TP2 :
Identification et Reconstruction d'un gène à partir d'une séquence d’ADN génomique inconnue.
La première étape est de rechercher dans les banques de données de séquences toutes séquences connues similaires. Cela se fait avec BLAST, qui compare une séquence requête à toutes les séquences d'une banque de données.
Entrer sur la base de données NCBI “www.ncbi.nlm.nih.gov/”
( National Center for Biotechnology Information) « Centre américain pour les informations biotechnologiques ») c’est un institut national américain pour l'information biologique moléculaire.
Ouvrer le programme BLAST
1. À quoi correspondent ces programmes? Lequel parmi eux qui vous est utile pour chercher votre séquence dans les bases de données d’ADN ?
nucleotide blast ; protein blast ; blastx ; tblastn ou tblastx ?
Copiez la séquence FASTA à partir du fichier Word et collez-la dans la case “Enter Query Sequence”
Choisir une recherche dans la base de données correspondant uniquement à la collection des nucléotides dans la section « Choose Search Set »
lancer BLAST
2. Décrivez le résultat obtenu et conclure sur le nom potentiel du gène correspondant (en vous basant sur les quatre premiers résultats obtenus).
Choisir la quatrième séquence (AF253322.1) et relancer une recherche sur NCBI
« Nucleotide » (ou faire juste un clic sur le numéro d’accession).
3. Décrivez les informations données dans cet encadré
LOCUS AF253322 43064 bp DNA linear PRI 22-MAR-2001 DEFINITION Homo sapiens cytochrome P450 (CYP1A1)and cytochrome P450 (CYP1A2) genes, complete cds.
4. Combien y a-t-il de cadre de lecture (séquence codante) dans cette séquence ? Donnez leur emplacement précis.
5. Combien y a-t-il d’exon dans cette séquence ? Donnez leur emplacement précis.
6. Comparer ces deux résultats.
Sur le serveur “Gene” du NCBI rechercher le gène CYP1A1
7. Donner la localisation du gène CYP1A1 chez l’homme et chez la souris et indiquer le code de reference « Reference Sequence » de la séquence chromosomique contenant le gène chez les deux espèces. (NB : la Ref seq des gènes sur la base NCBI commence par les lettres NC suivit des chiffres)
Défiler la page vers la partie « Genomic regions, transcripts, and products » et repérer le gène CYP1A1
Pour chercher les différentes possibilities d’amplification par PCR de ce gene ou partie de ce gene, Placer le cursseur (souris) sur le gene et avec le bouton droit choisir “BLAST and Primer search” puis “Primer BLAST”.
8. Combien de paires de Primer vous obtenez ? et lesquelles peuvent être utilisé pour amplifier le premier exon. Et lesquelles pour tout le gène ?
9. Donner le numéro d’accession “accession number” du transcrit CYP1A1 (NM_ ……..) et celui de la protéine CYP1A1 (NP_...).
Retourner à la page d’accueil de NCBI puis rechercher le transcrit CYP1A1 dans le base
« NUCLIOTIDE » en utilisant l’accession nembre (NM_ ……..) 10. De combien de base se compose t’il ?
Basculer vers la base « PROTEIN » et entrer l’accession nembre protéique du gène CYP1A1 (NP_ …… )
11. La protéine CYP1A1 se compose de combien d’acides aminés ?
Utiliser l’outil BLAST pour rechercher la similarité entre la protéine CYP1A1 chez l’homme et chez la souris :
Dans la case organism taper « HOUSE MOUSE » puis lancer le BLAST
12. Combien de similarité existe entre la souris (MUS MUSCULUS) et l’Human pour cette protein? Choisissez le profile ayant 100% de couverture et E value de 0
