INFORMÁTICA BIOMÉDICA APLIACADA A
POLIMORFISMOS DE NUCLEOTIDO SIMPLE DEL GEN HSPB1 EN CANCER DE PULMON
Dr. José Luis López Guerra
Grupo de Innovación tecnológica/Oncología Radioterápica Hospital Universitario Virgen del Rocío
Sevilla
Conflicto de intereses
• AES 2016 del Instituto de Salud Carlos III.
Expediente PI16/02104
• AES 2013 del Instituto de Salud Carlos III.
Expediente PI13/01155
• Consejería de salud y bienestar social de la
Junta de Andalucía 2012. Expediente: PI-0096-
2012
Introducción
• El cáncer de pulmón es la patología tumoral más frecuente y que causa mayor mortalidad a nivel mundial.
The Lancet Oncology 2015; vol 16: Issue 10
Introducción
• GENÉTICA
• INFORMÁTICA BIOMÉDICA
2012 2014 2016
HSP
• Heat shock proteins (HSP) play important roles in maintaining cell stability under normal conditions and preventing stress-induced cellular damage.
• Their expression is strongly induced by heat shock and other environmental and physiopathological stresses
- decrease the intracellular level of iron
- interferes with the
GENÉTICA
RETROSPECTIVO Y UNICÉNTRICO
Objetivos
ARQUITECTURA PROPUESTA
DESPLIEGUE HERRAMIENTAS DE SOFTWARE LIBRE
I2b2
INTERFAZ USUARIO
Objetivos
En el presente estudio se analizan de manera prospectiva y multicéntrica
la influencia de
polimorfismos de nucleótido simple (SNP) del gen HSPB1
en la supervivencia y toxicidad de pacientes con cáncer de pulmón
tratados con radio(quimio)terapia usando
herramientas de informática biomédica.
Metodología
• El reclutamiento desde el 1 de Enero de 2013 hasta Febrero de 2016 fue de 456 pacientes.
• La mediana de edad de los pacientes al momento del diagnóstico fue de 63 años (rango, 37-89 años).
• El índice de Karnofsky de la mayoría de
pacientes fue ≥70.
Metodología
• Las histologías más frecuentes fueron adenocarcinoma (40%) y epidermoide (26%)
• El estadio (TNM 7ª ed. 2010) más frecuente fue III (IIIA: 36%; IIIB: 39%)
• La mediana de dosis de radiación para todos los pacientes fue de 66 Gy.
4% (N=19) no recibieron RT planificada
• Quimioterapia (basada en platino) en el 90% siendo concomitante en 35%
• Cirugía en un 17%
Metodología
Cinco SNPs del gen HSPB1
(RS2868370, RS2868371, RS2009836, RS2070804 y RS7459185)
fueron genotipados mediante el método de la
reacción en cadena de la polimerasa.
Resultados
• La distribución de los genotipos fue :
• RS2868370: 65% wild type, 32% heterocigoto y 3% mutado;
• RS2868371: 77% wild type, 18% heterocigoto y 5% mutado;
• RS2009836: 51% wild type, 39% heterocigoto
y 10% mutado.
010 20 30 40 50 60 70 80 90
RS2868370 RS2868371 RS7459186
salvaje
heterocigoto mutado
Tres SNPs HSPB1 se asociaron a
la supervivencia global.
Resultados
• Los pacientes con el genotipo salvaje del SNP HSPB1
RS2868370 tuvieron una supervivencia del 37% vs 53% en los
pacientes con genotipo
heterocigoto/mutado (P=0.0063).
0 10 20 30 40 50 60
RS2868370
Supervivencia
Salvaje Het/mut
Resultados
• Los pacientes con el genotipo salvaje además tuvieron mayor toxicidad aguda a nivel
pulmonar (87% vs 53%. P<0.0001) y esofágica (92% vs 74%. P=0.001).
0 20 40 60 80 100
RS2868370
Tox pulmonar
Salvaje Het/mut
0 20 40 60 80 100
RS2868370
Tox esofágica
Salvaje Het/mut
Resultados
• Por otro lado, los pacientes con el genotipo salvaje del SNP HSPB1 RS2868371 tuvieron una
supervivencia del 32% vs 47% en los pacientes con genotipo
heterocigoto/mutado (P=0.0057).
•
• Los pacientes con el genotipo salvaje además tuvieron mayor toxicidad aguda a nivel pulmonar (79% vs 63%. P=0.05).
0 10 20 30 40 50
RS2868371
Supervivencia
Salvaje Het/mut
0 20 40 60 80 100
RS2868371
Tox pulmonar
Salvaje Het/mut
Resultados
• Finalmente, los pacientes con el genotipo salvaje del SNP HSPB1 RS2009836 tuvieron una supervivencia del 62% vs 44% en los
pacientes con genotipo heterocigoto/mutado (P=0.047).
0 10 20 30 40 50 60 70
RS2009836
Supervivencia
Salvaje Het/mut
Limitaciones
• Necesidad de estratificación por histología, edad, modalidad terapéutica, etc.
• Necesidad de validación en tejido tumoral
• Controles sanos
Conclusiones
• SNPS HSPB1 ASOCIADOS CON SUPERVIVENCIA
• LOS GENOTIPOS DE MAYOR RIESGO PARA LA
MORTALIDAD TUVIERON ADEMÁS MAYOR TOXICIDAD.
• BIOMARCADORES COMO FACTOR PREDICTIVO
• EL DESARROLLO DE INFORMÁTICA BIOMÉDICA FAVORECE LA RÁPIDA INTEGRACIÓN DE LA
INVESTIGACIÓN BÁSICA A LA PRÁCTICA CLÍNICA
Muchas gracias
María José Ortiz Gordillo Elena Montero
Blas David Delgado
José María Nieto‒Guerrero Jon Cacicedo
Jesús Moreno Alberto Moreno
Mª del Valle Enguix María Carrasco Montserrat Baeza Juan Carlos Mateo Sonia Pérez
Leticia Delgado Manuel Borrego Celia Alvarez Carlos Parra
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