El cuartelazo de Huerta, con el que la vieja clases porfirianas pusieron fin de manera sangrienta al experimento maderista, no sembró ninguna duda en Zapata y en los principales jefes zapatistas. Si en el Plan de Ayala había declarado a Madero traidor a la revolución, Huerta viejo conocido suyo, quien lo había combatido a sangre y fuego meses atrás, era también un traidor y un gobernante ilegitimo. Zapata y sus principales jefes no chistaron: desde fines de febrero dieron instrucciones a sus subordinados para no prestar oídos a los ofrecimientos de paz de los enviados huertistas y de continuar con los ataques. El 2 de marzo informaron oficialmente a Huerta que su rebelión proseguiría.
Con el fin de conseguir su rendición, Huerta ofreció a los zapatistas lo que Madero les había negado, participación en el nombramiento del gobernador de la ciudad, además Zapata sería el jefe de armas, sus hombres se incorporarían a las “fuerzas rurales”, y se solucionaría el problema agrario. Algunos jefes se decidieron por la defección y se convirtieron en aliados de Huerta. Zapata, mantuvo la unidad de sus fuerzas y la actitud beligerante. Auxiliado por Manuel Palafox, quien se convirtió en esa etapa en el intelectual más influyente del movimiento, y con el apoyo de los principales generales surianos, apresó a los enviados de Huerta. Los jefes zapatistas reanudaron sus ataques, Huerta empleó una vez más la táctica militar que lo había hecho famoso: combatiría a los rebeldes a sangre y fuego, sin contemplaciones a través de la ley marcial, de la suspensión de garantías, con bombardeos, quemas de poblados y reclutamiento militar obligatorio. Puesto que toda la población era zapatista, acabaría con ella
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Tomado de Felipe Arturo Ávila Espinosa, “El Zapatismo contra el Gobierno de Huerta” en Gran Historia de México Ilustrada, No. 78, México, Planeta De Agostini, S. A., pp. 358-360.
sin importar el daño irreparable que hacia a la economía y a las actividades productivas del estado. A los hacendados les anunció que deportaría a 20, 000 trabajadores hacia el sureste y colonizaría Morelos con nuevos habitantes. Cumplió parcialmente su palabra. En los tres siguientes meses, llegaron 7, 000 soldados federales y deportó a 4, 300 morelenses, los cuales, apresados mediante leva, fueron enviados a reforzar al Ejército Federal en el norte, donde comenzaba a extenderse la rebelión constitucionalistas encabezada por Carranza. Juvencio Robles, el sanguinario federal, viejo conocido por los zapatistas, asumió la gubernatura y la jefatura militar de Morelos. Luego de disolver la legislatura y de encarcelar a los diputados y al gobernador interino.
Con la incorporación de los intelectuales urbanos, entre los que destacaron paulino Martínez, Antonio Díaz Soto y Gama, Ángel Barrios, Gustavo Baz, Manuel Mendoza López, Santiago Orozco, Enrique Bonilla y Alfredo Serratos, el zapatismo creció ideológicamente y pudo elaborar un discurso y un programa de dimensión nacional, con lo cual pasó de ser una rebelión regional a un movimiento que aspiraba a tomar el poder político central con un proyecto propio.
La actividad de los rebeldes zapatistas disminuyo antes y después del arribo de las lluvias. El ejército suriano, compuesto básicamente por gente proveniente de las comunidades campesinas, nunca pudo conseguir ser un ejército profesional, con haberes regulares y dependía de las necesidades agrícolas de la preparación de la tierra, la siembra y la cosecha.
El Ejército Federal, entre tanto, continuó su campaña. Robles quemó las localidades que suponía más adictas a los zapatistas, entre ellas Yecapixtla, Xochitepec, Villa de Ayala y Tepalcingo, así como otras en el Distrito Federal, siguió con el reclutamiento militar forzoso y se hizo fuerte en las seis principales ciudades, cabeceras de distrito. Sin embargo, lo cierto es que los guerrilleros zapatistas mantenían el control de prácticamente toda la zona rural del estado y se habían extendido a las entidades aledañas, zonas en las que los jefes surianos aplicaron los principios del Plan de Ayala. En los lugares en donde se podía cambiaron a las autoridades locales, los pueblos eligieron a sus representantes, comenzaron a recuperar sus tierras, impusieron préstamos forzosos a los comerciantes y hacendados que seguían es sus localidades y empezaron a tomar en sus manos la administración de las haciendas abandonadas.
En estas condiciones, Zapata, quien había actualizado el Plan de Ayala de acuerdo con la nueva situación, declarando usurpador a Huerta y traidor e indigno a Pascual Orozco, y había asumido por primera vez formalmente la jefatura nacional del movimiento suriano, decidió en septiembre desplazar el centro de sus operaciones al estado de Guerrero, en donde lo agreste de la geografía y la deficiencia de las comunicaciones podían facilitar su labor, Además existían liderazgos rebeldes importantes que habían enfrentado también a Huerta, como Jesús Salgado, quien desde el año anterior había reconocido la jefatura de Zapata, al igual que Julián Blanco; los jefes guerrerenses se convertirían en aliados valiosos en los meses siguientes.
Ante el fracaso de Juvencio Robles, Huerta lo sustituyó el 13 de septiembre de 1913 por Adolfo Jiménez Castro, quien se quedó sólo con la mitad de las tropas federales, pues la otra parte fue trasladada ante el avance de la revolución en el norte, luego de la toma de Torreón por Francisco Villa. Con ellas se concentró en mantener el control de las ciudades mayores y prácticamente no hizo incursiones contra las móviles partidas guerrilleras. Los rebeldes aprovecharon para consolidar su posición en el campo, para unificar a los liderazgos aliados y para preparar la toma de las ciudades más grandes y estratégicas, como Iguala, Chilpancingo, Cuautla y Cuernavaca. Como la revolución constitucionalista en el norte se fortalecía cada vez más y el gobierno de Huerta daba muestras de su incapacidad para contenerla, Zapata, orientado por sus asesores, estableció contacto con los líderes norteños para ver las posibilidades de unificar a la revolución, y nombró a Emilio Vázquez Gómez como representante para buscar el reconocimiento estadounidense de su movimiento.
En enero y febrero de 1914, Zapata se dedicó a preparar la toma de Chilpancingo, mediante ataques sincronizados a poblaciones menores, traslado y concentración de tropas, aprovisionamiento de víveres y centralización del mando. A mediados de marzo, con 5,000 hombres, comenzó el cerco a esa capital, defendida por 1,400 federales, la que cayó en poder de los surianos el 26 del mismo mes. Fueron apresados, 43 oficiales y jefes federales y se ejecutó a los que se encontraron culpables de haber quemado pueblos. Dueños de todo el estado de Guerrero, los zapatistas y sus aliados procedieron a la elección del
primer gobernador nombrado por los jefes revolucionarios guerrerenses, como lo establecía el Plan de Ayala. La elección recayó en Jesús Salgado.
Empero, el zapatismo que logró esta hazaña era muy diferente al movimiento original que había desconocido a Madero en noviembre de 1911. Sus fuerzas habían crecido más allá de Morelos, habían madurado ideológicamente, habían elaborado un programa político propio, habían comenzado a aplicar las reformas políticas y sociales del Plan de Ayala y se habían convertido en un movimiento regional que se presentaba en la escena nacional como un serio contendiente para ocupar el poder central.