RNA-seq
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Análisis de datos de RNA Seq empleando diferentes paquetes desarrollados dentro del proyecto Bioconductor para estudios de expresión génica diferencial
... Respecto al primer aspecto, los cuatro experimentos se englobaban dentro de los estudios de tipo comparación de grupos, concretamente estudios de casos y controles. Por otra parte, y en relación al segundo punto, se ...
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Estudio del transcriptoma mediante RNA seq con nfasis en las especies vegetales no modelo
... de RNA (RNA-seq; Fig. 1). El RNA-seq es una herramienta que permite evaluar el estado transcripcional de un organis- mo, órgano o tejido, típicamente para comparar distintos ...
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Simulation based benchmarking of isoform quantification in single cell RNA seq
... Kallisto, Salmon, Sailfish, and RSEM can accurately detect and quantify isoforms in scRNA-seq to nearly the same ac- curacy as bulk RNA-seq data. A limitation of using simula- tions to benchmark ...
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Análisis del patrón de expresión de la tolerancia a endotoxinas en un modelo de monocitos humanos mediante RNA seq
... del RNA-seq, ya que disponiendo de mayor tiempo se podría obtener una información más completa e incluso enfocarnos en genes específicos e interesantes para la ...
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Integrated RNA seq and sRNA seq analysis identifies novel nitrate responsive genes in Arabidopsis thaliana roots
... transcriptome. RNA-seq offers several advantages over hybridization-based techniques like microarrays ...[13-18]. RNA-seq is not limited to de- tection of transcripts that correspond to ...
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RNA seq, de novo transcriptome assembly and flavonoid gene analysis in 13 wild and cultivated berry fruit species with high content of phenolics
... fruit species. These species belong to eight plant genera and seven families: Berberidaceae (B. buxifolia), Caprifo- liaceae (L. caerulea), Elaeocarpaceae (A. chilensis), Erica- ceae (C. album, V. corymbosum, V. ...
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2. BIOINFORMATIC ANALYSIS OF RNA-SEQ WITH A PERSPECTIVE FOR BOLIVIA.
... A través de todos estos pasos, el análisis bioinformático de RNA-seq nos permite generar listas de todos los genes expresados y sus funciones para cada organismo y condi[r] ...
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Deep Learning to Analyze RNA-Seq Gene Expression Data
... This paper has presented a first approximation on the straightforward use of deep learning models existing implementations for the analysis of RNA-Seq gene expression profiles databases. In concrete, it ...
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Evaluación del efecto del estrés por manejo en la expresión de genes asociados a la inmunidad del congrio colorado (Genypterus Chilensis) mediante RNA seq
... Hoy en día aún existen diversas interrogantes respecto a cómo el estrés puede afectar la inmunidad de los peces, y más aún en congrio colorado. Además, la información biológica relacionada con este teleósteo es escasa y ...
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Characterization of the agent causing a new disease in leek (Allium ampeloprasum var borrum) fields by RNA Seq
... There are two plausible approaches for trying to identify the pathogen using the RNA-seq data. The first approach is to select all the sequences that do not map against a de novo assembly transcriptome ...
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Desarrollo de un proceso de análisis de datos RNA seq, para el estudio de la expresión diferencial en distintos puntos en el tiempo
... Con estos datos se pretende conseguir marcadores más específicos de cada punto de diferenciación y hacer un estudio de expresión diferencial entre las células de Schwann con un genotipo [r] ...
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Búsqueda de genes expresados diferencialmente en el tejido adiposo de Cheirogaleus medius durante la hibernación utilizando su genoma de referencia
... Para evitar sesgos debidos a diferencias en las concentraciones de ARN, este fue diluido a una concentración de 2 ng/µl en un volumen total de 5 µl antes de la amplificación. El kit Ovation ® RNA-Seq System ...
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Minería de Datos Aplicada al Estudio de Modificaciones Post-Transcripcionales del ARN
... observados en la condici´ on de referencia (C) para luego simular sobre ellos los cambios de expresi´ on. Paralelamente se defini´ o los casos de expresi´ on diferencial que se simularon posteriormente. Luego se procedi´ ...
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Elucidating the regulation of the Yeast Metabolic Cycle through the integration of gene expression and chromatin status
... The Yeast Metabolic Cycle (YMC) has become a model to study how changes in the metabolic landscape can affect the chromatin status to regulate gene expression. Previous studies have shown how the YMC is divided in three ...
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Transcriptomic analyses of Fusarium oxysporum and Fusarium solani challenged with antifungal compounds both in vitro and in vivo
... Four genes were selected to validate gene expression levels obtained in the RNA-seq analysis 396. for the in vitro AMB and PSC assays and also to compare gene expression between in v[r] ...
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TítuloRNA Seq analysis for assessing the early response to DSP toxins in Mytilus galloprovincialis digestive gland and gill
... as RNA-Seq provide a valuable contribution to determining which gene pool expression is induced or suppressed depending on its physiological role in response to different treatments ...
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... tecnología RNA-seq, el rango está actualmente entre 5 y 10 μg, con una concentra- ción alrededor de 500 ng/μl [Ryan Kim, UC Davis Genome Center; Nong Chen, Business Development Director, BGI Americas, ...
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Caracterización transcriptómica del cáncer de endometrio y su importancia en el diseño de nuevas estrategias terapéuticas
... Methods: To carry out the study, data were obtained from the RNA-seq analysis of samples from patients with TCGA endometrial cancer. The differential expression analysis was carried out using the limma ...
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Identificación y evaluación de genes asociados al sistema profenoloxidasa de Caligus rogercresseyi y su respuesta transcriptómica frente a los antiparasitarios deltametrina, cipermetrina y azametifos
... de RNA-seq con los Illumina reads obtenidos para cada etapa de desarrollo de ...de RNA-seq eran una fracción de longitud mínima = 0,6 y una fracción de similitud mínima (lecturas largas) = ...
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Desarrollo de un sistema experto simbólico conexionista de ayuda al diagnóstico del glaucoma
... la RNA subdivide esta clase basándose en la localización del defecto –un escotoma pequeño en el campo superior nasal lo sitúa en una clase diferente de un defecto de tamaño similar en el campo temporal ...La ...
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