Acabada la esperanza de romper las alianzas indo-españolas, y tras varios encuentros menores en los alrededores de Lima, Quisu Yupanqui dispuso el ataque a la ciudad. Para entonces todos los cerros circundantes estaban ocupados y la cruz del San Cristóbal seguía derribada.
El gobernador Pizarro contaba para defender la joven capital con unos "quinientos hombres de caballo y de a pie", según informe al Consejo de Indias de un español que alcanzó a salir de Lima, en agosto de 1536, poco antes de iniciarse el asedio; pero según el cronista Benzoni, Pizarro sólo contaba con unos cuatrocientos españoles "y un poco más de doscientos caballos".
A sus castellanos, Pizarro sumaba "varios miles" de guerreros nativos aliados y buen número de "negros de guerra", así como de moriscos experimentados en artes bélicas.
Los sitiadores fueron unos cien mil -según gran parte de las relaciones- considerando a toda la gente de servicio; los guerreros probablemente no pasaban de veinte mil, como se haría constar años más tarde, en un juicio protagonizado por Hernando Pizarro. Y solamente una parte de ellos era de la nación cuzco.
En esta etapa, los incas del Cuzco iban reestructurando su imperio en los Andes Centrales, reincorporando mediante su ejército a varias naciones indígenas que vacilaban en luchar a favor de los reyes incas o se habían unido ingenuamente al español.
Es digno de mencionarse que por esos días habían llegado a Lima algunos refuerzos.
Dice la crónica de Diego de Silva y Guzmán que Quisu Yupanqui determinó entrar a Lima y tomarla por fuerza o morir en la demanda y habló primero a todas sus gentes, diciéndoles: "Yo quiero entrar hoy en el pueblo y matar todos los españoles que están en él y tomaremos sus mujeres, con quienes nosotros nos casaremos y haremos generación fuerte para la guerra". Lo juró ante el Sol.
Fue entonces cuando enardecidos por las palabras del adalid Inca, "los capitanes y personas principales respondieron que lo prometían de hacerlo así y con esto movieron todo el ejército con grandísimo número de banderas, por donde los españoles conocieron la determinación y voluntad con que venían". Descendieron entonces de los cerros circundantes de la ciudad. Abajo, en batallones cerrados los aguardaban españoles, yungas, huailas, cañaris, huancas, chimúes, así como "negros de guerra" y algunos grupos de guerreros nicaraguas y guatemalas.
La principal fuerza de choque la formaban los cañaris, ansiosos de medirse otra vez con los cuzqueños. Muy especial empeño pondrían en aquella jornada los cuatro mil hombres de Huaylas, enviados por la citada "suegra india de Pizarro", Contarguacho.
Una línea de arcabuceros y unos cuantos cañoncillos protegían con su fuego a los defensores de la plaza.
Con gran estruendo, al son de pututos y trompetas, y alentados por los huáncares, esos grandes tambores de guerra, los cuzqueños empezaron a acercarse a la ciudad. Los jefes, en sus andas se aproximaron al río, animando a sus huestes, que respondían con estruendoso vocerío. Ya se oían en Lima los alaridos de triunfo de los soldados incaicos cuando "el gobernador mandó que con toda la gente de a caballo se hiciesen dos escuadrones: el se puso con uno en celada en una calle y un capitán con él y otros en otra".
Llegó el momento en que -según un paje de Pizarro que se lo narró al cronista Femando de Montesinos- varios de la vanguardia inca avanzaron por los paredones que están hacia el camino que sale a Huarochirí; y salió el Gobernador hasta media legua pero "los enemigos ya venían por el llano del río, muy lucida gente, porque toda era escogida, el general venía adelante, con una lanza, el cual pasó en sus andas ambos los dos brazos del río". Sus gritos se escuchaban claramente y los indios aliados traducían a los españoles una inquietante amenaza: "A la mar, barbudos, a la mar, barbudos". Diego de Silva y Juan de Betanzos, precisan que les gritaban: "a enfardelar, a enfardelar".
Todos, entonces, castellanos, nativos, "indios amigos" y negros esclavos se aprestaron a recibir la carga definitiva de los cuzcos atacantes y de sus aliados indígenas. Corrían mediados de agosto. Quisu Yu
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panqui y Cusi Rímac, aunque careciendo totalmente de flecheros, lograron tomar parte de la ciudad, con sus avanzadas, pero cuando se desplegaban en lo llano junto al río, ambos cayeron bajo el efecto del armamento occidental; el gran Quisu Yupanqui, por el hierro dé un lanzazo, durante una carga de jinetes; Cusi Rímac, de un disparo de arcabuz. Al lado de esos grandes capitanes perecieron también otros jefes incaicos.
Cuatro mil cuzcos y aliados sucumbieron esos días. De los españoles, treintidós, según Garcilaso y ocho de sus caballos. Muchísimos, varios centenares, quizás más de mil indios amigos murieron también defendiendo Lima de los cuzcos.
Entre esas tropas militaba el contingente huanca dirigido por Guacra Páucar; y sin duda yungas de Taulichusco y Guachinamo, curacas de Lima; y diversos sectores más. Otros jefes indios costeños en quienes no se tenía confianza permanecieron encerrados durante aquellas jornadas.
El 26 de agosto ya se encontraba suspendido el ataque a la urbe; aunque los sitiadores siguieron dueños de los cerros circundantes.
Setiembre y octubre habrían de ser, para Pizarro, meses de diversas expediciones a provincias limeñas a fin de obtener alimentos; múltiples refriegas y escaramuzas se libraron entonces.
Hasta que llegó Alonso de Alvarado, de Chachapoyas y Trujillo, con setenta españoles y cantidad de "indios amigos"; Sandoval arribaría con gente hispánica y unos cinco mil cañaris.
LA CAMPAÑA DE ALONSO DE ALVARADO
El asedio a Lima aún sé mantenía cuando llegaron unos chasquis a Vitcos noticiando a Manco que con los gruesos refuerzos recibidos por Pizarro en octubre, éste había decidido enviar nuevas expediciones a la sierra; la más importante había sido confiada al capitán Alonso de Alvarado, hombre con fama de cruel.
Partió Alvarado el 8 de noviembre del mismo 1536, nucleando unos trescientos españoles, los miles de guerreros chachapoyas que había traído, así como centenares de soldados huancas conducidos por Guacra Páucar y unos cien "negros de guerra".
de Olleros los conquistadores y sus aliados triunfaron con dificultad, pues los incaicos "peleaban como vencedores", por lo cual murieron once de los españoles y numerosos de los "indios amigos". Pero las bajas de los indígenas "proespañoles" se cubrían fácilmente porque hombres como el caciquillo Martín el tallán, siempre conseguían refuerzos para lo cual iban en la vanguardia con gente escogida.
En cuanto a los prisioneros incaicos, se los mutilaba, castraba o mataba, no faltando ocasión en que hasta los cañonearon. Por cierto que en todos estos actos punitivos anti-incas destacaban los caciques huancas, que se enorgullecían de quemar vivos a los orejones cuzcos capturados.
Ante el avance alvaradista Manco recomendó a Illa Túpac reforzar al máximo las alianzas con las naciones de la comarca andina limeña; pero fue inútil. Los huarochiris se comportaron bien, pero algunos caciques de los yauyos abandonaron el bando incaico y con ellos otros. De todos modos, superando adversidades, el jefe cuzqueño Allin Sonco luchó con bravura en el Ayaviri de las nieves limeñas, tras lo cual -como lo supo el Inca en Vitcos- Illa Túpac se replegó hacia la región de Chinchaycocha una vez que Páucar Huaman se hizo cargo del área central andina.
Pronto Pedro de Lerma, capitán a órdenes de Alvarado, cruzó las cumbres de Pariajaja, recapturando Jauja a sangre y fuego. Una vez reunidos allí todos los españoles, se acordó "pacificar" los alrededores mientras se aguardaba a las columnas de refuerzo que ya habían partido de Lima, consistentes en unos doscientos cincuenta españoles.
Aquella "pacificación", según supo Manco, empezó por el oriente, por donde se decía que podrían arribar refuerzos incaicos desde Vilcabamba. Hacia allí marcharon los caciques Guacra Páucar y Cusichaca, librándose entonces el combate de Comas, que perdió el incaico Páucar Poma, quien fue llevado a Jauja y ejecutado allí.
Con perfiles menos claros aparece la batalla de Yuracmayo. Según muchas fuentes, perecieron en este encuentro unos cincuenta españoles, acorralados por Páucar Huaman y Yunco Cayo, quienes contaban con flecheros pilcosunis.
El combate de Angoyacu fue luego ganado por Garcilaso de la Vega, un lugarteniente de Alvarado, bien al sur; después quemó a varios de los sobrevivientes. Pero hacia el norte las cosas no resultaron fáciles
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para los españoles merced a la infatigable labor de Illa Túpac, a quien Manco le ordenara reagrupar a los orejones dispersos y promover la resistencia mediante alianzas con chupachos, yaros y pombos. Consiguió cercar a los españoles del capitán Diego de los Ríos, matándole gente, hasta que llegaron refuerzos de Gómez de Tordoya y el propio Alvarado tuvo luego que marchar a la región con sus aliados huancas y yauyos.
En el valle mantarino los españoles, sus aliados y los negros, cometieron tropelías sin cuento, entre saqueos y asesinatos y violaciones. Esclavizaron a unos tres mil de los campesinos plebeyos, mientras los caciques huancas, felones, indiferentes al dolor de su pueblo, mantenían -como tantos otros- su adhesión a los conquistadores, a fin de afianzar sus antiguos privilegios.
Seguían entre tanto las escaramuzas de los españoles con grupos cuzqueños aislados en las cercanías del valle.
Al fin, cuatro meses después de permanecer en Jauja, Alvarado se animó a avanzar hacia el Cuzco. Los del Inca lo aguardaban en Rumichaca, en la actual Tayacaja. Allí Páucar Huaman los cercó, utilizando un buen paso donde la caballería no podía actuar, correspondiendo, entonces, a los arcabuceros el ataque principal. De todas maneras, veintiocho españoles y nueve caballos quedaron tendidos para siempre, al igual que un número incierto de "negros de guerra" y seguramente miles de "indios amigos".
Manco tuvo que saber que aquel día Páucar Huaman estuvo a punto de ganar la batalla; mas, al parecer, fue a costa de su vida.
El escarmiento en Rumichaca fue terrible, mataron sin distinción de edad ni sexo, con la colaboración de caciques ancaras enemigos de los reyes Incas. Luego Alvarado asoló Guamanga, vasta provincia en la margen izquierda del río Apurímac, ayudado por los curacas de los pocras. Mayor fue aun el apoyo brindado por la aristocracia chanca al momento del avance español por Chincheros, la cual proseguiría en Oripa y Andahuilas.
De todo esta avance fue informado Manco y de cómo los guerreros incas combatían, resistiendo la desestructuración del Imperio. Supo también el rey Inca que su enemigo, el cacique Guasco de los chancas, había sido afianzado por Alvarado y que fue con la ayuda que aquel le brindó que el jefe español había partido, cautelosamente, hacia el sur,
por el camino del Cuzco. Pero el empeño de ingresar como vencedor a la capital imperial habría de verse frustrado en Abancay a causa de un acontecimiento impensado: la reaparición de Almagro, a quien se suponía perdido en los hielos de Chile, o muerto a consecuencia de la gran rebelión incaica:
Pero hagamos aquí un alto para retornar al Cuzco, al cual dejamos a mediados de 1536.