Como ya lo señalamos, Felipe II nombró gobernador de Chile por Real Cédula fi rmada en Bruselas, a Francisco de Villagra, el 20-XII-1558. Mientras esto ocurría, continuaba el juicio que se le seguía en Lima sobre su actuación en Chile, en el período entre la muerte de Valdivia y la llegada de García, quien, se recordará, hizo tomar presos a Francisco de Aguirre y Francisco de Villagra y los envió al Perú, en 1557.
Villagra, que no sentía pesar sobre sí tenía mérito alguno para tal trato, quiso por su honor resolver judicialmente su situación y es por ello que pide y se somete a juicio.
El tribunal limeño le absolvió de toda culpa, por fallo emitido el 10 de noviembre de 1559, de modo que, cuando llegó a Lima la cédula de su nombramiento, ya estaba resuelta favorablemente su situación.
Villagra era hijo natural de Álvaro de Sarria y de Ana Velásquez de Villagra. En su juventud fue paje del conde de Benavente y de la marquesa de Astorga. Abrazó la carrera militar e hizo la campaña de Túnez. En 1537 se embarcó hacia el Perú y en 1540 se vino a Chile con Pedro de Valdivia.
Recibió su título de gobernador el 7 de diciembre de 1560, por conducto de su cuñado el presbítero Agustín de Cisneros, que llegó a Lima acompañando a su hermana Cándida de Montesa, esposa de Villagra.
No partió a Chile sino algunos meses después, tiempo que ocupó en formar un ejército, séquito y provisiones y además esperando que llegara al Perú el nuevo virrey, el conde de Nieva.
Esta permanencia en el Perú le sirvió además para aclarar ideas sobre algunos problemas graves, que debería resolver en Chile, en relación con las encomiendas y las modifi caciones que en esta materia había hecho García.
Sus consultas las aclaró con el licenciado Briviescas de Muñatones, quien debía asesorar al nuevo Virrey como miembro del Consejo de Hacienda de Lima.
La opinión del licenciado puede resumirse en tres aspectos muy claros y precisos. El primero es que toda encomienda entregada a una persona que no fuera descubridor o conquistador era nula, mientras hubiera conquistadores que no hubieran recibido el premio por sus servicios. El segundo aspecto que se debía tener en cuenta, es que García no podía conceder encomiendas en lo que había descubierto Valdivia; sólo habría podido hacerlo en la parte del territorio que él descubriera o conquistara y, como nada de esto ocurría en el caso, eran nulas las encomiendas, incluso las que hiciera a antiguos conquistadores. Y, por último, como el nombramiento de García era nulo por defi ciencia de edad y por transgresiones legales, que prohibían al Virrey nombrar gobernador a su hijo, lo obrado por él en esta materia no podía tener efectos legales.
Por estas razones, Villagra podía iniciar su gobierno como si fuera la continuación del de Pedro de Valdivia y hacer caso omiso de lo ocurrido en el Gobierno de García.
Realizados todos los preparativos, resueltas sus consultas, recibido en el Perú el nuevo Virrey, a quien saluda y se pone a sus órdenes como superior inmediato; recibido, desde Chile, dinero que le enviara Juan Jofré para los gastos de su viaje, se embarcó en el Callao el 19-III-1561, rumbo a Chile, en el mismo barco en que había llegado el Virrey.
Antes de partir tuvo la ocasión de encontrarse en Lima con García, que se había venido sin esperar su llegada a Chile, por haber ocurrido en esos días la muerte del depuesto virrey Andrés Hurtado de Mendoza.
Villagra detuvo su viaje primero en La Serena, donde fue muy bien acogido, el 5 de junio de 1561. Aquí se recibió del Gobierno ante el Cabildo y envió a su asesor, el licenciado Juan de Herrera, para que él recibiera en su nombre el juramento y reconocimiento del Cabildo de Santiago. A principios de julio, Villagra estaba en Santiago.
Al revés de lo que algunos pensaban, el gobernador recibía la administración y el país en un estado bastante peligroso y caótico; lo que parecía orden, en el Gobierno de García Hurtado de Mendoza era temor de su altanería y se había perdido el respeto que a la autoridad le había dado Pedro de Valdivia.
En cuanto el tema que centralmente nos preocupa debemos recordar que si es cierto que los mapuches habían sido derrotados en algunas batallas, habían progresado enormemente, en técnica de capacidad militar, tanto de ataque como de defensa, y esto hasta tal punto, que se puede afi rmar se encontraban en mejor condición que los españoles, quienes cansados de estas campañas y temerosos de sus resultados, deseaban irse a otros lugares, ya sea de Chile o del Perú u otros de América, donde continuar sus días en paz y alcanzar prosperidad.
Difi cultad muy grande será la que deberá afrontar Villagra para poner en calma los bandos que se habían creado por los encomenderos, ya sea los que se habían constituido como tales por García, como aquellos a quienes había despojado.
Otro tema importante que iba a tener que enfrentar era la preocupación por la aplicación de la Tasa de Santillana, la que tuvo que modifi car para reorganizar el trabajo de la minería.