Es necesario tratar aparte a Suárez porque fue el más complejo e innovador de todos estos autores. Con él se inició la Edad Moderna con un vigor incluso superior al de las obras de Grocio y de Pufendorf. Poseyó un muy fuerte prestigio mundial hasta entrada la Edad Contemporánea. Como era el filósofo-teólogo de mayor prestigio en su momento, el Papa le encargó que rebatiera la doctrina inglesa sobre el origen divino de los reyes, y él redactó su extensa Defensio Fidei, que nos permite conocer más profunda y sistemáticamente su pensamiento político. Se ocupó del derecho en su Tractatus de legibus. En estos libros ofrece una versión metafísica parecida a la de Molina, pero en sus Disputaciones metafísicas se muestra como un nominalista que defiende el ser modal.
Un problema pendiente para él fue el del extremado objetivismo metafísico de Molina —ese mundo nouménico de verdades morales que existían y que se imponían por sí mismas—, que hacía superflua la intervención de Dios. Frente a esto, Suárez redujo el derecho a las leyes, y éstas a actos de voluntad del superior cualificado: las leyes, en su misma esencia, consisten en voluntad, y en la ley natural hay que distinguir la lex indicans de la lex imperans. Pero esta presentación plantea problemas para un jurista, porque cualquiera sabe que, con independencia de lo que establezcan las leyes, todo profesor tiene el deber, derivado desde la naturaleza misma del acto de la docencia, de explicar con la claridad suficiente como para que le entiendan sus alumnos. Luego hay que concluir que este deber lo recogen las leyes, pero que no lo crean. Ante esta dificultad, Suárez se limitó a afirmar que la «materia» regulada por las leyes es simple materia contracta por la voluntad del legislador. Con Suárez comienza el fin de la ciencia jurídica, que quedó sustituida por el conocimiento de las leyes.
Del mismo modo que Molina, él entiende que desde la forma de cada institución surge un derecho subjetivo-natural y, del mismo modo que Molina, solo menciona los derechos, no los deberes que imponen las leyes. Su aportación más importante emerge al tratar el derecho natural concesivo, esto es, la libertad natural que corresponde a cada ser humano por estar creado a imagen y semejanza de Dios. Molina se había quedado a medio camino, porque en primer lugar había afirmado la existencia de una ley natural de la que resultaría después bien un derecho genérico a la libertad individual, bien derechos subjetivos concretos, porque ¿hay algo más natural que cada cual coma su comida? Pero Molina seguía dependiendo de la figura de la facultad. Cuando un derecho nace desde una ley, este derecho es llamado una facultad. Toda facultad implica la existencia de una ley previa, y a los que defienden a toda costa la libertad les molesta la figura de una ley desde la que se deriven las libertades.
Pero a Suárez, del mismo modo que a Scoto, Gerson o Biel, le sobra la ley natural, y él busca una libertad originaria que sea anterior a la misma ley natural. Es decir, quiere lo que en la filosofía escolástica es llamada una cualidad. Podría haber seguido los pasos de aquellos nominalistas y haber mantenido que la libertad surge desde la Prima iustitia Dei, pero él, atrapado en las guerras de religión, buscaba una fundamentación de la libertad humana que no necesitara de un dato teológico. Para evitar este escollo, caracterizó a la libertad natural como una «quasi qualitas moralis». Podría haber establecido una cualidad moral sin más, como hizo Grocio quince años más tarde, pero parece que estaba algo preocupado por su novedad: antes de él, nadie había diseñado a la libertad natural como una cualidad del hombre.
En esta misma línea, tan deudora del pensamiento de Scoto o de Gerson, estableció la existencia de los derechos subjetivos naturales, al que llamó ius utile naturale, es decir, derecho subjetivo natural. No podía usar la expresión ius subjectivum porque aún no existía, y el término de ius utile era familiar a todos. Estos derechos subjetivos de libertad no permanecieron en un plano puramente intelectual, porque los aplicó a la explicación de las formas de gobierno y a la libertad de conciencia.
Por lo que hace a la forma del gobierno, todos los autores hasta entonces habían distinguido cuatro: la monárquica, la aristocrática, la oligárquica y la democrática. Pero nadie había realzado a la democracia, que más bien aparecía
como algo imposible. Suárez, por el contrario, parte desde los individuos aislados en el estado de naturaleza y supone que ellos han hecho un pacto con el futuro gobernante: esto implica que entre los individuos libres y el gobierno se interpone un acto positivo, una «institución positiva» (esto es, artificial), según los términos usados en aquella época. Él declara que la forma de gobierno más «cercana» al derecho natural es la democrática, porque no tiene que suponer ninguna institución positiva entre los ciudadanos y el gobernante28.
Su discurso sobre la libertad de conciencia es más largo y alambicado. En un momento en el que estaban muy activas las inquisiciones protestantes y católica, nadie podía establecer directamente tal derecho. En aquel tiempo no había respeto para las conciencias, sino sólo, si acaso, tolerancia, y la tolerancia es una realidad distinta a la del respeto. Él fue dando vueltas a este tema y concluyó finalmente que existen actividades humanas, como son las del pensamiento, que por su propia naturaleza son internas a cada persona, y deben permanecer en el ámbito estrictamente personal29.