FILOGENIA DE LA REGIÓN DEL GEN POL QUE
CODIFICA LA INTEGRASA DE LOS RETROVIRUS
PHYLOGENY OF THE GENE POL REGION THAT
ENCODES BY RETROVIRAL INTEGRASES
Yesid Cuesta Astroz, Martha C. Domínguez, Mercedes Salcedo, Adalberto Sánchez y Felipe García Vallejo.
Laboratorio de Biología Molecular y Patogénesis. Departamento de Ciencias Fisiológicas.
RESUMEN
Contexto: La integrasa de los retrovirus cataliza la inserción covalente de una
copia del cDNA viral en el genoma de la célula hospedera. La enzima es codifica por el extremo 3' de la región proviral Pol; presenta tres dominios estructurales: un amino-terminal (1-46 aa), uno central o catalítico (46-219 aa) y uno
carboxi-terminal o de unión al ADN (220-300 aa). Objetivos: Definir las relaciones
filogenética intra-específica y inter-específicas de miembros de la familia
Retroviridae. Métodos: A partir de 28 secuencias completas de la IN de
diferentes géneros de retrovirus se calcularon, utilizando el método de Kimura doble parámetro, las distancias genéticas entre los diferentes dominios de la proteína de la integrasa y se definieron sus relaciones filogenéticas. Los árboles filogenéticos se obtuvieron mediante los métodos de NJ y MP con bootstraps de
500.Resultados:Se obtuvo una filogenia de la familia Retroviridae representada
por cinco “clados” diferentes. Esta distribución fue similar a las obtenidas previamente con secuencias LTR y de envoltura. Se caracterizaron secuencias canónicas de aminoácidos en el dominio N-terminal (HHCC) y en el dominio central catalítico (DTDGEK). Se determinó que los distintos dominios de las integrasas de miembros de la familia Retroviridae mostraron una amplia variación genética (5,0 a 0,68). El dominio central catalítico presentó el menor
rango de distancias genéticas (1,91 a 0,44). Conclusión: Los resultados
confirman aquellos previamente obtenidos para LTR y env; en su conjunto, éstos son una evidencia fuerte de que estarían operando mecanismos similares de
evolución para los genes retroviralespol yenv.
Fecha de recepción: Abril 30 de 2008 Fecha de aceptación: Octubre 13 de 2008 Correspondencia: E-mail: [email protected]. Departamento de Ciencias Fisiológicas. Facultad de Salud. Edificio 116 “Jesús maría Borrero”, Oficina 508, Universidad del Valle. Sede San Fernando. Calle 4b No. 36-00. A.A.
Palabras Claves: Retrovirus, Filogenia, HTLV-I, HTLV-II, Integrasa.
ABSTRACT
Introduction: The retroviral integrase catalyze the covalent integration of one copy of viral cDNA into the host genome. It is encoded by the 3´end of the proviral pol region. The protein has three protein domains: the N-terminal (1-46 aa), the catalytic core (46-219 aa) and the C-Terminal domain (220-300 aa).
Objectives: To analyze inter and intraspecific phylogenetic relationships of
several members of the Retroviridae family by using the integrase. Methods:
From 28 full retroviral integrase sequences belonging to human and non human retroviruses we apply the Kimura two parameters method, moreover we calculated the genetic distances of the three protein domains. Phylogenetic trees
were obtained using the NJ and MP methods with a bootstraping of 500.Results:
The phylogenetic analyses of the 28 retroviral integrase sequences included in this work permitted to group them in five different evolutionary clades. Such distribution was similar to those previously reported for LTR and envelope genes. Some amino acid consensus sequences were characterized in the N-terminus (HHCC) and in the catalytic core (DTDGEK). The K2P genetic distances among the sequences of members of Retroviridae were highly variable (5.0 a 0.68). For all retrovirus groups the catalytic core domain was the less variable (1.91 a 0.44). Conclusion: Our results confirmed those previously obtained using LTR and the env genes, this highly correlation is strong evidence that similar mechanisms of
evolution would be operating forpol and env.
Keywords:Retrovirus, Phylogeny, HTLV-I, HTLV-II, Integrase.
ella contiene las secuencias ATT necesarias para la integración proviral. Estas secuencias sufren un ataque nucleofílico por parte de la enzima produciendo extremos 3' y 5' cohesivos. El mismo proceso ocurre en las secuencias del DNAblanco de la célula hospedera. Los intermediarios así producidos, son posteriormente ligados covalentemente, generando el e s t a d o p r o v i r a l i n t e g r a d o característico de la infección retroviral (2-4).
Introducción
La integrasa es codificada por el extremo 3' de la región proviral Pol. (5). Johnson et al. (6), determinaron que la proteína IN del VIH-1 presenta tres dominios estructuralmente diferentes: un dominio amino-terminal o HHCC, un dominio central o catalítico y un dominio carboxi-terminal o de unión al ADN (7). Actualmente la función de estos dominios no es clara, sin embargo el mejor estudiado es el dominio central o catalítico. (1,8-10)
Puesto que previamente no se había realizado un estudio filogenético de las secuencias de las diferentes integrasas retrovirales, en este trabajo se hizo una comparación filogenética de ellas en varios géneros de la familia Retroviridae. Además se detalló la evolución de la secuencia de nucleótidos que codifican para la integrasa en diferentes aislados de los oncovirus humanos HTLV-I y II. Para ello se tomaron como base las secuencias nucleotídicas que codifican los dominios de la proteína integrasa de 28 miembros de la familia R e t r o v i r i d a e . S e c a l c u l ó l a heterogeneidad genética de los tres dominios de la IN del HTLV-I para definir su variación con relación a los demás grupos que conforman la familia Retroviridae. Además se determinaron cuáles fueron las secuencias conservadas en los tres diferentes dominios que posiblemente sean esenciales en el funcionamiento
de la proteína IN en el HTLV-I. Los resultados mostraron una agrupación de los distintos géneros de retrovirus en cinco “clados” genéticamente diferentes. La topología de los arboles obtenidos para la integrasa fue coincidente con aquellas previamente elaboradas con base en las secuencias LTR y env utilizando los mismos algoritmos filogenéticos. Estos resultados permiten proponer que la evolución de la región pol y la del gen env, en los miembros de la familia Retroviridae que fueron analizados, ha sido promovida por fuerzas evolutivas comunes.
Me
todología
Tabla 1.
Secuencias nucleotídicas de los distintos miembros de la familia Retroviridae utilizados para la elaboración de la filogenia basada en la integrasa retroviral.Nombre del Retrovirus
Abreviatura Número de acceso
al GenBank
Virus de la Leucemia Murina Akv Akv-MLV J01998 Virus de la Leucemia Aviar ALV M37980 Retrovirus Endógeno de Babuino BaEv M16550 Virus de la Inmunodeficiencia Bovina BIV M32690 Virus de la Leucemia Bovina BLV K02120 Virus de la Artritis y Encefalitis Caprina CAEV M33677 Virus de la Leucemia Murina Cas-Br-MLV X57540 Retrovirus Endógeno de gato ECE I Cat-ER X51929 Virus de la Inmunodeficiencia del Chimpancé CIV X52154 Virus de la Anemia Infecciosa Equina EIAV M16575 Virus de la Inmunodeficiencia Felina FIV M25381 Virus de la Leucemia Felina FeLV M18427 Virus de la Leucemia Murina de Friend F-MuLV M93134 Virus de la Leucemia del Simio Gibón GaLV M26927 Retrovirus Endógeno Humano (4-1) HER V 4-1 M10976 Virus de la inmunodeficiencia humana -1 VIH-1 K02013 Virus de la Inmunodeficiencia Humana –2 VIH-2 X05291 Virus Linfotrópico Humano tipo -I HTLV-I(ATK1) J02029 Virus Linfotrópico Humano tipo -II HTLV-II M10060 Virus de la Leucemia Murina Moloney M-MuLV J02255 Virus del sarcoma de Rous RSV V01197 Virus de la Inmunodeficiencia del mono
verde africano
SIV agm X07805 Virus de la inmunodeficiencia de simios
macacos-1
SIV mac1 M19499 Virus de la inmunodeficiencia de simios
macacos-1
SIV mac2 Y00277 Virus de la inmunodeficiencia del mono
mandril
SIV mnd X15781 Virus de la leucemia de células T-I STLV-I Z46900 Virus del sarcoma del simio SSV M23385 Lentivirus Visna de cabras Visna M10608
Utilizando el programa PHYLIP 3.5, s e e l a b o r a r o n a g r u p a c i o n e s filogenéticas tomando como base el alineamiento de nucleótidos. Las distancias genéticas entre las secuencias de aminoácidos de las
se utilizaron tres algoritmos filogenéticos: unión de vecinos o “Neighbor-Joining” (NJ), máxima p a r s i m o n i a ( M P ) y m á x i m a probabilidad (ML). El árbol filogenético final obtenido de cada análisis fue visualizado en el programa TreeView (15). La significancia estadística de cada agrupación filogenética fue sometida a análisis de “ b o o t s t r a p ” a p l i c a n d o 5 0 0 repeticiones; para ello se utilizaron los
p r o g r a m a s S E Q B O O T y CONSENSUS del PHYLIP 3.5 (16).
Para análisis de las integrasas de
HTLV-I y II se utilizaron 20 secuencias nucleotídicas de 900bp de la región que codifica por la integrasa de ambos retrovirus, además se empleó una secuencia de STLV-I (Simian T-Cell Leukemia Virus) la cual fue incluida como “outgroup” (tabla 2).
Tabla 2.
Número de acceso a la base de datos GenBank para las secuencias de la región que codifica para la proteína integrasa, empleadas en el análisis filogenético de los HTLV I y II de diversos orígenes geográficos.Nombre del Aislado
Número de A cceso(£)
Origen
HTLV -I (ATL -YS) U19949 Japón
HTLV -I (ATK -I) J02029 Japón
HTLV -I (BOI) L36905 N.D*
HTLV -I (EBV) AF139170 N.D*
HTLV -I (EL) S74562 Zaire
HTLV -I (HS35) D13784 Jamaica
HTLV -I (Mel5) L02534 Melanesia
HTLV -I (PET/HAM) M86840 Melanesia
HTLV -I (RK13) AF0422071 Alemania
HTLV -I (WHP) AF259264 China
HTLV -II (BRA) AF139382 Brasil
HTLV -II (BRA K96) AF326584 Brasil
HTLV -II (BRA RP329) AF326583 Brasil
HTLV -II (VEN G2) AF074965 Venezuela
HTLV -II (GAB) Y13051 Gabón
HTLV -II (PYG) Y14365 Congo
HTLV -II-Gu (ITA) X89270 Italia
HTLV -II (NRA) L20734 Estados Unid os
HTLV -II (G12) L11456 Panamá
STLV -1 Z46900 N.D*
aislados de miembros de los géneros: alfa retrovirus, beta retrovirus, gamma retrovirus, delta retrovirus y lentivirus. En cada uno de estos grupos, los valores de bootstrap NJ/MP fueron: 100/100 (alfar-retrovirus), 99/80 (beta-retrovirus), 100/60 (gama-retrovirus), 100/72 (delta-retrovirus) y 99/100 lentivirus). La longitud de las ramas determinadas utilizando el método ML tuvo un valor de P < 0.01 (figura 1).
Resultados
Relaciones filogenéticas de las i n t e g r a s a s d e r e t r o v i r a l e s El análisis filogenético de las secuencias nucleotídicas que codifican por la integrasa en los diferentes grupos de retrovirus, mostró una clara separación de la familia Retroviridae en cinco grupos distintos (figura 1) (13). Los “clados” genéticos obtenidos incluyeron a
0.01
Mel5-Melan
EL-Zaire
HS35-Carib
WHP-China
ATK1-Japon
ATL-YS
BOIHTLV-1
EBVHTLV-1
RK13-Alema
PET/HAM 99/99
99/99
99/98
91/90 76/76
HTLV-1C
HTLV-1B
HTLV-1A Subgrupo C
Subgrupo B
Subgrupo A
0.01
Mel5-Melan
EL-Zaire
HS35-Carib
WHP-China
ATK1-Japon
ATL-YS
BOIHTLV-1
EBVHTLV-1
RK13-Alema
PET/HAM 99/99
99/99
99/98
91/90 76/76
HTLV-1C
HTLV-1B
HTLV-1A Subgrupo C
Subgrupo B
Figura 1
. Relaciones filogenéticas y de conservación de secuencias de las integrasas retrovirales. Agrupamiento filogenético NJ/MP enraizado de las secuencias nucleotídicas de la integrasa de 28 miembros de la familia Retroviridae obtenidas de la base de datos del GenBank. Los valores de cada bifurcación se calcularon con base en el método NJ con un Bootstrap de 500. ALV (Virus de la Leucemia Aviar); BaEv (Retrovirus endógeno de Babuino); BIV (Virus de la Inmunodeficiencia Bovina); BLV (Virus de la Leucemia Bovina); CAEV (Virus de la Artritis y encefalitis caprina); MLV (Virus de la leucemia murina); Cat-ER (Retrovirus endógeno de Gato ECE); CIV (Virus de la Inmunodeficiencia del Chimpancé); EIAV (Virus de la Anemia Infecciosa Equina); FIV (Virus de la Inmunodeficiencia Felina); FeLV (Virus de la Leucemia Felina); F-MuLV (Virus de la Leucemia Murina de Friend); GaLV (Virus de la Leucemia del Simio Gibón); HER V 4-1 (Retrovirus endógeno Humano (4-1); VIH-1 (Virus de la Inmunodeficiencia Humana 1); VIH-2 (Virus de la Inmunodeficiencia Humana 2); HTLV-I (Virus Linfotrópico Humano tipo -I); HTLV-II (Virus Linfotrópico Humano tipo -II); M-MuLV (Virus de la Leucemia Murina Moloney); RSV (Virus del sarcoma de Rous); SIV agm (Virus de la inmunodeficencia del mono verde africano); SIV mac1 (Virus de la inmunodeficiencia de simios macacos-1); SIV mac2 (Virus de la inmunodeficiencia de simios macacos-2); SIV-mnd (Virus de la inmunodeficiencia del mono mandril); STLV-I (Virus de la leucemia de células T de Simio-1); SSV (Virus del sarcoma del simio); Visna (Lentivirus Visna de cabras).Variación por dominio de las secuencias nucleotídicas de los
retrovirus con relación al HTLV-I
Al comparar los diferentes aislados retrovirales con la secuencia consenso de la integrasa del HTLV-I, se determinó que la variación en términos de distancia genética K2P para el dominio N-terminal fue de 1,45 a 5,0; para el central catalítico de 0,44
a 1,91 y para el C-terminal de 0,68 a 3,46 (tabla 3). El dominio central catalítico fue el menos variable con relación a los otros dos. Estos resultados evidencian que las secuencias de nucleótidos que codifican para los dominios de la integrasa en los retrovirus, en general, presentan homología variable entre cada uno de sus tres dominios entre las secuencias que se analizaron.
Tabla 3.
Distancias genéticas calculadas utilizando el método Kimura doble Parametro (K2P) para cada uno de los dominios de la integrasa de la cepa prototipo ATK-1 del HTLV-I con relación de las de los diferentes grupos de retrovirus humanos y no humanos. Los valores son consignados en porcentages de distancia genéticaConsenso
HTLV-1 RetrovirusAlfa RetrovirusBeta RetrovirusDelta RetrovirusGamma Lentivirus
N-Terminal 5.00 2.78 1.45 3.01 3.42
Centro
catalítico 1.22 1.24 0.44 1.86 1.91
Alineamiento de las secuencias de
aminoácidosdela proteína IN
El alineamiento de las 28 secuencias de aminoácidos de las integrasas retrovirales estudiados reveló, en el dominio amino N-terminal, cuatro amino ácidos conservados: dos histidinas y dos cisteínas (HHCC); en el dominio central catalítico se definieron seis amino ácidos conservados DTDGEK, mientras que en el dominio carboxilo C-terminal no se definió ninguna secuencia conservada.Análisis filogenético de la IN de los
HTLV-I
El análisis filogenético de las secuencias que codifican por la integrasa en los distintos subtipos de HTLV-I, usando los tres diferentes métodos, mostró agrupaciones con topologías muy similares (figura 2). Se observó que el subtipo cosmopolita o HTLV-Ia está separado de los subtipos Ib y Ic con valores de “bootstrap” de 99% para NJ y para MP. En este subtipo se identificaron tres subgrupos: el subgrupo A o transcontinental, el subgrupo B o Japonés y el subgrupo C o del África Occidental/Caribe. La longitud de las ramas determinadas utilizando el método ML tuvo un valor de P < 0.01.
Figura 2.
Agrupamiento filogenético enraizado NJ/MP de 10 aislados empleados en el análisis filogenético del virus HTLV-I de diversos orígenes geográficos, con base en secuencias nucleotídicas que codifican la proteína integrasa. Se utilizó como “outgroup” la secuencia correspondiente a Mel-5 que es un aislado Melanésico. Los valores en los puntos de divergencia representan los valores de bootstrap para NJ/MP respectivamente con base en 500 repeticiones.Variación por dominio de las secuencias nucleotídicas de la
i n t e g r a s a d e H T L V - I
Al comparar los diferentes aislados de HTLV-I alrededor del mundo con la secuencia consenso del mismo, se determinó que la variación en términos de distancia genética utilizando el modelo de Kimura doble Parámetro para el dominio amino N-terminal fue de 0,007 a 0,051; para el
central catalítico de 0,005 a 0,084 y para el carboxilo C-terminal de 0 a 0,056 (tabla 4). Las distancias genéticas en el dominio carboxilo fueron las más bajas. Este resultado demostró que las secuencias de nucleótidos que codifican para los diferentes dominios de la integrasa en este virus presentan, en general, una alta homología tanto a nivel de nucleótidos como de secuencias de aminoácidos.
Tabla 4.
Distancias genéticas calculadas utilizando el método Kimura doble Parametro (K2P) para cada uno de los dominios de las integrasas de los distintos subtipos del HTLV-I.Con senso HTLV
-
I
HTLV-IA
HTLV-IB HTLV-IC
A
B
C
N-Terminal 0.007 0.014 0.021 0.028 0.051 Dominio Central 0.007 0.005 0.018 0.032 0.084 C-Terminal
-
0.007 0.008 0.025 0.056Relaciones Filogenéticas de las
IntegrasasdelosHTLV-I yII
El análisis filogenético de las secuencias de los diferentes aislados de los oncovirus humanos incluidos en e s t e e s t u d i o , d i s c r i m i n ó significantemente a los aislados
68/66 95/85 99/91 87/86 76/74 96/97 100/99 98/90 94/93 Subgrupo A Subgrupo B Subgrupo C HTLV-IA HTLV-IB HTLV-IC HTLV-IIA HTLV-IIB A B C HTLV-IID 90/86 95/91 STLV-I RK13-HTLV -I-Alema PET-HAM-HTLV -I BOI-HTLV-I EBV-HTLV -I WHP -HTLV -I-China ATL-YS -HTLV -I-Jap
ATK -I-HTLV -I-Jap HS35 -HTLV -I-Caribe EL-HTLV -I-Zaire MEL-5-HTLV-I
BRA -HTLV -II Bra-RP329 -HTLV -II Bra -K96-HTLV -II
Pygmies Italia -HTLV -II
NRA-L20734 -HTLV-II HTLV-II-G12-Guaymi Gabon -HTLV -II
Venezuela -HTLV-II 0.05 68/66 95/85 99/91 87/86 76/74 96/97 100/99 98/90 94/93 Subgrupo A Subgrupo B Subgrupo C HTLV-IA HTLV-IB HTLV-IC HTLV-IIA HTLV-IIB A B C HTLV-IID 90/86 95/91 STLV-I RK13-HTLV -I-Alema PET-HAM-HTLV -I BOI-HTLV-I EBV-HTLV -I WHP -HTLV -I-China ATL-YS -HTLV -I-Jap
ATK -I-HTLV -I-Jap HS35 -HTLV -I-Caribe EL-HTLV -I-Zaire MEL-5-HTLV-I
BRA -HTLV -II Bra-RP329 -HTLV -II Bra -K96-HTLV -II
Pygmies Italia -HTLV -II
NRA-L20734 -HTLV-II HTLV-II-G12-Guaymi Gabon -HTLV -II
Venezuela -HTLV-II 0.05
Figura 3.Agrupamiento Filogenético NJ basado en las secuencias de la región que codifica para la integrasa (900bp) del HTLV-I y II. Los valores en los puntos de divergencia representan los valores de bootstrap para NJ/MP respectivamente con base en 500 repeticiones.
Para el HTLV-I se observó que el subtipo cosmopolita o HTLV-Ia fue incluido, con 90% de bootstrap para NJ y 86% para MP, dentro del HTLV-IA; también fue posible identificar en e s t e e s t u d i o e l s u b g r u p o transcontinental el cual tuvo un valor de bootstrap de 95% de para NJ y 85% para MP. El HTLV-IAse separó del
(Japón),ATK-I (Japón); el subgrupo B o japonés que contiene aislados de Japón y China y el s u b g r u p o C o d e l Á f r i c a occidental/Caribe que incluye un
aislado de Jamaica. Aunque los
distintos agrupamientos de secuencias de integrasa para HTLV-I y II fueron coincidentes utilizando los tres métodos filogenéticos, arrojaron un
valor deP< 0.01 utilizando el método
ML. Tanto el análisis mediante NJ como el de MP no presentaron d i f e r e n c i a s e s t a d í s t i c a m e n t e significantes.
Dentro del grupo de los HTLV-II se o b t u v o t a m b i é n u n a b u e n a discriminación de los subgrupos IIA, IIB y IID utilizando los tres métodos de inferencia filogenética, lo cual se sustentó por un bootstrap de 100% para NJ y 99% para MP. En el nodo principal del HTLV-II, el subgrupo de IIA presentó valores de bootstrap de 96% para NJ y 97% para MP, el subgrupo IIB valores de bootstrap de 95% para NJ y 91% para MP respectivamente. La divergencia del subtipo IID con el subtipo IIB mostró valores de bootstrap de 98% y 90% para NJ y MP respectivamente.
Discusión
Previo a este trabajo, las relaciones filogenéticas de los diferentes grupos de retrovirus se habían estudiado con base en al análisis de secuencias de los LTRs y de los genes env (17,18). Esos estudios permitieron clasificarlos en
grupos filogenéticos discretos, los cuales incluyen varios tipos de retrovirus humanos y no humanos. Aunque actualmente a partir éstos se dispone de una clasificación fidedigna de los retrovirus, no existían, hasta este trabajo, datos sobre la relación filogenética de las integrasas en los distintos grupos de la familia Retroviridae.
significantes. La distancia genética obtenida utilizando la matriz de distancia del algoritmo de doble parámetro de Kimura reveló que las integrasas de los alfaretrovirus y los d e l t a r e t r o v i r u s s o n l a s filogenéticamente más distantes.
Los análisis filogenéticos realizados con la integrasa de los distintos subtipos del HTLV-I, mostraron que el subtipo cosmopolita HTLV-Ia se separó de los subtipos HTLV–Ib and HTLV–Ic con valores de bootstrap de 99% para NJ y MP. Dentro del subtipo cosmopolita HTLV-Ia, fue posible identificar tres subgrupos que coinciden con los previamente sugeridos por el análisis de las secuencias env y LTR e incluyen el s u b g r u p o C d e Á f r i c a occidental/Caribe, el subgrupo B j a p o n é s y e l s u b g r u p o A transcontinental. Las diferencias, en e s o s t r e s “ c l a d o s ” , f u e r o n estadísticamente significantes con los métodos NJ y MP con valores de bootstrap del 99%; además, las longitudes de divergencia fueron significativas en el árbol ML (P < 0.01).
Las relaciones filogenéticas de las integrasas de los diferentes subtipos del HTLV-I, fueron coincidentes con aquellos realizados tomando como base secuencias de LTR, y de los genes de la que codifican por la glicoproteína de la envoltura gp62 (19-25). Esto
sustentaría la hipótesis de la acción de mecanismos equivalentes en la evolución de la porción del gen pol que codifica por la integrasa retroviral en todos los subtipos del HTLV-I. Sin embargo, el subtipo HTLV-Ie fue discrepante, lo cual indicaría que para este subtipo han operado presiones evolutivas diferentes a las de LTR y
env.
El análisis filogenético de las secuencias correspondientes a las integrasas de los diferentes subtipos del HTLV-I y II, fue también coincidente con aquellos realizados tomando como base secuencias de LTR, env. Esto refleja posibles mecanismos homólogos en la evolución de las regiones génicas analizadas en todos los subtipos de HTLV-I y II.
jamaiquino, el cual también fue incluido previamente en este mismo subgrupo (20, 25, 26), lo mismo sucedió con el subgrupo A o transcontinental en el presente estudio, la discriminación de este subgrupo mostró concordancia con lo reportado en la literatura
Los distintos agrupamientos obtenidos de secuencias de la región que codifica por la Integrasa fueron coincidentes u t i l i z a n d o l o s t r e s m é t o d o s filogenéticos, ni el análisis mediante NJ ni el de MP arrojaron diferencias estadísticamente significativas; este resultado permite proponer que el marcador filogenético utilizado en este caso, la región que codifica por la Integrasa (900pb), es consistente con la estimación de la filogenia previamente reportada (21, 23).
Además en cuanto a los aislados de HTLV-II se mostró una clara d i s c r i m i n a c i ó n d e l m a r c a d o r filogenético utilizado en los dos subtipos del HTLV-II reportados previamente por (27,28) y la divergencia del subtipo HTLV-IID fue evidente utilizando la región que codifica por la integrasa, este resultado concuerda con lo ya publicado por Salemi et al. (29), en donde es evidente la clara divergencia de este subtipo utilizando 20 genomas completos de Virus Linfotrópicos de Primates (PTLV).
Los resultados obtenidos en este
trabajo mostraron las relaciones filogenéticas de los diferentes dominios de la región proviral que codifica por la integrasa; además se convierten en la base para proponer un nuevo elemento de clasificación de los diferentes miembros de la familia Retroviridae y en especial de los HTLV-I y II.
Agradecimientos: Este trabajo se realizó como parte del proyecto de investigación cofinanciado por Colciencias (1106-04-13095) en asocio con la Universidad del Valle y del proyecto de investigación de la convocatoria interna 2007 de la Vicerrectoría de Investigaciones de la Universidad del Valle (Contrato 1547)
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