TRANSMITIDAS POR VÍA SEXUAL (ETS): Flora endógena del tracto cervico-vaginal y uretral. Infecciones genitales: Clasificación. Sifilis, chancro blando, granuloma inguinal, linfogranuloma venéreo. Uretritis y cervicitis. Infecciones gonocócicas. Infecciones por Chlamydia trachomatis. Micoplasmas. Vaginosis, vaginitis. BACOVA. Streptococcus agalactiae, Listeria monocytogenes, otros. Fisiopatogenia, síntomas clínicos, etiología. Diagnóstico. Epidemiología. Tratamiento. Sífilis congénita. Infección del tracto genital masculino. Infecciones de las vías espermáticas y glándulas anexas. Mecanismos patogénicos. Patógenos prostáticos. Prostatitis. Epididimitis. Orquitis. Síntomas clínicos, etiología. Diagnóstico. Interpretación de resistencia antimicrobiana.

BACTERIAS QUE SE AÍSLAN EN PIEL, TEJIDOS BLANDOS Y LÍQUIDOS ORGÁNICOS ESTÉRILES: Características estructurales de la piel. Flora normal de la piel. Funciones. Mecanismos de defensa. Factores de riesgo. Infecciones de piel y tejidos blandos. Espectro de gravedad. Mecanismos patogénicos de las infecciones de piel y partes

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blandas. Clasificación. Tipos de infección. Agentes etiológicos. Síntomas clínicos. Diagnóstico. Tratamiento. Infección del pié diabético. Etiología y diagnóstico. Líquidos de punción. Líquido pleural. Peritonitis y abscesos intraperitoneales. Agentes etiológicos. Diagnóstico.

INFECCIONES EN HUÉSPEDES EN SITUACIONES DE RIESGO: PACIENTES INMUNOCOMPROMETIDOS: Sistema defensivo intacto. Inmunodeficiencias. Deficiencias de la inmunidad innata y adaptativa. Tipos de inmunodeficiencias. Microorganismos relacionados a deficiencias inmunes. Inmunodeficiencias PRIMARIAS Y secundarias. Infecciones en pacientes inmunocomprometidos. Fisiopatogenia. Mecanismos de evasión de la respuesta inmune. Factores que predisponen a la infección. Gérmenes más comunes de infección. Patógenos oportunistas. Conductas microbiológicas a seguir.

MÓDULO 6

ANAEROBIOS Y BACILOS GRAMNEGATIVOS NO FERMENTADORES

ANAEROBIOS: Composición de la atmósfera. Letalidad del oxígeno. Bacterias gran negativas anaerobias más frecuentes. Microbiota humana anaerobia e infecciones asociadas. Características de las infecciones por anaerobios endógenos y exógenos Infecciones por anaerobios. Factores predisponentes. Factores de virulencia de bacterias anaerobias. Presentaciones más frecuentes. Infección por bacterias anaerobias resistentes a los antimicrobianos. Mecanismos de resistencia. Diagnóstico microbiológico. Cultivo de anaerobios. Limitaciones técnicas. Sistema de incubación. Procesamiento de las muestras. Características orientadoras de la presencia de bacterias anaerobias en el huésped y en la muestra. Taxonomía de bacterias anaerobias. Pruebas de sensibilidad in vitro. Patrones de sensibilidad a discos con carga de antibióticos. Clostridium difficile. Factores de riesgo. Cepas toxigénicas. Diagnóstico Tratamiento. Medidas de prevención.

BACTERIAS GRAMNEGATIVAS NO FERMENTADORAS: BNNF. Distribución de BNNF aerobios en materiales clínicos. Taxonomía. Factores y/o enfermedades predisponentes de infecciones. Agentes etiológicos responsables. Métodos de identificación de BNNF. Elementos para diagnóstico de BNNF en el Laboratorio clínico. Factores que contribuyen a la dificultad para la identificación de BNNF. Métodos para la identificación de BNNF. Herramientas fenotípicas rápidas manuales para la identificación de BNNF. Microorganismos más frecuentes. Susceptibilidad antimicrobiana. Resistencia natural y adquirida. Antibiograma.

MÓDULO 7

ANTIBIOTICOTERAPIA

Antimicrobianos. Clasificación. Mecanismos de acción. Mecanismos de resistencia. Situación para indicar tratamiento antimicrobiano. Muestras clínicas apropiadas para cultivo. Dosis adecuada. Duración del tratamiento. Pruebas de sensibilidad antimicrobiana. Técnicas moleculares para detectar mecanismos de resistencia de interés clínico. Sistemas automatizados. Resistencia a los antimicrobianos en el género Staphylococcus. Streptococcus pneumoniae. Criterios actuales del CLSI.

Mecanismos de resistencia a antimicrobianos en Enterobacterias. Fenotipos en el laboratorio. Interpretación e informe. Métodos de dilución. Métodos automatizados.

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Sistema VITEK (E-test). Pseudomonas aeruginosa, Mecanismos de resistencia. Resistencia natural y Resistencia adquirida.

MÓDULO 8

ASPECTOS EPIDEMIOLOGICOS GENERALES DE LAS ENFERMEDADES INFECCIOSAS

Noción de salud pública. Concepto de salud. Disciplinas que nutren la Salud pública. Misiones de la Salud pública (CDC). Epidemiología. Definiciones. Evolución histórica. Paradigmas dominantes. Teoría del germen. La epidemiología del riesgo. La epidemiología de la complejidad. Evolución de la causalidad/simplicidad/complejidad. Usos de la epidemiología.

MÓDULO 9

BIOSEGURIDAD EN EL LABORATORIO DE BACTERIOLOGÍA

Vías de infección. Clasificación de los microorganismos sobre la base del riesgo (OMS): grupos 1, 2, 3 y 4. Principios de bioseguridad: contención primaria y secundaria. Elementos de contención. Niveles de bioseguridad 1, 2, 3 y 4: prácticas microbiológicas estándares, prácticas especiales, equipos de seguridad, instalaciones de laboratorio. Reglamentación internacional en materia de transportes. Evaluación del riesgo. Tratamiento de residuos peligrosos. Estudio en animales: instalaciones de laboratorio. Criterios de nivel de bioseguridad de los animales vertebrados. Nivel de bioseguridad animal 1, 2, 3 y 4.

MÓDULO 10

CONTROL DE CALIDAD EN BACTERIOLOGIA CLINICA

Certificación y acreditación. Normas serie ISO 9000, NM ISO 15189:2008 e ISO 17025:2005. Vocabulario. Correlación entre ISO 9001 y NM ISO 15189:2008. Correlación entre NM ISO 15189:2008 e ISO 15189:2012

Requisitos de Gestión: organización y gestión, sistema de gestión de la calidad, control de documentos, revisión de los contratos, análisis realizados por laboratorios de derivación, servicios y suministros externos, servicios de asesoramiento, resolución de reclamos, identificación y control de no conformidades, acciones correctivas y preventivas, mejora continua, registros de la calidad y técnicos, auditorías internas, revisión por la dirección Indicadores de calidad.

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CRÉDITO HORARIO

MÓDULOS AÑO CREDITO

HORARIO TOTAL 1- PRINCIPIOS BASICOS EN EL

DIAGNÓSTICO BACTERIOLÓGICO DEL PACIENTE INFECTADO

1 60

2- FISIOPATOGENIA DE LAS ENFERMEDADES INFECCIOSAS

1 30

3- INMUNOLOGÍA PARA MICROBIOLOGOS 1 30 4- PRINCIPALES BACTERIAS AISLADAS EN

MATERIALES CLÍNICOS. PRIMERA PARTE.

1 60

5- PRINCIPALES BACTERIAS AISLADAS DE MATERIALES CLÍNICOS. SEGUNDA PARTE. 1 60 6- ANAEROBIOS Y BACILOS GRAMNEGATIVOS NO FERMENTADORES 1 30 7- ANTIBIOTICOTERAPIA 2 40 8- ASPECTO EPIDEMIOLÓGICO GENERAL

DE LAS ENFERMEDADES INFECCIOSAS

2 20 9- BIOSEGURIDAD EN EL LABORATORIO DE BACTERIOLOGÍA 2 20 10- CONTROL DE CALIDAD EN BACTERIOLOGÍA CLÍNICA 2 30 TRABAJO FINAL 100

Para cursar los módulos del segundo año, se deberán tener aprobados todos los módulos dictados en el primer año.

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REGLAMENTO BASICO ESPECIALIDAD EN BACTERIOLOGÍA

CLÍNICA-ÁREA MICROBIOLOGÍA

1. INSCRIPCIÓN

El postulante deberá inscribirse on-line en la página de la Secretaría de Posgrado de la Facultad de Química, Bioquímica y Farmacia y adjuntar su CV.

2. ADMISIÓN

Para ser admitidos los postulantes deberán cumplir con los siguientes requisitos: - Título de Bioquímico o Licenciado en Bioquímica.

- Evaluación de los antecedentes. - Entrevista personal.

3. PLAN DE LA CARRERA

A) Cursos de Formación Propuestos en el Plan. Los temas de cada módulo serán evaluados oportunamente mediante examen escrito que se aprobará con una calificación no inferior a 7(siete) puntos. Sólo se podrá recuperar el 20% de las evaluaciones. Al finalizar, aquellos alumnos que no hubiesen aprobado todos los módulos, podrán acceder a un examen final que incluye todo lo desarrollado, siempre que hayan cumplido con la asistencia al 80 % de los encuentros programados.

B) Prácticas de laboratorio.

a) Se realizarán en centros asistenciales y/o laboratorios acreditados. b) Las actividades serán supervisadas por un instructor del mismo

Laboratorio (establecidos según convenio). c) Las prácticas tendrán un mínimo de 500 horas.

d) Al finalizar las prácticas se deberá presentar un trabajo Final de investigación clínica de las actividades realizadas. Dicho trabajo se realizará bajo el asesoramiento de un instructor (Jefe de servicio Hospitalario, un docente de la carrera ó un profesional con antecedentes específicos en Bacteriología Clínica) y será aprobado luego de su presentación escrita y defensa oral.

4. APROBACIÓN DE ESPECIALIZACIÓN

a) Aprobar todas las evaluaciones de los cursos programados. b) Aprobar las prácticas correspondientes.

c) Aprobar el trabajo de investigación.

d) El tiempo máximo desde el inicio de las actividades de la carrera hasta la defensa del trabajo final, no podrá exceder los 4 años.

5. TRIBUNAL DE EVALUACIÓN

Tendrá como función considerar la aprobación de las actividades señaladas en el punto 4. Estará presidido por un miembro del Comité Académico y acompañado por un docente de la carrera y un miembro externo con sus respectivos suplentes.

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REGLAMENTO PARA LA PRESENTACIÓN Y APROBACIÓN DEL TRABAJO FINAL DE LA CARRERA ESPECIALIZACIÓN EN BACTERIOLOGÍA CLÍNICA-

ÁREA MICROBIOLOGÍA Artículo 1º

El título de Especialista en Bacteriología Clínica-Área Microbiología estará sujeto a la aprobación de los incisos a, b, c y d del punto 4 del Anexo II.

Artículo 2º

El Trabajo Final tendrá carácter de investigación clínica, epidemiológica, comparación de métodos, etc. En caso de estudios retrospectivos, deberá incluir trabajo personal del alumno.

Artículo 3º

El postulante en condiciones de realizar el Trabajo Final de la carrera de Especialización, presentará por Mesa de Entradas de la Facultad de Química, Bioquímica y Farmacia, la siguiente documentación:

 Constancia de aprobación de todos los módulos.

 Constancia de aprobación de las 500 horas de práctica realizadas en Laboratorios de Bacteriología acreditados.

 Plan de Trabajo Final, donde conste tema, objetivos, metodología y diseño del mismo, con aval del Director del Trabajo Final y su curriculum vitae si no forma parte del plantel docente de la carrera.

Artículo 4º

Podrá ser Director del Trabajo Final, cualquier docente de la carrera y/o profesional que posea antecedentes de jerarquía en el tema presentado.

Artículo5º

El Comité Académico de la carrera, constituido en comisión ad-hoc, analizará la propuesta y pertinencia del Plan y Director propuesto.

Artículo 6º

El Comité Científico del Programa de Posgrado de Bioquímica y Ciencias Biológicas aconsejará respecto a la aceptación del Plan y Director propuesto.

Artículo7º

Una vez sugerida la aprobación del Plan de Trabajo y Director del mismo por el Comité Científico del programa de Posgrado de Bioquímica y Ciencias Biológicas, deberá ser girado a la Secretaría de Posgrado y Extensión de la Facultad quien será la encargada de su protocolización.

Artículo 8º

Luego de satisfacer las condiciones descriptas en los artículos anteriores y una vez concluido el Trabajo de Investigación, para la defensa del mismo, el postulante deberá presentar una nota solicitando la evaluación de su Trabajo Final y adjuntar

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tres ejemplares borradores que se distribuirán para consideración entre los miembros del Tribunal.

Artículo 9º

Los miembros del Tribunal, tanto los docentes de la Carrera como los miembros externos, serán designados por la Facultad, a sugerencia del Comité Académico de la Carrera y avalados por el Comité Científico del Programa de Posgrado de Bioquímica y Ciencias Biológicas.

Artículo 10º

Cada integrante del Tribunal recibirá un ejemplar del Trabajo, debiendo expedirse por escrito en un plazo no mayor de 30 días corridos. Concluido este periodo, si el Trabajo fuese aprobado, se convocará a los integrantes del Tribunal y al postulante a reunirse en la Facultad de Química, Bioquímica y Farmacia. La defensa de los Trabajos Finales se realizará tres veces al año en fecha a confirmar.

Artículo 11º

La defensa del Trabajo se realizará en forma pública y consistirá en una disertación acerca de los aspectos conceptuales sobresalientes del Trabajo Final de Especialización.

Artículo 12º

El Trabajo se calificará como: Aprobado o reprobado. El Tribunal labrará un acta en la que justificará los criterios de su decisión.

Artículo 13º

En caso de que el trabajo fuese rechazado en cualquiera de las instancias, el postulante tendrá una nueva oportunidad en un plazo no mayor a 6(seis) meses.

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