ANX-PR/CL/ GUÍA DE APRENDIZAJE. ASIGNATURA Bioinformatica y genomica aplicada al analisis de alimentos

(1)

GA_02AQ_23000563_1S_2016-17

ANX-PR/CL/001-01

GUÍA DE APRENDIZAJE

ASIGNATURA

Bioinformatica y genomica aplicada al analisis de alimentos

CURSO ACADÉMICO - SEMESTRE

(2)

Datos Descriptivos

Nombre de la Asignatura Bioinformatica y genomica aplicada al analisis de alimentos

Titulación 02AQ - Master Universitario en Ingenieria Alimentaria Aplicada a la Salud Centro responsable de la titulación Escuela Tecnica Superior de Ingenieros Agronomos

Semestre/s de impartición Primer semestre

Módulos Modulo iv (gestion)

Modulo III (nutricion) Modulo II (doctorado)

Materias Materia comunes gestion

Materia nutricion comunes Materia especifica doctorado

Carácter Optativa

Código UPM 23000563

Nombre en inglés Bioinformatics and genomics applied to food analysis

Datos Generales

Créditos 4 Curso 1

Curso Académico 2016-17 Período de impartición Septiembre-Enero

Idioma de impartición Castellano Otros idiomas de impartición

Requisitos Previos Obligatorios

Asignaturas Previas Requeridas

El plan de estudios Master Universitario en Ingenieria Alimentaria Aplicada a la Salud no tiene definidas asignaturas previas superadas para esta asignatura.

Otros Requisitos

El plan de estudios Master Universitario en Ingenieria Alimentaria Aplicada a la Salud no tiene definidos otros requisitos para esta asignatura.

Conocimientos Previos

Asignaturas Previas Recomendadas

El coordinador de la asignatura no ha definido asignaturas previas recomendadas.

Otros Conocimientos Previos Recomendados

(3)

(4)

Competencias

CB06 - Poseer y comprender conocimientos que aporten una base u oportunidad de ser originales en el desarrollo y/o aplicación de ideas, a menudo en un contexto de investigación

CB07 - Que los estudiantes sepan aplicar los conocimientos adquiridos y su capacidad de resolución de problemas en entornos nuevos o poco conocidos dentro de contextos más amplios (o multidisciplinares) relacionados con su área de estudio

CG01 - Capacidad de observación, generación de hipótesis y planteamiento de problemas experimentales en el ámbito de la alimentación y la salud

CG05 - Capacidad para realizar búsquedas bibliográficas en bases de datos y para gestionar la información trabajando en contextos internacionales

CG06 - Capacidad de innovación, resolución de problemas, toma de decisiones, discusión y conclusiones científicas CG07 - Desarrollo de habilidades para la comunicación y presentación de ideas favoreciendo la accesibilidad, información y consumo de alimentos sanos

Resultados de Aprendizaje

RA57 - Saber utilizar las principales herramientas bioinformáticas para el análisis de secuencias de DNA y proteínas disponibles en la red.

RA56 - Comprender el concepto de alineamiento de secuencias y los principales algoritmos utilizados. RA55 - Aprender el significado de las principales bases de datos utilizadas en bioinformática.

RA58 - Saber el estado actual de los métodos de secuenciación genómica y de la secuenciación de genomas de organismos de interés en alimentación.

RA60 - Conocer las posibles aplicaciones de la agrigenómica.

RA59 - Conocer y saber aplicar los principales métodos genéticos para identificar patógenos y especies y variedades de organismos en la industria alimentaria..

(5)

GA_02AQ_23000563_1S_2016-17 4

Profesorado

Nombre Despacho e-mail Tutorías

Martinez Muñoz, Manuel

(Coordinador/a) [email protected]

Rey Navarro, Luis [email protected]

Nota.- Las horas de tutoría son orientativas y pueden sufrir modificaciones. Se deberá confirmar los horarios de tutorías con el profesorado.

(6)

Descripción de la Asignatura

La asignatura consiste por un lado en el aprendizaje de conceptos básicos de bioinformática,

como son las principales bases de datos utilizadas, el concepto de alineamiento de secuencias y

los principales algoritmos utilizados, las principales herramientas bioinformáticas para el

análisis de secuencias de DNA y proteínas disponibles en la red. Por otro lado, la asignatura

implica el aprendizaje del estado actual de los métodos de secuenciación genómica y de la

secuenciación de genomas de organismos de interés en alimentación, el conocimiento de los pri

ncipales métodos genéticos para identificar patógenos y especies y variedades de organismos

en la industria alimentaria y conocer las posibles aplicaciones de la agrigenómica.

Temario

1. BIOINFORMÁTICA BÁSICA 1.1. Bases de datos

1.1.1. Introducción a la bioinformática 1.1.2. Bases de datos en bioinformática 1.2. Alineamiento de secuencias

1.2.1. Alineamiento simple 1.2.2. BLAST

1.2.3. Alineamiento múltiple 1.3. Familias de proteínas

1.3.1. Dominios y motivos proteicos

1.3.2. Bases de datos de familias de proteínas 1.4. Características 1D y 3D en proteínas

1.4.1. Predicción de propiedades 1D

1.4.2. Predicción de estructura tridimensional 2. GENÓMICA BÁSICA

2.1. Secuenciación de genomas

2.1.1. Métodos de secuenciación de genomas 2.1.2. Estrategias de secuenciación de genomas 2.2. Genómica vegetal

2.2.1. Bases de datos de genomas de plantas 2.2.2. Análisis de genomas de plantas 2.3. Genómica de microorganismos

2.3.1. Bases de datos de genomas procariotas 2.3.2. Análisis de genomas de microorganismos

(7)

GA_02AQ_23000563_1S_2016-17 6

3. BIOINFORMÁTICA Y GENÓMICA APLICADA AL ANÁLISIS DE ALIMENTOS 3.1. Aplicaciones de la PCR al análisis de alimentos

3.1.1. Principios teóricos y prácticos de la PCR 3.1.2. Detección de patógenos y alérgenos

3.1.3. Comprobación de especie/variedad en alimentos 3.2. Microarrays

3.2.1. Tecnología de microarrays

3.2.2. Caracterización molecular de patógenos bacterianos utilizando microarrays 3.3. Agrigenómica

(8)

Cronograma

Horas totales: 32 horas Horas presenciales: 32 horas (30.8%)

Peso total de actividades de evaluación continua: 100%

Peso total de actividades de evaluación sólo prueba final: 100%

Semana Actividad Prensencial en Aula Actividad Prensencial en Laboratorio Otra Actividad Presencial Actividades Evaluación

Semana 1 _Teoría Duración: 01:00

LM: Actividad del tipo Lección Magistral

Prácticas

Duración: 01:00

PL: Actividad del tipo Prácticas de Laboratorio

Prácticas

Duración: 01:00

Prácticas

Duración: 01:00

Prácticas

Duración: 01:00

Prácticas

Duración: 01:00

Prácticas

Duración: 01:00

Semana 7 _{Examen parcial}

Duración: 02:00

EP: Técnica del tipo Examen de Prácticas

Evaluación continua Actividad presencial Semana 8 _Teoría

Duración: 01:00

Prácticas

Duración: 01:00

Prácticas

Duración: 01:00

Prácticas

Duración: 01:00

Prácticas

Duración: 01:00

(9)

GA_02AQ_23000563_1S_2016-17 8 Semana 12 _Teoría

Duración: 01:00

Prácticas

Duración: 01:00

Prácticas

Duración: 01:00

Semana 14 _{Seminarios alumnos}

Duración: 02:00

PI: Técnica del tipo Presentación Individual

Evaluación continua Actividad presencial

Semana 15 _{Examen parcial}

Duración: 02:00

EX: Técnica del tipo Examen Escrito Evaluación continua

Actividad presencial

Semana 16 _{Asistencia y participación en}

clase

Duración: 02:00

OT: Otras técnicas evaluativas Evaluación continua Actividad presencial

Semana 17 _{Examen final}

Duración: 02:00

EX: Técnica del tipo Examen Escrito Evaluación sólo prueba final Actividad presencial

Nota.- El cronograma sigue una planificación teórica de la asignatura que puede sufrir modificaciones durante el curso.

Nota 2.- Para poder calcular correctamente la dedicación de un alumno, la duración de las actividades que se repiten en el tiempo (por ejemplo, subgrupos de prácticas") únicamente se indican la primera vez que se definen.

(10)

Actividades de Evaluación

Semana Descripción Duración Tipo evaluación Técnica

evaluativa Presencial Peso Notamínima Competenciasevaluadas

7 Examen parcial 02:00 Evaluación

continua EP: Técnica deltipo Examen de Prácticas

Sí 40% 5 / 10 CB07

14 Seminarios alumnos 02:00 Evaluación

continua PI: Técnica deltipo Presentación Individual

Sí 15% 5 / 10 CG05, CG07

15 Examen parcial 02:00 Evaluación

continua EX: Técnica deltipo Examen Escrito Sí 40% 5 / 10 CB06, CG06 16 Asistencia y participación en clase 02:00 Evaluación continua

OT: Otras técnicas evaluativas

Sí 5% 5 / 10 CG01

17 Examen final 02:00 Evaluación sólo

prueba final

EX: Técnica del tipo Examen Escrito

Sí 100% 5 / 10 CB06, CB07,

CG06

Criterios de Evaluación

EC: Alumnos que siguen la Evaluación Continua

- Exámenes parciales teórico-prácticos (80%)

- Asistencia a clase (5%)

- Seminarios (15%)

EF: Alumnos que no siguen la Evaluación Continua

- Examen final teórico-práctico (100%)

(11)

GA_02AQ_23000563_1S_2016-17 10

Recursos Didácticos

Descripción Tipo Observaciones

Bibliografía Bibliografía - Introduction to Bioinformatics. A. M. Lesk. Oxford University

Press, 2008.

Bibliografía2 Bibliografía Bioinformatics in the Post-Genomic Era. J. Augen. Pearson

Education, 2005.

Bibliografía3 Bibliografía - Bioinformatics for dummies. Claveric & Notredame. Wiley

Publishing, 2007.

Bibliografía4 Bibliografía - Bioinformatics and Functional Genomics. J. Pevsner.

Wiley-Blackwell, 2009.

Bibliografía5 Bibliografía - PCR Methods in Foods. Maurer. (2006). Ed Springer.

Página web Recursos web www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

Página web2 Recursos web www.fundisa.org : fundación ibérica de seguridad alimentaria

Página web3 Recursos web www.cfsan.fda.gov: Center for food safety and applied

nutrition

Página web4 Recursos web cne.isciii.es: Centro nacional de epidemiología. Instituto de

salud Carlos III

Página web5 Recursos web http://www.eurosurveillance.org/index-03.asp Revista sobre

brotes infecciosos en la Unión europea

Página web6 Recursos web http://www.ifr.ac.uk/ Institute for food reserch (UK)

Página web7 Recursos web http://www.wcfs.nl/webdb/wcfs_home.html Wageningen center

for Food Sciences

Instrumentación Equipamiento Equipamiento para abordar análisis microbiológicos de

diversos alimentos

Software Equipamiento Programas libres en la red e instalados en el aula de