CURSO 2017-18
OFERTA DE TRABAJOS FIN DE MASTER EN CABIMER
Laboratorio responsable (según proyecto): 1. Pablo Huertas 2. Félix Prado 3. Mario García-Domínguez 4-6. Benoit Gauthier 7. Shomi Bhattacharya 8. Felipe Cortés-Ledesma 9. Fernando Monje 10. José C. Reyes 11. David Pozo 12. Andrés Aguilera 13. Ralf Wellinger
Las muestras de interés razonadas han de dirigirse directamente a los e-mails especificados en cada caso conjuntamente con un PDF del expediente académico del Grado cursado
1. Pablo Huertas
Nombre del director(es) del trabajo Pablo Huertas Sánchez
Título del trabajo
Mecanismos de control de la recombinación homóloga en células humanas
Resumen de los objetivos del mismo
El trabajo se basa en un estudio previo del laboratorio en el que se han encontrado 300 genes que regulan la recombinación homóloga. El estudiante eligirá 2-3 de esos genes y analizará en detalle su papel biológico. Para ello, utilizará técnicas de biología molecular, bioquímica y genética, utilizando líneas celulares humanas en cultivo como modelo biológico.
2. Félix Prado
Director del trabajo: Félix Prado Velasco
Título del trabajo:
“Caracterización de mutantes de Rad51 defectivos específicamente en la tolerancia a daños replicativos”
Resumen de los objetivos:
Las proteínas de recombinación homóloga (HR), y en particular Rad51, son esenciales en los procesos de reparación de cortes de doble cadena en el ADN. Además, juegan un papel clave durante la replicación asistiendo a la horquilla replicativa en situaciones que dificultan su avance. En estos casos, la HR facilita la progresión de la horquilla a través de los obstáculos y ayuda a reparar los fragmentos de DNA de cadena sencilla que resultan de este proceso. A pesar de la importancia de estos mecanismos de “tolerancia” en el mantenimiento de la integridad genómica, apenas sabemos cómo se lleva a cabo este proceso. En nuestro laboratorio hemos identificado mutaciones de Rad51 de separación de función: mutantes silvestres para la reparación de cortes de doble cadena pero defectivos en la reparación de daños replicativos inducidos por el agente alquilante metil metano sulfonato. El objetivo de este trabajo será caracterizar a nivel genético y molecular uno de estos mutantes.
3. Mario García-Domínguez
Director:
Mario García Domínguez
Título:
Análisis funcional de la sumoilación de factores transcripcionales durante el proceso de neurogénesis
Objetivos:
La sumoilación de proteínas es una modificación postraduccional consistente en la unión covalente del polipéptido Sumo a otras proteínas. Esta modificación es esencial en vertebrados y regula multitud de procesos celulares. Recientemente en nuestro grumo, mediante un análisis proteómico, hemos identificado decenas de proteínas diferencialmente sumoiladas en condiciones de proliferación y de diferenciación neuronal. La mayoría de estas proteínas son factores transcripcionales o
proteínas relacionadas con la estructura de la cromatina. Nos proponemos analizar el impacto de la sumoilación de estas proteínas en el proceso de neurogénesis mediante experimentos de ganancia de función con mutantes de sumoilación en líneas celulares diferenciables a neuronas.
4-6. Benoit Gauthier
4
Nombre del director(es) del trabajo
Alejandro Martín-Montalvo Sánchez y Benoit Raymond Gauthier Título del trabajo
Determinación de mecanismos diabetogénicos en los ratones mutantes Pax8. Resumen de los objetivos del mismo
El objetivo de este proyecto es determinar las causas moleculares que causan la diabetes en este modelo animal. La experimentación se realizará estudiando tejidos que participan directamente en el control de la homeostasis de la glucosa, como son el hígado, el músculo esquelético, el páncreas y el tejido adiposo. Entre otras técnicas de biología molecular realizaremos immunohistoquímica, western blot, real time PCR y determinaciones por ELISA.
5
Nombre del director(es) del trabajo
Alejandro Martín-Montalvo Sánchez y Benoit Raymond Gauthier Título del trabajo
Evaluación de la inhibición de la ATP-citrato liasa en el control de la homeostasis metabólica Resumen de los objetivos del mismo
El objetivo de este proyecto es determinar las consecuencias fisiológicas de la inhibición de la citrato liasa en la homeostasis metabólica en roedores. La experimentación se realizará estudiando tejidos que participan directamente en el control de la homeostasis de la glucosa, como son el hígado, el músculo esquelético, el páncreas y el tejido adiposo. Focalizaremos principalmente nuestras
investigaciones en el estudio del hígado, donde realizaremos experimentos de genómica (microarray), proteómica (iTRAQ) y lipidómica. Entre otras técnicas de biología molecular realizaremos
immunohistoquímica, western blot, real time PCR y determinaciones por ELISA. 6
Nombre del director(es) del trabajo Alejandro Martín-Montalvo Sánchez Título del trabajo
Determinación de los mecanismos de protección conferidos por el hidroxicitrato en la glucoregulación Resumen de los objetivos del mismo
El objetivo de este proyecto es determinar las consecuencias fisiológicas del tratamiento con hidroxicitrato en roedores. La experimentación se realizará estudiando tejidos que participan directamente en el control de la homeostasis de la glucosa, como son el hígado, el músculo
esquelético, el páncreas y el tejido adiposo. Entre otras técnicas de biología molecular realizaremos immunohistoquímica, western blot, real time PCR y determinaciones por ELISA.
7. Shomi Bhattacharya
Nombre del director(es) del trabajo: Francisco Javier Díaz-Corrales
Título del trabajo:
Terapias Avanzadas (terapia génica, edición génica y terapia celular) para el Tratamiento de Enfermedades Degenerativas de la Retina.
Resumen de los objetivos del mismo
El objetivo principal de este proyecto es producir células pluripotentes inducidas (iPS) de pacientes con enfermedades degenerativas de la retina, incluyendo retinitis pigmentosa y degeneración macular asociada a la edad, para el diseño y evaluación de la seguridad y eficacia de la terapia génica y/o edición génica por CRISPR/Cas9. Nuestro laboratorio actualmente cuenta con las instalaciones necesarias para desarrollar este proyecto y cuenta con personal altamente capacitado capaz de orientar a los estudiantes de Máster que se quieran integrar a nuestro grupo.
8. Felipe Cortés-Ledesma
Nombre del director(es) del trabajo Felipe Cortés Ledesma
Título del trabajo
Atlas genético de la eficiencia y la calidad de la reparación de roturas en el ADN
Resumen de los objetivos del mismo
Emplearemos la nueva tecnología CRISP/Cas9 para analizar de forma sistemática cómo influye cada uno de los aproximadamente 20.000 genes humanos en la eficiencia y la calidad de la reparación de roturas en el ADN. Este estudio no solo ayudará a conocer los mecanismos moleculares del proceso de reparación y cómo este es relevante para mantener la estabilidad del genoma, sino que, además, puede conducir a posibles aplicaciones en la modulación de los procesos de edición génica por el sistema CRISPR/Cas9.
9. Fernando Monje
Nombre del director(es) del trabajo: Fernando Monje Casas
Título del trabajo:
"Caracterización de posibles nuevos reguladores del “checkpoint” de posicionamiento del huso mitótico"
Resumen de los objetivos del mismo
El “checkpoint” de posicionamiento del huso mitótico es un mecanismo de vigilancia que impide la salida de mitosis hasta que las células han alineado correctamente el huso mitótico de forma perpendicular el eje de división, asegurando de este modo la correcta distribución del material genético durante el ciclo celular. Durante la elaboración del Trabajo de Fin de Master, el alumno llevará a cabo un análisis del posible papel que en la regulación del “checkpoint” de posicionamiento del huso mitótico puedan jugar posibles nuevos componentes del mismo identificados en el contexto de un “screening” genético recientemente realizado en nuestro laboratorio de investigación.
10. José Carlos Reyes
Nombre del director(es) del trabajo: José Carlos Reyes
Título del trabajo:
Reversibilidad del proceso de transición de epitelio a mesénquima
Resumen de los objetivos del mismo
El proceso mediante el cual las células epiteliales se transforman en células mesenquimales (EMT) es de gran importancia para la formación de órganos durante el desarrollo embrionario y en cáncer durante la formación de metástasis. Para que estos procesos ocurran tiene que darse un proceso inverso al EMT, llamado MET (mesenchymal to epithelial transition) en el que se revierte la transición a mesénquima y las células recuperen un fenotipo epitelial. Los factores que controlan el MET son poco conocidos. En este trabajo se propone estudiar la cinética de expresión de genes durante MET en varias líneas celulares tumorales y primarias.
11. David Pozo
Nombre del director(es) del trabajo David Pozo
Título del trabajo
"Señalización celular y validación de dianas terapéuticas de la proteína kinasa solapante MAPK/MAK/MRK en esclerosis lateral amiotrófica"
Resumen
La esclerosis lateral amiotrófica (ELA) es una enfermedad rara, de manifestación en adultos, y actualmente incurable, con una esperanza de vida tras el diagnóstico inferior a los 5 años. La ELA forma parte de las denominadas proteinopatías neurodegenerativas caracterizadas por plegamientos de proteínas incorrectos, agregación y formación de inclusiones de proteínas específicas que se acompañan de neuroinflamación crónica y pérdida neuronal. La proteína TDP-43 se encuentra como inclusiones intracelulares y en líquidos extracelulares (CSF), con un papel emergente en ELA. Sin embargo, las implicaciones de las rutas de señalización dependientes de TDP-43 están
pobrememente caracterizadas. Nuestro laboratorio ha identificado (Leal-Lasarte et al., FASEB J 2017) una kinasa no caracterizada hasta la fecha de la familia de las MAPKs denominada MOK
(MAPK/MAK/MRK overlapping kinase) que se une a agregados de TDP-43 en el interior de las células de la microglia, donde hemos estudiado diferentes mecanismos de regulación de la neuroinflamación. En la actualidad estamos identificando proteínas diana de MOK en cultivos organotípicos de médula espinal y microglia primaria, utilizado modelos animales transgénicos para el estudio de la ELA y muestras humanas. Contamos con colaboradores externos en UCSF (San Francisco, EEUU) y el Instituto de Neurociencias de Alicante. Las técnicas a utilizar de forma intensiva incluyen microscopía confocal, cultivos primarios de diferentes células gliales y motoneuronas, análisis de la expresión de proteínas, análisis transcripcional, monitoración de la actividad motora in vivo y ensayos de actividad kinasa.
12. Andrés Aguilera
Nombre del director(es) del trabajo Andrés Aguilera y Rosa Luna Varo
Título del trabajo
Papel de un nuevo gen humano implicado en la inestabilidad genómica causada por híbridos ADN-ARN
Resumen
Los híbridos de DNA-RNA son una fuente importante de estrés replicativo e inestabilidad genómica, una característica común en cáncer. A partir de un escrutinio global de una genoteca de
siRNAs de células humanas hemos identificado una serie de genes candidatos. El objetivo del trabajo es caracterizar uno de estos candidatos con objeto de saber si acumulan híbridos, el tipo de
inestabilidad producida (roturas cromosómicas, defectos en replicación o en ciclo celular, recombinación), su dependencia de transcripción y su capacidad de responder a daños en el
DNA. El trabajo permitirá adquirir experiencia en cultivos celulares, así como en las técnicas standard de Biología Molecular y Celular, según la evolución del proyecto.
13. Ralf Wellinger
Investigador Principal: Ralf Wellinger
Titulo del proyecto:
Estabilidad del ADN ribosómico en mutantes afectados en el proceso de replicación en levadura
Descripción del proyecto:
En un reciente trabajo del grupo (Stuckey et al. PNAS 2015) hemos descubierto que la transcripción del ADN puede dar lugar a una errónea iniciación de replicación en el ADN ribosómico en mutantes
afectados en la actividad de la Ribonucleasa H (RNase H). Hemos llamado este tipo de replicación TIR (transcription-initiated replication). Nuestros estudios en levadura sugieren que en humanos, eventos del tipo TIR pueden contribuir a enfermedades y cáncer. Experimentos recientes de nuestro grupo revelaron interacciones genéticas entre factores implicados en la estabilidad de la horquilla de replicación y mutantes RNasa H. Estos resultados sugieren que la falta de factores implicados en la estabilidad de la horquilla de replicación impiden la detección o prevención de TIR. El objetivo de este TFM consiste en la análisis del ciclo celular y estabilidad genómica de estos mutantes mediante la análisis molecular del ADN de levadura.
