Aproximación proteómica

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Aproximación proteómica de metaloproteasas a partir del veneno total de Bothrops andianus: bioprospección terapéutica por análisis bioinformático   2018

Aproximación proteómica de metaloproteasas a partir del veneno total de Bothrops andianus: bioprospección terapéutica por análisis bioinformático 2018

El estudio se realizó en el Laboratorio de Química de Proteínas, de la Universidad Católica de Santa María de Arequipa; en colaboración con el Laboratorio Thomson de espectrometría de masas del Instituto de Química de la Universidad del Estado de Campinas - São Paulo, Brasil, desde junio a septiembre del 2018. El empleo de metaloproteasas de serpientes, podría tener en el futuro la perspectiva como agente antitrombótico. El objetivo principal fue obtener por aproximación proteómica la presencia de metaloproteasas a partir del veneno total de Bothrops andianus y analizar por un análisis bioinformático, la bioprospección futura terapéutica. La metodología fue: purificación del veneno de B. andianus mediante cromatografía de intercambio iónico SP-Sephadex C-50; actividad biológica y bioquímica mediante el método Kondo modificado y TAME; identificación del peso molecular y punto isoeléctrico mediante electroforesis bidimensional; identificación de la fracción peptídica mediante espectrometría de masa (MALDI TOF/TOF); secuenciamiento y análisis bioinformático mediante el sistema Swissprot (NCBI-BLAST), y el Software DNAstar; con la estadística descriptiva y experimental, representados por la medida de experimentos error padrón. ANOVA, la significancia fue obtenida a través del test no-pareado t-Student considerando p<0,05. Resultados: se obtuvo una metaloproteasa denominado Ba-MP, el cual mostró actividad hemorrágica leve (DHM = 39 mm), con acción catalítica fuerte (17.65 nmoles/min); presentó un peso molecular 33 KDa y un punto isoeléctrico de 7.1; se obtuvo la fracción N-terminal presentando la secuencia QNLPQRYIQLVVVADH. Presentó gran homología con otras metaloproteasas como HT-D 93.8%, HT-B 93.8%, HT-C 93.8%, BmHF-1 81.3%, adamalysin II 87.5% y atroxase 87.5%. En conclusión, se logró obtener una metaloproteasa Ba-MP del veneno de B. andianus con una actividad hemorrágica leve y una actividad catalítica fuerte y bajo el análisis bioinformático muestra una perspectiva no terapéutica debido a su actividad hemorrágica.
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Análisis de aproximación proteómica en frutos de gulupa passiflora edulis sims sometidos a dos temperaturas poscosecha

Análisis de aproximación proteómica en frutos de gulupa passiflora edulis sims sometidos a dos temperaturas poscosecha

La gulupa se ubica como la segunda passiflora y la tercera fruta de exportación en Colombia, alcanzando en el 2006 ventas por 1.7 millones de dólares a países como Alemania, Holanda, Bélgica, Inglaterra, Francia, Suecia y Canadá. En el presente trabajo se evalúan algunos parámetros fisicoquímicos que se utilizan comúnmente en estudios de fisiología poscosecha (textura, pérdida de peso, sólidos solubles, acidez titulable, pH) y se presenta un análisis de aproximación proteómica de frutos almacenados a 4°C y a 20°C, en empaque Makropool M. Se encontraron diferencias significativas entre las temperaturas de almacenamiento en los parámetros fisicoquímicos evaluados para las unidades experimentales almacenadas durante 24 y 32 días. Mientras que en el análisis de aproximación proteómica se encontró que las manchas de proteína que aparecen o aumentan su densidad óptica en los frutos almacenados a 20°C han sido reportadas como asociadas a la maduración del fruto. Mientras que aquellas relacionadas con el tratamiento a 4°C se encuentran relacionadas en su mayoría a eventos de estrés, como es el estrés por frío.
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Aproximación proteómica del material IRHO7001 de palma de aceite Elaeis guineensis Jacq en condiciones de déficit hídrico

Aproximación proteómica del material IRHO7001 de palma de aceite Elaeis guineensis Jacq en condiciones de déficit hídrico

La palma de aceite (Elaeis guineensis Jacq), es uno de los cultivos más importantes en la actualidad debido a su uso en los biocombustibles y en la producción de aceites (FEDEPALMA 2007). En Colombia, uno de los principales países productores, la mayor parte del cultivo se concentra en regiones secas en los cuales pueden presentarse eventos de estrés hídrico en las plantas. En el presente trabajo se hizo una aproximación proteómica al problema del déficit hídrico en el material vegetal IRHO 7001 de palma de aceite. Se sembraron plántulas las cuales, luego de tres meses de sembradas, a un grupo se les sometió a tratamiento de déficit hídrico (-2.0 MPa) y el otro grupo se mantuvo como control a capacidad de campo (-0.01 MPa). A los 8 meses de edad y a las 9:00 h donde se da la mayor tasa fotosintética se recolectó el material foliar, al cual se le determinó el contenido de la subunidad pesada de RuBisCO EC 4.1.1.39, el contenido endógeno de ácido abscísico (ABA), los cuales son indicadores de diversos estreses ambientales en plantas, y se realizaron los ensayos para extracción de proteínas. Se adecuó una metodología de extracción según el método de Wei et al (2009), y electroforesis en dos dimensiones. Se encontró que frente al déficit hídrico hay acumulación de ABA y disminución de los contenidos de proteínas. Adicionalmente, del análisis comparativo de los geles se encontró por causa del déficit hídrico 81 proteínas diferenciales, de las cuales se seleccionaron 40 para ser secuenciadas por MALDI- TOF/TOF; para algunas de esas proteínas se reporta función en procesos como la fotosíntesis, el sistema antioxidante enzimático y no enzimático, el metabolismo de la planta, la biosíntesis de la célula, el transporte celular y la señalización del estrés.
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CARACTERIZACIÓN ESTRUCTURAL DE ENZIMAS PROTEOLÍTICAS EXTRACELULARES DE PSEUDOMONAS SP  PRESENTES EN LA MICROBIOTA GASTROINTESTINAL DE ENGRAULIS RINGENS (ANCHOVETA PERUANA), A TRAVÉS DE UNA PLATAFORMA DE APROXIMACIÓN PROTEÓMICA FUNCIONAL

CARACTERIZACIÓN ESTRUCTURAL DE ENZIMAS PROTEOLÍTICAS EXTRACELULARES DE PSEUDOMONAS SP PRESENTES EN LA MICROBIOTA GASTROINTESTINAL DE ENGRAULIS RINGENS (ANCHOVETA PERUANA), A TRAVÉS DE UNA PLATAFORMA DE APROXIMACIÓN PROTEÓMICA FUNCIONAL

2 obtienen luego de su procesamiento (harina y aceite) son de bajo valor comercial y vienen siendo utilizados como materia prima para otras industrias. Según la literatura las proteínas de peces poseen un valor intrínseco único, ya que a partir de ellas es posible obtener moléculas peptídicas con propiedades funcionales específicas para aplicaciones a nivel industrial. La aplicación de un proceso biotecnológico de hidrólisis enzimática requiere de una gama de enzimas proteolíticas capaces generar productos con propiedades funcionales dirigidos a mercados específicos. La aplicación de biotecnologías enzimáticas utilizando proteasas de origen bacteriano para la generación de péptidos bioactivos, incrementará el rendimiento del proceso conservando sus propiedades funcionales. Por lo tanto para la implementación de estas biotecnologías se hace necesario disponer de enzimas hidrolíticas del tipo proteasas, las cuales serán seleccionadas y caracterizadas molecularmente a partir de la microbiota de la anchoveta peruana Engraulis ringens (Anchoveta peruana), comenzando su estudio desde una aproximación proteómica.
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Variabilidad y respuesta a distintos estreses en poblaciones de encina (Quercus ilex L.) en Andalucía mediante una aproximación proteómica

Variabilidad y respuesta a distintos estreses en poblaciones de encina (Quercus ilex L.) en Andalucía mediante una aproximación proteómica

Las condiciones de estrés abiótico impuestas por el cambio climático, y el progresivo aumento de plagas de insectos y organismos patógenos, cons- tituyen, a medio y largo plazo, serias amenazas para las especies y los ecosistemas forestales. La generación de conocimiento para mejorar la des- cripción y catalogación de la biodiversidad y de los recursos genéticos forestales pasa por una mayor integración entre biólogos moleculares y selvicultores, lo que, en definitiva, favorecerá la conservación de especies y poblaciones forestales y el desarrollo racional de programas de refo- restación y manejo sostenible de los recursos forestales. Los estudios de proteómica forestal de encina en Andalucía han contribuido principalmente en cuatro áreas de interes: i) describir y catalogar poblaciones andaluzas de encina a partir de herramientas analíticas y –ómicas; ii) mejorar el co- nocimiento sobre la base genética de la encina a nivel individual, intra-poblacional e inter-poblacional; iii) seleccionar caracteres genéticos relacio- nados con la tolerancia a distintos tipos de estrés (bióticos y abióticos) y iv) la identificación de marcadores útiles en la selección de árboles plus. Para ello se ha trabajado con muestras de campo y de plantones crecidos en condiciones controladas tanto en condiciones óptimas como de estrés (sequía e infección por Phytophthora cinnamomi). Se ha analizado el perfil proteico de diferentes órganos, incluyendo polen, fruto, hojas, y raíz, uti- lizando para ello una metodología proteómica basada en electroforesis bidimensional acoplada a espectrometría de masas. Los datos obtenidos nos han permitido establecer un catálogo de proteínas de encina así como identificar aquellas que son específicas de poblaciones, de estados de desarrollo, de órgano, o que responden con cambios cualitativos o cuantitativos a situaciones de estrés. La presente revisión es un claro ejemplo de un estudio multidisciplinar orientado a la caracterización, catalogación y conservación de los recursos genéticos de la encina en Andalucía, como marco de referencia para la selección de materiales de base mejor adaptados a los riesgos derivados de estreses bióticos y abióticos, y de la apli- cación de este marco en la gestión de encinares en el sur de la península ibérica.
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Caracterización Estructural y Funcional de una Metaloproteasa del Veneno de Bothrops roedingeri por Aproximación Proteómica

Caracterización Estructural y Funcional de una Metaloproteasa del Veneno de Bothrops roedingeri por Aproximación Proteómica

dando un resultado de 27342.6641 Da. Se realizó una caracterización de la estructura primaria de “novo” por hidrolisis tríptica (MALDI/TOF) obteniendo 6 secuencias de aminoácidos para posteriormente realizar un análisis Bioinformático a través de la Base de datos SWISS-PROT para luego realizar un análisis de homología secuencial con uso del Software DNAStar especificando que la proteína estudiada es una Metaloproteasa de la familia de las Hemorraginas. Finalmente se hizo pruebas para su caracterización biológica para determinar la actividad hemorrágica con un método de inoculación intradérmica en ratones obteniendo los valores de hemorragia inducida de Bothrops roedingeri correspondiendo a 9.5 mm ± 0.15 mm para el veneno total y de 8 ± 0.12 mm para la fracción HFBr, respectivamente. El procedimiento realizado como es la “Proteómica” nos sirvió para la obtención y caracterización de metaloproteasas procedentes de la especie Bothrops para un futuro fin científico, tecnológico y terapéutico.
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Caracterización Estructural y Funcional de una Fosfolipasas A2 Homóloga K49 del Veneno de Bothrops barnetti, por Aproximación Proteómica

Caracterización Estructural y Funcional de una Fosfolipasas A2 Homóloga K49 del Veneno de Bothrops barnetti, por Aproximación Proteómica

Hasta el 2013, los estudios sobre las diferentes actividades farmacológicas atribuidas a las PLA 2 como tales han evidenciado que a pesar de poseer una gama de efectos tóxicos, se mostró que algunas de estas moléculas con las mismas características físico-químicas, tales como pI, masa molecular, perfil idiopático, regiones antigénicas, superficie de carga entre otras, propias de las PLA 2 , eran las responsables de las actividades biológicas tóxicas conocidas, sin embargo carecen completamente de actividad enzimática. Este gran descubrimiento junto al desarrollo tecnológico en la cromatografía líquida, permitió encontrar dentro del veneno otro tipo de moléculas semejantes a las PLA 2 pero con la sustitución del aminoácido en la posición 49 de Asp por Lys, lo que evidenció esta ausencia de la actividad enzimática. Esto no fue ningún problema para que estas moléculas homólogas pudieran desencadenar toda la gama de efectos toxicológicos. Es por ello que se empezaron a buscar este tipo de toxinas con el objetivo de entender mejor sus diferentes mecanismos de acción tóxica para futuramente poder encontrar a través de la plataforma proteómica, una nueva alternativa de anti veneno en la era póst- genómica, pues resulta crucial el descubrimiento de estas moléculas que por sus características físico-química terminan siendo enmascaradas por las PLA 2 , atribuyéndose erróneamente los efectos farmacológicos generados por las PLA 2 (K49) homólogas. 46
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Aproximación proteómica y metabolómica de la producción de metabolitos secundarios en líneas celulares elicitadas de Solanum Lycopersicum

Aproximación proteómica y metabolómica de la producción de metabolitos secundarios en líneas celulares elicitadas de Solanum Lycopersicum

Por ello, en las últimas décadas y gracias al avance de las disciplinas “ómicas” (genómica, transcriptómica, proteómica, metabolómica, entre otras), las!estrategias para incrementar la producción de metabolitos secundarios por cultivo in vitro se centran fundamentalmente en: 1) el estudio de las vías de transducción de la señal que conducen a la biosíntesis de metabolitos secundarios, 2) el estudio de los factores de transcripción y su mecanismo de regulación, incluyendo la manipulación de genes reguladores para mejorar la producción de metabolitos secundarios, 3) la clonación de los genes que codifican para enzimas clave en la ruta de biosíntesis de los metabolitos secundarios de interés, y la modificación de los genes que dirigen el flujo metabólico hacia los compuestos diana, 4) el estudio del flujo metabólico y del perfil metabólico de los intermediarios de la ruta de biosíntesis para conocer las rutas completas y la regulación de la acumulación de los compuestos diana, 5) el estudio de la transcripción génica del metabolismo secundario mediante el estudio y análisis del perfil de expresión génica en diferentes condiciones, con el fin de comprender la regulación del metabolismo secundario en todo su conjunto, y 6) la manipulación de los cultivos celulares para mejorar la productividad de los compuestos diana, a través de la selección del material vegetal y la optimización de las condiciones de cultivo, el cultivo de células diferenciadas, la inmovilización de las células vegetales y el empleo de elicitores (Oksman-Caldentey e Inzé, 2004; Mora-Pale et al., 2014).
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Proteómica da Apneia Obstrutiva do Sono para a descoberta de biomarcadores

Proteómica da Apneia Obstrutiva do Sono para a descoberta de biomarcadores

Este processo foi utilizado para obtenção do proteoma por 2DE da amostra de plasma depletada. No Laboratório de Proteómica, onde desenvolvi o meu trabalho, era usual utilizar-se géis de médio ou grande formato para a separação e análise de proteínas em larga escala permitindo a separação reprodutível de milhares de proteínas simultaneamente. Por outro lado esta opção tem um grande custo em consumíveis, bem como um aumento do tempo de análise do gel. Por esta razão, para estudar o proteoma plasmático das minhas amostras foi feito um teste em mini-gel, com diferentes quantidades de proteína referentes à fracção F1 de depleção por MARS, utilizando tiras (strips - immobilized pH gradient - IPG) de pH 4-7, 7cm de comprimento (GE-Healthcare). Foram testadas 10µg, 20µg e 40µg de proteína plasmática. Segundo a literatura (Angelika Görg, 2004) para géis preparativos a partir de tiras de 7cm, deve usar-se uma quantidade equivalente a 40-60µg de proteína/strip e para géis analíticos ≥6µg de proteína/strip (2D-
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Identificación mediante proteómica de nuevas adipoquinas y mioquinas implicadas en la obesidad

Identificación mediante proteómica de nuevas adipoquinas y mioquinas implicadas en la obesidad

La primera caracterización del secretoma del TA humano completo mediante técnicas de proteómica fue publicado recientemente [150]. En este estudio, la recolección del secretoma del TAV fue estandarizado experimentalmente al probar diversas variaciones del protocolo hasta obtener unas concentraciones y composiciones proteicas óptimas. El protocolo final consistió en la realización de un lavado de los explantes de TAV tras 1 hora de incubación, seguido de dos o tres lavados en un periodo máximo de 8 horas, tras los cuales se incubó la muestra toda la noche. Finalmente el TA se mantuvo en cultivo durante 48-114 horas hasta obtener la muestra final. Además, para averiguar si las proteínas estaban siendo realmente secretadas, incubaron los explantes junto a un medio marcado con L-[13C6, 15N2]-Lys. De las 259 proteínas identificadas, 108 contenían péptido señal, y 70 de ellas habían incorporado el marcaje, considerándose como secretadas por el TA. Estas proteínas fueron clasificadas en cinco categorías de acuerdo con la función, la mayoría eran proteínas que formaban parte de la matriz extracelular (por ejemplo la perlecan y la versican), seguidas por un segundo grupo de proteínas relacionadas con la señalización celular (por ejemplo la neurofilina-1). Como era de esperar, este estudio también mostró como un considerable número de proteínas eran liberadas no sólo por los adipocitos, sino también participaban en la secreción otros tipos celulares como macrófagos y células endoteliales (por ejemplo endoplasmina, gelsolina, proteína disulfuro isomerasa, calreticulina, catepsina D y peroxiredoxina 4).
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Desarrollo de herramientas bioinformáticas para estudios de proteómica a gran escala de "Candida albicans"

Desarrollo de herramientas bioinformáticas para estudios de proteómica a gran escala de "Candida albicans"

El tipo más común de cromatografía usada en experimentos de proteómica es la que se conoce como RP-HPLC (Reverse Phase High Performance Liquid Chro- matography, Cromatografía Líquida de Alta Eficacia en Fase Reversa). En ella los analitos de la muestra se separan en base a su carácter hidrofóbico. La fase es- tacionaria, apolar, está compuesta por unas micro-esferas de sílice cubiertas de cadenas alquilo con 18 átomos de C (C18). Un gradiente en que el solvente orgá- nico aumente gradualmente y en proporción inversa al componente acuoso, pro- voca que los analitos más polares eluyan primero integrados en la fracción acuo- sa cuando hay una mayor proporción de ésta, mientras que los más hidrofóbicos son retenidos durante más tiempo. Además, la cromatografía, usando una termi- nología similar a la usada para la separación de proteínas en gel, también puede ser multi-dimensional. La tecnología denominada MudPIT (Multidimensional Protein Identification Technology, Tecnología Multidimensional de Identificación de Proteí- nas) (Wolters et al., 2001) integra una primera dimensión de separación usando una columna SCX (Strong Cation Exchange, Intercambio Catiónico Fuerte) y una segunda dimensión consistente en una cromatografía en fase reversa.
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Relaciones y recursos en el trabajo de laboratorio: estudio de caso de un laboratorio académico de proteómica

Relaciones y recursos en el trabajo de laboratorio: estudio de caso de un laboratorio académico de proteómica

Instituciones como el MinCyT y Agencia proporcionan subsidios según convocatorias a proyectos, también de viajes a congresos y financia el acceso a redes de “facilities” (servicios tercerizados) y cursos de especialización con laboratorios de Europa y EEUU. Para dar un ejemplo el MinCyT (2014) convoca a diversos cursos en Europa relacionados con la bioinformática, y también el acceso a servicios de grandes laboratorios como el EMBL (Laboratorio Europeo de Biología Molecular). Siguiendo a Knorr (1996) no habría una comprensión directa del objetivo de las políticas científicas del MinCyT y su relación con las preguntas y problemas que se formulan en el laboratorio de proteómica. La distancia que hay entre la oferta de la institución y las necesidades, preguntas y problemas del laboratorio forma una indeterminación entre lo que “se espera”, “se piensa” sea de interés y el trabajo de laboratorio, de este caso se dará un ejemplo. Para Knorr (1996), los compromisos con instituciones proveedoras “pueden ser renegociados en el trabajo de laboratorio real, y los criterios de decisión encarnados en estos compromisos pueden ser revisados, ignorados o desestimados en el proceso de investigación” (Knorr, 1996:158), es decir estos criterios deben están consonancia con los proyectos, convocatorias y requisitos de los agentes que proveen recursos. Otras instituciones importantes son las revistas de biología especializadas las cuales pueden aceptar o rechazar los artículos por motivos técnicos que incluyen: formato de presentación, herramientas utilizadas y estilo de escritura. Durante las visitas al laboratorio se pudo observar el caso donde la Lic. en Física realizando su doctorado tuvo que reelaborar su paper rechazado por “demasiado técnico” en una revista de biología molecular por el uso de modelos estadísticos complejos y poco explicitados en forma de gráficos u otros modelos de presentación. La consistencia entre los intereses de la revista y el trabajo científico de los becarios es muy importante ya que los becarios doctorales necesitan un mínimo de publicaciones en revistas reconocidas para obtener su doctorado. Por otra parte, se pudo relevar el uso de revistas alternativas y repositorios “libres” para la publicación y difusión de artículos.
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				Periodontitis crónica: una visión desde la proteómica

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Campylobacter rectus : immunological characterization and interleukin-6 and -8 induction in human gingival fibroblast. FEMS Microbiol Lett. Nakano Y, Inai Y, Yamashita Y, Nagaoka S, Ka[r]

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Proteómica

Proteómica

El resultado del análisis se someterá a un proceso de búsqueda mediante el programa “turbosequest”, de forma manual se pueden elegir los mejores espectros de fragmentación (ms/ms) de t[r]

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Evaluación clínica, patológica y proteómica de dos aislados venezolanos de Trypanosoma vivax

Evaluación clínica, patológica y proteómica de dos aislados venezolanos de Trypanosoma vivax

La proteómica es uno de los métodos de separación proteica más potentes y útiles que existen hoy en día. Es una tecnología relativamente reciente, que comenzó a usarse a finales de los años 70 únicamente como herramienta analítica para la separación y caracterización proteica (O’Farrell, 1975). El término proteómica fue acuñado en 1995 para describir la caracterización del conjunto de todas las proteínas presentes en una célula, fluido o tejido en un momento dado (Wasinger y col., 1995; Anderson y Anderson, 1996). La proteómica comenzó a ser popular a finales de los años 80, con la aparición de las membranas PVDF (Bauw y col., 1989) y la creación de la primera base de datos para geles bidimensionales. Posteriormente, con la aparición y mejora de diversos métodos de preparación y extracción proteica de la muestra, así como de las distintas herramientas de secuenciación, la proteómica comenzó a tener una mayor importancia como método preparativo y de análisis de las proteínas. Fue sufriendo un progresivo auge durante los años 90 coincidiendo con el desarrollo de la espectrometría de masas, técnica de apoyo fundamental.
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PASANTÍA EN EL LABORATORIO DE PROTEÓMICA EN EL ÁREA INSTRUMENTAL EN ESPECTROMETRÍA DE MASAS Y SÍNTESIS DE PÉPTIDOS

PASANTÍA EN EL LABORATORIO DE PROTEÓMICA EN EL ÁREA INSTRUMENTAL EN ESPECTROMETRÍA DE MASAS Y SÍNTESIS DE PÉPTIDOS

El desarrollo de la presente pasantía permite profundizar en la temática de la Investigación Científica, la cual procura dar solución a diversos problemas en el campo de la salud que aquejan a la sociedad actual. Teniendo en cuenta el enfoque de dicha pasantía en el área de Proteómica e Ingeniería de Péptidos e influenciados de acuerdo a la formación como docentes investigadores, se evidencia la importancia de implementar un adecuado reconocimiento de las bases teóricas de la Síntesis Peptídica y de las aplicaciones de la Espectrometría de Masas y de los protocolos para el correcto uso y empleo de los equipos TETRAS PEPTIDE SINTETIZER y nanoUPLC Q-Tof .Además de ello, el manejo de dichos equipos en la Universidad Distrital Francisco José de Caldas, se encuentra limitado debido a la ausencia de procedimientos operativos estándar (POE), los cuales brindan beneficios como facilitar el acceso a investigadores interesados en su uso; de tal manera, que con la realización de los mismos sean desarrollados y representen una contribución como producto final al Grupo de Investigación.
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Métodos de validación de identificaciones a gran escala de proteínas y desarrollo e implementación de estándares en Proteómica

Métodos de validación de identificaciones a gran escala de proteínas y desarrollo e implementación de estándares en Proteómica

por medio de la combinación de una digestión en solución de los extractos proteicos con endo- proteasas, perdiéndose así la referencia a nivel de la proteína, seguida de una separación de alto rendimiento por cromatografía líquida (HPLC, High Performance Liquid Cromatography) de los péptidos generados, combinada con la espectrometría de masas MS/MS, llamada espectrometría de masas en tándem (tandem mass spectrometry) (Washburn, Wolters et al. 2001). Luego se utilizan los motores de búsqueda en bases de datos, herramientas bioinformáticas avanzadas que completan el proceso de identificación de proteínas a partir de los péptidos presentes en las muestras analizadas. La Proteómica de segunda generación permite realizar un análisis global y sistemático de los proteomas obteniéndose un mapa exhaustivo de las proteínas existentes en una muestra al poder utilizar el poder de separación de péptidos mediante técnicas cromatográficas acopladas directamente al espectrómetro de masas, permitiendo realizar medidas de miles de proteínas sin necesidad de realizar una separación de proteínas previa (offline) que, en la mayoría de los casos, es costosa en tiempo y material, además de poco reproducible. Esto posibilita análisis a nivel superior, como por ejemplo análisis de interacciones o de cascadas de señalización.
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Caracterización molecular del cáncer de mama precoz triple negativo mediante la técnica proteómica SWATH-MS

Caracterización molecular del cáncer de mama precoz triple negativo mediante la técnica proteómica SWATH-MS

Sin embargo, el estudio muestra una serie de limitaciones relacionadas con la téc- nica empleada. El número de proteínas que identificamos mediante esta técnica fue inferior a lo que inicialmente esperábamos, e inferior a lo que habitualmente obtenemos con otras técnicas y, es posible que esto nos haya hecho perder in- formación útil. Por otra parte, el análisis simultáneo de la expresión génica y de proteínas en una misma muestra, aporta una información mucho mayor que la de cada una de dichas medidas por separado. Nuestro estudio carece de esta valida- ción de los resultados obtenidos con proteómica con datos de expresión génica, lo que limita su utilidad clínica. Sería especialmente interesante correlacionar los da- tos obtenidos del estudio de proteínas con los subtipos descritos por autores como Lehmann a nivel genómico. En este sentido, las pacientes con recaídas tardías nos parecen un grupo especialmente interesante para el análisis conjunto de ge- nes y proteínas. Resultados publicados previamente 119 muestran que las pacien-
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Caracterización fenotípica de Bordetella pertussis creciendo en biofilm . Desde la proteómica al reconocimiento molecular de factores de virulencia

Caracterización fenotípica de Bordetella pertussis creciendo en biofilm . Desde la proteómica al reconocimiento molecular de factores de virulencia

Los resultados expuestos en el capítulo anterior indicarían que un aumento en la expresión de factores de virulencia, principalmente adhesinas en la cubierta de células de la cepa clínica Bp2723 le conferirían a las mismas una mayor capacidad para desarrollar un biofilm . La p ese ia de u a o ú e o de adhesi as i pli a ía e o se ue ia te e más ventajas en las etapas de adhesión y de estructuración del biofilm maduro. Además se debería tener en cuenta en este análisis las posibles ventajas que la formación de un biofilm le aportaría a estas bacterias en relación a los tratamientos con antibióticos y frente al sistema inmune del hospedador. Las técnicas que se utilizaron para evaluar la expresión de factores de virulencia fueron los estudios de proteómica y qRT-PCR. Si bien éstas poseen alta sensibilidad, requieren de la utilización de métodos invasivos para la obtención de resultados. El procesamiento de los cultivos puede tardar uno o dos días y la cantidad de cultivo inicial deber ser considerablemente alta. Por estos motivos se decidió complementar los estudios realizados con la utilización de una técnica no invasiva y de resolución nanométrica para estudiar la presencia de factores de virulencia en células de B. pertussis. Para tal fin la técnica elegida fue la Microscopia de Fuerza Atómica, una metodología que permite identificar la presencia de factores de virulencia en la superficie de las bacterias y realizar medidas en ambientes muy semejantes a los fisiológicos. El objetivo final de estos estudios fue el de desarrollar un método no invasivo y rápido de caracterización de cepas de B. pertussis circulantes en la población.
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Aplicación de la proteómica en la búsqueda de biomarcadores de glomeruloesclerosis segmentaria y focal y nefropatía por cambios mínimos

Aplicación de la proteómica en la búsqueda de biomarcadores de glomeruloesclerosis segmentaria y focal y nefropatía por cambios mínimos

Abstract Background: Minimal change disease MCD and primary focal segmental glomerulosclerosis FSGS are the main causes of primary idiopathic nephrotic syndrome in children and adults, w[r]

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