Hemos visto cómo se forman las variantes estructurales y de manera innata podemos pensar que ocurren una vez en la historia evolutiva del genoma. Por ejemplo, las duplicaciones presentes en el genoma de primates se dieron en un punto de la evolución, en una especie y todas las especies que surgieron de ésta, contienen esas duplicaciones modificadas en menor o mayor grado. En este caso se trata de variantes únicas. Pueden ser monofiléticas, cuando afectan a una rama evolutiva a partir de un ancestro común, o polifiléticas, cuando especies de ramas diferentes del árbol evolutivo contienen la variante, que se ha mantenido en polimorfismo. Por otro lado, las variantes estructurales pueden tener un origen múltiple, es decir, haberse originado más de una vez. Se denominan variantes de origen recurrente. Siguiendo con la situación anterior, encontraríamos las duplicaciones de primates en dos ramas diferentes del árbol evolutivo pero no en su ancestro común, porque habrían aparecido de manera independiente en especies de ambas ramas. Este sería un ejemplo de variantes recurrentes polifiléticas. Una variante estructural recurrente monofilética se daría cuando detectamos una variante estructural que se ha revertido y generado varias veces en la historia evolutiva de una determinada especie. Un ejemplo de inversión cromosómica recurrente y polifilética es la inversión Xq28 presente en la mayoría de mamíferos. En el año 2007, Cáceres y colaboradores demostraron que esta inversión ha ocurrido de manera independiente en diferentes linajes de euterios (mamíferos placentarios) [Cáceres et al. 2007]. En humanos, se conoce la recurrencia de inversiones asociadas a enfermedades como la hemofilia [Bagnall et al. 2002], síndrome RCAD y otros síndromes de microdeleción en varios cromosomas [Antonacci et al. 2009]. Además varios estudios han demostrado la recurrencia de inversiones polimórficas en todos los cromosomas [Flores et al. 2007] [Aguado et al. 2014].
La recurrencia de las variantes estructurales está directamente relacionada con las características de las secuencias flanqueantes y a su vez con los mecanismos de formación. Si pensamos en la ocurrencia de una misma variante de manera independiente en dos especies de linajes diferentes (variante polifilética) o en especies diferentes de un mismo linaje, la probabilidad de originarse a partir de mutaciones puntuales es muy muy pequeña, por eso es difícil que se hayan dado por errores en las vías de reparación. Una vía capaz de explicar este proceso es la recombinación homóloga no alélica. Se ha demostrado la recurrencia en origen de variantes estructurales que muestran secuencias homólogas alrededor de sus puntos de rotura [Aguado et al. 2014] y están formadas por NAHR. Los entrecruzamientos que se dan durante la recombinación entre LCRs de gran tamaño e identidad pueden generar variantes estructurales en el mismo lugar del genoma de especies diferentes, siempre y cuando se mantengan los LCRs [Cáceres et al. 2007] [Zody et al. 2008].
También se denominan variantes recurrentes las variantes que tienen puntos de rotura iguales entre diferentes individuos con enfermedades genéticas [Gu et al. 2008]. Debido a la variación de los puntos de rotura que se encuentra en estas variantes relacionadas con síndromes concretos, se definen como recurrentes las variantes que muestran puntos de rotura agrupados y que han ocurrido de forma independiente en muchos pacientes; por el contrario, las variantes no recurrentes tienen tamaños diferentes entre los pacientes y comparten pequeñas regiones de solapamiento. Además esta variación también afecta a CNVs y se ha relacionado con características clínicas de los pacientes [Gu et al. 2008]. Las variantes recurrentes se pueden detectar mediante el genotipado de individuos de diferentes especies del mismo linaje y también a partir del análisis de la variación nucleotídica. Cuando se genera una variante estructural, captura una serie de alelos de los SNPs que hay en la secuencia afectada y si esta variante evita que se dé recombinación en la secuencia, mantiene el haplotipo que se ha generado. Éste se irá diferenciando con el tiempo del haplotipo original, ya que ambos acumularán cambios puntuales diferentes entre ellos. Este efecto es claro en las inversiones cromosómicas, ya que evitan la recombinación entre ambas orientaciones en los individuos heterocigotos. Por lo tanto, si una variante aparece una única vez, podremos ver diferencias entre el haplotipo de la variante y el haplotipo de la secuencia sin variante e incluso pueden tener mutaciones propias como los SNPs marcador. Por otro lado, si la variante es recurrente, al originarse y revertirse, se romperá la diferenciación de los haplotipos. Otra consecuencia de la recurrencia es que las variantes no pueden ser genotipadas a partir de SNPs ya que su asociación se rompe cada vez que la variante revierte o se vuelve a generar. Además sus efectos no se tienen en cuenta cuando se realizan estudios de asociación de enfermedades y SNPs a nivel del genoma completo, GWAS, por lo que su estudio experimental es necesario para determinar su papel en las causas genéticas de enfermedades y síndromes.
En el mayor estudio sobre inversiones cromosómicas recurrentes hecho hasta el momento [Aguado et al. 2014], se detectaron 4 inversiones cromosómicas recurrentes, todas ellas sin cambios nucleotídicos propios del haplotipo de la secuencia invertida o estándar y con muchos cambios compartidos entre haplotipos, además de 6 inversiones en las que la recurrencia se demostró por genotipación de primates. Todas las inversiones recurrentes de este estudio están flanqueadas por repeticiones invertidas (RIs), sugiriendo la recombinación no alélica como mecanismo de formación.