Los esfuerzos de los jesuitas por liberar a los indígenas de las encomiendas fueron vanos. Es más, los españoles no dejaban pasar la ocasión para raptarlos de las reducciones, aun cuando se escondieran en zonas aisladas de los encomenderos y del otro peligro que los acechaba: los mamelucos, los luso-brasileños de San Pablo que los llevaban para venderlos como esclavos. Se estima que alrededor de quince mil indios fueron encadenados y llevados al Brasil para ser vendidos en diferentes puertos. Las autoridades coloniales apoyaban a los mamelucos. No obstante, obtuvieron del Papa Urbano VIII una orden de excomunión contra los esclavistas brasileños y un edicto de orden de liberación para todos los indígenas, pero el edicto quedó sin efecto. De todas maneras, en 1628 fueron arrasadas las reducciones de Encarnación, San Pablo y San Francisco Xavier que contaban ya con una buena cantidad de familias y la de Santa María atacada con una crueldad atroz. En ella todas las condiciones de rendición fueron violadas, hasta incendiaron la Iglesia donde estaban encerrados niños, mujeres y ancianos.
En 1631 Montoya ordenó la migración de las doce reducciones restantes con los doce mil indígenas que quedaban de los cien mil del Guayra. Se reunió una flota de setecientas canoas con individuos en estado deplorable, y al enterarse que los mamelucos venían por detrás, abandonaron las embarcaciones en las corrientes del Paraná. Los niños, las mujeres y los ancianos buscaron refugio en el bosque. Muchos murieron en Salto Chico, situado al lado de las inmensas cataratas de Salto Grande.
Montoya transportó las reducciones a regiones aisladas, pero de todos modos no las protegió de los ataques y destrucciones. En 1640 los mamelucos fueron vencidos en Caazapá Guasú y Mborore por las tropas del cacique Abiaru, cuando cuatro mil trecientos guaraníes se enfrentaron a seis mil tupíes y ochocientos portugueses. A partir de esta victoria los mamelucos dejaron de molestar durante cien años, pero entretanto se habían destruído treinta reducciones: catorce en el Guairá, doce en el Tapé, tres o cuatro en los Itatines y dos sobre el río Uruguay; y las células reales mencionan trescientos mil indios cautivos entre 1639 y 1668.
condenaban sus reducciones a la desaparición. La necesidad de un ejército armado se hizo patente. Así que en 1640 se solicitó y obtuvo permiso para su formación. El rápido crecimiento y fuerza de esta armada hizo nacer muy pronto la desconfianza de las autoridades reales y entre 1753 y 1756, a raíz de que España entregó a Portugal cinco pueblos indígenas, cuando éstos se negaron a abandonar las misiones, se produjo un enfrentamiento armado que se conoce con el nombre de guerra
guaranítica. En 1750 las reducciones estaban en su máximo esplendor. Todo prosperaba y los
portugueses miraban con codicia los territorios orientales. Por su lado, los comerciantes españoles pidieron la evacuación de la colonia Sacramento, frente a Buenos Aires, que permitía el contrabando a los lusobrasileños. Esta fue la ocasión esperada por Portugal, que ya había abierto el camino expulsando a los jesuitas del Guayrá, y a petición de España entregó la colonia Sacramento, pero a cambio de siete reducciones situadas en la margen izquierda del Uruguay. La transacción se firmó en 1750, y hasta 1754 los jesuitas e indígenas se negaron a abandonar sus pueblos, y esta rebeldía descencadenó la guerra. Estas siete reducciones volvieron a ser ocupadas por los indios en 1810, hasta que en represalia los portugueses las destruyeron por completo.
Antes de la guerra guaranítica, en dos oportunidades este ejército había atacado la fortaleza Sacramento frente a Buenos Aires y actuado, en dos ocasiones igualmente, en defensa del fuerte de Asunción, además de haberse hecho cargo de vigilar la reconstrucción de la fortaleza de Montevideo, y de haber combatido en 1702 contra los charrúas. Pero fue entre 1717 y 1735 cuando la rivalidad entre el poder civil y el religoso entró en su período crítico, y se levantó un movimiento de rebelión en la ciudad de Asunción en apoyo a los religiosos. En 1649, un ejército indígena se había levantado contra el Obispo franciscano Fray Bernardino de Cárdenas por haber expulsado a los jesuitas de Asunción. La fuerza de este poderoso ejército era evidente y entre otras cosas, motivo para que no cesaran las acusaciones contra los jesuitas. Estos además tomaron medidas muy poco populares al imponer restricciones en las fronteras a los gobernadores y funcionarios, y a todo español que quisiera fijar residencia en las misiones. Estos hechos y medidas diversas significaron el principio del fin de las misiones, o por lo menos de los jesuitas, y en 1767, Carlos III ordenó su expulsión, siguiendo los consejos de su ministro el conde de Aranda.
Los antecedentes de estos conflictos se iniciaron, como hemos dicho, en 1717, cuando Diego de los Reyes y Balmaceda, nativo de Asunción, gobernador del Paraguay y conocido por sus simpatías hacia los jesuitas, confió un grupo de indios payaguás a los misioneros, en lugar de distribuirlos como se hacía normalmente. Esto dio lugar a que un miembro del Cabildo protestara y el Gobernador lo encarcelara. El acusado se presentó a la audiencia de Charcas, de quien dependía jurídicamente la Provincia, y se defendió alegando injusticias, malversación de fondos, irregularidades, falta de libertad, violación de la libertad cometidas por el Gobernador. El hecho de que Balmaceda aumentara los impuestos a la Provincia, ya bastante debilitada, mientras los jesuitas se enriquecían, fue el principal elemento de discordia. Los habitantes de Asunción, por voz del acusado, buscaban defender la autonomía y libertad de comercio cada vez más escasa en la Provincia, además de protestar contra el absolutismo político.
José de Antequera y Castro, fue nombrado juez por el Tribunal, realizó una encuesta y dio la razón a Avalos en contra de Balmaceda, a quien suspendió sus atribuciones. Pero el Cabildo se opuso a aceptar esta decisión y se declaró un enfrentamiento armado. Antequera tuvo el apoyo de los comuneros —criollos asuncenos— y obtuvo la victoria en Tebicuary. Ante la confusión y el caos reinante, el marqués Castelfuerte, virrey del Perú, otorgó poderes a Zavala, Gobernador de Buenos Aires. Antequera se dirigió al Tribunal esperando recibir apoyo, pero no sólo no lo recibió sino que fue condenado a muerte. El pueblo entero se rebeló, hasta un franciscano ofreció su vida a cambio
de la de Antequera, cuya muerte provocó una gran agitación en Asunción. El colegio de los jesuitas fue asaltado y ocupado, y éstos de nuevo obligados a abandonar la ciudad.
El valenciano Fernando de Mompox —compañero de prisión de Antequera—, logró huir de la cárcel en 1730, vino a Asunción y se convirtió en el nuevo jefe de los Comuneros. En este jurista culto la causa encontró a su verdadero teórico. La ideología que pregonaba era la réplica de los teólogos españoles del siglo XVI y XVII, y la misma doctrina de los Comuneros de Castilla que se rebelarían contra Carlos V, para quienes la fuente de todo poder estaba en el pueblo que, aunque relegado, no significaba que renunciaba a su soberanía por lo tanto, un mal gobernante debía ser destituído y condenado a muerte si era necesario.
En 1731 Mompox fue arrestrado, escapó nuevamente y aunque se refugió en el Brasil. los Comuneros quedaron sin jefe. Aun así, ganaron una nueva batalla en Guayaivity, pero en 1735 un ejército de ocho mil indios al mando de Zavala terminó con ellos.
Dieciocho años duró la rebeldía que la Provincia pagó con nuevos impuestos y una actitud absolutamente arbitraria del virrey del Perú. La revolución Comunera, sin ser una rebelión popular, creó inquietudes en el pueblo maltratado y explotado y la necesidad de justicia hizo que de tanto en tanto, como murmullo obstinado de los descontentos, se volviese a escuchar el espíritu inconformista de algún rebelde.
A pesar de la maestría de las estrategias militares de los guaraníes, como consta en el informe del General portugués Gomes Freire, fueron vencidos por la alianza hispano portuguesa al matar a sus jefes Sepe Tirayú y Nicolás Languirú. Es el inicio de una nueva etapa.
En 1811 Argentina firmó con el Paraguay un acuerdo de demarcación de límites, por el cual cinco de las quince reducciones del Paraná pasaron al Paraguay; el resto, que quedó en la Argentina, fue más tarde destruido por el marqués Alegrete, y su población dispersada por el territorio brasileño. El resultado del ataque de Algrete contra Artigas y su hijo adoptivo Tacuary, horrorizó a las mismas autoridades portuguesas, Rengger y Lonchamp responsabilizaron de las atrocidades acontecidas a los franceses, ingleses y americanos, que se enriquecieron vendiendo armas.
Muchos años después de la expulsión de los jesuitas el sistema de las propiedades colectivas y régimen comunitario continuaban existiendo en el Paraguay; los pueblos distribuían porciones de carne, sal y yerba mate entre las familias. El régimen comunitario fue abolido por López en 1848, aunque Francia ya había mandado desalojar estos pueblos en 1817, dejando a los guaraníes librados a su suerte, errantes y despojados de sus bienes y propiedades. No obstante, en 1851 aún se encontraban en el Guairá núcleos de indígenas que vivían en colonias de trescientas familias, aunque reducidos a la indigencia de una vida precaria a causa de la agricultura primitiva. Esas regiones, que en otras épocas conocieron el esplendor de las reducciones, actualmente conservan toda su majestuosidad y belleza natural, pero los vestigios culturales que nos quedan no son sino unas vagas reminiscencias.