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(1)

-Marcadores moleculares

Ruth Heinz

Departamento de Fisiología, Biología Molecular y Celular

Facultad de Ciencias Exactas y Naturales

Universidad de Buenos Aires

Agrobiotecnología

2016

(2)

¿Qué son los marcadores genéticos?

Marcadores bioquímicos

Marcadores moleculares RFLP

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

Sumario

Referencias

Marcadores moleculares RAPD

Marcadores moleculares AFLP

Microsatélites o SSR

(3)

¿Qué son los marcadores genéticos?

Agrobiotecnología Marcadores

(4)

¿

Qué son los

marcadores

genéticos?

Gregor Mendel (Moravian Museum, Brno)

El concepto de marcador surge con

los trabajos de Mendel:

Utilizó los colores de las flores (y otros caracteres

morfológicos) como marcadores que le permitieron

estudiar los patrones de la herencia

Jardín del monasterio donde Mendel realizaba sus experimentos con las arvejas

Tomado de: Griffiths et al., An Introduction to Genetic Analysis, 2000.

Agrobiotecnología Marcadores

(5)

Permiten establecer diferencias (polimorfismos) entre

dos individuos diferentes (genotipos) pertenecientes a la

misma especie (o a especies emparentadas).

• Su herencia suele responder a las leyes de Mendel.

• Los primeros marcadores utilizados fueron los de tipo

morfológico (fenotípicos), por ejemplo, color de la flor.

• Permiten la confección de mapas genéticos o de

ligamiento.

• Son puntos de referencia ubicados en los cromosomas.

¿Qué son los

marcadores

genéticos?

Agrobiotecnología Marcadores

(6)

Mapa genético de tomate basado en marcadores morfológicos

(7)

Fenotípicos: los polimorfismos de los genes se

detectan a través de sus productos

- Morfológicos: por ejemplo, color de flor

- Bioquímicos: básicamente perfiles electroforéticos de

isoenzimas y de proteínas de reserva

• Genotípicos o moleculares: Los polimorfismos

de genes u otras secuencias no codificantes se

detectan a nivel del ADN

- Restricción con endonucleasas + hibridación

molecular

(ejemplo, RFLP)

- Amplificación por PCR (ejemplo, RAPD y

microsatélites)

- Restricción con endonucleasas + PCR: (ejemplo,

AFLP)

- Conformación del ADN (ejemplo, SSCP)

- Secuenciación directa

- Base molecular: mutaciones puntuales o

estructurales (inserciones, deleciones, variaciones en el número de

motivos repetidos en tándem)

Tipos de

marcadores

genéticos

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

(8)

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

Comparación

entre

marcadores

morfológicos

y moleculares

Marcadores

morfológicos

Influencia del ambiente

Bajo número

Baja cobertura del genoma

Bajo nivel de polimorfismo

Menos informativos

(dominantes o recesivos)

Caracteres de madurez

Entrenamiento y subjetividad

Sin influencia ambiental y neutros

Cantidad ilimitada

Amplia cobertura del genoma

Alto nivel de polimorfismo

Más informativos

(en general codominantes)

Análisis en fases tempranas

Sencillos, rápidos y objetivos

Marcadores

moleculares

(9)

Marcadores bioquímicos: isoenzimas

y proteínas de reserva

Agrobiotecnología Marcadores

(10)

• Isoenzimas

Grupo de múltiples formas moleculares de una misma

enzima presente en una misma especie, como resultado

de la presencia de uno o más genes que codifican cada

una de estas formas.

Las que son relevantes como marcadores genéticos son

las aloenzimas (o alozimas) que son variantes alélicas

del mismo gen (o locus) y que presentan una migración

electroforética diferencial.

Marcadores

bioquímicos:

isoenzimas

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

(11)

Ejemplo:

detección de

isoenzimas

de maíz

F isomerasa

Identificación de variantes isoenzimáticas. Se observan genotipos

homocigotas y heterocigotas para diferentes alelos en una población de maíz analizada para dos loci isoenzimáticos (MDH y F isomerasa), lo que revela la existencia de polimorfismos dentro de la misma.

Agrobiotecnología Marcadores

moleculares

Malato deshidrogenasa (MDH

)

(12)

La interpretación de los geles puede ser difícil

porque los patrones de bandas suelen ser complejos

La enzima puede ser multimérica: sus subunidades pueden tener un control genético complejo. Puede comprender alelos del mismo locus (alozimas) o de loci diferentes(isozimas). La expresión es codominante.

Detección de

isoenzimas:

Interpretación

de resultados

Adaptado de: Ferreira and Grattapaglia. Introdução ao uso de marcadores moleculares em análise genética, 1995. Agrobiotecnología

Marcadores moleculares

(13)

Detección

de proteínas

de reserva

Se extraen mediante procedimientos sencillos a partir

de las semillas.

• Se separan mediante electroforesis en geles de

poliacrilamida en condiciones desnaturalizantes (con

detergentes).

• No se requiere detectar actividad enzimática.

• Se visualizan por tinción con Azul de Coomassie.

Agrobiotecnología

Marcadores moleculares

(14)

Perfiles electroforéticos de proteínas de reserva

de distintas variedades argentinas de avena.

Ejemplo:

detección

de proteínas

de reserva

de avena

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

(15)

Extracción de ADN: generación de marcadores de ADN

1. Recolección muestra material vegetal y almacenamiento

temporario en hielo

5. Extracción del ADN utilizando solventes orgánicos. 2. Almacenamiento en

ultrafreezer (– 80 °C).

3. Macerado del tejido vegetal empleando nitrógeno líquido.

4. Pasaje de la muestra a tubos

eppendorf y pesado de la misma. 6. Muestras con buffer de extracción en baño

termostático.

7. Centrifugado para separación de la

fase líquida de la sólida. 8. Purificación final del ADN extraído (lavados con alcohol y resuspensión final del mismo en

(16)

Marcadores

genotípicos o

moleculares

basados en

la restricción

enzimática

del ADN

Marcadores moleculares RFLP

Restriction Fragment Length Polymorphism

(polimorfismo de longitud de fragmentos

de restricción)

Agrobiotecnología Marcadores

(17)
(18)
(19)

Análisis utilizando RFLPs de los bulks resistente (R) y susceptble (S) al virus PVX de Solanum commersonii empleando las enzimas de restricción HinfI, DdeI, HindIII, DraI, EcoRI, XbaI y StyI (1 al 7).

Autoradiografía de los perfiles de RFLP obtenidos empleanado la sonda s1+A/as1+T(584) marcada con radioactividad.

Perfiles de

RFLPs de

Solanum

commersonii

empleando

bulk segregant

analysis (BSA)

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

(20)

Mutaciones puntuales:

Ocurren en sitios de restricción.

Mutaciones estructurales:

Ocurren mediante inserciones, deleciones y rearreglos.

Origen del

polimorfismo

de los RFLPs

Adaptado de: Ferreira and Grattapaglia. Introdução ao uso de marcadores moleculares em análise genética, 1995.

Agrobiotecnología Marcadores

(21)

Comprenden un número potencialmente ilimitado

de loci (alta cobertura genómica).

Son codominantes, por lo tanto más informativos.

Permiten una mayor cobertura del genoma que las

isoenzimas.

Son altamente reproducibles intra- e inter-

laboratorios.

Permiten homologar mapas de ligamiento

diferentes.

Se pueden usar las mismas sondas en especies

relacionadas (sondas heterólogas).

Al igual que todos los marcadores moleculares,

tienen mayor grado de polimorfismo que las

isoenzimas, no son influidos por el ambiente y son

selectivamente neutros.

Ventajas de

los RFLPs

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

(22)

Algunas especies presentan bajo nivel de

polimorfismo (en comparación con otros

marcadores moleculares).

Se requiere disponer de sondas específicas

para la especie en estudio.

La utilización de radiactividad introduce altos

costos y problemas de bioseguridad.

Requieren alta cantidad de DNA.

El procedimiento es laborioso y lento.

Desventajas

de los RFLPs

Agrobiotecnología Marcadores

(23)

Marcadores

moleculares

basados en la

amplificación

arbitraria

(o

semi-arbitraria)

del ADN

Random Amplified Polymorphic DNAs

(polimorfismo de ADN amplificado al azar)

Marcadores moleculares RAPD

Agrobiotecnología Marcadores

(24)

Características

del análisis

de RAPDs

-

Consiste en la amplificación mediante PCR

de ADN anónimo, utilizando para ello un

único iniciador de secuencia arbitraria.

Los oligonucleótidos iniciadores (primers)

se diseñan sin tener en cuenta información

de la secuencia genómica de la especie a

analizar.

- Normalmente se usa un sólo iniciador,

de 10 nucleótidos de longitud (más corto

que el de una PCR común) y con un alto

contenido en G+C.

- Ejemplo: OP-A01

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

CAGGCCTC

(25)

Correspondencia entre los fragmentos

amplificados y las bandas de un gel

RAPDs

Agrobiotecnología Marcadores

(26)

No permiten distinguir el heterocigota del homocigota dominante

(27)

Puede deberse a: inserciones (2), deleciones (3),

mutaciones de punto que impiden la unión del

iniciador (4), o que crean un nuevo sitio de unión

del iniciador (5).

Origen del

polimorfismo

de los RAPDs

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

(28)

Ejemplo: RAPDs en sorgo

Segregación de un marcador RAPD en una población segregante de sorgo para el carácter de resistencia a brotado precosecha. DNAs de IS, B2 (parentales), F1 y F2 amplificados con el primer OP H02. Productos de PCR corridos en un gel de agarosa (1,5 %, TBE 1x) teñido con bromuro de etidio.

(29)

Problemas

en la

Interpretación

de bandas

de RAPDs

• Problemas de subjetividad del operador:

- ¿Qué bandas se incluyen en el análisis

y cuáles no?

• Problemas de la co-migración:

- Una banda no contiene necesariamente

un único fragmento de ADN.

- Una banda del mismo tamaño en dos

individuos no representa necesariamente

el mismo fragmento de ADN.

Agrobiotecnología Marcadores

(30)

Ventajas de

los RAPDs

• No requieren conocimiento previo del

genoma (anónimos).

• El ensayo es rápido, simple y económico.

• Se dispone de un número ilimitado de

marcadores.

• El polimorfismo es elevado.

• Proveen una amplia cobertura del

genoma.

• Son más polimórficos que los RFLPs

.

Agrobiotecnología Marcadores

(31)

• La herencia es dominante (menor información

genotípica).

• Poseen problemas de reproducibilidad.

• La interpretación de bandas presenta

dificultades.

• Son difíciles de transferir a otros laboratorios.

• A medida que la distancia filogenética

aumenta, también aumenta la probabilidad

de que dos fragmentos de ADN diferentes

co-migren y se cometan errores de cómputo

(no son confiables para comparación entre

especies distintas).

• Sólo se puede computar presencia compartida

de bandas y no la ausencia.

Desventajas

de los RAPDs

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

(32)

• Estudios de diversidad genética

• Estudios taxonómicos (relaciones fenéticas)

• Determinación de pureza híbrida

• Establecimiento de genealogías (paternidad)

• Elaboración de mapas genéticos saturados

• Mapeo de genes

• Identificación de material vegetal

Aplicaciones

de los RAPDs

en especies

vegetales

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

(33)

Amplified Fragment Length Polymorphism

(polimorfismo de longitud de fragmentos

amplificados

)

Marcadores moleculares AFLP

Marcadores

moleculares

basados en la

amplificación

arbitraria

(o

semi-arbitraria)

del ADN

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

(34)

Etapas para la obtención de marcadores AFLP

tomate 4.000.000 2.800 200.000

tomate 4.000.000 2.800 200.000

detección

digestión con Mse I (4pb) y Eco RI (6pb)

Mse I Mse I Eco RI Eco RI Mse I Eco RI

Eco RI Mse I

ligación de adaptadores

“pre”amplificación con oligos complementarios

amplificación con oligos selectivos

ACT

AGC

amplificación con oligos selectivos

ACT

(35)

Procedimiento

para la

obtención

de AFLPs

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

(36)

Ejemplo: AFLPs en Eucaliptus spp

.

Gentileza Dra. S.N. Marcucci Poltri

pb 500 450 425 400 375 350 325 300 275 250 225 200 175 150 125

(37)

AFLP fluorescentes

Detección de AFLPs usando durante la última

etapa de amplificación iniciadores fluorescentes,

resolviendo los fragmentos en un secuenciador

ABI3130XL

(38)

Origen del

polimorfismo

de los AFLPs

• Resulta de mutaciones de punto, inversiones,

deleciones e inserciones que llevan a:

- Pérdida o ganancia de un sitio de

restricción.

- Alteración de la secuencia reconocida

por los iniciadores.

• Son marcadores dominantes: no es posible

distinguir fácilmente si una banda en un gel es

el resultado de la amplificación de 1 ó 2 alelos.

Agrobiotecnología Marcadores

(39)

• Anónimos: no requieren

• conocimiento previo del genoma.

• Número ilimitado de marcadores.

• Polimorfismo elevado.

• Analizan todo el genoma.

• Altamente reproducibles.

• Versátiles: distintas enzimas e

iniciadores selectivos.

Ventajas

de los

AFLP

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

(40)

Herencia dominante.

- Se puede hace lectura

cuantitativa por densitometría.

Bajo contenido de información

genética por locus.

Procedimiento medianamente

laborioso.

Costo medio.

Desventajas

de los

AFLP

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

(41)

Minisatélites

Minisatélites

Agrobiotecnología Marcadores

(42)

Agrobiotecnología Marcadores

(43)

Agrobiotecnología Marcadores

(44)

Agrobiotecnología Marcadores

(45)

VNTRs (Variable Number of Tandem Repeats) o Minisatélites

• Secuencias idénticas adyacentes que se repiten

en número variable.

• Estas secuencias repetitivas poseen de 15 a

100 . pb y pueden repetirse hasta 50 veces por

locus.

• Están dispersos por todo el genoma.

• Detección similar que para RFLP (sondas

Constituidas de secuencias con los motivos de

(46)

Marcadores

moleculares

basados en la

amplificación

sitio-específica

del ADN

Simple Sequence Repeats

(repeticiones de secuencias simples)

Microsatélites o SSR

Agrobiotecnología Marcadores

(47)

Microsatélites

Repeticiones en tándem de secuencias cortas de

DNA de 1 a 10 pb de longitud

Ejemplos:

(GA)

14

...GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA...

(GAT)

10

...GATGATGATGATGATGATGATGATGATGAT...

(CATC)

8

...CATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATC..

Sinónimos: SSLP, SSRP, SSR o STMS

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

(48)

Microsatélites

5’...TGACAGTGGGTCACGACTTGAGCCAGTCGTAGCTTGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGACTCAGTGTGACGCTAGTCGGGTAGTAGCGA...3’ 3’...ACTGTCACCCAGTGCTGAACTCGGTCAGCATCGAACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTGAGTCACACTGCGATCAGCCCATCATCGCT...5’

16 repeticiones

5’...TGACAGTGGGTCACGACTTGAGCCAGTCGTAGCTTGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGACTCAGTGTGACGCTAGTCGGGTAGTAGCGA...3’ 3’...ACTGTCACCCAGTGCTGAACTCGGTCAGCATCGAACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTGAGTCACACTGCGATCAGCCCATCATCGCT...5’

5’ GTGGGTCACGACTTGAGCCAGTCGTAGCTTGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGACTCAGTGTGACGCTAGTCGGGTAGTAGC 3’

3’ CACCCAGTGCTGAACTCGGTCAGCATCGAACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTGAGTCACACTGCGATCAGCCCATCATCG 5’

105 pb

iniciador

CTGCGATCAGCCCATCATCG 5’

5’ GTGGGTCACGACTTGAGCCAG

iniciador

PCR con iniciadores específicos

Producto de amplificación obtenido

Electroforesis en gel de poliacrilamida desnaturalizante

(49)
(50)
(51)

Ejemplo: variedades de soja (Glycine max)

analizadas mediante SSR

Patrones obtenidos para 43 variedades de soja. Gel de poliacrilamida teñido con plata. Gentileza Dra. S. Giancola.

(52)
(53)
(54)
(55)

Saturación de un mapa de referencia para girasol

cultivado, incluyendo marcadores neutros y

funcionales

Saturacion

mapas

(56)

Identificación de QTLs para

estrés hídrico en girasol

Kiani, Talia et al. Plant Science (2007) 172 (4): 773-778

•24 QTLs

•Explican entre 6 y 29% de la Var 8 QTLs

para OA,y el 50% colocaliza con QTLs

para variables como potencial de turgencia

•1 QTL explica el 29% de la varianza

fenotipica en el LG5

•Estos QTLs deben ser validados A campo

Mapeo de

loci y QTL

(57)

Polimorfismo muy elevado (multialélicos)

Enorme número de loci

Herencia mendeliana codominante

Interpretación sencilla de los resultados

Reproducibilidad muy alta

Resultados transferibles entre laboratorios

Posible automatización

Ventajas

de los

microsatélites

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

(58)

• Requerimiento de conocimientos previos

sobre el genoma de la especie en cuestión:

- Inicialmente lentos

- Inicialmente costosos

• Alto costo para desarrollar los iniciadores

• Unilocus (aunque pueden hacerse multiplex)

• Alta tasa de mutación que puede afectar la

reproducibilidad en estudios genealógicos.

Desventajas

de los

microsatélites

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

(59)

SCARs

Los marcadores SCAR consisten en la

amplificación por PCR de un marcador

específico.

Los marcadores RAPD se pueden convertir

en marcadores estables y confiables

clonando las bandas amplificadas,

secuenciando los extremos y usando luego

estas secuencias para diseñar iniciadores

específicos.

El diseño específico de los iniciadores

permite trabajar en condiciones de mayor

rigurosidad de anillamiento.

Los marcadores SCAR son muy útiles en

los programas de selección asistida

.

Agrobiotecnología Marcadores

(60)

Un fragmento polimórfico de interés, puede ser escindido de un gel, clonado (o no) y secuenciado para diseñar iniciadores

específicos para ese fragmento en particular, permitiendo su amplificación en condiciones de PCR más rigurosas. Agrobiotecnología Marcadores moleculares

Obtención de

marcadores

SCAR

(61)

Propiedades

de los

marcadores

basados en la

amplificación

de fragmentos

de ADN

conocidos

• Son muy utilizados en mapeo físico de genomas.

• Su análisis es sencillo (muy útiles en selección

asistida).

• El ensayo es altamente reproducible.

• Son fácilmente transferibles a otros laboratorios.

• Según las características de su diseño, pueden

ser co-dominantes.

• Pueden separarse en geles multiplex cuando se

analizan varios loci simultáneamente.

Agrobiotecnología Marcadores

(62)

ISSR

Inter Simple Sequence Repeat (secuencias

entre repeticiones de secuencias simples,

comúnmente denominados microsatélites anclados)

- Se emplean iniciadores que poseen secuencias

repetitivas de microsatélites con un par de bases

extra, lo que permite amplificar las regiones entre dos

SSR cercanos y en orientaciones opuestas.

• SAMPLE

- Se emplean iniciadores microsatélites en conjunción

con AFLP.

Marcadores

moleculares

originados

por la

combinación

de técnicas

básicas

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

(63)

Marcadores

moleculares

de última

generación

Marcadores moleculares SNP

Single Nucleotide Polymorphism

(polimorfismo de un solo nucleótido)

Agrobiotecnología Marcadores

(64)
(65)

Consisten en sustituciones de una sola base,

resultando en un polimorfismo dialélico de

secuencia. En el genoma humano su frecuencia es

de 1/1.000 nt.

• Son variaciones puntuales a nivel de secuencia.

Disponibles por la gran cantidad de secuencias

genomicas ya secuenciadas.

• Son más frecuentes que SSR.

• Se ubican cercanos o en el locus de interés. Por lo

tanto, pueden asociarse precisamente a caracteres

como enfermedades.

• Son muy útiles como marcadores para la

construcción de mapas de ligamiento más densos

que los actuales.

• Son dialélicos. Son mutacionalmente más estables,

en comparación con variantes en el largo de la

secuencia.

Marcadores

moleculares

SNPs

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

(66)

Secuenciación comparativa de ADN amplificado

• Métodos conformacionales:

-

Single Strand Conformation Polymorphism (SSCP)

-

Análisis por internal heteroduplex generator (IHG)

• Métodos para análisis de un gran número

de muestras (high throughput analysis):

-

Microplate-array diagonal-gel electrophoresis (MADGE)

-

*

TaqMan® y variantes de PCR en tiempo real y FRET

- ELISA

- Sequence-specific oligonucleotide hibridization (SSO)

-

*

Denaturing High-Performance Liquid Chromatography

(DHPLC)

-

*

Single Nucleotide Polymorphism (SNP) array

- Solid-phase minisequencing, pyrominisequencing,

minisequencing with FRET, etc.

Detección

de SNPs

Agrobiotecnología Marcadores

(67)

Fundamento:

- Diferencias en las secuencias específicas

de segmentos conocidos (locus/loci)

• Procedimiento:

- Extracción y purificación de ADN

- PCR con iniciadores caracterizados

- Secuenciación del producto de

amplificación

- Aplicación de alguna de las técnicas

de detección

Detección

de SNPs:

secuenciación

comparativa

de segmentos

amplificado

s

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

(68)

Identificación de

polimorfismos

(69)

PCR en tiempo real: sistema TaqMan

Detección

de SNPs:

métodos

de análisis

para gran

número de

muestras

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

(70)

Detección

de SNP

empleando

sondas

TaqMan®

para cada

alelo

Química de la discriminación alélica

La sonda sólo hibrida con la secuencia blanco si existe complementariedad perfecta de bases. Así, la sonda marcada con FAM sólo reconoce al alelo 2 (AT)

y la sonda marcada con VIC sólo reconoce al alelo 1 (GC). Ambas sondas se colocan en la misma reacción de PCR y, de acuerdo con el alelo presente, se obtienen señales fluorescentes para uno u otro fluorocromo. En un individuo

heterocigota se puede detectar la señal correspondiente a ambos alelos.

Agrobiotecnología Marcadores

(71)

Elección de los genes previamente caracterizados para explorar

el uso de técnicas de identificación masiva de SNPs.

Técnicas de

detección de

heteroduplex

mediante

corte con la

enzima CEL1

y mediante

dHPLC

Amplificación mediante PCR de 2 individuos con secuencia diferente Primers marcados: CEL1 Primers fríos: dHPLC

Mezcla equimolar de los ADNs de cada individuo

Desnaturalización y renaturalización lenta (formación del heteroduplex) Si hay SNPs se forma una

región no apareada en la hebra de ADN

Detección de fragmentos marcados en el secuenciador ABI 3130xl Se corre a una Temp en donde se

observan diferencias en el tiempo de retención de la especie homoduplex y heteroduplex

(72)

Microordenamientos de oligonucleótidos de

alta densidad (microarrays o chips de ADN

)

Detección

de SNPs:

métodos

de análisis

para gran

número de

muestras

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

(73)

Agrobiotecnología Marcadores

(74)

Esquema de

genotipeado

GoldenGate

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

Por cada polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), se diseñan dos oligonucléotidos alelo específicos (ASOs) y un oligonucléotido específico de locus. Las tres secuencias oligonucleotídicas contienen regiones de complementariedad genómica y sitios de iniciación universales para PCR; el LSO contiene además una única secuencia de dirección complementaria a un tipo particular de cuenta. La secuencia de dirección hibrida a las sondas para el tipo de cuenta universal en el último paso de hibridación.

(75)

Agrobiotecnología Marcadores moleculares

Ensayo con

el sistema

GoldenGate

(76)

Ventajas y

desventajas

de los

marcadores

SNP

Ventajas:

- Baja tasa de mutación (mayor estabilidad que los SSR)

- Muy abundantes

- Fáciles de analizar por métodos bioinformáticos

- Desarrollo continuo de nuevas metodologías analíticas

para su detección

- Simplificación de los estudios comparativos cruzados.

• Desventajas:

- Costosos de aislar y caracterizar (secuenciación)

- Bajo contenido de info

rmación para un único SNP

Agrobiotecnología Marcadores

(77)
(78)
(79)
(80)
(81)

Referencias

1. Botstein D., White R.L., Skolnick M. and Davis R. W. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American Journal of Human Genetics, 32:314-331, 1980.

2. Caetano-Anólles G. A versatil and universal tool for genome analysis. Plant Molecular Biology Reporter, 25:1011-1023, 1994.

3. Echenique V., Rubinstein C. y Mroginski L. Biotecnología y Mejoramiento Vegetal. Ediciones INTA, 2004.

www.inta.gov.ar/ediciones/2004/biotec/biotec.htm

4. Ferreira M.E. y Grattapaglia D. Introdução ao uso de marcadores moleculares en análise genética. EMBRAPA-CENARGEN, 1995.

5. Griffiths A.J.F., Miller J.H., Suzuki D.T., Lewontin R.C., and Gelbart W.M. An Introduction to Genetic Analysis, W.H. Freeman and Company, New York, 2000.

6. Michelmore R.W., Paran I., Kesseli R.V. Identification of markers linked to disease resistance genes by bulked segregant analysis: a rapid method to detect markers in specific genomic regions using segregating populations Proceedings of the National Academy of Sciences U.S.A., 88:9828-9832, 1991.

7. Moss, D.W. Isoenzymes. Capman & Hall, 1985.

8. Vos P., Hogers M., Bleeker M., Rijans M., Van de Lee T., Hornes M., Frijters A., Pot J., Peleman J., Kuiper M. and Zabeau M. AFLP: A new technique for DNA fingerprinting. Nucleic Acids Research, 23:4407-4414, 1995.

Agrobiotecnología Marcadores

(82)

Agrobiotecnología Marcadores

Moleculares

Referencias

1. Andersen, J.R. and Lübberstedt T. Functional markers in plants. Trends in Plant Science, 8: 554-560, 2003.

2. Brown, T.A. Genomes. J. Wileys & Sons Inc., 1999.

3. Ferreira, M.E. and Grattapaglia, D. Introducao ao uso de marcadores moleculares em análise genética. EMBRAPA-CENARGEN, 1996. 4. Griffiths, A.J.F., Miller, J.H., Suzuli, D.T., Lewontin, R.C. and Gelbart, W.

M. An Introduction to Genetic Analysis. W.H. Freeman, 2000.

5. Kristensen, V.N., Kelefiotis, D., Kristensen, T. and Borresen-Dale, A-L. High- throughput methods for detection of genetic variation.

Biotechniques, 30:318-332, 2001.

6. Schlötterer, C. The evolution of molecular markers-just a matter of fashion? Nature Reviews in Genetics, 5:64-69, 2004.

7. Venkatasubbarao S. Microarrays –status and prospects.Trends in Biotechnology, 22:630-638, 2004.

Referencias

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