UNIDAD DE POSGRADOS Y EDUCACIÓN PERMANENTE

FORMULARIO DE PROPUESTA DE ASIGNATURAS (curso, seminario, taller, otros)

1. Datos generales de la asignatura

Nombre de la asignatura Explorando Banco de Datos y Herramientas Computacionales aplicadas a la Genómica de Plantas

Abreviación para Bedelía (41

caracteres como máximo) Genómica Vegetal Nombre de la asignatura en

Inglés Exploring databases and computational tools applied to Plant Genomics

Nivel Carreras

(Marque las que corresponda)

Cupos Mínimo Máximo Pregrado Tec. Agroenergético Tec. Cárnico Tec. de la Madera

Grado Lic. en Diseño de Paisaje Lic. en Viticultura y Enología

Ingeniero Agrónomo Ingeniero de Alimentos 5 Educación

Permanente

Marque si este curso es ofrecido exclusivamente como EP

Posgrados Profesionales

Diploma y Maestría en Agronomía Diploma y Maestría en Desarrollo Rural Sustentable

Académicos Maestría en Ciencias Agrarias 20

CUPO TOTAL 25

Modalidad de dictado de la asignatura:

(Marque con X lo que corresponda)

A distancia Presencial x

2. Equipo docente

Docente responsable

Nombre (incluir el título académico): Dr Clara Pritsch, (coordinación) Cargo (especificar grado docente,

dedicación horaria global):

Prof. Agr. 40h (DT); Facultad de Agronomía, UDELAR

Integración del Colegio de Posgrados (indicar categoría que integra)

2

Carga horaria aproximada de dictado de clases en el curso (en horas totales)

10 (actividad de Taller)

FACULTAD DE AGRONOMÍA UNIDAD DE ENSEÑANZA

UNIDAD DE POSGRADOS Y EDUCACIÓN PERMANENTE

X

x

Otros Docentes participantes

dedicación horaria global):

Profesor

Institución y país: Depto de Genética, Escola Superior de Agronomía Luis de Queiroz (ESALQ), Universidad de San Pablo, Piracicaba, Brasil

Carga horaria aproximada de dictado de clases en el curso (en horas totales)

30

Nombre (incluir el título académico): Dr Alessandro Varani Cargo (especificar grado docente,

dedicación horaria global):

Profesor

Institución y país: Depto Tecnología, Facultad de Ciencias Agrarias y Veterinarias (FCAV),Universidad Estadual de San Pablo, Jaboticabal, Brasil

Carga horaria aproximada de dictado de clases en el curso (en horas totales)

24

Nombre (incluir el título académico): Dra Luisa Berna Cargo (especificar grado docente,

dedicación horaria global):

Asistente DT,

Institución y país: Unidad Genómica Evolutiva, Facultad de Ciencias, UDELAR (co-coordinadora)

Carga horaria aproximada de dictado de clases en el curso (en horas totales)

10 (actividad de Taller)

Nombre (incluir el título académico): Dra Magdalena Vaio Cargo (especificar grado docente,

dedicación horaria global):

Adjunto, DT

Institución y país: Facultad de Agronomía, UDELAR Carga horaria aproximada de dictado de

clases en el curso (en horas totales)

10 (actividad de Taller)

Nombre (incluir el título académico): Paola Gaiero Cargo (especificar grado docente,

dedicación horaria global):

Adjunto, DT

Institución y país: Facultad de Agronomía, UDELAR Carga horaria aproximada de dictado de

clases en el curso (en horas totales

10 (actividad de Taller)

Nombre (incluir el título académico): Susana Rodríguez Cargo (especificar grado docente,

dedicación horaria global):

Asistente, 34h

Institución y país: Facultad de Agronomía, UDELAR

Carga horaria aproximada de dictado de clases en el curso (en horas totales

10 (actividad de Taller)

Nombre (incluir el título académico): Marianella Quezada Cargo (especificar grado docente,

dedicación horaria global):

Asistente, 30 h

Institución y país: Facultad de Agronomía, UDELAR Carga horaria aproximada de dictado de

clases en el curso (en horas totales

10 (actividad de Taller)

3. Programa de la asignatura

Objetivos

Generales

Este curso deberá contribuir al estudiante de posgrado (y de grado avanzados) una visión general de los fundamentos en el estudio de genómica de plantas y el uso efectivo de herramientas computacionales y bases de datos. para el análisis, anotación de genes y genomas, anotación de proteínas, y análisis de expresión génicca.

Específicos

Objetivos específicos en relación a las capacidades y destrezas que deben ser desarrolladas por los alumnos:

1. Comprender los avances en el conocimiento y tecnologías de generación de datos sobre la estructura y función del genoma de plantas.

2. Desarrollar experiencia en utilización de herramientas y estrategias de análisis para la anotación genómica

3. Desarrollar experiencia en utilización de herramientas y estrategias de análisis en Genómica comparativa

4. Desarrollar experiencia en utilización de herramientas y estrategias de análisis en análisis de co-expresión génica

.

Unidades Temáticas

Parte 1: Clases teóricas (Dra Claudia Monteiro-Vitorello, (ESALQ; USP, Brasil)

1. Presentación: Historia del desarrollo de las Ciencias “ómicas”: del estúdio de los genes al estúdio de genomas completos de plantas; la evolución del conocimiento; cambios de conceptos.

2. Secuenciación de nueva generación: 1ra, 2da, 3ra generación de tecnologias; la relevancia de las secuencias cortas y largas em el ensamblado e interpretación de las características de los genomas (estrutura, repeticiones atribuídas a elementos transponibles, y duplicaciones génicas), phasing of polyploid y genomas heterocigotos em plantas.

3. Tamaño de Genomas de plantas; Paradoja C e Paradoja G; Genoma Pan (accesorio y core) contenido de bases GC,islas genómicas; elementos transponibles; regiones codificantes, regiones no codificantes

4. Métodos de alineamientos: Local y Global; conceptos evolutivos considerando secuencias de nucleótidos y de aminoácidos.

5. Anotación de Proteínas: bases de datos UniProt (TrEMBL+SwissProt); características (dominios, motivos, sitios activos) de las secuencias de las proteínas; estructura y función. Predicción de domínios transmembranas, pé´tido señal y otras señalizaciones em la secuencia de aminoácidos.

Familia de proteínas y Familia de domínios. Métodos de alineamientos para la identificación de regiones conservadas; predicciones; bases de datos de famílias y domínios (InterPro)

6. Gene Ontology; asignación de términos GO en la anotación de proteínas, relevância. Bases de datos específicos para anotación funcional (KEGG, MErops, Enzyme, TCDB y otros)

7. Redes biológicas en la Biología de sistemas. Conceptos. Principales interpretaciones. Base de datos para análisis de expresión génica y redes de co-expresión. Principios y conceptos necessários en los análisis.

Parte 2: Clases teórico-prácticas

8. Evaluación de la calidad de la anotación de genomas vegetales. Anotación completa de elementos transponibles (linajes, distribución ene l genoma, patrones de inserción, datación de la inserción) 9. Genómica comparativa. Análisis de Micro y Macrosintenia y “genome topography”. Bloques

sinténicos y evidencia de eventos de duplicación global del genoma por métodos basados en anotación y en la organización genómica estructural

10. Estrategia de análisis de familia multigénicas en un contexto de genómica comparativa:

determinación de expansión y retracción de familias multigénicas 11. Herramientas para análisis de coexpresión génica

Metodología

El curso es de modalidad presencial. Se desarrolla en dos semanas consecutivas. La primera semana consta de 10 clases teóricas (3h/clase) distribuidas en mañana y tarde de lunes a viernes, que completan 30h. La segunda semana, se desarrollarán 8 clases teórico-prácticas en las cuales luego de una breve introducción, se implementarán ejercicios prácticos con aplicación de análisis bioinformáticas (de lunes a jueves, de mañana y de tarde) en la Sala de Informática de Fagro. Además, al final de cada día, se implementará un espacio en modalidad Taller (en sub-grupos), con docentes de Fagro, de no más de 1 hora, como espacio de intercambio/discusión que facilite la jerarquización de los contenidos discutidos en cada jornada. Al final del curso, se establecerá un espacio de intercambio entre estudiantes y docentes sobre intereses, oportunidades, desafíos de las líneas de trabajo en genómica en curso o a iniciar. La evaluación del curso consta de un cuestionario en línea. Se valorará la participación activa.

Evaluación

Grado

Sistema de prueba de evaluación Evaluación continua

Pruebas parciales Pruebas parciales y trabajo

Seminario Monografía

Revisión bibliográfica Trabajos prácticos

Exoneración (*)

Otros (especificar): Un Cuestionario en línea x

Posgrado y Educación Permanente

La evaluación del curso consistirá en un cuestionario en línea. En el caso de estudiantes de grado la evaluación será de menor complejidad.

(*)Reglamento del Plan de Estudio de Ingeniero Agrónomo. Artículo Nº15, literal B "...al menos el 80% del puntaje exigido ...y más el 50% del puntaje de cada prueba de evaluación...".

Bibliografía

De Bie T, Cristianini N, Demuth JP, Hahn MW. CAFE: a computational tool for the study of gene family evolution. Bioinformatics. 2006 May 15;22(10):1269-71. doi: 10.1093/bioinformatics/btl097. Epub 2006 Mar 16. PMID: 16543274.

Edwards D. 2016 Plant Bioinformatics. Methods and Protocols 2

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Mendes FK, Vanderpool D, Fulton B, Hahn MW. CAFE 5 models variation in evolutionary rates among gene families. Bioinformatics. 2020 Dec 16:btaa1022. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa1022. Epub ahead of print. PMID: 33325502

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Pevsner J. 2015. Bioinformatics and Functional Genomics 3

ed. Wiley-Blackwell (ISBN: 978-1118581780)

Qiao X, Li Q, Yin H, Qi K, Li L, Wang R, Zhang S, Paterson AH. Gene duplication and evolution in recurring polyploidization-diploidization cycles in plants. Genome Biol. 2019 Feb 21;20(1):38. doi:

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10.1093/bib/bbw139. PMID: 28077403; PMCID: PMC6054162.

Artículos de revisión que serán indicados durante el curso.

Frecuencia con que se ofrece la asignatura (anual, cada dos años, a demanda)

Se ofrecerá en el caso de que sea aprobada la propuesta postulada al Programa de Visita Profesores extranjeros, ANII, marzo 2022

Cronograma de la asignatura

Año: 2022 Semestre: 2 Bimestre

Fecha de inicio 10 de octubre

Fecha de finalización 20 de octubre

Días y Horarios L a V, L a J, de 9 a 12, de 13 a 17h Localidad: Fagro, Montevideo Salón: Salón 3 (Posgrados)/sala de

informática

Asignatura presencial - Carga horaria (hs. demandada al estudiante)

Exposiciones Teóricas 30 Teórico - Prácticos 24 Prácticos (campo o laboratorio)

Talleres 8 Seminarios Excursiones

Actividades Grupales o individuales de preparación de informes

Presentaciones orales, defensas de informes o evaluaciones

Lectura o trabajo domiciliario

Otras (indicar cual/es) Evaluación 3

Total 65

Asignatura a distancia (indique recurso a utilizar)

Video-conferencia: Localidad emisora Localidad receptora

Plataforma Educativa (AGROS u otra) Materiales escritos x

Internet

Total de horas (equivalente a presencial):

Interservicio (indique cuál/es)

Otros datos de interés:

POR FAVOR NO COMPLETE LA SIGUIENTE INFORMACIÓN, la misma será completada por las Unidades Técnicas (UE / UPEP / Bedelía)

Créditos de Grado: Créditos de Posgrados:

Código de la asignatura de

Grado: Código de la asignatura de Posgrado:

Resolución del Consejo para cursos de Grado Nº:

Resolución del CAP para cursos de Posgrados:

Año que entra en vigencia:

Departamento o Unidad: