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Contribución de RNAs no codificantes pequeños del hospedador y del virus a la patología pulmonar inflamatoria causada por el coronavirus del síndrome respiratorio agudo y grave

Contribución de RNAs no codificantes pequeños del hospedador y del virus a la patología pulmonar inflamatoria causada por el coronavirus del síndrome respiratorio agudo y grave

En este trabajo se ha estudiado la relevancia de los RNAs no codificantes en la interacción virus-hospedador, usando como modelo experimental el virus SARS-CoV y ratones BALB/c, que reproducen la patología pulmonar causada en humanos. Dado que la regulación por ncRNAs depende en gran medida de complejas redes de interacción específicas de tejido (Ludwig y col., 2016), los resultados obtenidos in vivo proporcionan información sobre la relevancia fisiológica de los ncRNAs en la infección de SARS-CoV. La patología pulmonar de SARS-CoV se debe fundamentalmente a una respuesta inflamatoria muy elevada (Channappanavar y col., 2016). Por tanto, con el fin de restringir el estudio a los ncRNAs implicados específicamente en la respuesta inflamatoria, se comparó la infección del virus silvestre virulento, SARS-CoV-wt, con la del mutante de deleción SARS-CoV-∆E, que está atenuado in vivo (DeDiego y col., 2007). Mientras que el virus silvestre causa una inflamación pulmonar severa, pérdida de peso significativa y muerte del 100% de los ratones a partir del quinto día después de la infección, los ratones infectados con el virus atenuado SARS-CoV-∆E no pierden peso y todos ellos sobreviven (Netland y col., 2010). Por tanto, como la única diferencia entre ambos virus es la presencia o ausencia de la proteína E, los ncRNAs diferencialmente expresados en ambas infecciones podrían estar implicados específicamente en la regulación de la patología inflamatoria causada por el SARS- CoV. Para analizar estos ncRNAs se utilizó la tecnología de secuenciación masiva de RNAs, que permite estudiar el transcriptoma completo de la célula de forma sistemática y con alto rendimiento. Dado que los RNAs no codificantes incluyen RNAs muy diferentes en tamaño, se secuenciaron independientemente la fracción de ncRNAs de pequeño tamaño (< 200 nt), que contiene los miRNAs, y la fracción de RNAs de mayor tamaño (> 200 nt) entre los que se encuentran los lncRNAs, así como los mRNAs que codifican proteínas. Esta memoria se centra fundamentalmente en los resultados obtenidos en la secuenciación masiva de ncRNAs de pequeño tamaño.
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Análisis de los perfiles de expresión de genes codificantes y no codificantes en linfomas no-Hodgkin

Análisis de los perfiles de expresión de genes codificantes y no codificantes en linfomas no-Hodgkin

Mientras que los primeros métodos de análisis basados en la clonación revelaron más de 7000 genes humanos en los años 1970 y 1980 (Matsubara and Okubo 1993), los abordajes a gran escala de EST (expression sequences tags) en la década de 1990 sugirieron que el número estimado de genes estaba dentro del intervalo 35000-100000 (Liang et al, 2000). La finalización del Proyecto Genoma Humano redujo considerablemente el enfoque destacando un número mucho menor respecto a lo considerado anteriormente, que es ahora convencionalmente citado cercano a 25000. Por otra parte, estudios posteriores sobre el transcriptoma han revelado una elevada variedad y número de RNAs no codificantes (ncRNAs). Estos elementos transcripcionalmente activos son muy abundantes en todos los organismos estudiados hasta la fecha, desde la levadura a los seres humanos (Birney et al, 2007; Kapranov et al, 2007; van Dijk et al, 2011), y representan una discordancia con el dogma central de la biología ya que no se encuentran involucrados en la síntesis de proteínas. Sin embargo, durante la última década, numerosos estudios han demostrado que los ncRNAs pueden presentar funciones biológicas indirectamente relacionadas con la expresión de GCP, complementando la visión clásica descripta en el dogma central de la biología molecular, pudiendo operar a través de una amplia gama de mecanismos bien definidos. Asimismo, debido a su elevada abundancia y teniendo en cuenta datos que estiman que hasta un 70% del genoma humano se transcribe en RNA (Djebali et al, 2012) se han generado debates en cuanto a si la transcripción de los ncRNA refleja procesos biológicos verdaderos o si estos transcriptos pueden estar representando subproductos debido a errores en el proceso de transcripción.
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Exosomas secretadas por las células de cáncer de mama MDA MB 231 post interferencia de los RNAs mitocondriales no codificantes antisentido (ASncmtRNA) disminuyen las propiedades tumorogénicas

Exosomas secretadas por las células de cáncer de mama MDA MB 231 post interferencia de los RNAs mitocondriales no codificantes antisentido (ASncmtRNA) disminuyen las propiedades tumorogénicas

Aquellas moléculas de RNA que no se traducen a proteínas se les conoce como RNAs no codificantes (ncRNAs). Dentro de este grupo se encuentran los RNAs de transferencia (tRNAs), RNAs ribosomales (rRNAs), RNAs pequeños nucleares (snRNAs) y RNAs pequeños nucleolares (snoRNAs), los cuales son expresados constitutivamente (Gutschner y Diederichs, 2012). Los RNAs no codificantes se subdividen en dos grupos de acuerdo a su tamaño: los RNAs no codificantes pequeños (< 200 nt) y los RNAs no codificantes largos (lncRNAs) (> 200 nt). El grupo de los RNAs no codificantes pequeños está conformado por los microRNAs (miRNAs), RNAs de interferencia pequeños (siRNA) y los PIWI-RNAs (piRNAs) (Winter et al., 2009). El grupo de los lncRNAs se caracteriza por su tamaño (Chen y Carmichael, 2010; Lipovich et al., 2010) y también por solaparse o intercalarse entre transcritos codificantes y no codificantes (Mercer et al., 2009). Por otra parte, una de las funciones que se le conoce es la de regular la transcripción, ya sea interactuando con proteínas de unión a RNA, actuando como un co-activador de factores de transcripción o incluso reprimiendo un promotor de un gen en particular (Wang et al., 2008). Un ejemplo de lo antes mencionado apunta a estudios recientes que han demostrado que el lncRNA HOTAIR (RNA intergénico antisentido HOX) se encuentra sobre-expresado en tumores de pacientes con cáncer de mama que son resistentes al tamoxifeno, droga ampliamente utilizada para tratar aquellos casos que sean receptores de estrógeno positivos (Xue et al., 2016). En este estudio también se detecto que existe una interacción entre HOTAIR y el receptor de estrógeno, promoviendo la cascada transcripcional de este receptor incluso en ausencia de estrógeno, lo que indicaría que existe una independencia al ligando lo que conlleva al desarrollo de resistencia a esta droga (Xue et al., 2016).
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The big world of the small RNAs

The big world of the small RNAs

RESUMEN. En la última década se han descubierto en muchos orga- nismos una gran cantidad de RNAs cuya función es la de servir como elementos regulatorios de la expresión genética y no codifican para una proteína. A estos RNAs se les denomina ncRNAs o sRNAs (non coding o small RNAs, RNAs no codificantes o pequeños, por sus si- glas en inglés). De los más de 70 sRNAs que se han documentado en Escherichia coli, algunos regulan la traducción o estabilidad de los mRNAs, otros poseen actividades catalíticas y unos más modifican la actividad de una proteína. En esta revisión se discutirán los mecanis- mos de acción de algunos de ellos, así como los esfuerzos para en- contrar nuevos sRNAs por medio de búsquedas sistemáticas.
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Estudio del efecto de la sobreexpresión de los pequeños RNAs reguladores de la familia Rsm en la prdducción de alginato en Azotobacter vinelandii

Estudio del efecto de la sobreexpresión de los pequeños RNAs reguladores de la familia Rsm en la prdducción de alginato en Azotobacter vinelandii

La regulación post–transcripcional desempeña un papel importante en la coordinación de las redes de expresión génica. Predominan dos tipos de sistemas post–transcripcionales en las  – proteobacterias; RNAs que actúan en trans que utilizan a la proteína chaperona Hfq, para aparearse con los RNAs blanco y a través de la reclusión de la RNAsaE por Hfq, ellos pueden seleccionar al RNAm para su degradación, y otro grupo importante son los pequeños RNAs no codificantes (sRNAs) que no actúan directamente con los RNAsm blanco pero funcionan secuestrando a la proteína represora (CsrA/RsmA), la cual altera la traducción y/o estabilidad del RNAm blanco, así los sRNAs no codificantes dejan libre el sitio de unión a ribosoma de los RNAs mensajeros, activando el inicio de la traducción, a estos sistemas se les conoce como Csr (carbon storage regulator) o Rsm (repressor of stationary – phase metabolites). 68, 19
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RNAs largos no codificantes (lncRNAs) y su relación con diabetes tipo 2

RNAs largos no codificantes (lncRNAs) y su relación con diabetes tipo 2

The T2D is complex and multifactorial disease; lifestyle, exposure to environmental factors and genetic predisposition play an important role in the development of the disease. Despite research efforts to identify biological targets and signaling pathways related to these factors, the molecular mechanisms by which environmental influences affect the pathogenesis of T2D in susceptible individuals remain largely unknown. On the other hand, an increase in serum levels of extracellular vesicles (EVs) has been identified in individuals with obesity, metabolic syndrome, insulin resistence, or diabetes (20). Additionally, it has been demonstrated that in T2D the secreted exosomes of skeletal muscle, visceral adipose tissue and hepatocytes, can transfer both functional proteins and RNAs that regulate the metabolic function of adjacent cells and distant tissues (5, 20, 21). In animal models it has been identified that when EVs derived from adipose tissue of obese mice are transferred to mice without obesity, they favor an inflammatory phenotype and insulin resistance, demonstrated by elevated blood levels of TNF-α and IL-6 (22). The role of ncRNAs in the pathogenesis of T2D has only recently become recognized, yet a growing list of lncRNAs involved in glucose homeostasis is emerging (12, 15). Recent evidence indicates that the expression of several lncRNAs varies in diabetic animal models and in clinical studies of diabetic patients, indicating that lncRNA can serve as new biomarkers for the prognosis of T2D (23).
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Caracterización molecular de los genes codificantes de la proteína de choque térmico de 70 kDa (HSP70) de Trypanosoma rangeli

Caracterización molecular de los genes codificantes de la proteína de choque térmico de 70 kDa (HSP70) de Trypanosoma rangeli

Dicha diferencia en los tamaños de la región intergénica de los genes de tripanosomas y leishmanias ha sido igualmente observada para los genes KMP-11 (Diez et al., 2005), suges[r]

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TítuloDescripción del sistema CRISPR Cas y diseño de sgRNAs ("single guide RNAs") para edición de ADN genómico en levaduras

TítuloDescripción del sistema CRISPR Cas y diseño de sgRNAs ("single guide RNAs") para edición de ADN genómico en levaduras

Tras la escisión de la secuencia del ADN diana por Cas9 la cual ha generado un DSB, esta rotura en la doble cadena debe ser reparada por la maquinaria celular. Estos patrones de reparación son aprovechados por los investigadores para generar modificaciones en lugares concretos del genoma con el que se esté trabajando. Se dan mayoritariamente dos patrones de reparación, denominados NHEJ y HDR (Figura 7). El mecanismo NHEJ de reparación de DSBs es un patrón caracterizado por ser “propenso a errores” ya que se trata de un sistema de reparación que deja cicatrices en forma de indels en el lugar en el que actúa. Estas mutaciones en forma de inserciones o deleciones de nucleótidos, si tienen lugar en el interior de exones codificantes darán lugar a cambios en la pauta de lectura que pueden dar lugar a la aparición de codones de parada prematuros. Debido a esto, puede generarse el silenciamiento de genes o elementos genómicos. Por su parte, el patrón de reparación HDR sólo tendrá lugar ante la presencia de una secuencia nucleotídica añadida de forma exógena y que por tanto podrá ser usada como herramienta de modificación altamente precisa (ya que es el propio investigador el que decide cuál será la secuencia que será introducida en el lugar de la escisión). Dicha secuencia deberá ser de doble cadena y homóloga a las regiones flanqueantes de la región del ADN escindida donde vaya a incorporarse (Ran et al., 2013; Wang & Qi, 2016; Xiong et al. 2016).
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Caracterización molecular de los genes codificantes para las proteínas nitroreductasa tipo i y subunidad b de la calcineurina de Trypanosoma rangeli

Caracterización molecular de los genes codificantes para las proteínas nitroreductasa tipo i y subunidad b de la calcineurina de Trypanosoma rangeli

Los fragmentos amplificados, correspondientes a las regiones codificantes de los genes ntr y cnb de cada especie fueron utilizados como sondas. ADN plasmídico de los clones TcNTR-1, TrNTR-1, TcCnB-1 y TrCnB-1 fue amplificado utilizando los iniciadores universales M13-F (5´- GTA AAA CGA CGG CCA GT -3´) y M13-R (5´- GCG GAT AAC AAT TTC ACA CAG G-3´), dichos fragmentos fueron corridos y purificados a partir de un gel de agarosa al 0,8% utilizando el Kit Wizard SV Gel and PCR Clean Up System (Promega, Madison, USA). Finalmente, los fragmentos purificados fueron marcados con [ -32P]dCTP usando el Kit Prime IT II Random Primer Labeling según indicaciones del fabricante (Stratagene, La Jolla, USA) y almacenados a -20 ºC hasta su uso.
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Regulación epigénetica de la expresión de ARNs no codificantes y su implicación en la respuesta terapéutica en cáncer de pulmón no microcítico y cáncer de ovario

Regulación epigénetica de la expresión de ARNs no codificantes y su implicación en la respuesta terapéutica en cáncer de pulmón no microcítico y cáncer de ovario

1. Hamburg MA, Collins FS. The path to personalized medicine. Jones PA, Baylin SB. The fundamental role of epigenetic events in cancer. Nat Rev Genet. Herman JG, Baylin SB. Gene silencin[r]

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Genes codificantes para enterotoxinas de aislados estafilocócicos coagulasa negativos y coagulasa-positivos a partir muestras con mastitis bovina

Genes codificantes para enterotoxinas de aislados estafilocócicos coagulasa negativos y coagulasa-positivos a partir muestras con mastitis bovina

Es importante destacar que algunas de las especies negativas para coagulasa encontradas en este estudio (portando genes que codifican para enterotoxinas), han sido reporta- das co[r]

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Caracterización de las relaciones virus-planta en la formación y acumulación de los RNAs defectivos interferentes del Bromovirus del haba (BBMV)

Caracterización de las relaciones virus-planta en la formación y acumulación de los RNAs defectivos interferentes del Bromovirus del haba (BBMV)

Entre las partículas defectivas interferentes, ya sean por deleciones simples o múltiples, también se observan diferencias en las regiones delecionadas así, se producen RNAs defectivos[r]

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Endogenous RNAs Modulate MicroRNA Sorting to Exosomes and Transfer to Acceptor Cells

Endogenous RNAs Modulate MicroRNA Sorting to Exosomes and Transfer to Acceptor Cells

Based on the aforementioned findings, we hypothesized that the transcriptional changes that occur in response to cell activation may control miRNA sorting to exosomes by either increasing or decreasing the pool of intracellular miRNA target sequences. To test this hypothesis, we performed RNA-seq of UT (n = 4) and IL- 4-treated (n = 4) primary BMDMs. We unequivocally identified 36,000 transcripts (including protein-coding and noncoding RNAs), of which 21% were differentially expressed (by edgeR; adjusted p value < 0.05) in the BMDMs upon IL-4 treatment ( Fig- ure 4 A; Table S3 ). As expected, IL-4 increased the expression of genes known to be upregulated in alternatively activated macro- phages ( Martinez et al., 2009 ), such as Arg1, Retnla, Chi3l3 (Ym1), Ccl22, and Mrc1 ( Figure S4 A).
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Small RNAs in metastatic and non-metastatic oral squamous cell carcinoma

Small RNAs in metastatic and non-metastatic oral squamous cell carcinoma

In order to search for small RNAs other than miRNAs in our dataset we used BLAST to match reads that did not correspond to sequences deposited in miRBase against a dataset containing sequences from public non- coding RNA databases. A total of 197 reads had good hits. Of these, 68 reads were associated with specific ncRNA categories, in particular: piRNA (Piwi-interacting RNA), snoRNA (small nucleolar RNA), snRNA (small nuclear ribonucleic acid), Y RNA, easRNA (exon-associ- ated small RNA), rasRNA (repeat-associated small RNA) or pasRNA (promoter-associated small RNA) (Additional file 7). The remaining reads had hits associated with anno- tated sequences that did not specify the ncRNA type (most of the original reads were annotated using ab initio methods for detecting covariance) (Additional file 8).
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Estudio de fagos codificantes de toxina Shiga subtipo 2a presentes en aislamientos nativos de Escherichia coli

Estudio de fagos codificantes de toxina Shiga subtipo 2a presentes en aislamientos nativos de Escherichia coli

coli DH5α presentaron mayor inducción del ciclo lítico que la cepas STEC wild type , tanto de manera espontánea como con mitomicina C. Estás últimas produjeron más toxina después de [r]

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Redes Neuronales Artificiales (Rnas) En La Predicción De Propiedades Termodinámicas Del Líquido Y Vapor De Agua Saturados

Redes Neuronales Artificiales (Rnas) En La Predicción De Propiedades Termodinámicas Del Líquido Y Vapor De Agua Saturados

superan el 5%. Por otro lado, la ecuación de Clausius-Clapeyron para el cálculo del calor latente de vaporización está restringida para presiones bajas lejos del punto crítico y los errores obtenidos pueden superar el 5%, mientras que el modelo de RNA obtenido se puede utilizar a presiones cercanas al punto crítico del agua, demostrándose con esto el gran ajuste de las RNAs con los datos reales.

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O potencial regulatório em cis de sequências não codificantes associadas a diabetes tipo 2

O potencial regulatório em cis de sequências não codificantes associadas a diabetes tipo 2

A diabetes tipo 2 (DT2) afeta mais de 300 milhões de pessoas em todo o mundo, causando complicações severas e morte prematura. Contudo, os mecanismos moleculares associados a esta doença são, atualmente, pouco conhecidos. DT2 é caracterizada, em parte, pela disfunção de ilhotas endócrinas pancreáticas, não havendo produção suficiente de insulina. Os recentes avanços em estudos de associação em larga escala genómica têm demonstrado uma clara associação entre polimorfismos de um só nucleótido (PSN) e D2T. Uma grande parte destas variantes estão localizadas em sequências não codificantes que coincidem com marcas epigenéticas de potenciadores e de sítios de ligação de fatores de transcrição essenciais para uma boa função e organização das ilhotas endócrinas. Os potenciadores são sequências não-codificantes que regulam a expressão dos seus genes-alvo, interagindo com os promotores em cis. A hipótese do presente projeto científico é demonstrar que os PSNs associados a D2T podem afetar os sítios de ligação dos fatores de transcrição e consequentemente, a atividade das
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Estudio del efecto de la mutación múltiple de los RNAs reguladores del sistema Rsm en la producción de alginato y PHB en Azotobacter vinelandii

Estudio del efecto de la mutación múltiple de los RNAs reguladores del sistema Rsm en la producción de alginato y PHB en Azotobacter vinelandii

Originalmente se reportó en A. vinelandii que el sistema Rsm estaba constituido por dos RNAs reguladores, llamados RsmZ1 RsmZ2 y un regulador homólogo a RsmA, donde GacA controlaba directamente la expresión de los sRNA. Mutantes sencillas y dobles en los genes rsmZ1 y rsmZ2 presentan una disminución significativa en la síntesis de alginatos (Manzo et al., 2011). La mutante doble rsmZ1rsmZ2 de la cepa mucoide E está afectada en la producción de alginatos (tiene una disminución de cerca del 70%) como se observó en las mutantes sencillas rsmZ1 y rsmZ2 pero no como la mutante gacA que prácticamente no produce polímero, lo cual sugirió la existencia de alelos adicionales de los sRNA´s que podrían estar supliendo la función de los dos ausentes. Ante esta presunción se realizaron nuevas búsquedas exhaustivas en las regiones intergénicas del genoma de A. vinelandii encontrándose siete alelos adicionales a los que se les llamó RsmZ3, RsmZ4, RsmZ5, RsmZ6, RsmZ7, RsmZ8 y RsmY, que en conjunto con RsmZ1 y RsmZ2, convirtieron a A. vinelandii en la bacteria con más sRNA´s (nueve en total) de la familia Rsm reportados (Figura 10) (Romero et al., 2016).
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Amplificacion por PCR de secuencias codificantes de poli (ADP-ribosil) polimerasas y MAP cinasas de maiz (Zea mays L.)

Amplificacion por PCR de secuencias codificantes de poli (ADP-ribosil) polimerasas y MAP cinasas de maiz (Zea mays L.)

presente trabajo de tesis se abocó al aislamiento de secuencias tipo MAPK y tipo PARP del genoma de maíz, realizando amplificaciones por PCR de regiones que son reconocidas por oligonucl[r]

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Descoberta e análise da variabilidade interespecífica de pequenos RNAs via sequenciamento de nova geração em Eucalyptus

Descoberta e análise da variabilidade interespecífica de pequenos RNAs via sequenciamento de nova geração em Eucalyptus

Para ampliar o potencial de detecção, foram incluídas amostras de outros tecidos, com programa de expressão significativamente distinto das utilizadas para o smRNA-Seq (folha e xilema). Três amostras da árvore E. grandis BRASUZ1 foram utilizadas. Duas amostras de folha em estágios de desenvolvimento distintos, coletadas de um mesmo galho de árvore adulta foram usadas com o objetivo de observar se haveria variação no repertório de pequenos RNAs expressos ou se estas funcionariam como réplicas biológicas. Amostra de xilema foi coletada simultaneamente da mesma árvore. Amostras de xilema e ovário de árvore adulta de E. globulus foram também utilizados. Ovário foi utilizado por ser um órgão com expressão distinta daqueles tecidos usados no experimento de descoberta com o objetivo de observar a extensão dos pequenos RNAs expressos em tecidos diversos. Pool de 10 plântulas de 30 dias de idade de E. grandis e E. globulus foram também incluídos no experimento com o intuito de maximizar os tecidos amostrados em uma fase especialmente ativa de crescimento e desenvolvimento. O desenho do experimento não permite uma análise de expressão diferencial entre as amostras por falta de réplicas biológicas. Sumarizando, o foco do experimento de microarranjo é qualitativo e a expectativa é acumular mais indícios sobre pequenos RNAs que estejam sendo expressos nas condições testadas e ter uma estimativa mais completa do universo de miRNAs no genoma de E.
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