Estructura

Como todas las proteínas, las enzimas están compuestas por cientos de residuos de aminoácidos y poseen 4 niveles estructurales que se presentan en la Figura 5.

Figura 5. Niveles estructurales de las enzimas (extraída de Nelson & Cox, 2008)

La estructura primaria está definida por la secuencia de la cadena polipeptídica, es decir los enlaces covalentes (uniones peptídicas) que unen los residuos de aminoácidos. La estructura secundaria hace referencia a la disposición espacial de los residuos de aminoácidos sin considerar la conformación de sus cadenas laterales. La

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estructura terciaria describe todos los aspectos del plegamiento tridimensional de un polipéptido. Por último la estructura cuaternaria se refiere a la disposición en el espacio debido a interacciones no covalentes o enlaces disulfuro cuando una proteína tiene una o más subunidades polipeptídicas (Voet & Voet, 2011).

A continuación se describen detalladamente estas estructuras:

 Estructura primaria: determina las propiedades químicas y biológicas de las proteínas. Está definida por la secuencia de aminoácidos unidos covalentemente por enlaces peptídicos entre sí. Esta unión es un enlace amida entre el átomo de carbono del grupo carboxilo y el átomo de nitrógeno del

grupo α-amino del siguiente aminoácido (Figura 6).

Figura 6. Esquema de la formación del enlace peptídico entre dos α-aminoácidos adyacentes.

Según la naturaleza del grupo R, los aminoácidos pueden ser no polares (hidrofóbicos) o polares (con o sin carga) y su distribución a lo largo de la molécula proteica determina su comportamiento (Nelson & Cox, 2008). Por

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convención el orden de escritura siempre es desde el grupo amino N-H terminal al carboxilo C=O terminal.

 Estructura secundaria: describe la disposición de la secuencia de aminoácidos (estructura primaria) en el espacio mediante interacciones puente de hidrógeno.

Se han descripto varios tipos de estructura secundaria:

Hélice _α: es una conformación helicoidal que presenta simultáneamente ángulos conformacionales y un patrón de formación de uniones de hidrógeno favorables. En esta estructura la cadena polipeptídica se enrolla helicoidalmente sobre si misma, quedando los grupos R de los residuos aminoácidos orientados hacia afuera de la hélice. La unidad de repetición es un giro simple de la hélice que se extiende aproximadamente 5.4 Å a lo largo del eje e incluye 3.6 residuos de aminoácidos. La estructura se estabiliza por un puente de hidrógeno entre el átomo de hidrógeno del grupo carbonilo C=O de un aminoácido y el amino N-H del cuarto aminoácido que le sigue en la secuencia (indicados como líneas punteadas en la Figura 7_{). Dentro de la hélice α, cada} unión peptídica (excepto las que se encuentren cercanas a los extremos terminales) participa en este puente de hidrógeno. Cada giro sucesivo de la hélice es retenido al giro siguiente mediante tres o cuatro puentes de hidrógeno, lo cual confiere

una gran estabilidad a esta estructura. Sin embargo, no todos los polipéptidos forman

una estructura de hélice α igualmente estable. Cada aminoácido en la cadena polipeptídica es más o menos propenso a formar una hélice α, dependiendo de las

propiedades del grupo R. También influye la posición de un residuo aminoácido con respecto a los próximos, ya que las interacciones entre los aminoácidos de la cadena

Figura 7. Estructura de hélice _α (extraída de

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lateral pueden estabilizar o desestabilizar esta estructura (Nelson & Cox, 2008; Voet & Voet, 2011).

Hoja o lámina β: la cadena polipeptídica se encuentra extendida en forma de zigzag. Puede estar dispuesta de lado a lado para formar una estructura parecida a una serie de pliegues. En esta disposición, se emplea la capacidad total de formación de puentes de hidrógeno de la cadena polipeptídica ya que se dan entre segmentos adyacentes de la cadena polipeptídica. Esta interacción ocurre entre cadenas cercanas en lugar de consigo misma como en las hélices _α. Si bien la formación de láminas _{β se presenta} generalmente en segmentos que se encuentren cercanos en la cadena polipeptídica, también podrían estar distanciados en la secuencia lineal del polipéptidos, y hasta podrían pertenecer a distintas cadenas.

Las cadenas polipeptídicas en una

estructura de lámina β pueden

encontrarse de forma paralela o antiparalela, es decir que tienen la misma u opuesta orientación amino-carboxilo, respectivamente. Las estructuras son similares, aunque el período de repetición es más corto para la conformación paralela (6.5 Å vs. 7 Å para la conformación antiparalela) y los patrones de puentes de hidrógeno son diferentes (indicados con líneas punteadas en la Figura 8).

A menudo se presentan estructuras

que conectan dos segmentos adyacentes de láminas β antiparalelas llamadas giros β. La estructura es un giro de 180° que involucra cuatro residuos de aminoácidos, con un puente de hidrógeno entre el grupo carbonilo C=O del primer aminoácido con el grupo amino N-H del cuarto. Los dos residuos centrales no participan de ninguna interacción

Figura 8. Estructura de lámina _{β plegada}, a) antiparalela y b) paralela (extraída de Voet &

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de hidrógeno. Estos giros β generalmente

presentan una morfología de horquilla (Figura 9) (Nelson & Cox, 2008; Voet & Voet, 2011).

Las secuencias de aminoácidos que contienen varios residuos hidrofóbicos y

una alta disposición a formar láminas β,

probablemente tengan una importante

tendencia a formar agregados. Estos agregados son un plegamiento defectuoso de las proteínas (Fink, 1998).

Aleatoria: son conformaciones totalmente desordenadas e inestables. Tanto las estructuras aleatorias como los agregados _β podrían estar asociados a fenómenos de desnaturalización de las proteínas (Voet & Voet, 2011).

 Estructura terciaria: está dada por la disposición tridimensional de todos los átomos de una proteína. Es el plegamiento de los elementos de la estructura secundaria junto con la disposición espacial de sus cadenas laterales. La localización de giros (incluyendo giros β) en la cadena polipeptídica y la dirección y ángulo de estos giros están determinados por el número y ubicación de residuos específicos generadores de giros, tales como Pro, Thr, Ser y Gly. Los segmentos de las cadenas polipeptídicas que interactúan se conservan en su estructura terciaria característica por interacciones iónicas, puentes de hidrógeno, enlaces hidrofóbicos y puentes disulfuro. El interior de una molécula de proteína contiene mayormente aminoácidos hidrofóbicos que tienen a agruparse y excluir al agua. Este interior es estabilizado por fuerzas de Van der Waals y uniones hidrofóbicas. Por el contrario, el exterior de una molécula de proteína se compone principalmente de aminoácidos hidrofílicos, los cuales poseen

Figura 9. Estructura de giros _β con morfología de horquilla (extraída de

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carga o son capaces de formar puentes de hidrógeno con el agua y esto hace que la proteína tenga mayor solubilidad en agua.

 Estructura cuaternaria: está formada por dos o más cadenas polipeptídicas separadas, o subunidades, las cuales pueden ser idénticas o diferentes. Estas subunidades se asocian de una manera geométrica específica.