UNIVERSIDAD NACIONAL DE TRUJILLO Facultad de Ciencias Biológicas
Programa de Segunda Especialidad Ciencias Biológicas
Análisis evolutivo y mutacional de los genes ORF1ab, ORF3a, ORF8 y Surface (S) glycoprotein de SARS-CoV-2
aislados en el Perú, 2021
TESIS PARA OPTAR EL TÍTULO DE SEGUNDA ESPECIALIDAD PROFESIONAL EN BIOLOGÍA MOLECULAR Y GENÉTICA
AUTOR: Blgo. Pérez Delgado, Orlando
ASESOR: Ms.C. Suclupe Farro Erick Giancarlo
TRUJILLO – PERÚ
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DEDICATORIA
A mi adorada Madre Blanca, por su inmenso y dedicado sacrificio que me sirven de ejemplo, para poder lograr mis metas trazadas
A mi querido Padre Zenón, por haber inculcado a sus hijos, valores morales y saber valorar el sacrificio de ellos.
A mis hermanos, por su alentadora inspiración, su comprensión y porque siempre estarán a mi lado cuando los
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JURADO DICTAMINADOR
Los profesores que suscriben, miembros del jurado dictaminador, declaran que el presente informe de tesis ha cumplido con los requisitos formales y fundamentales, siendo aprobado por
--- Dr. Juan Hector Wilson Krugg
PRESIDENTE
--- Dr. Luis Angelo Lujan Bulnes
SECRETARIO
--- Ms.C. Nelson Gustavo Ywanga Ren
VOCAL
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AGRADECIMIENTO
Mi asesor, quién me dió la confianza, al darme la oportunidad de llevar a cabo este trabajo de tesis, con disciplina, constancia, responsabilidad, por sus enseñanzas y sobre todo por compartir su tiempo para la culminación del presente trabajo.
Al jurado, por sus correcciones oportunas y completa disposición en la evaluación del trabajo.
A los docentes de la segunda especialidad de Biología Molecular y Genética por la orientación en la parte investigativa, y como ejemplo de imagen docente en sus enseñanzas en mi formación de pos grado.
Mis amigos y compañeros, colegas, quienes, sin estar involucrados directamente, me dieron su apoyo para seguir adelante.
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DEDICATORIA ... i
JURADO DICTAMINADOR ... ii
AGRADECIMIENTO ... iii
ÍNDICE ...iv
PRESENTACIÓN ... v
RESUMEN ...vi
ABSTRACT ... vii
I. INTRODUCCIÓN ... .1
II. MATERIALES Y MÉTODOS ... 2
III. RESULTADOS ... 6
IV. DISCUSIÓN ... 13
V. CONCLUSIONES ... 15
VI. REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS ... 16
VII. ANEXOS ... 20
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PRESENTACIÓN
SEÑORES MIEMBROS DEL JURADO:
Cumpliendo con las disposiciones establecidas en el reglamento de grados y títulos de la Universidad Nacional de Trujillo, presento a vuestra consideración y claro discernimiento la tesis titulada: Análisis evolutivo y mutacional de los genes ORF1ab, ORF3a, ORF8 y Surface (S) glycoprotein de SARS-CoV-2 aislados en el Perú, 2021, con el propósito de obtener el Título de Segunda Especialidad en Biología Molecular y Genética.
Trujillo, 31 de julio del 2022
--- Blgo. Orlando Pérez Delgado
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RESUMEN
Proveer un análisis evolutivo y mutacional de los genes ORF1ab, ORF3a, ORF8 y Surface (S) glycoprotein de SARS-CoV-2 aislados en el Perú, 2021. Los genes ORF1ab, ORF3a, ORF8 y S de los genomas de SARS-CoV-2 referente a Perú, se obtuvieron de la base de datos del National Center for Biotechnology Information (NCBI). Para el análisis y exclusión de las secuencias incompletas, se empleó la herramienta Bioinformática Jalview 2.11.2.3. La alineación de secuencias múltiples se empleó (MAFFT) y se editó manualmente con el Clustal W. Se construyó árbol, utilizando el Método Maximum Likelihood en el programa MEGA X. Para las tasas de cambio evolutivo, se calcularon empleando los programas BEAST2.6.5, BEAUti y Tracer 1.7, para el análisis de divergencia evolutiva se utilizó modelo de Maximum Composite Likelihood (MCL) y la tasa evolutiva por análisis de sitio se estimaron bajo el modelo General Time Reversible.
Los genes ORF1ab, ORF3a, ORF8 presentaron una tasa de divergencia genética muy baja y Surface (S) glycoprotein presentaron una tasa de diversidad genética baja, sin embargo, presentaron una tasa de evolución lenta para cada gen de 0,2082; 0,7156; 0,7213; 0,8187 respectivamente. Del total de las secuencias analizadas, se encontró mutaciones y evolución en los genes ORF1ab, ORF3a, ORF8 y Surface (S) glycoprotein de SARS- CoV-2 aislados en el Perú.
Palabras clave: Evolución, SARS-CoV-2, ORF1ab, ORF3a, ORF8, Surface glycoprotein
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ABSTRACT
To provide an evolutionary and mutational analysis of the ORF1ab, ORF3a, ORF8 and Surface (S) glycoprotein genes of SARS-CoV-2 isolated in Peru, 2021. The ORF1ab, ORF3a, ORF8 and S genes of the SARS-CoV-2 genomes from Peru were obtained from the National Center for Biotechnology Information (NCBI) database. For the analysis and exclusion of incomplete sequences, the Jalview 2.11.2.3 Bioinformatics tool was used.
Multiple sequence alignment was used (MAFFT) and manually edited with Clustal W. A tree was built using the Maximum Likelihood Method in the MEGA X program. For evolutionary change rates, they were calculated using the BEAST2.6.5 programs, BEAUti and Tracer 1.7, for the evolutionary divergence analysis, the Maximum Composite Likelihood (MCL) model was used and the evolutionary rate by site analysis was estimated under the General Time Reversible model. The genes ORF1ab, ORF3a, ORF8 presented a very low genetic divergence rate and Surface (S) glycoprotein presented a low genetic diversity rate, however, they presented a slow evolution rate for each gene of 0.2082; 0.7156; 0.7213; 0.8187 respectively. Of all the analyzed sequences, mutations and evolution were found in the ORF1ab, ORF3a, ORF8 and Surface (S) glycoprotein genes of SARS-CoV-2 isolated in Peru.
Keywords: Evolution, SARS-CoV-2, ORF1ab, ORF3a, ORF8, Surface glycoprotein
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Análisis evolutivo y mutacional de los genes ORF1ab, ORF3a, ORF8 y Surface (S) glycoprotein de SARS-CoV-2 aislados en el Perú, 2021
TESIS SEGUNDA ESPECIALIDAD (X)
06 Octubre 2022 41330590
44137703
PEREZ DELGADO
ORLANDO Ciencias Biológicas Segunda Especialidad 1600500219 Autor SUCLUPE FARRO ERICK
GIANCARLO
Asesor 44137703
Ciencias Biológicas Segunda Especialidad
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Análisis evolutivo y mutacional de los genes ORF1ab, ORF3a, ORF8 y Surface (S) glycoprotein de SARS-CoV-2 aislados en el Perú, 2021
06 Octubre 2022
TESIS SEGUNDA ESPECIALIDAD (X)
PEREZ DELGADO
ORLANDO Ciencias Biológicas Estudiante 1600500219 Autor SUCLUPE FARRO
ERICK GIANCARLO
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