1. Cambio de dosis
1.1 Descripción general de los resultados obtenidos en los estudios por
En este trabajo se han analizado las muestras de DNA de 395 pacientes con trastornos del neurodesarrollo en busca de cambios de dosis génica mediante la técnica de CGH-array, encontrándose 220 CNVs en 152 casos (anexo IX y figura 32). 243 105 31 14 0 1 1 0 50 100 150 200 250 300 0 1 2 3 4 5 6 Nº CNVs Nº Pacientes
Figura 32: Representación del número de pacientes en función del número de CNV
detectadas en cada caso por CGH-array.
Estas variantes fueron clasificadas como benignas, patológicas, patológicas de penetrancia incompleta (pip: pathogenic incomplete penetrance) o de significado incierto (VOUS: variant of uncertain significance) tras un análisis exhaustivo en base a distintos parámetros como la herencia, el tamaño, los genes afectados y si estaba descrita previamente en bases de datos y/o bibliografía, utilizando los siguientes criterios (Miller et al., 2010; Monfort, 2014; Roselló, 2014):
- Patológica: alteración detectada en pacientes con una clínica similar a nuestro caso o cuyo tamaño y función de los genes contenidos nos indica que es la causa de la clínica observada.
- Patológica de penetrancia incompleta: alteración descrita como patológica que puede estar presente en población control o cambio que por su tamaño, genes afectados y/o casos descritos se consideraría patológica pero ha sido heredada de un progenitor que no presenta clínica.
- Benigna: variante descrita en población control.
- VOUS: cambio que, en el momento de su revisión, no cumplía los criterios necesarios para ser clasificada como patológica, patológica de penetrancia incompleta o benigna.
Además, las variantes clasificadas inicialmente de significado incierto se han revisado otra vez a finales de 2014, para ver si con los nuevos avances científicos se podían reclasificar como variantes benignas, patológicas o patológicas de penetrancia incompleta. En la tabla 29 se puede ver un resumen de los resultados obtenidos.
Tabla 29: Clasificación de las 220 CNVs en función de su repercusión clínica. Resultado Benigna VOUS pip Patológica TOTAL %
Tipo Deleciones 52 2 9 46 109 49.55 Duplicaciones 58 22 11 20 111 50.45 He re n c ia de novo 6 6 2 47 61 27.73 Translocación desequilibrada de origen1 ♀ ♂ 0 0 1 0 0 0 6 4 11 5.00 Heredada ♂ ♀ 23 19 2 9 9 9 7 1 79 35.91 Desconocida 62 6 0 1 69 31.36 Tamaño promedio (Kb) 183 490 1387 5028 1779 - Total CNVs 110 24 20 66 220 100 % 50.0 10.9 9.1 30 100
1Translocaciones equilibradas en alguno de los progenitores heredadas de forma
desequilibrada en el paciente. ♀: materna; ♂: paterna
En función del número y el tipo de variantes detectadas en cada caso, los pacientes fueron diagnosticados como portadores de alteración patológica o patológica de penetrancia incompleta, si presentaban al menos un cambio de dosis clasificado como tal; sin alteración causal conocida, si no se encontró ningún cambio de dosis o los cambios detectados se habían clasificado como variantes benignas; o como portadores de VOUS cuando se había encontrado al menos una variante de significado incierto (tablas 30).
Tabla 30: Clasificación de los pacientes en función del tipo de variación detectada. Conclusión Nº pacientes % Normal1 304 77.0 VOUS 15 3.8 pip 18 4.5 Patológicos 58 14.7
1En este apartado se han incluido los 243 casos en los que no se detectó ninguna
alteración.
De los 58 pacientes con alteraciones clasificadas como patológicas, 8 presentaban más de un cambio responsable de su clínica y en uno de ellos no se pudo determinar la herencia por falta de colaboración de los progenitores. Además, 8 pacientes presentaban una alteración patológica heredada que no fue clasificada como pip por ser los padres portadores en mosaico, presentar algún rasgo fenotípico (expresividad variable), o tratarse de una alteración ligada al cromosoma X (varones afectos y madres portadoras). Por otro lado, dos alteraciones de novo se han clasificado como cambios de penetrancia incompleta al producirse en regiones recurrentes causantes de síndromes descritos donde se ha observado individuos control portadores (síndrome de duplicación 16p11.2 (OMIM 614671) y síndrome de deleción 15q11.2 (OMIM 615656)) (anexo IX). Además, las translocaciones desequilibradas trasmitidas por un progenitor portador de un reordenamiento equilibrado, pese a su carácter heredado, en este trabajo, se han considerado las CNVs resultantes como de
novo, ya que ninguno de los progenitores es portador del cambio de dosis
generado.
En este trabajo, como se ha explicado en material y métodos (apartado 6) se han utilizado un array comercial y distintas versiones de un array de diseño propio. A continuación se pasará a describir las alteraciones detectadas en función del tipo de array utilizado.
1.1.1. Resultados del CGH-array comercial
De los 241 pacientes analizados con el array comercial, en 116 de ellos se detectaron 180 CNVs. En la figura 33 se representa el ideograma de las 55 alteraciones clasificadas como patológicas.
Algunos de los casos que se presentan en este trabajo forman parte de las tesis de la Dra. Monfort (2014) y la Dra. Roselló (2014) en las que se detallan aspectos técnicos y clínicos respectivamente. En este trabajo solo se comentarán aquellos casos que no han sido descritos previamente en estos trabajos, o en los que se aporte un nuevo enfoque que no ha sido presentado hasta ahora.
Figura 33: Ideograma en el que se representan las 55 CNV patológicas detectadas por el
array comercial en 47 pacientes. En rojo se representan las duplicaciones y en verde las deleciones.
1.1.2. Resultados del CGH-array de diseño propio
Se estudiaron 190 pacientes con el array de diseño propio. De ellos, 36 se habían estudiado previamente con el array comercial con resultado normal o con CNVs clasificadas como benignas, excepto dos casos en los que si se había detectado alguna alteración (una patológica y otra VOUS), que se volvieron a estudiar para confirmar o acotar estos cambios de dosis. De los 190 pacientes estudiados, se detectaron 44 CNVs en 41 de ellos, de los cuales 12 cambios de dosis fueron clasificados como patológicos (figura 34).
Figura 34: Ideograma en el que se representan las 12 CNV patológicas detectadas por las
distintas versiones del array de diseño propio en 12 pacientes. En rojo se representan las única duplicación y en verde las deleciones.
En la tabla 31 se muestra un resumen de la clasificación de las distintas CNVs detectadas por el array de diseño propio y los pacientes portadores de estos cambios.
Tabla 31: Clasificación de las alteraciones detectadas y los pacientes estudiados por el array de diseño propio.
% Nº CNVs Clasificación Nº pacientes % 36.4 16 Benignas 15 36.6 18.2 8 VOUS 6 14.6 18.2 8 pip 8 19.5 27.3 12 Patológicas 12 29.3 44 TOTAL 41