Morpheus, reúne a la mayoría de los capitanes comandantes de otras naves piratas que incursionan en la Matrix, para manifestarles que la profecía está a punto de cumplirse, en esa reunión se da a conocer que hay dos grupos dentro de Sión, (ciudad donde viven los que están fuera de la Matrix, en el mundo real, controlado actualmente por las Maquinas, de la Inteligencia Artificial).
Los que creen en la profecía de la Pitonisa, y los que no creen en ella, y prefieren combatir directamente, sin tener ambos una dirección real de su situación y su futuro.
Los agentes dirigidos por Smith, “intentan aparentemente” sabotear la reunión sin conseguirlo, ya que esa era la estrategia de Smith, (solo asustarlos).
Los mismos agentes lo llaman la anomalía y que “todavía es humano”.
SION.
Ciudad escondida de las maquinas en el mundo real, cuyos habitantes suman a lo mas 250,000, que actualmente está atacada por las maquinas centinelas.
Morpheus, comunica a todo Sión del ataque, pero les dice que no se preocupen ya que esa guerra va a acabar pronto
Los mismos miembros del consejo no saben en que va a parar todo eso pero tienen la fe y esperanza de que la profecía se cumpla, y la guerra se acabe, aunque ellos presuponen que van a ganar, por eso le dan el total apoyo a Morpheus y al elegido.
El Concejal en una platica con Neo, le instruye sobre la interrelación entre las maquinas y los humanos, como se necesitan mutuamente.
Los dos Neo y el Concejal No tienen idea de lo que pasa, solo tienen fe en la profecía de la Pitonisa, mostrando total ignorancia de su historia y las perspectivas futuras.
Morpheus le dice al concejal, “esto no es cuestión de fe, sino de tiempo”, para que la profecía se cumpla.
Los lazos entre Neo y Trinity se hacen más fuertes por su relación sexual.
SMITH.
El agente Smith, que fue destruido por Neo en la primera parte, aparece de nuevo, con una variante, el es ahora un “re programador de la misma Matriz”, el también regresa a su creador y renace con la variante de que ahora es re programador, y reprograma a los demás seres dentro de la Matrix, y los convierte en clones de el mismo.
Hay muchos agentes Smith, con un nuevo propósito creado por la inteligencia artificial de la Matrix, para infiltrarse en Sión y destruirla desde adentro.
Smith localiza a los rebeldes de Sión de la ultima nave que lleva la información de la Pitonisa y convierte a el ultimo rebelde en salir de la Matrix, en un clon de el, que es el mismo, y se sale así de la Matrix, en un cuerpo humano, logrando lo que al final de cuentas es lo mas valioso de la película.
Smith, que es una inteligencia artificial, de la inteligencia artificial de la Matrix, que en
resumidas cuentas es la misma inteligencia artificial, logra la unión con su propio creador, su dios y se convierte en un humano, o sea la fusión con su creador, (DIOS).
LA PITONISA.
Al ir a encontrarse Neo con la Pitonisa, se topa con Sharif, un ser extremadamente luminoso, mil veces mas que Neo, de códigos lumínicos blancos dorados.
Se pelea con el para solo hacerle creer, que están probándolo y hacerle un poco difícil el acceso a la Pitonisa, (pura farsa).
Se adentran ahora por portales secretos, que solo con las claves apropiadas, (llaves), se toman los atajos para cambiar de realidades en un sistema virtual de puertas.
La Pitonisa le aclara que sabe porque no duerme y que ellos lo van a arreglar, ( velado para decirle que ella y ellos ??? tienen acceso a sus códigos).
En el primer acto de inteligencia real de Neo, este descubre que la Pitonisa y su guardián Sharif, son programas también de la Matrix, que no tienen cuerpo humano, aunque eso ya lo deberían saber todos los demás, al no tener el cuerpo de la Pitonisa en Sión. (falla de la película o del limitado nivel de inteligencia de los miembros libres de Sión).
Ella le da una opción, para elegir en creerle a un programa o rechazarlo, y quedarse sin nada, ya que ella fue la que hizo la profecía, que es lo único que les ha servido de guía para acabar con la guerra contra las maquinas, (les dio esperanza y guía).
Le ofrece un dulce, este le dice que para que lo ofrece si ya sabe lo que va a decidir, ella le dice que está ahí para saber el porque de la decisión, ya que esa misma el ya la había tomado.
Esto nos dice que ella tiene si acceso a los códigos de el, y que solo se está repitiendo la historia en un “holo video tape virtual digital”, que todo ya sucedió y solo se repite la historia como para entender y aprender de sus actos.
Ella le dice que pesaba que eso ya lo había el imaginado, (entendiendo que realmente el no es muy inteligente o que en realidad ella no sabe todo el futuro).
Neo le pregunta que para que está ahí y ella le responde que le encantan los dulces, (entiéndase que para darle mas opciones a elegir).
¿Por qué Ayudarlos?, porque todos están para hacer lo que tienen que hacer, o sea todos tienen un propósito y este es cumplir con el futuro, a este tienen que llegar juntos.
Le explica que hay programas que se rebelan a su creador, (Matrix), o sea programas rebeldes que se independizan de su creador, que adquieren individualidad propia y por ende libre
albedrío.
Estos se rebelan porque van a ser eliminados por inservibles, o porque hay otros mejores, y estos escogen entre exiliarse y esconderse aparentemente de la Matrix, para seguir vivos, o volver a la fuente, al creador o al CPU, que es la Matrix y fundirse con ella (ser eliminado enviándolos a la papelera de reciclaje y también borrados de ahí).
Ella le dice que tiene que ir a la fuente, que tiene que pasar por esa puerta de luz con la que ha soñado, y que ahí termina su misión.
Ella le pregunta si ve morir a trinity?, y el le responde que no, y pregunta ¿si el tiene que tomar la decisión de salvarla o dejarla morir?, a donde ella taimadamente le responde que el ya tomó la decisión, solo tiene que comprender el porqué.
Neo no quiere tomar la decisión pero ello le dice que lo tiene que hacer ya que el es el elegido, (pero no le dice por quien y para que).
Cuando ella está a punto de descubrirse en la trama, el guardián de ella le dice que ya es tiempo de irse, y por ultimo le instruye a que busque al fabricante de llaves que desapareció hace mucho tiempo y está preso por el Merovingio (programa rebelde muy antiguo, se presume que es otro de los pasados elegidos ya que Neo es el sexto).
La orden o sugerencia de ella es que debe de llegar a la cita a la hora exacta para tener una chance de conseguir al fabricante de llaves que es otro programa rebelde.
Ella se va dándole ánimos para reforzarle la idea de que el es el elegido y que tomará la decisión correcta, (sugerencia subliminal).
PLATICA CON SMITH y 1000 CLONES.
Smith le dice que gracias a el, el se liberó, que ahora no obedece al sistema que es libre, que es un rebelde y que hay una conexión de códigos entre los dos, (mentira).
Le dice que el motivo por el que está ahí, no es porque se haya liberado, sino porque no lo está.
Le dice que no se puede escapar a la lógica ni al destino, que todos tienen un propósito y que fueron creados para ese propósito, que sin el no existirían.
El propósito guía y determina sus vidas.
Smith intenta reprogramar a Neo tratando de convertirlo en un clon de el, pero este fracasa y se pelea Neo, con los 1000 clones de Smith.