Dentro de la Carta San Isidro los yacimientos minerales metálicos son escasos, las manifestaciones más importantes son de manganeso distribuidas en la porción nor- oriental del área de estudio, por otra parte se tienen yacimientos no metálicos principalmente de fosfato localizados a la porción oeste de la Sierra La Giganta.
Los primeros de origen hidrotermal son semejantes a los que actualmente se están formando en la Cuenca de Guaymas, Sonora, originados por chimeneas y sulfatoras submarinas, producto de volcanismo asociado a un riftin.
fracturas secundarias en rocas andesíticas en forma de stockwork por medio de zonas de debilidad, que permitieron la circulación de soluciones calientes de origen magmático cargadas de minerales, ocurriendo posteriormente la precipitación química de partículas principalmente óxidos de manganeso, fierro y cuarzo, la circulación de aguas estuvo influenciada por aporte de aguas meteóricas.
Depósitos de este tipo se presentan distribuidos en la margen costera del Golfo de California desde la localidad de El Rosarito en el sur hasta el Distrito Minero de Santa Rosalía al noroeste (Mina Lucifer) dentro de un tren estructural orientado al noroeste.
Con respecto al fosfato presente en la carta está contenido dentro de las formaciones San Gregorio y San Isidro en forma de capas, se considera de origen marino, y su formación se debe a la interacción de diversos factores paleogeográficos, físico-químicos, biológicos y geológicos, que propiciaron un ambiente adecuado para la formación de depósitos sedimentarios durante el Oligoceno-Mioceno (30-15 m.a.) que dieron lugar a una zona fosfática que se distribuye en la porción sur de la Península de Baja California.
En un modelo genético idealizado, se considera que fosforita pura, fue formada dentro de una zona de mínima oxidación, debido a la existencia de surgencias de aguas frias en esta región, que suministraron cantidades altas de fosfato en solución y abundancia de nutrientes.
Debido a que en los océanos el agua a gran profundidad tiene baja temperatura y está sometida a mayor presión, contiene concentraciones relativamente altas de H3PO4 y CaCo3 en solución, y que por procesos termodinámicos se producen
constantes flujos ascedentes de aguas frias, por el talud de la plataforma, hacia zonas de baja profundidad y mínima oxigenación, las cuales son mezcladas con aguas cálidas produciéndose un cambio en las condiciones físico-químicas del agua, lo que da como resultado la precipitación del fósforo en reacciones sucesivas, formándose
fosfatos de los tipos Mono, Di y Tricálcico, lo cual origina una disminución considerable en el contenido de fósforo en las aguas someras marinas.
La forma en que se genera este tipo de corrientes ascedentes es debido a que la zona se ubicaba en una región tropical, en donde se genera el choque de corrientes frias que fluyen del Polo Norte hacia el sur, y las corrientes cálidas que fluyen del Ecuador hacia el norte, generando flujos de corrientes ascedentes, producidos por el desplazamiento de grandes volúmenes de aguas superficiales que son reemplazadas por aguas frias profundas que ascienden por el talud.
Otro fenómeno por medio del cual se producen corrientes de surgencia, es cuando ocurren vientos predominantes que empujan masas de aguas superficiales mar adentro que son reemplazadas por aguas procedentes de la profundidad, formándose un sistema convectivo.
Durante el Oligoceno-Mioceno, la intensidad de la precipitación del fosfato estuvo controlado por el Paleorelieve que predominó durante este período, existiendo un talud inclinado que permitió la libre surgencia de aguas frias y una plataforma de relieve irregular y protegida por un alto estructural hacia el oeste de la región, que separaba la cuenca o subcuenca de la sedimentación del mar profundo.
Posterior a la precipitación de fosfato puro sobre el límite de la plataforma, los sedimentos fueron múltiplemente retrabajados y transportados hacia la parte externa de la plataforma y acumulados como islotes en forma de barra, esporádicamente los sedimentos fueron constantemente retrabajados y removidos de la plataforma externa y redepositados como capas en una zona entre la plataforma y el litoral.
Este fenómero erosivo origina la formación de oolitos debido a movimiento oscilatorio del fosfato endurecido. El estudio en lámina delgada de las capas indica que los oolitos están compuestas básicamente de fosfato, aunque también se aprecian
oolitos con núcleo de sílice y fragmentos angulosos de cuarzo, feldespato y microfósiles en matriz arcillosa fosfatada y carbonatada que fueron posteriormente fosfatados, lo que indica varios eventos de fosfatización, un ejemplo de ésto se presenta en el conglomerado basal de la Formación San Isidro en el arroyo El Mezquital.
Las cuencas protegidas a lo largo de la costa fueron otras zonas de producción de fosfato, ya que el aislamiento prolongado produjo una alta bio-producción que incrementó la descomposición de materia orgánica, dando como resultado una alta concentración de fósforo en el fondo del agua, por lo que los fragmentos de sedimentos fueron fosfatados.
Las especies minerales que constituyen los horizontes fosfatados son: colofanita Ca3P2O8H2O, francolita Ca5(PO4CO3)3F y más escasamente fluorapatita
(CaF)Ca2(PO4)3, el mineral cementante es variable consiste de calcita, fosfato y en
otras ocasiones minerales arcillosos; además se presentan minerales redondeados de cuarzo, feldespato, dolomita, zeolita, fragmentos de rocas volcánicas, ferromagnesianos y magnetita, cementados en matriz calcárea-limosa.