Otras formas en que encarna la precariedad

HN'

Peptide 2 :

( H.N-DPAAL KRARN TEARR RSRAR KLORM KOGGC-CONH. )z

Once synthesised, the selectivity and affinity of binding of peptide 1 to dsDNA would be assessed using the techniques of mobility shift assay and in vitro selection.

In addition to the work with peptide 1, we also aimed to explore the possibihty of synthesising a library of peptides, based on peptide 1, that will examine the effect of the intercalator and linker on the peptide binding.

6 - References

[1] G. M. Blackburn, M. J. Gait, Nucleic acids in chemistry and biology, IRL press, Oxford 1997.

[2] J. D. McGhee, G. Felsfeld, Ann. Rev. Biochem. 49 (1980) 1115.

[3] R. E. Dickerson, H. R. Drew, B. N. Conner, R. M. Wing, A. V. Fratini, M. L. Kopka, Science 216 (1982) 475.

[4] L. S. Lerman, J. Mol. Biol. 5(1961) 18.

[5] W. D. Wilson, C. R. Krishnamoorthy, Y.-H. Wang, J. C. Smith, Biopolymers 24 (1985) 1941.

[6] M. Hogan, N. Dattagupta, D. M. Crothers, Biochemistry 18 (1979) 280. [7] W. O. Foye, T. L. Lemke, D. A. Williams, Principles o f medicinal chemistry,

Williams and Wilkins, Baltimore 1995.

[8] P. B. Jensen, B. S. Sorensen, M. Sehested, E. J. F. Demant, E. Kjelsen, E. Friche, H. H. Hansen, Biochem. Pharm. 45 (1993) 2025.

[9] B. Alberts, D. Bray, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts, J. D. Watson, Molecular biology o f the cell. Garland, New York 1989.

[10] M. Coll, C. A. Frederick, A. H.-J. Wang, A. Rich, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84 (1987) 8385.

[11] J. G. Felton, D. E. Wemmer, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86 (1989) 5723. [12] P. B. Dervan, Science 232 (1986) 464.

[13] M. Mrksich, W. S. Wade, T. J. Dwyer, B. H. Geierstanger, D. E. Wemmer, P. B. Dervan, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89 (1992) 7586.

[14] J. W. Trauger, E. E. Baird, P. B. Dervan, J. Am. Chem. Soc. 120 (1998) 3534. [15] S. White, J. W. Szewczyk, J. M. Turner, E. E. Baird, P. B. Dervan, Nature 391

(1998) 468.

[16] S. Buratowski, Cell 77 (1994) 1. [17] S. C. Harrison, Nature 353 (1991) 715.

[18] C. O. Pabo, R. T. Sauer, Annu. Rev. Biochem. 61 (1992).

[19] P. F. Johnson, S. L. McKnight, Annu. Rev. Biochem. 58 (1989) 799. [20] C. O. Pabo, R. T. Sauer, Ann. Rev. Biochem. 53 (1984) 293.

[21] W. F. Anderson, D. H. Ohlendorf, Y. Takeda, B. W. Matthews, Nature 290 (1981)754.

[22] S. R. Jordan, C. O. Pabo, Science 242 (1988) 893.

[23] Z. Otwinowski, R. W. Schevitz, R.-G. Zhang, C. L. Lawson, A. Joahimiak, R. Q. Marmorstein, B. F. Lui si, P. B. Sigler, Nature 335 (1988) 321.

[24] W. J. Gehring, M. Muller, M. Affolter, A. Percival-Smith, M. Billeter, Y. Q. Qian, G. Otting, K. Wuthrich, Trends Genet. 6 (1990) 323.

[25] A. Laughon, Biochemistry 30(1991) 11357.

[26] G. Otting, Y. Q. Qian, M. Billeter, M. Muller, M. Affolter, W. J. Gehring, K. Wuthrich, EMBO J. 9 (1990) 3085.

[27] C. Wolberger, A. K. Vershon, B. Liu, A. D. Johnson, C. O. Pabo, Cell 67 (1991) 517.

[28] J. Miller, A. D. McLachlan, A. Klug, EMBO J. 4 (1985) 1609. [29] N. P. Pavletich, C. O. Pabo, Science 252 (1991) 809.

[30] M. S. Lee, G. P. Gippert, K. V. Soman, D. A. Sale, P. E. Wright, Science 245 (1989) 635.

[31] G. P. Diakun, L. Fairall, A. Klug, Nature 374 (1986) 698.

[32] J. R. Desjarlais, J. M. Berg, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89 (1992) 7345. [33] Y. Choo, A. Klug, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91 (1994) 11163.

[34] J. M. Berg, Cell 57 (1989) 1065.

[35] T. Hard, E. Kellenbach, R. Boelins, B. A. Maler, K. Dahlman, L. P. Freedman, J. Carlstedt-Duke, K. R. Yamamoto, J.-A. Gustafsson, R. Kaptein, Science 249 (1990)157.

[36] R. Marmorstein, M. Carey, M. Ptashne, S. C. Harrison, Nature 356 (1992) 408. [37] F. Lenouvel, I. Nikolaev, B. Felenbok, J. Biol. Chem. 272 (1997) 15521. [38] A. Ferre-D'Amare, G. C. Prendergast, E. B. Ziff, S. K. Burley, Nature 363

(1993) 38.

[39] Y. Yokota, A. Mansouri, S. Mori, S. Sugawara, S. Adachi, S.-I. Nishikawa, P. Gruss, Nature 397 (1999) 702.

[40] S. E. V. Phillips, Curr. Biol. 1 (1991) 89.

[41] J. B. Rafferty, W. S. Somers, I. Saint-Giron, S. E. V. Phillips, Nature 341 (1989) 705.

[42] A. K. Vershon, S.-M. Liao, W. R, McClure, R. T. Sauer, J. M ol B iol 195 (1987)311.

[43] B. M. Brown, J. U. Bowie, R. T. Sauer, Biochemistry 29 (1990) 11189.

[44] I. Tanaka, K. Appelt, J. Dijk, S. W. White, K. S. Wilson, Nature 310 (1984) 376. [45] S. W. White, K. Appel, K. S. Wilson, I. Tanaka, Proteins: Struc. Func. Gen. 5

(1989) 281.

[46] I. A. Hope, K. Struhl, EMBO J. 6 (1987) 2781.

[47] C. Park, J. L. Campbell, W. A. Goddard III, J. Am. Chem. Soc. 118 (1996) 4235. [48] X. Wu, C. Spiro, W. G. Owen, C. T. McMurray, J. Biol Chem.

273 (1998).

[49] W. H. Landschulz, P. F. Johnson, S. L. McKnight, Science 240 (1988) 1759. [50] W. H. Landschulz, P. F. Johnson, S. L. McKnight, Science 243 (1989) 1681. [51] P. Agre, P. F. Johnson, S. L. McKnight, Science 246 (1989) 922.

[52] R. Gentz, F. J. Rauscher III, C. Abate, T. Curran, Science 243 (1989) 1695. [53] T. G. Gas, L. P. McIntosh, E. K. O'Shea, F. W. Dahlquist, P. S. Kim,

Biochemistry 29 (1990) 2891.

[54] V. Saudek, A. Pastore, M. A. Castiglione, M. R. Frank, H. Gausepohl, T. Gibson, Protein Engin. 4 (1991) 519.

[55] R. Rasmussen, D. Benvegnu, E. K. O'Shea, P. S. Kim, T. Alber, Prac. N atl Acad. S ci USA 88 (1991) 561.

[56] E. K. O'Shea, J. D. Klemm, P. S. Kim, T. Alber, Science 254 (1991) 539. [57] F. H. C. Crick, Acta. Cryst. 6 (1953) 689.

[58] A. Lupas, Trends B iol Sci 21 (1996) 375.

[59] R. S. Hodges, J. Sodek, L. B. Smillie, L. Jurasek, Cold Spring Harbour Sym. Quant. Biol 37 (1972) 299.

[60] W. Shu, H. Ji, M. Lu, Biochemistry 38 (1999) 5378. [61] P. B. Harbury, P. S. Kim, T. Alber, Nature 371 (1994) 80.

[62] D. W. Banner, M. Kokkinidis, D. Tsemoglou, J. Mol. B iol 196 (1987) 657. [63] R. Fairman, H.-G. Chao, T. B. Lavoie, J. J. Villafranca, G. R. Matusueda, J.

Novotny, Biochemistry 35 (1996) 2824.

[64] M. John, J.-P. Briand, M. Granger-Schnarr, M. Schnarr, J. Biol. Chem. 269 (1994)16247.

[66] L. Gonzalez Jr, D. N. Woolfson, T. Alber, Nature, Struc. Biol. 3 (1996) 1011. [67] K. J. Lumb, P. S, Kim, Biochemistry 34 (1995) 5642.

[68] P. B. Harbury, T. Zhang, P. S. Kim, T. Alber, Science 262 (1993) 1401.

[69] S. Betz, R. Fairman, K. O'Neill, J. Lear, W. DeGrado, Phil. Trans. R. Soc. Lond. 5 345(1995) 81.

[70] J. Moitra, L. Szilak, D. Krylov, C. Vinson, Biochemistry 36 (1997) 12567. [71] I. A. Hope, K. Struhl, Cell 46 (1986) 885.

[72] D. E. Hill, I. A. Hope, J. P. Macke, K. Struhl, Science 234 (1986) 451. [73] C. R. Vinson, P. B. Siglar, S. L. McKnight, Science 246 (1989) 911.

[74] K. T. O'Neill, J. D. Shuman, C. Ampe, W. F. DeGrado, Biochemistry 30 (1991) 9030.

[75] V. Saudek, H. S. Pasley, T. Gibson, H. Gausepohl, R. Frank, A. Pastore, Biochemistry 30 (1991) 1310.

[76] M. A. Weiss, T. Ellenberger, C. R. Wobbe, J. P. Lee, S. C. Harrison, K. Struhl, Nature 347 (1990) 575.

[77] L. J. Ransone, P. Wamsley, K. L. Morley, I. M. Verma, Mol. Cell. Biol. 10 (1990).

[78] J. A. Nye, B. J. Graves, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87 (1990) 3992. [79] M. G. Oakley, P. B. Dervan, Science 248 (1990) 847.

[80] T. E. Ellenberger, C. J. Brandi, K. Struhl, S. C. Harriaon, Cell 71 (1992) 1223. [81] P. Konig, T. J. Richmond, J. Mol. Biol. 233 (1993) 139.

[82] W. Keller, P. Konig, T. J. Richmond, J. Mol. Biol 254 (1995) 657.

[83] A. R. Lajmi, M. E. Lovrencic, T. R. Wallace, R. R. Thomlinson, J. A. Shin, J. Am. Chem. Soc. 122 (2000) 5638.

[84] T. K. Kerppola, T. Curran, Science 254 (1991) 1210. [85] T. K. Kerppola, T. Curran, Mol. Cell. Biol 13 (1993) 5479.

[86] A. Sitlani, D. M. Crothers, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93 (1996) 3248.

[87] M. John, R. Leppik, S. J. Busch, M. Granger-Schnarr, M. Schnarr, Nucleic Acids Res. 24 (1996) 4487.

[88] J. N. M. Glover, S. C. Harrison, Nature 373 (1995) 257.

[89] L. Chen, J. N. M. Glover, P. G. Hogan, A. Rao, S. C. Harrison, Nature 392 (1998) 42.

[90] R. J. McCormick, T. Badalian, D. E. Fisher, Proc. Natl. Acad. Aci. USA 93 (1996) 14434.

[91] A. G. Hinnebusch, /. Biol. Chem. 272 (1997) 21661.

[92] I. A. Hope, S. Mahadevan, K. Struhl, Nature 233 (1988) 635.

[93] M. L. Martin, P. M. Lieberman, T. Curran, Mol. Cell. Biol. 16 (1996) 2110. [94] P. F. Johnson, Mol. Cell. Biol. 13 (1993) 6919.

[95] G. Mavrothalassitis, G. Beal, T. S. Papas, DNA Cell Biol. 9 (1990) 783. [96] T. Alber, Curr. Biol. 3 (1993) 182.

[97] J. Kim, D. Tzamarias, T. Ellenberger, S. C. Harrison, K. Struhl, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90 (1993) 4513.

[98] M. Suckow, B. von Wilcken-Bergmann, B. Muller-Hill, Nucleic Acids Res. 21 (1993) 2081.

[99] M. Suckow, A. Madan, B. Kisters-Woike, B. von Wilcken-Bergmann, B. Muller- Hill, Nucleic Acids Res. 22 (1994) 2198.

[100] M. Suckow, K. Schwarmbom, B. Kisters-Woike, B. von Wilcken-Bergmann, B. Muller-Hill, Nucleic Acids Res. 22 (1994) 4395.

[101] M. Suckow, B. von Wilcken-Bergmann, B. Muller-FDll, EMBO J. 12 (1993) 1193.

[102] B. Koldin, M. Suckow, A. Seydel, B. von Wilcken-Bergmann, B. Muller-Hill, Nucleic Acids Res. 23 (1995) 4162.

[103] R. V. Talanian, C. J. McKnight, P. S. Kim, Science 249 (1990) 769.

[104] R. V. Talanian, C. J. McKnight, R. Rutkowski, P. S. Kim, Biochemistry 31 (1992)6871.

[105] C. R. Palmer, L. S. Sloan, J. C. Adrian Jr, B. Cuenoud, D. N. Paolella, A. Schepartz, J. Am. Chem. Soc. 117 (1995) 8899.

[106] C. Park, J. L. Campbell, W. A. Goddard III, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89 (1992) 9094.

[107] C. Park, J. L. Campbell, W. A. Goddard El, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90 (1993) 4892.

[108] C. Park, J. L. Campbell, W. A. Goddard IE, J. Am. Chem. Soc. 117 (1995) 6287. [109] B. Cuenoud, A. Schepartz, Science 259 (1993) 510.

[110] B. Cuenoud, A. Schepartz, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90 (1993) 1154. [111] Y. Aizawa, Y. Sugiura, T. Morii, Biochemistry 38 (1999) 1626.

[112] M. Ueno, A. Murakami, K. Makino, T. Morii, J. Am. Chem. Soc. 115 (1993) 12575.

[113] M. Ueno, M, Sawada, K. Makino, T. Morii, J. Am. Chem. Soc. 116 (1994) 11137.

[114] T. Morii, J. Yamane, Y. Aizawa, K. Makino, Y. Sugiura, J. Am. Chem. Soc. 118 (1996) 10011.

[115] T. Morii, M. Simomura, S. Morimoto, I. Saito, J. Am. Chem. Soc. 115 (1993) 1150.

[116] M. Okagami, M. Ueno, K. Makino, M. Shimomura, I. Saito, T. Morii, Y. Sugiura, Bioorg. Med. Chem. 3 (1995) 777.

[117] T. Morii, Y. Saimei, M. Okagami, K. Makino, Y. Sugiura, J. Am. Chem. Soc. 119 (1997) 3649.

[118] S. Tanenaka, H. Sato, Y. Itakura, H. Kondo, M. Takagi, Int. J. Peptide Protein Res. 45(1996) 397.

[119] M. Pellegrini, R. H. Ebright, J. Am. Chem. Soc. 118 (1996). [120] H. J. Lei, D. M. Crothers, J. Mol. Biol 39 (1969) 461.

[121] G. Ughetto, A. H.-J. Wang, G. J. Quigley, G. A. van der Marel, J. H. van der Boom, A. Rich, Nucleic Acids Res. 13 (1985) 2303.

Chapter 2