PDF superior Evaluación de la espectrometría de masas: MALDI-TOF MS para la identificación rápida y confiable de levaduras

Evaluación de la espectrometría de masas: MALDI-TOF MS para la identificación rápida y confiable de levaduras

Evaluación de la espectrometría de masas: MALDI-TOF MS para la identificación rápida y confiable de levaduras

Resumen La espectrometría de masas, conocida como matrix-assisted laser desorp- tion/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS), es una técnica utilizada en la identificación de microorganismos mediante la creación de un espectro basado en el perfil de proteínas, que es único para una especie dada. El objetivo del presente trabajo fue eva- luar la identificación de aislamientos clínicos de levaduras por MALDI-TOF MS en un hospital universitario de Argentina y analizar 2 procedimientos para la extracción de proteínas: el reco- mendado por el fabricante del equipo y una técnica abreviada rápida. Utilizando el primero de estos procedimientos se analizaron 201 aislamientos identificados previamente por métodos convencionales y se obtuvo coincidencia en la identificación a nivel de especie en el 95,38 % de los aislamientos analizados. Con 100 de estos aislamientos se utilizó, además, el procedi- miento abreviado para la extracción de proteínas; se obtuvo una identificación correcta a nivel de género y especie en el 98,0 % de ellos. La espectrometría de masas MALDI-TOF MS demostró ser una técnica rápida, sencilla y precisa para la identificación de levaduras.
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Identificación rápida de microorganismos de frascos de hemocultivos por espectrometría de masas. Comparación de 2 procedimientos diagnósticos

Identificación rápida de microorganismos de frascos de hemocultivos por espectrometría de masas. Comparación de 2 procedimientos diagnósticos

El MALDI-TOF MS utiliza para la identificación el cálcu- lo del tiempo de migración («tiempo de vuelo») de cada fragmento de una molécula a través de un trayecto pre- determinado tras la desorción/ionización por un láser de la molécula en una matriz determinada. Cada bacteria ana- lizada entregará siempre el mismo espectro de masa. La identificación se realiza mediante la comparación del resul- tado de una bacteria con todos los espectros de masas que contiene la base de datos 15 . La capacidad del equipo de

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Espectrometría MALDI‐TOF aplicada a levaduras enológicas: identificación

Espectrometría MALDI‐TOF aplicada a levaduras enológicas: identificación

  La  espectrometría  de  masas  de  desorción/ionización  láser  asistida  por  matriz  con  tiempo de vuelo,  ha resultado ser una  alternativa precisa  y  rápida  para la  identificación de  microorganismos,  frente  a  los  protocolos  tradicionales.  La  identificación  de  levaduras  ambientales  del  campo  enológico  puede  suponer  un  desafío,  ya  que  el  tipo  de  cepas  analizadas  no  están  incluidas  en  las  bases  de  datos  comerciales,  conduciendo  a  identificaciones  erróneas  con  especies  relacionadas.  Algunos  de  los  resultados  obtenidos  durante la realización de este proyecto pueden resumirse en: 
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Análisis Metagenomico comparativa de las comunidades fungicas y bacterianas asociadas al proceso de desarrollo de las enfermedades del tronco de la vid (Vitis vinifera L.) en Piura, e identificación de hongos por espectrometria de masas MALDI-TOF/TOF SHOT

Análisis Metagenomico comparativa de las comunidades fungicas y bacterianas asociadas al proceso de desarrollo de las enfermedades del tronco de la vid (Vitis vinifera L.) en Piura, e identificación de hongos por espectrometria de masas MALDI-TOF/TOF SHOTGUN PROTEOMICS

Estudios para el diagnóstico y filogenética de microrganismos incluyen metodologías desde las más tradicionales como la caracterización morfológica, cultural y patrones bioquímicos, hasta las más actuales como la PCR y microarrays, las cuales son comúnmente empleadas en biología molecular. Sin embargo, la identificación rápida y confiable de microorganismos ha llegado a ser indispensable en los últimos años, principalmente de hongos fitopatógenos importantes en la agricultura (Liu et al., 2007, Chalupová et al., 2012). En este contexto, la espectrometría de masas por desorción/ionización mediante láser asistida por matriz (MALDI: Matrix-Assited Laser Desorption/Ionization) tiempo de vuelo (TOF: Time of Flight) (MALDI-TOF) ha sido recientemente establecida como una poderosa herramienta para la identificación microbiana directa y biotipificación, proporcionando un diagnóstico fluido en base a un único espectro de masas de péptidos/proteínas de las especies analizadas (Sulc et al., 2009).
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Aplicación de la técnica MALDI TOF en la identificación microbiana a partir de mestra directa de orina y de frasco de hemocultivo crecido

Aplicación de la técnica MALDI TOF en la identificación microbiana a partir de mestra directa de orina y de frasco de hemocultivo crecido

Se  ha decidido  realizar  la  precipitación  y  extracción  de  las proteínas previa  al  análisis  porque  requiere  un  tiempo  de  realización  corto  (15  minutos)  y  su  complejidad  es  escasa. Aunque sin duda, el motivo más importante es que, realizando la extracción, se  asegura obtener el máximo porcentaje de identificaciones directas válidas, ya que está  descrito  que  este  procedimiento  consigue  incrementar  tanto  las  identificaciones  realizadas a partir del cultivo (Steensels, Verhaegen et al. 2011) como las realizadas  a  partir de muestra directa de orina y hemocultivo (Ferreira, Sanchez‐Juanes et al. 2011).  Cuando  se  estudiaron  las  identificaciones  a  partir  de  muestra  directa  de  orina  con  bajas puntuaciones, se observó que había ausencia de concordancia en el listado de los  diez  microorganismos  propuestos  por  el  software  del  fabricante,  lo  cual  demuestra  que  los  criterios  que  tienen  en  cuenta  la  puntuación  y  el  índice  de  consistencia  proporcionan muchas identificaciones fallidas pese a que la primera opción del listado  sí que podría coincidir con la identificación obtenida a partir del cultivo. El  criterio de  La Scola y Raoult (La Scola and  Raoult 2009),  el que utiliza puntuaciones más bajas de  todos los publicados hasta  la  fecha,  propone sustituir el  índice  de consistencia que  se  obtiene  en  una  lectura  por  la  concordancia  a  nivel  de  especie  que  se  obtiene  en  la  primera  identificación  de  las  cuatro  lecturas  realizadas  a  partir  de  una  muestra;  es  decir, este  criterio  se  basa  en  la  puntuación  y  en  la  reproducibilidad  del  equipo.  Una  limitación de este criterio consiste en que, al proponer identificaciones válidas a partir  de 1,2, no puede ser aplicado para la validación de los resultados obtenidos a partir de  muestra directa de orina con baja carga bacteriana ya que, como se ha dicho antes, se  observó  que  puntuaciones  <1,4  se  correspondían  con  microorganismos  que  rara  vez  son agentes etiológicos de infección urinaria.  
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MALDI-TOF mass spectrometry of oligomeric food polyphenols

MALDI-TOF mass spectrometry of oligomeric food polyphenols

the above cited authors have claimed that the pattern of observed masses in MALDI-TOF MS spectra reflect the composition of the sample (Ohnishi- Kameyama et al., 1997; Wang et al., 1999; Foo et al., 2000a). On the other hand, a pattern of decreasing signal intensity with increasing DP is characteristic of MALDI-TOF MS spectra of polydisperse oligomers (Montaudo et al., 1995; Chan and Chan, 2000). This characteristic pattern results from detector response because the detector has a finite capacity and the lower masses reach the detector first. This phenomenon results in a spectrum in which the lower masses have a greater peak response than higher masses even when the oligomers are present in the sample at similar concentrations. Our results from applications of MALDI-TOF MS to characterize PA in sorghum, GSE, cranberries and several forage legumes typically yields spectra in which intensity declines in a regular pattern as DP of PA oligomers increase. Therefore, the peak response may not give a true indication of relative concentration of oligomers in the sample. However, the repeatability of peak response allows rapid characterization of the range of DP within PA fractions. This information can be used along with knowledge of dimer and trimer structure to obtain a more precise description of the higher oligomers. As separation technology advances along with improved instrumentation for NMR and MS our ability to determine structure functions relationships of oligomeric polyphenols in foods will improve. Although advances in this research will be slow, it is greatly needed to determine the effects of polyphenols in foods on nutrition and health. MALDI TOF MS is a valuable tool for this research.
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Use of MALDI-TOF MS for Identification of Nontuberculous Mycobacterium Species Isolated from Clinical Specimens.

Use of MALDI-TOF MS for Identification of Nontuberculous Mycobacterium Species Isolated from Clinical Specimens.

2.1. Mycobacterium Isolates. A total of 66 isolates (from 66 patients) from different types of clinical specimens (mainly respiratory) were analyzed. Samples from nonsterile sites were treated with N-acetyl cysteine and NaOH and cultured on Lowenstein-Jensen medium (LJ) and in a mycobacterium growth indicator tube (MGIT) (Becton Dickinson Microbi- ology Systems, Cockeysville, MD) and incubated in Bactec MGIT 960. Blood and bone marrow were inoculated into a vial of Myco/F Lytic (Becton-Dickinson, Sparks, MD). In positive cultures, Ziehl-Neelsen staining was performed to confirm the presence of acid-fast bacilli. GenoType was performed using liquid culture medium MGIT and identifi- cation using MALDI-TOF was made from colonies isolated on Lowenstein solid culture medium.
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Identificación y caracterización de flavonoides por espectrometría de masas en melazas residuales de un ingenio azucarero

Identificación y caracterización de flavonoides por espectrometría de masas en melazas residuales de un ingenio azucarero

Se utiliza para el análisis de muestras que contienen analitos poco volátiles. Cuenta con unos sistemas de ionización especiales (ionización a presión atmosférica) para lograr el desarrollo la técnica. Gracias a esto, es posible analizar compuestos de alto peso molecular, con un rango de polaridades que va desde analitos no polares hasta los muy polares. Los espectros que se obtienen a partir de esta técnica, son más sencillos que los obtenidos mediante la cromatografía de gases acoplada a masas, debido a que el nivel de fragmentación es menor. La desventaja de esta técnica es que los espectros dependen en cierta medida, de los parámetros de ionización por lo que no se pueden considerar como “huellas dactilares” del compuesto (Guzmán, 2011). Cabe resaltar que para esta técnica la influencia del pH toma gran relevancia.
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Electroforese bidimensional no cancro colo-rectal em hipóxia e normóxia: Optimização de procedimento para MALDI-TOF/TOF

Electroforese bidimensional no cancro colo-rectal em hipóxia e normóxia: Optimização de procedimento para MALDI-TOF/TOF

A fragmentação por decaimento pós fonte (PSD) ocorre principalmente em ligações peptídicas, mas o espectro de PSD são geralmente muito complicados de analisar dada a presença de pontes dissulfito entre os resíduos de cisteína e aos picos criados pela perda de pequenas moléculas neutras, como moléculas de água, de treoninas, de serinas e a amónia, resíduos de lisinas e de argininas. Embora o espectro MALDI-PSD seja raramente capaz de fornecer informação relativa à fragmentação completa dos péptidos, a sequência marcada obtida em PSD pode ser utilizada para reconstruir a sequência peptídica para a identificação da proteína dada a especificidade de algumas sequências de aminoácidos. A probabilidade de uma proteína ter um certo aminoácido em cada posição é aproximadamente de 1 para 20; portanto, as hipóteses de uma sequência específica de 5 aminoácidos apenas é de cerca de 1 em 3 milhões. Para além disso, o facto de o grupo carboxil do terminal-C estar marcado com o isótopo 18 O durante a digestão protéica, ou a acilação do terminal-N dos iões fragmentados, simplificam a interpretação espectral (Jungblut & Thiede, 1997; Lay, 2002)
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Identificación de complejos organometálicos en tejidos vegetales mediante espectrometría de masas

Identificación de complejos organometálicos en tejidos vegetales mediante espectrometría de masas

Hyphenated techniques available for species-selective analysis of biological materials Separation Detection Identification Metal Specific Compound Specific HPLC ICP-MS ESI-TOF-MS... Main[r]

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Espectrometría de masas para la identificación y cuantificación de biomarcadores metabolómicos en análisis clínico

Espectrometría de masas para la identificación y cuantificación de biomarcadores metabolómicos en análisis clínico

The primary purpose of metabolomics is to analyze the complement of low-molecular weight compounds present in a biological fluid, cell or organism under a given set of physiological conditions or different perturbations. Metabolomics essentially relies on three major strategies depending on whether analyses are to be comprehensive, qualitative and/or quantitative [1]. So-called “targeted analyses” involve the qualitative and quantitative study of one or, more frequently, a small group of chemically similar metabolites. On the other hand, metabolomics fingerprinting uses a global screening approach to classify samples in terms of metabolite patterns (fingerprints) that change in response to a specific factor. Finally, global metabolomics profiling or “untargeted analysis” involves the detection of a broad range of metabolites by using a single analytical platform or a combination of complementary analytical platforms to obtain a comprehensive profile of the metabolome. The greatest challenge of metabolomics is maximizing detection and accurate identification of thousands of metabolites, which is currently a utopian goal in dealing with complex organisms. For instance, viral and bacterial metabolomes contain around a thousand or even fewer metabolites [2,3], whereas the human metabolome consists of approximately 7900 metabolites [4] and plant metabolomes can easily contain up to 100 000–200 000 metabolites [5,6]. The determination ability of platforms for metabolomics analysis can be measured in terms of “metabolomics coverage”, that is, the number of metabolites an individual platform such as GC– MS/MS, LC–MS/MS, CE–MS/MS or NMR spectroscopy, or a combination thereof, can detect.
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Establecimiento de Protocolos Operativos Estándar (POE) para la identificación de hongos filamentosos patógenos para el humano relacionados con los filos Ascomycota y Mucoromycota por la tecnología MALDI-TOF /MS

Establecimiento de Protocolos Operativos Estándar (POE) para la identificación de hongos filamentosos patógenos para el humano relacionados con los filos Ascomycota y Mucoromycota por la tecnología MALDI-TOF /MS

Por otro lado, en el año 2018 se elaboró un protocolo rápido de extracción de proteínas en un solo paso para hongos filamentosos. El cual consistió en colocar la muestra en un tubo con perlas de zirconia- sílice y etanol. Además, se evaluaron dos soluciones de extracción que contenían diferentes proporciones de acetonitrilo y ácido fórmico. Después las muestras se procesaron en un homogeneizador basado en perlas de alta potencia (Power Lyzer). Los sobrenadantes obtenidos se utilizaron para lectura en MALDI-TOF/MS. El método rápido se evaluó junto con el protocolo convencional durante tres meses. Se identificaron 106 aislamientos clínicos. La identificación aceptable dio como resultado una puntuación (≥ 2,00) . Con el protocolo de extracción rápido se logró esta puntuación para el 63,0% de los aislamientos mientras que con el protocolo de rutina se alcanzó 52,8% de los aislamientos. Por tanto, el protocolo rápido fue más reproducible en comparación con los métodos habituales. Además, este protocolo permitió un análisis más eficiente en relación con la cantidad de las muestras (41).
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Espectrometría de masas. Clase 4

Espectrometría de masas. Clase 4

La intensidad de los picos nos indica la cantidad relativa de iones que poseen dicha relación masa/carga.. La separación de los diferentes iones se basa en la relación:.[r]

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Comparación de 4 métodos de procesamiento de frascos de hemocultivo para su análisis por MALDI TOF

Comparación de 4 métodos de procesamiento de frascos de hemocultivo para su análisis por MALDI TOF

El trabajo descrito por Juiz et al compara un método casero de procesamiento de frascos de hemocultivo con el descrito para la técnica comercial Sepsityper®. A diferencia de ellos, en nuestro trabajo posterior a la lectura después del procesamiento se le realizo extracción de proteínas. Aunque mejoró la identificación de positivos fue insuficiente en comparación con los otros métodos de procesamiento analizados. En nuestros resultados como se observa en la tabla 1 la técnica descrita por Juiz et al tuvo una baja sensibilidad incluso posterior a la extracción de proteínas (35.19%) tanto en la identificación de grampositivos y gramnegativos, ello contrasta con lo reportado por los autores.
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Importancia de la identificación de levaduras

Importancia de la identificación de levaduras

descripción de la nueva especie Candida dubliniensis en 1995, fue debida al sustento que proporcionaron las técni- cas de biología molecular, una vez que los métodos con- vencionales de identificación, no fueron suficientes para lograr la discriminación entre esta especie y C. albicans [12]. Cada día, los estudios de biología molecular consti- tuyen el asiento de toda investigación en el campo taxo- nómico y biológico, tanto de hongos como de cualquier otro microorganismo. Sin embargo, se considera que aún estas técnicas moleculares no deben ser abordadas en for- ma única, sino en conjunto con ensayos complementarios, que puedan permitir tener un conocimiento mas integral con respecto a los caracteres morfológicos, fisiológicos y genotípicos de las levaduras. Esto hasta que estas técnicas moleculares puedan ser estandarizadas, certificadas y apli- cadas en muchos laboratorios de rutina.
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Application of maldi-tof mass spectrometry in clinical virology: a review.

Application of maldi-tof mass spectrometry in clinical virology: a review.

Some characteristically mutations in HBV could cause lamivudine resistance due to prolonged treatment with this antiviral agent. Current methods for detecting such variants (e.g. sequencing analysis, RFLP and hybridization-based assays) are time-consuming and unsuitable for screening large numbers of samples. For these reasons, it has been developed a MALDI-TOF MS assay suitable for detecting YMDD mutants [24]. This technique provides high rates of accuracy for YMDD mutations and has advantages over RFLP and direct DNA sequencing, including the ability to more sensitively and specifically detects mixed populations as well as being a simpler procedure without need for cloning or multiple PCR steps producing earlier detection of HBV mutations. Moreover, this platform is adaptable for the detection of other mutations or polymorphisms. This method will be very useful to evaluate the emergence of mutant viruses and to monitoring of antiviral treatment of chronic hepatitis B, correlating them to clinical features with regard to response to drug therapy in these patients.
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Perfiles metabólicos por cromatografía gaseosa acoplada a espectrometría de masas (GC-MS) en plantas. Dra. Mariana G. López

Perfiles metabólicos por cromatografía gaseosa acoplada a espectrometría de masas (GC-MS) en plantas. Dra. Mariana G. López

Obtener los perfiles metabólicos, implica identificar el o los compuestos de cada uno de los picos del cromatograma y cuantificarlos.. - Para la identificación de los compuestos se utili[r]

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Estudio de la población de bacterias ácido lácticas en un embutido cárnico mediante MALDI TOF

Estudio de la población de bacterias ácido lácticas en un embutido cárnico mediante MALDI TOF

pasteuri, Lactobacillus sakei subp. carnosus, Lactococcus spp. y Leuconostoc spp. fueron las especies que requirieron del uso del método extracción larga para que fueran identificadas adecuadamente o se incrementara la puntuación en la identificación. Este aspecto ha sido también observado por otros estudios con algunos microorganismos como bacterias Gram positivas, levaduras y mohos (46). Finalmente, los resultados del método de preparación de muestra de transferencia directa no han sido mostrados en la Tabla 3 debido a su baja eficiencia a la hora de la identificación de la microbiota aislada en Agar MRS. Contrario a lo obtenido en esta investigación, otros autores han reportado unos mejores porcentajes de identificación para Lactobacillus spp. con el método de transferencia directa, aunque no identificaron las especies encontradas en este trabajo (56).
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Determinación de la estructura: espectrometría de masas y espectroscopia de infrarrojo

Determinación de la estructura: espectrometría de masas y espectroscopia de infrarrojo

El bombardeo electrónico transfiere tanta energía que la mayor parte de los radicales catión se fragmentan después de la formación. Salen despedidos por la acción de un campo eléctrico y lo fragmenta en pedazos más pequeños, algunos de los cuales retienen la carga positiva, y algunos de los cuales son neutros. Los fragmentos fluyen a través de una tubería curvada en un campo magnético poderoso, el cual los desvía a diferentes rutas de acuerdo con su relación de masa a carga (in/z). Los fragmentos neutros no son desviados por el campo magnético y se pierden en las paredes de la tubería, pero los fragmentos cargados positivamente son registrados por el detector en el espectrómetro de masas, el cual los registra en forma de picos en las distintas relaciones de m/z. Dado que por lo regular es 1 el número de cargas z en cada ion, el valor dé m/z de cada ion es
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Espectrometría de masas CG-EM CL-EM

Espectrometría de masas CG-EM CL-EM

Componentes del instrumento Introducción de la muestra Fuente de ionización Separador de masas Detector iónico Procesador de señal Registrador El acoplamiento entre CG y CL [r]

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