arbovirus arthropod-borne virus
AGO2 argonaute-2
ATF Activating transcription factor
Ae. Aedes
ActD actinomycin D
AP alkaline phosphatase
BiP Ca2+-dissociated heavy-chain binding protein
CHOP DNA damage-inducible protein C/EBP-homologous protein 10
C Capsid
CHIKV chikungunya virus
CPE cytopathic effects
Cx. Culex
CHX cycloheximide
CMV cytomegalo virus
CRM1 chromosome region maintenance 1
DENV Dengue virus
Dcr-2 Dicer
dpi days post infection
dsRNA double-stranded RNA
EIP extrinsic incubation period eIF2α eukaryotic initiation factor 2α EGFP enhanced green fluorescent protein
ER endoplasmic reticulum
E Envelope
FBS fetal bovine serum
List of Abbreviations
181
ISG IFN-stimulated gene
IRE1α inositol-requiring 1α
IFA immunofluorescence assay
IU international units
JAK Jannus kinase
JEV Japanese encephalitis virus
LGTV Langat virus
LCCM Langerhans cell conditioned medium MDA5 melanoma differentiation-associated gene 5 mRNP messenger ribonucleoproteins
MOI multiplicity of infection
MEF mouse embryonic fibroblasts
MIB midgut infection barrier
MEB mesenteron escape barrier
nsP non-structural protein
NWE north-western Europe
NA North American
NLS nuclear localization signal
NY'99 WNV isolate New York 1999
NTF2 nuclear transport factor 2 OAS 2'-5'-oligoadenylate synthetase 2
ONNV O’nyong nyong virus
ORF open reading frame
PB processing body
PxxPxR consensus sequence of SH3 domain-binding motif
PKR protein kinase R
pfu plaque forming unit
PBS phosphate-buffered saline
PERK protein kinase R-like ER kinase PRR pattern recognition receptor
PIAS protein inhibitors of activated STAT1 RIG-I retinoic acid-inducible gene I
Rin Rasputin
RH relative humidity
RNA Ribonucleic acid
RNAi RNA interference
RC replication complex
RRM RNA recognition motif
RGG arginine glycine-rich box
Rluc Renila luciferase
RRV Ross River virus
RPB1 DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1
RT room temperature
siRNA small-interfering RNA
SINV Sindbis virus
SFV Semliki Forest virus
SG stress granule
SDS sodium dodecyl sulfate
sf Spodoptera frugiperda
SH-3 Src homology-3
sgRNA subgenomic RNA
STAT Signal Transducers and Activators of Transcription
S spliced XBP1 mRNA
SLEV St Louis encephalitis virus sfRNA subgenomic flavivirus RNA
ssRNA single-stranded RNA
TCID tissue culture infectious dose
tm tunicamycin
T total XBP1 mRNA
TIA-1 T cell intracellular antigen-1 TIAR TIA1-related protein
TLR Toll-like receptor
Tyk 2 Tyrosine kinase 2
TBEV tick borne encephalitis virus
U unspliced XBP1 mRNA
USUV Usutu virus
UTR untranslated region
UPR unfolded protein response
VC vectorial capacity
VSR viral suppressors of RNAi viRNA virus-derived siRNA
VEEV Venezuelan Equine Encephalitis virus
WNV West Nile virus
WB western blot
D
ankw
oor
Dankwoord
In eerste instantie was ik niet van plan om in Wageningen te gaan promoveren, maar tijdens mijn MSc thesis bij virologie werd al snel duidelijk dat je op een hele prettige manier onderzoek kunt doen in Wageningen. De sfeer van de hele groep, de manier van werken en de mogelijkheid een eigen invulling aan het project te geven hebben me destijds toch overgehaald in Wageningen te blijven en het promotietraject in te gaan. Vier jaar zijn in rap tempo voorbij gevlogen, maar kunnen niet besloten worden voordat ik een poging heb gedaan om iedereen te bedanken voor zijn/haar bijdrage aan dit proefschrift.
Op de eerste plaats wil ik Gorben bedanken. Als begeleider van mijn MSc
thesis was jij voor een groot deel verantwoordelijk voor de goede indruk die het laboratorium van virologie destijds bij mij heeft achtergelaten. Als klap op de vuurpijl wist je ook mijn promotieplek te creëren en mij over te halen om toch maar in Wageningen te blijven. Terugkijkend heb ik van die keuze absoluut geen spijt. De afgelopen vier jaar verliepen naar mijn mening erg soepel en onze samenwerking was wat mij betreft meer dan uitstekend. Zo creëer je voor al je AIOs de ruimte en middelen voor verdere ontwikkeling en ben je altijd te porren voor gekke nieuwe experimenten. Zet daarnaast alle internationale werkbesprekingen en conferenties, waar de vele nieuwe wetenschappelijke inzichten en contacten die alleen maar voorbijgestreefd werden door het aantal nieuwe rondjes en je bent wat mij betreft een ideale begeleider. Om maar met de bekende laatste woorden te eindigen: Bedankt Chef!
Een promotie kan natuurlijk niet zonder promotor, of in dit geval promotoren.
Just en Willem, ik wil jullie dan ook hartelijk bedanken dat jullie dit project
mede mogelijk hebben gemaakt. Op de momenten dat het nodig was waren jullie altijd aanwezig en met name tijdens de laatste fase, het afronden van het
Dankwoord
185
hoofdstukken van dit proefschrift. Je kreeg het altijd voor elkaar om zelfs mijn meest slecht geplande experimenten van voldoende muggen te voorzien, heel erg bedankt daarvoor. Je bent nu zelf ook al een tijdje flink uren aan het maken in het BSL3 en ik weet zeker dat daar straks een mooi proefschrift uit komt. Succes!
Dan mevrouw de professor, Monique: ook al was je niet direct betrokken bij
mijn project, vaak naar aanleiding van een maandagochtendseminar hebben we toch een aantal goede discussies gehad. Na de wisseling van de wacht op virologie heb je ook een aantal zaken voor mij persoonlijk heel goed weten te regelen, waarvoor veel dank!
Dan zijn we aanbeland bij de vrouw die alleen maar bestaat uit rechterhanden,
Corinne. Niet alleen ben je een enorm efficiënte labmanager en kundige analist
voor de hele arbo-groep, maar ook een goede vriendin en chauffeur. Ik kon bij jou altijd mee rijden, zelfs met racefiets en bakken yoghurt en dan in de auto nog eens heerlijk klagen over alle andere gekken (…) achter het stuur. Mislukte kloneer exercities werden feilloos opgelost en titraties in het BSL3 lab gingen twee keer zo snel met jouw hulp. Helaas voor mij kon je de laatste tijd niet meer helpen in het BSL3, maar dat is je uiteraard vergeven. Ik wil jou en Simon dan ook nog heel veel plezier wensen met Pepino pequeño en jullie moeten maar eens snel whisky (en appelsap) komen drinken.
Mia, jij stond letterlijk altijd aan mijn zijde. Het zal wel even wennen zijn om
het straks zonder dat gezellige gekakel te moeten stellen. Niet alleen op het lab, maar ook in de kroeg was je altijd goed gezelschap. Nu ik niet meer naast je sta te pipetteren moeten we maar zo vaak mogelijk in de kroeg afspreken. Maar ook de etentjes, taartjes, worstenbroodjes en reserve tandenborstels zijn absoluut niet vergeten. Hopelijk kunnen we straks de rollen omdraaien en kom je bij mij op visite en wie weet, als jij je vierkante broek aan trekt kun je misschien wel verblijven in een grote ananas. Dat er over een jaar een goed boekje ligt is zeker. Hopelijk komt daar de laatste grote knaller ook nog in, succes!
Stefan sinds jij ons hebt verlaten miste ik toch wel een bepaald soort humor op
de werkvloer. Ook de scherpe discussies, de lekkere nummertjes en de galmende stem van Elvis in het lab hebben enorm bijgedragen aan dit proefschrift. Je bent al lekker aan het knallen in het beloofde land, maar mocht je in de buurt zijn, staat er altijd een goed glas whisky klaar.
Double doctor Amaya, when you took Stefan’s desk, officially surrounding
me with only women, I must admit, I feared the worst (notice the correct use of the word worst), but you proved to be a wonderful addition to our corner. You have become a good friend and I hope to see you more often either in the Netherlands, Scotland or Spain!
timmeren. Daarnaast ben je ook een gezellige aanwinst en heb je de vrouwelijke ban van de arbo-groep weten te doorbreken. Natuurlijk ben ik niet alleen maar altruïstisch, ik ben ook heel blij dat zo’n goed opgeleide MSc een aantal van mijn lopende projecten en pilot proeven een goed vervolg kan gaan geven. Heel veel succes, maar dat komt vast wel goed.
Dryas, Athos, Paulus, Han, Stineke and Patrick, you all have been around
the virology lab together with me for a substantial amount of time. You are an incredibly colourful bunch and I had lots of fun making movies, playing soccer, having drinks, or just chit-chatting around the lab and coffee table. Athos; you
are particularly colourful, with your dark humour. I have really enjoyed all of your complaining. I guess you’re up next, so good luck mate. Corien en Bob,
onze tijd samen is erg kort geweest, maar ik vond het leuk om toch nog even de nieuwe viro lieden te hebben leren kennen.
De rest van de vaste staf, Vera, Richard, Jan, Marleen, Dick, Dick, Els en Hanke, er is niemand van jullie die niet heeft bijgedragen in gezelligheid of
wetenschap. Dus heel erg bedankt daarvoor.
Dan wil ik al mijn MSc en BSc studenten bedanken. Jullie hebben in meer of mindere mate je steentje bijgedragen aan dit proefschrift. Helaas heb ik niet al jullie werk kunnen opnemen, maar het wordt daarom niet minder gewaardeerd.
Erika, Hetty, Jeroen, Christel, Ruud, Sabine, Sabine, Sjoerd, Wouter, Leontien en Daniël heel erg bedankt. In addition I have to thank three other
ex-MSc students of virology: Jacky, Jim en Natalia. Your work has greatly
contributed to this thesis, it is still fruitful today, and without it we would have never been on the cover of JVI!
Besides the people at virology and entomology in Wageningen I cannot forget the growing list of collaborators, from which I just want to highlight Martijn, Florine, Andreas, Lee, Alex, Ronald, Pascal, Ab, Byron, Anna-Bella and Karima. Thanks for all your experimental contributions, input, and discussions
Dankwoord
187
is enorm bedankt voor alle fitness, bier en bitterballen sessies, het was niet het zelfde geweest zonder jullie. You guys will keep hearing from me when I visit the Netherlands, and I propose that we keep doing what we do best, Cheers! Lieve Pa en Ma, de wetenschap werd er thuis al vroeg ingebracht, of we nu een
hut wilden bouwen of weer een maf huisdier wilden onderhouden, zolang er van te voren voldoende onderzoek naar gedaan werd was bijna alles mogelijk. Jullie onvoorwaardelijke steun heeft er voor gezorgd dat (ik nog altijd denk dat) nog steeds bijna alles mogelijk is. Daarnaast heeft de Fros farm zich de laatste jaren ontwikkeld tot een rustiek landhuis waar ik altijd mijn toevlucht kon zoeken als ik weer eens te lang in het lab had gestaan of niet meer naar huis kon rijden na een uit de hand gelopen vrijdagmiddagborrel. Ik wil jullie en ook de rest van de familie daar dan ook heel erg voor bedanken. In het bijzonder,
Fenke, jij hebt fantastisch werk geleverd om mijn ideeën om te zetten in een,
naar mijn mening, hele mooie cover.
Annelientje, ik mag van geluk spreken dat je het al zo lang met mij uit weet
te houden, dat is pas een echte prestatie. Ontzettend bedankt voor de leuke tijd die we hebben gehad en ik weet zeker dat er nog veel zullen volgen. Ook je familie mag ik niet vergeten, jullie stonden altijd paraat voor taalkundig advies, een goed glas wijn, barbecue of andere gezelligheid. Bedankt allemaal!