PDF superior Identificación de genes y polimorfismos asociados a fenotipos óseos

Identificación de genes y polimorfismos asociados a fenotipos óseos

Identificación de genes y polimorfismos asociados a fenotipos óseos

Un abordaje novedoso del presente trabajo ha sido el uso de aproximaciones traslacionales desde modelos animales y celulares para la identificación de nuevos genes candidatos para su estudio en nuestra cohorte de mujeres. Así, la aproximación traslacional desde el modelo animal de pérdida ósea acelerada, como es el ratón sometido a ovariectomía, ha aportado nuevos genes candidatos y ha subrayado el papel crucial de la célula B en la regulación de la homeostasis ósea debida al déficit de estrógenos, lo que nos ha servido de modelo de lo que sucede en la menopausia. Por este motivo se ha realizado por primera vez un estudio en el que se ha analizado la expresión génica diferencial mediante microarrays entre células B de médula ósea de ratonas ovariectomizadas y SHAM. De esta manera se han asociado por primera vez a fenotipos óseos polimorfismos en los genes CD80, CD86 y MMP9. Estos resultados apuntan a que el papel de la célula B en la regulación de la homeostasis ósea no está ni mucho menos esclarecido.
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Identificación bioinformática de Polimorfismos de Nucleótido Simple (PNSs) en genes candidatos para las características de la fibra en alpacas (Vicugna pacos)

Identificación bioinformática de Polimorfismos de Nucleótido Simple (PNSs) en genes candidatos para las características de la fibra en alpacas (Vicugna pacos)

La principal proteína constituyente de las fibras de origen animal es la queratina, producida en los folículos pilosos de la piel (Zoccola 2014). Por tanto, sería impor- tante identificar y conocer la función de los genes rela- cionados a la síntesis de queratina, así como la identifi- cación de PNSs asociados a las características de calidad de fibra. Rogers (2004) menciona que el folículo piloso es una estructura muy conservada en los mamíferos. De la misma manera, Schweizer et al. (2006) indica que las secuencias de genes de queratina son conservadas en mamíferos. Por lo tanto, es de suponerse que el uso de las secuencias de genes ortólogos de ovinos, cabras y hu- manos facilitaran la identificación de secuencias simila- res en alpacas. De la misma manera la comparación de estas secuencias entre alpacas permitirá la identificación de marcadores moleculares genéticos.
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Diferencias en los polimorfismos de genes asociados al control del desarrollo folicular entre búfalos (Bubalus bubalis) y vacunos (Bos indicus)

Diferencias en los polimorfismos de genes asociados al control del desarrollo folicular entre búfalos (Bubalus bubalis) y vacunos (Bos indicus)

De los resultados obtenidos en este trabajo no se pudieron confirmar en los vacunos indicus y los búfalos los polimorfismos descritos en otras especies, aun demostrando que existen diferencias en parámetros reproductivos No se puede confirmar que el estudio comparativo entre especies permita obtener información la biología de la reproducción al menos para el caso el desarrollo folicular y los parámetros repro- ductivos, que cada genoma requiere su propio estudio y análisis antes para poder proponer las posibles correlaciones con fenotipos escogidos , Se requiere entonces hacer un análisis de las regiones propuestas para comparación en búfalos y vacu- nos indicus, para poder proponer estrategias de análisis o diseñar experimentos que permitan explicar los fenómenos observados.
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Identificación de genes candidatos asociados a harinosidad en Prunus persica (L ) Batsch usando QTL de expresión

Identificación de genes candidatos asociados a harinosidad en Prunus persica (L ) Batsch usando QTL de expresión

proteínas reguladoras de antocianinas que controlan la expresión de genes involucrados en biosíntesis de antocianinas, los cuales poseen un dominio de unión a Myb (código Uniprot: P10290); antocianidina 3-O-glucosiltransferasa, que en presencia de otros factores de color necesarios genera una glicosilación que permite la acumulación de pigmentos de antocianinas (código Uniprot: Q5UL10), esta es la enzima inicial de la vía de biosíntesis de antocianinas a partir de pelargonidina, cianidina y delfinidina. La chalcona-flavonola isomerasa (código Uniprot: Q8VZW3) forma parte de la biosíntesis de flavonoides en al menos cuatro reacciones enzimáticas de esa vía. Está presente también una flavonoide-3’-monooxigenasa (código Uniprot: Q9SBQ9), la cual está involucrada en biosíntesis de flavonoides en al menos seis procesos enzimáticos distintos dentro de esta vía y al menos dos procesos enzimáticos en la vía de biosíntesis de flavonas y flavonolas. Finalmente, la UDP-glicosiltransferasa (código Uniprot: O82383) regula el metabolismo de dos productos de síntesis de flavonoides, el kaempfenol y la queracitina, dentro de la vía de biosíntesis de flavonas y flavonolas.
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Polimorfismos de los genes Calpaína y Calpastatina en dos poblaciones de Ovinos de Pelo Colombiano

Polimorfismos de los genes Calpaína y Calpastatina en dos poblaciones de Ovinos de Pelo Colombiano

El gen CAPN está asociado con la degradación de las proteínas miofibrilares post-morten, ocasionando el ablandamiento de la carne; se encuentra ubicado en el cromosoma siete y tiene 25 exones. El SPN g.24962426T>C ubicado en el exón diez ha sido el más estudiado ( 9 ). Por otra parte, el gen CAST es el principal inhibidor de la acción de la calpaína ralentizando la velocidad y el grado de ablandamiento post-morten de la carne ( 8 ). Está ubicado en el cromosoma 5 de la oveja, el sistema de las calpaínas está conformado por los genes de µ–calpaína (CAPN1), m–calpaína (CAPN2) y calpaína 3 (CAPN3), en los cuales se han identificado numerosos SNPs correlacionados con la terneza de la carne en diferentes especies ( 9 , 10 ). Además, las calpainas están involucradas en el crecimiento muscular en diferentes etapas de desarrollo y en la degradación de las proteínas musculares, lo que influye en la pérdida de masa muscular ( 7 , 8 , 9 ).
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				Variación exómica de polimorfismos  de nucleótido  único en genes asociados a trastornos del espectro  autista (tea) en el sur occidente de Colombia

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Introducción: Los trastornos del espectro autista (TEA), son desordenes genéticos del neurodesarrollo clínica- mente complejos. Recientemente con el avance en las tecnologías de secuenciación de nueva generación (NGS), el enfoque de la patología ha cambiado hacia investigar el papel que tienen las nuevas sustituciones de nucleó- tido único (SNS) en el progreso de los TEA; además de investigar qué papel tienes las variantes raras en el desa- rrollo de la condición autista. Objetivo: De secuencias de exomas completos de individuos del Suroccidente de Colombia caracterizar los SNS en genes asociados a TEA. Metodología: Se secuenciaron los exomas completos de muestras de mucosa bucal de 190 individuos del Suroccidente colombiano; del alineamiento de los exomas empleando la plataforma de Illumina Inc. se registraron y asignaron SNS en diez y ocho genes previamente ca- racterizados como marcadores para TEA. Resultados: Para las muestras del Suroccidente colombiano incluidas en este estudio, se obtuvo un número variable de SNS por gen. Los genes con un mayor número de variantes SNS fueron: RELN con 1.628 sustituciones (945/1.628; C→T); CNTNAP2 con 1.529 (841/1.529; C→T), y SHANK3 con 843 (578/843; C→T). Discusión: La secuenciación de exomas completos permitió identifi car mutaciones nuevas y variantes poblacionales raras que podrían estar asociadas a ETS. Este trabajo es el primero en reportar la variación SNP en genes TEA en el Suroccidente colombiano. Es de gran importancia pues impulsará nuevos estudios a partir de muestras de otras regiones colombianas para construir una base nacional de la variación SNP de genes TEA en Colombia.
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Influencia de varios polimorfismos en los genes MCT1 y CPT2 sobre el metabolismo energético durante el ejercicio

Influencia de varios polimorfismos en los genes MCT1 y CPT2 sobre el metabolismo energético durante el ejercicio

Aunque su presencia aislada no parece que afecte sustancialmente la actividad de la CPTII, cobran relevancia cuando aparecen junto a otras variantes de secuencia en el gen (Taroni y col., 1992). De hecho, son numerosos los estudios que han demostrado que la presencia de estos dos polimorfismos en la población de pacientes miopáticos es mayor que la descrita para la población normal. En 1992, Taroni y colaboradores describieron una mayor frecuencia de estos dos polimorfismos en pacientes diagnosticados con dicha deficiencia. Además, mediante la expresión del ADN complementario normal y mutado en células COS, vieron que la presencia simultánea de ambos polimorfismos (sin la presencia de ninguna otra mutación) influía, aunque poco, en la actividad de la CPTII (disminuyéndola al 86%). Por último, vieron también que dicho efecto era mayor cuando se asociaban a la mutación R631C (Taroni y col., 1992). Al año siguiente, este mismo grupo observó como, entre 25 pacientes no emparentados, la mutación Ser113Leu estaba siempre ligada al haplotipo 386Ile-647Val (Taroni y col., 1993). Esta misma asociación fue corroborada por Martín y colaboradores cuando estudiaron genotípicamente a 5 pacientes no emparentados y diagnosticados con la deficiencia (Martin y col., 2000).
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Polimorfismos en los genes APOE y LDLR y su relación con el síndrome metabólico en mujeres guerrerenses

Polimorfismos en los genes APOE y LDLR y su relación con el síndrome metabólico en mujeres guerrerenses

It is widely known that dyslipidemia contribute significantly to the development of CHD, mainly elevated blood levels LDL-c and triglyceride and decreased HDL-c. Various genes involved in the development of CHD have been proposed in genetic association studies, such as the APOE gene and the risk of cardiovascular disease. We evaluated the association of the ApoE isoforms with dyslipidemias and its relationship to a common variant in the LDLR gene.

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Estudio de genes KIR y HLA-C y de polimorfismos de citoquinas en pacientes con psoriasis

Estudio de genes KIR y HLA-C y de polimorfismos de citoquinas en pacientes con psoriasis

Hasta la fecha los estudios GWAS más importantes en psoriasis han sido los de Nair y cols. (Estudio CASP, Collaborative Association Study of Psoriasis, 2009) (Nair, 2009), Cargill y cols. (2007) (Cargill, 2007), Capon y cols. (2008) (Capon, 2008), Liu y cols. (2008) (Liu, 2008) y Zhang y cols. (2009) (Zhang, 2009). Todos ellos concluyen que HLA-C*06 es el principal alelo situado en PSORS1 asociado con la psoriasis. Los principales inconvenientes de este tipo de estudios son que tienen un valor más limitado en el caso de variantes individuales raras de la enfermedad, y la existencia de desequilibrios de ligamiento. Se denomina desequilibrio de ligamiento a la propiedad de algunos genes de no segregar de forma independiente, esto es, los alelos de genes diferentes con frecuencia se heredan conjuntamente. Esto suele deberse a que los 2 loci implicados se encuentran en zonas cercanas del mismo cromosoma, lo que imposibilita su transferencia de manera aleatoria a la progenie mediante la separación de los cromosomas en anafase (Valdimarsson, 2007).
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Papel de los polimorfismos en genes HLA y no HLA en la enfermedad pulmonar obstructiva crnica

Papel de los polimorfismos en genes HLA y no HLA en la enfermedad pulmonar obstructiva crnica

Fue en los albores de 1930 cuando Snell et ál des- cubrieron un locus en el cromosoma 17 de rato- nes que era el determinante primario de la acep- tación o rechazo del trasplante de tejido de una cepa a otra y lo llamaron locus H-2. A su vez, Dausset et ál, definieron en los años cincuenta un locus similar en el hombre. Investigaciones poste- riores demostraron que el H-2 contenía muchos genes codificadores de antígenos de trasplante, es decir, proteínas que se expresan en la superficie celular. Gorer al tratar de diferenciar cepas endo- gámicas de ratones estableció dos sistemas antigé- nicos, el primero fue común a todas las cepas di- firiendo únicamente en cantidad, a éste le denominó "Antígeno I"; el segundo, "Antígeno II", le pareció particularmente interesante ya que es- taba presente en algunas cepas, pero ausente en otras y se transmitía de forma dominante de acuerdo con las leyes de segregación Mendeliana. 29
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Polimorfismos en los genes CYP450 y NAT2 y metabolismo de frmacos para el tratamiento antituberculosis estandarizado

Polimorfismos en los genes CYP450 y NAT2 y metabolismo de frmacos para el tratamiento antituberculosis estandarizado

Se ha descrito un incremento en la frecuencia de fracaso al Tratamiento Acortado Estrictamente Supervisado (TAES) en países con elevadas tasas de resistencia. Este incremento po- dría ser debido a que las dosis estandarizadas del TAES se tra- ducen en dosis plasmáticas insuficientes. Varios miembros de la superfamilia de enzimas del citocromo P450 (CYP) catalizan la oxidación de fármacos considerándose que las diferencias en los polimorfismos de P450 podrían explicar las variaciones en la velocidad de acetilación y en la disposición a fármacos. Las personas con acetilación lenta de INH tienen un riesgo mayor de toxicidad, ya que el grado de inhibición debida a la INH de distintas isoformas del citocromo P450 (CYP2C19 y CYP3A) es dependiente de la concentración de INH. El efecto inhibitorio de la INH se ha descrito también para CYP12, CYP2C9 y CYP2E1. La INH se metaboliza a través de la enzima N-acetil- transferasa 2 (NAT2). La gran variabilidad intra e interétnica en la velocidad de acetilación se asocia con los polimorfismos de NAT2. Los pacientes con acetilación rápida tienen concen- traciones plasmáticas de INH insuficientes que inducen fraca- so terapéutico. El estudio de los genotipos de P450 y de NAT2 permitirá predecir una dosis de INH terapéutica e individuali- zada.
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Relación entre polimorfismos en los genes de reparación de ADN y morbilidad asociada a radioterapia en pacientes con cáncer

Relación entre polimorfismos en los genes de reparación de ADN y morbilidad asociada a radioterapia en pacientes con cáncer

27 estudios (47.4%) evaluaron polimorfismos a nivel de un solo gen de reparación del ADN y en el resto de los casos se evaluaron SNPs en múltiples genes simultáneamente. Estos últimos incluyeron de 2 a 494 genes, evaluando 2651 polimorfismos en el estudio más grande. Se analizaron principalmente SNPs en las vías de recombinación homóloga y de reparación por escisión de bases. Y se encontraron asociaciones significativas en 24 estudios (ver conclusiones en la tabla 2) para genes entre los que se encuentran: APEX, ATM, CYP2D6, ERCC2, ERCC4, GSTP1, SOD2, TGFB1, XPD, XRCC1, XRCC3 Y XRCC5, por mencionar algunos. Sin embargo, la mayoría de estas no se han podido validar debido a que en los casos en los que se evaluó un mismo polimorfismo en varios estudios, se encontraron resultados contradictorios e inconsistentes. Tal es el caso del SNP Arg/Gln en el codón 399 de XRCC1, el cual fue objeto de 12 estudios con el fin de evaluar su impacto en la radiosensibilidad de tejidos normales. En cuatro estudios (Andreassen et al., 2003; Chang-Claude et al., 2005; Giotopoulos et al., 2007; Moullan et al., 2003), dicho polimorfismo fue asociado tanto con un aumento como con la reducción del riesgo de desarrollar toxicidad tardía en piel inducida por radioterapia. Mientras que en los ocho restantes (Andreassen et al., 2005; Andreassen et al., 2006; Brem et al., 2006; De Ruyck et al., 2005; Suga et al., 2008; Chang-Claude et al., 2009; Popanda et al., 2009; Suga et al., 2007), que incluyen tres estudios con una población alrededor de los 400 pacientes, no se encontró una asociación significativa al respecto. Entonces, a pesar que en varios estudios se han encontrado asociaciones significativas, estos hallazgos se han visto entorpecidos por resultados inconsistentes y la inhabilidad de poder replicar y validar las asociaciones encontradas previamente.
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Determinación de polimorfismos en factores de transcripción que afectan la expresión de genes del virus del papiloma humano

Determinación de polimorfismos en factores de transcripción que afectan la expresión de genes del virus del papiloma humano

Figura 13.-Secuencias de los oligonucleótidos diseñados para YY1 y Oct1. En la parte superior izquierda se esquematiza el diseño de los oligonucleótidos para los FT YY1 y Oct1; en la pa[r]

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Polimorfismos en genes de baja penetrancia como marcadores genéticos de riesgo de cáncer de mama familiar entre mujeres colombianas

Polimorfismos en genes de baja penetrancia como marcadores genéticos de riesgo de cáncer de mama familiar entre mujeres colombianas

El análisis estadístico se realizó empleando el software GENEALEX 6.2 (Peakall & Smouse 2006), con el cual se calcularon las frecuencias alélicas y genotípicas, tanto de casos como de controles. Con el fin de comparar las frecuencias genotípicas observadas con las esperadas en casos y en controles, y de observar si la población se encontraba en equilibrio Hardy-Weinberg se realizó una prueba exacta de Chi-Cuadrado X 2 . Además, se usó la prueba exacta de diferenciación de Raymond & Rousset análoga a la prueba de Fisher, utilizando el software ARLEQUIN 3.1, para establecer las diferencias significativas para la presencia de los polimorfismos XRCC3 T241M y RAD51-G135C entre casos y controles.
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Polimorfismos en genes de la inmunidad innata determinan la susceptibilidad y la mortalidad de la sepsis grave y el shock séptico

Polimorfismos en genes de la inmunidad innata determinan la susceptibilidad y la mortalidad de la sepsis grave y el shock séptico

Están! descritas! asociaciones! entre! SNP! de! genes! relacionados! con! la! detección! microbiana,! mecanismos! de! señalización! de! la! respuesta! inmune! e! inflamatoria,!! citoquinas! pro! y! anti! inflamatorias! y! la! función! endotelial! con! el! pronóstico! de! los! pacientes! con! sepsis.! La! mayoría! de! trabajos! en! este! sentido! utilizan! el! método! de! análisis! de! genesccandidatos,! el! cual! tiene! su! origen! en! el! estudio! de! enfermedades! clásicas!mendelianas!determinadas!por!un!único!gen!y!analizadas!mediante!técnicas!de! análisis!de!ligamiento!que!buscan!determinar!riesgos!aumentados!o!disminuidos!para! portadores! de! un! determinado! alelo! en! la! población.! Estos! trabajos! dirigen! la! búsqueda!a!genes!“sospechosos”!al!estar!implicados!en!las!vías!biológicas!implicadas! en!la!sepsis![102].!A!continuación!exponemos!la!literatura!más!relevante!!publicada!en! las!últimas!dos!décadas!con!respecto!a!estos!genes!candidatos.!
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Frecuencias alélicas y genotípicas de polimorfismos en los genes cyp2c9, vkorc1 y cyp4f2 en pacientes colombianos anticoagulados con warfarina

Frecuencias alélicas y genotípicas de polimorfismos en los genes cyp2c9, vkorc1 y cyp4f2 en pacientes colombianos anticoagulados con warfarina

Al analizar el comportamiento de los polimorfismos en CYP4F2, para nuestra población encontramos que la frecuencia del alelo C o Wt es de 0.70 siendo el más común, al igual que el estudio de Isaza y col. realizado en Colombia (88), a nivel mundial también ocurre lo mismo. Al verificar si este gen se encuentra en equilibrio de Hardy-Weinberg, encontramos que está en desequilibrio, posiblemente, porque la población de Bogotá es en su gran mayoría de otros departamentos y solo el 31.86% son oriundos de esta ciudad, observándose la influencia ejercida por la migración (127), afectando las frecuencias alélicas de este gen. Al comparar nuestras frecuencias con Europa, Asia y África no encontramos DS, como lo confirma Liang y col. (72); quienes realizaron un metaanálisis de CYP4F2 y tampoco encontraron diferencias significativas entre asiáticos y caucásicos.
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Estudio de la interacción de la dieta con polimorfismos en los genes LEPR, APOA2 y APOA5 y su relación con la obesidad y dislipidemias en jóvenes

Estudio de la interacción de la dieta con polimorfismos en los genes LEPR, APOA2 y APOA5 y su relación con la obesidad y dislipidemias en jóvenes

Diet is an important environmental factor that interacts with genes to modulate the likelihood of developing disorders in lipid metabolism and their involvement in the presence of other chronic diseases such as obesity. Aim: Analyzing the interaction of the diet with the following polymorphisms: 668 A/G and 1968 G/C in the LEPR gene, - 265 G/A and -1730 G/T in the APOA2 gene and -1131 T/C and 56 C/G in the APOA5 gene and its relationship with obesity and dyslipidemia in young students of the state of Guerrero. Methodology: The study included 200 young between 18 to 25 years old who had normal weight and obesity, clinical, biochemical and anthropometric measurements were determined. A nutritional assessment applied by a nutritionist was conducted. Genotyping of polymorphisms was performed by PCR-RFLP. Results: The following genotype frequencies in the control group were found, for the -1131 polymorphism T/C: 69% T/T, 29% T/C and 2% C/C and for the polymorphism 56 C/G was 7% C/C, 33% C/G and 60% G/G both in APOA5 gene; for polymorphisms 1968 G/C and 668 A/G in the LEPR gene were: 72% G/G, 28% G/C, 0% C/C to 30% A/A, 50% A/G and 20% G/G, respectively; for polymorphism -265 T/C was: 69% T/T, 30% T/C and 1% C/C and polymorphism -1730 G/T 100% were G/G in the APOA2 gene. All polymorphisms were in Hardy Weinberg equilibrium. Carriers of the T/C+C/C genotypes of polymorphism -1131 T/C in the APOA5 gene had decreased levels of HDL cholesterol (41 vs 45 mg/dL; p=0.02) and also an increased intake of polyunsaturated fatty acids (PUFA). Carriers of the T/C+C/C genotypes of the polymorphism -265 T/C in the APOA2 gene had a lower consumption of PUFA. Carriers of the A/G+G/G genotypes of the polymorphism 668 A/G in the LEPR gene had increased levels of LDL cholesterol (111 vs 103 mg/dL; p=0.02). An association of saturated fatty acids (SFA) intake (≥12 g/day) and lipid (≥83 g/day) with the presence of obesity was found (OR = 4.4, 95% CI 2.0-9.3, p<0.001 and OR=3.8, 95% CI 1.8-7.9; p<0.001 respectively).
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Niveles de homocisteína y polimorfismos de los genes de la MTHFR y la CBS en pacientes colombianos con trombosis venosa superficial y profunda

Niveles de homocisteína y polimorfismos de los genes de la MTHFR y la CBS en pacientes colombianos con trombosis venosa superficial y profunda

Introduction. Thrombosis develops when the hemostatic system is incorrectly activated due to the unbalance between procoagulant, anticoagulant and fibrinolytic mechanisms allowing the formation of a clot within a blood vessel. The risk factors of this pathology can be acquired or can be genetic. Objectives. To analyze in a Colombian population with diagnosis of venous thrombosis, lipid profile, glucose and homocystein levels, to calculate the alleles and genotypic frequencies of polymorphisms c.699 C>T, c.1080 C>T, c.844ins68 of the cystathionine ß synthase and the c.677 C>T of the methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) genes.
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Genes y polimorfismos en tnf alfa, aire y foxd3 en pacientes con alopecia areata en el noreste de México

Genes y polimorfismos en tnf alfa, aire y foxd3 en pacientes con alopecia areata en el noreste de México

También es posible que se utilice información cl“nica de las muestras, a la cual se le eliminará la identificación personal. En la práctica esto significa que los investigadores que utilicen la información cl“nica no tendrán acceso a datos personales como nombre, números de identificación relacionados con el hospital (número de expediente), dirección y números de teléfono. Los investigadores podrán recibir información cl“nica como la edad, presencia o ausencia de la enfermedad u otro tipo de información relevante a la muestra, pero no recibirán información sobre la identidad de la persona.
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Análisis de polimorfismos en los genes tripanotión reductasa y cruzipaína en cepas colombianas de Trypanosoma cruzi

Análisis de polimorfismos en los genes tripanotión reductasa y cruzipaína en cepas colombianas de Trypanosoma cruzi

Usando marcadores de isoenzimas, RAPDs y ADNr, se ha podido demostrar la mayor prevalencia del grupo T. cruzi I en el país (53-55,61). Con dos sistemas diferentes en genes codificadores de proteínas también fue posible en este estudio reproducir esta observación, agrupándose la mayoría de cepas del grupo I dentro de los genotipos TriR 3 y Crp 5; esta consistencia de agrupación con diferentes sistemas refuerza así la estructura clonal de las poblaciones de T. cruzi. Los resultados de este estudio sugieren que estos genes son útiles como posibles marcadores moleculares para determinar y diferenciar variedades genéticas en T. cruzi, y permiten plantear la futura evaluación de la hipótesis sobre la interacción parásito-hospedero.
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